| 1. |
- Stacey, Simon N, et al.
(författare)
-
A germline variant in the TP53 polyadenylation signal confers cancer susceptibility.
- 2011
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 43:11, s. 1098-103
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To identify new risk variants for cutaneous basal cell carcinoma, we performed a genome-wide association study of 16 million SNPs identified through whole-genome sequencing of 457 Icelanders. We imputed genotypes for 41,675 Illumina SNP chip-typed Icelanders and their relatives. In the discovery phase, the strongest signal came from rs78378222[C] (odds ratio (OR) = 2.36, P = 5.2 × 10(-17)), which has a frequency of 0.0192 in the Icelandic population. We then confirmed this association in non-Icelandic samples (OR = 1.75, P = 0.0060; overall OR = 2.16, P = 2.2 × 10(-20)). rs78378222 is in the 3' untranslated region of TP53 and changes the AATAAA polyadenylation signal to AATACA, resulting in impaired 3'-end processing of TP53 mRNA. Investigation of other tumor types identified associations of this SNP with prostate cancer (OR = 1.44, P = 2.4 × 10(-6)), glioma (OR = 2.35, P = 1.0 × 10(-5)) and colorectal adenoma (OR = 1.39, P = 1.6 × 10(-4)). However, we observed no effect for breast cancer, a common Li-Fraumeni syndrome tumor (OR = 1.06, P = 0.57, 95% confidence interval 0.88-1.27).
|
|
| 2. |
- Árnadóttir, Thóra, et al.
(författare)
-
Glacial rebound and plate spreading : results from the first countrywide GPS observations in Iceland
- 2009
-
Ingår i: Geophysical Journal International. - 0956-540X .- 1365-246X. ; 177:2, s. 691-716
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Iceland is one of the few places on Earth where a divergent plate boundary can be observed on land. Direct observations of crustal deformation for the whole country are available for the first time from nationwide Global Positioning System (GPS) campaigns in 1993 and 2004. The plate spreading across the island is imaged by the horizontal velocity field and high uplift rates (>= 10 mm yr(-1)) are observed over a large part of central and southeastern Iceland. Several earthquakes, volcanic intrusions and eruptions occurred during the time spanned by the measurements, causing local disturbances of the deformation field. After correcting for the largest earthquakes during the observation period, we calculate the strain rate field and find that the main feature of the field is the extension across the rift zones, subparallel to the direction of plate motion. Kinematic models of the horizontal plate spreading signal indicate a slightly elevated rate of spreading in the Northern Volcanic Zone (NVZ) (23 +/- 2 mm yr(-1)), while the rates at the other plate boundary segments agree fairly well with the predicted rate of plate spreading (similar to 20 mm yr(-1)) across Iceland. The horizontal ISNET velocities across north Iceland therefore indicate that the excessive spreading rate (>30 mm yr(-1)) observed by GPS in 1987-1992 following the 1975-1984 Krafla rifting episode was significantly slower during 1993-2004. We model the vertical velocities using glacial isostatic adjustment (GIA) due to the recent thinning of the largest glaciers in Iceland. A layered earth model with a 10-km thick elastic layer, underlain by a 30-km thick viscoelastic layer with viscosity 1 x 10(20) Pa s, over a half-space with viscosity similar to 1 x 10(19) Pa s can explain the broad area of uplift in central and southeastern Iceland. A wide area of significant residual uplift ( up to 8 mm yr(-1)) is evident in north Iceland after we subtract the rebound signal from the observed rates, whereas the Reykjanes Peninsula and the Western Volcanic Zone (WVZ) appear to be subsiding at a rate of 4-8 mm yr(-1). We observe a coherent pattern of small but significant residual horizontal motion (up to 3 mm yr(-1)) away from Vatnajokull and the smaller glaciers that is most likely caused by glacial rebound. Our study demonstrates that the velocity field over a large part of Iceland is affected by deglaciation and that this effect needs to be considered when interpreting deformation data to monitor subglacial volcanoes in Iceland.
|
|
| 3. |
- Bjurulf, Björn, 1962, et al.
(författare)
-
Dravet syndrome in children - A population-based study
- 2022
-
Ingår i: Epilepsy Research. - : Elsevier BV. - 0920-1211 .- 1872-6844. ; 182
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Objective: The aim was to describe age at diagnosis, cumulative incidence, SCN1A variants, mortality, seizure types and treatments in children with Dravet Syndrome (DS) in Sweden. Methods: Children diagnosed with DS, born between January 1st 2000 and December 31st 2018 were included in a population-based study. Clinical data, frequency of seizure types and treatments were collected from caregivers and medical records in 42 children. Age at diagnosis, cumulative incidence and treatment were compared between children born in Sweden 2000–2009 and 2010–2018. Results: We identified 55 children with DS, 53 were born in Sweden. Three children had died of definite, probable, or possible sudden unexpected death in epilepsy, one of acute anoxic brain injury and three of pneumonia or pneumonitis. Median age at death was 4.7 (range 3.3–11) years. In 49/53 children with known SCN1A status, a pathogenic/likely pathogenic variant of SCN1A was detected. In two a SCN1A variant of unknown significance was found. For children born in Sweden 2010–2018, median age at DS diagnosis was lower (1.6 vs 4.5 years, p = 0.001) and cumulative incidence higher (1/33,000 vs 1/46,000 live-born children, p = 0.03), compared to children born in 2000–2009. The most common seizure types were focal to bilateral tonic clonic (n = 41/42) and myoclonic (n = 35/42). Tonic seizures were reported in 25/42 children. Sodium-channel inhibitors had been used in 9/24 children born in 2010–2018 and 17/18 children born in 2000–2009 (p = 0.001). Significance: A SCN1A variant that could explain the syndrome was found in over 90% of children. Tonic seizures seem to be more frequent than earlier described. Median age at diagnosis was lower, cumulative incidence higher and use of contra-indicated sodium-channel inhibitors less common for children born in 2010–2018 compared with children born in 2000–2009. This could indicate an increased awareness of DS.
|
|
| 4. |
- Ericsson, Maria, 1970-, et al.
(författare)
-
Lärarenkät om de nationella proven i matematik : Kurs B, C och D våren 2004
- 2005
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Av de 329 lärare som besvarat enkäten för Matematik B har 35 % angett att deras elever tillhör samhällsprogrammet och 11 % att deras elever tillhör estetiska programmet. För dessa program är kursprovet i Matematik B obligatoriskt. Av de svarande lärarna tycker 72 % att poänggränsen för betyget Godkänd är lämplig och bland de övriga är det något fler, 18 %, som tycker att den är för låg. När det gäller totalpoänggränsen samt minsta antal vg-poäng för provbetyget Väl godkänd tycker 77 % respektive 82 % att gränserna är lämpliga. 90 % av lärarna tycker att det är bra eller mycket bra att bedömningen sker med både g- och vg-poäng och 75 % anser att provet till ganska eller mycket stor del kan användas som ett viktigt underlag för att sätta kursbetyget Mycket väl godkänd. 80 % tycker till ganska eller mycket stor del att informationen och anvisningarna om hur kursprovet skall användas som underlag för bedömning med betyget Mycket väl godkänd var tillräcklig. Några enkätfrågor behandlar uppgifternas språkliga utformning till exempelvad gäller ordval, meningsbyggnad, textmängd och layout. Av lärarsvaren att döma är ordval och meningsbyggnad mer problematiskt för eleven än textmängd, och layouten upplevs inte som något problem utom i något enstaka fall. Av enkäten framgår att många elever, 59 %, i ganska liten eller mycket liten utsträckning fått ta del av innebörden i de tre aspekter som ligger bakom bedömningen av provets sista uppgift. Det är en minskning jämfört med tidigare år. Bland de positiva allmänna kommentarerna kan nämnas att flera lärare tycker att det är ett mycket bra prov och att provet ger ett bra underlag för att se var G/VG- och VG/MVG-gränserna ligger. Det finns också några negativa omdömen som att provet är för teoretiskt och då särskilt med tanke på elever som går på samhälls- och estetprogrammet. Några kommentarer antyder att det inte finns ett tillräckligt fylligt underlag för betygssteget IG/G, vilket skulle kunna tolkas som att de finns lite för få uppgifter för de elever som ligger nära gränsen för betyget Godkänd.
|
|
| 5. |
- Ericsson, Maria, 1970-, et al.
(författare)
-
Lärarenkät om de nationella proven i matematik : Kurs B, C och D hösten 2003
- 2004
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Det är 63 lärare som besvarat enkäten och huvuddelen av dem, 66 %, är lärare vars elever tillhör komvux. Den näst största gruppen, 16 %, är lärare vars elever tillhör samhällsprogrammet. Om man ser till hela läsår så är det normalt sett en mindre andel av eleverna som gör höstterminsprovet än som gör vårterminsprovet. På vårterminsprovet brukar den andel av eleverna som tillhör samhällsprogrammet vara störst. Det är 67 % av lärarna som tycker att poänggränsen för betyget Godkänd är lämplig och de övriga, 33 %, tycker att den är för låg. När det gäller totalpoänggränsen samt minsta antal vg-poäng för provbetyget Väl godkänd tycker 81 % respektive 78 % att gränserna är lämpliga. 91 % tycker att det är bra eller mycket bra att bedömningen sker med både g- och vg-poäng. Det är 76 % som anser att provet till ganska eller mycket stor del kan användas som ett viktigt underlag för att sätta kursbetyget Mycket väl godkänd. 81 % tycker till ganska eller mycket stor del att informationen och anvisningarna om hur kursprovet skall användas som underlag för bedömning med betyget Mycket väl godkänd var tillräcklig. De flesta, 89 %, anser att det är bra eller mycket bra med en miniräknarfri del och 89 % tycker att en ganska eller mycket stor andel av uppgifterna på denna del var av en typ som borde ingå där. En stor andel av lärarna, 92 %, anser att kursprovet i ganska eller mycket stor utsträckning speglar ämnessynen i kursplanen och 73 % anser att kursprovet påverkar deras tolkning av kursplanens mål och kriterier i ganska eller mycket stor utsträckning. När det gäller i vilken mån som kursprovet påverkar det innehåll, i betydelsen delmål och delfärdigheter, som tas upp i undervisningen anser 64 % av lärarna att det sker i ganska eller mycket stor utsträckning och 73 % av lärarna anser att kursprovet i ganska eller mycket stor utsträckning påverkar det slutbetyg som de ger enskilda elever. På samma sätt som för provet som gavs våren 2003 är det för höstens prov en ganska stor andel lärare som tror att mängden text i provet påverkade deras elevers resultat negativt. 46 % av lärarna anser att det påverkade eleverna negativt i ganska eller mycket stor utsträckning. Av enkäten framgår att många elever, 76 %, i ganska liten eller mycket liten utsträckning fått ta del av innehållet i den generella bedömningsmatris som ligger bakom aspektbedömningen av provets sista uppgift. Det har varit ungefär på samma vis de senaste åren. Bland de positiva allmänna kommentarerna kan nämnas att flera lärare tycker att det är ett bra prov och att provet ger ett bra underlag för att se var G/VG- och VG/MVG-gränserna ligger. Det finns också några negativa omdömen som att det är för mycket text i uppgifterna och att språket borde vara något enklare och då särskilt med tanke på elever som inte går på teoretiska program. Några kommentarer antyder att det inte finns ett tillräckligt fylligt underlag för betygssteget IG/G, vilket skulle kunna tolkas som att de finns lite för få uppgifter för de elever som ligger nära gränsen för betyget Godkänd.
|
|
| 6. |
- Hellström Schmidt, Sanna, et al.
(författare)
-
Overuse of EEG and ECG in children with breath-holding spells and its implication for the management of the spells
-
Ingår i: Acta Pædiatrica. - 1651-2227.
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- AIM: Breath-holding spells (BHS) are common in children, but evidence-based clinical guidelines are lacking. We investigated a large population-based cohort of BHS patients, to propose a refined description of typical BHS and guidelines for its management.METHODS: In a cross-sectional retrospective study, patients diagnosed with BHS in Southern Sweden 2004-2018 were recruited. Disease characteristics and diagnostic data were collected from patient medical records.RESULTS: In total, 519 patients, mean age at diagnosis 19.8 ± 13.8 months with equal gender distribution, were included. In 48.3%, BHS had already been diagnosed after one spell. During spells, 78.0% of patients were unresponsive. For 71.5%, atonic, tonic, tonic-clonic or myoclonic seizures were reported, and 78.0% of patients had a spell lasting less than 1 min. Electroencephalography was conducted in 30.4% and Electroencephalography in 45.1%. Six children (3.8%) had a pathological electroencephalogram, four of which had concomitant epilepsy and only 0.9% of children had electrocardiogram findings suggesting pathology, none showing long QT syndrome.CONCLUSION: Children with BHS were frequently subjected to unnecessary diagnostic interventions. We characterise a typical presentation of BHS and propose a management-algorithm, which is expected to reduce unnecessary usage of electroencephalography and electroencephalography.
|
|
| 7. |
- Jonsson, Stefan, et al.
(författare)
-
Identification of sequence variants influencing immunoglobulin levels
- 2017
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1546-1718 .- 1061-4036. ; 49:8, s. 1182-1191
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Immunoglobulins are the effector molecules of the adaptive humoral immune system. In a genome-wide association study of 19,219 individuals, we found 38 new variants and replicated 5 known variants associating with IgA, IgG or IgM levels or with composite immunoglobulin traits, accounted for by 32 loci. Variants at these loci also affect the risk of autoimmune diseases and blood malignancies and influence blood cell development. Notable associations include a rare variant at RUNX3 decreasing IgA levels by shifting isoform proportions (rs188468174[C>T]: P = 8.3 × 10(-55), β = -0.90 s.d.), a rare in-frame deletion in FCGR2B abolishing IgG binding to the encoded receptor (p.Asn106del: P = 4.2 × 10(-8), β = 1.03 s.d.), four IGH locus variants influencing class switching, and ten new associations with the HLA region. Our results provide new insight into the regulation of humoral immunity.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Munk, Anne Sofie, et al.
(författare)
-
PDGF-B Is Required for Development of the Glymphatic System
- 2019
-
Ingår i: Cell Reports. - : Elsevier BV. - 2211-1247. ; , s. 3-2969
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The glymphatic system is a highly polarized cerebrospinal fluid (CSF) transport system that facilitates the clearance of neurotoxic molecules through a brain-wide network of perivascular pathways. Herein we have mapped the development of the glymphatic system in mice. Perivascular CSF transport first emerges in hippocampus in newborn mice, and a mature glymphatic system is established in the cortex at 2 weeks of age. Formation of astrocytic endfeet and polarized expression of aquaporin 4 (AQP4) consistently coincided with the appearance of perivascular CSF transport. Deficiency of platelet-derived growth factor B (PDGF-B) function in the PDGF retention motif knockout mouse line Pdgfb ret/ret suppressed the development of the glymphatic system, whose functions remained suppressed in adulthood compared with wild-type mice. These experiments map the natural development of the glymphatic system in mice and define a critical role of PDGF-B in the development of perivascular CSF transport.
|
|
| 10. |
- Palmer, Nicholette D, et al.
(författare)
-
A genome-wide association search for type 2 diabetes genes in African Americans.
- 2012
-
Ingår i: PloS one. - San Francisco : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 7:1, s. e29202-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- African Americans are disproportionately affected by type 2 diabetes (T2DM) yet few studies have examined T2DM using genome-wide association approaches in this ethnicity. The aim of this study was to identify genes associated with T2DM in the African American population. We performed a Genome Wide Association Study (GWAS) using the Affymetrix 6.0 array in 965 African-American cases with T2DM and end-stage renal disease (T2DM-ESRD) and 1029 population-based controls. The most significant SNPs (n = 550 independent loci) were genotyped in a replication cohort and 122 SNPs (n = 98 independent loci) were further tested through genotyping three additional validation cohorts followed by meta-analysis in all five cohorts totaling 3,132 cases and 3,317 controls. Twelve SNPs had evidence of association in the GWAS (P<0.0071), were directionally consistent in the Replication cohort and were associated with T2DM in subjects without nephropathy (P<0.05). Meta-analysis in all cases and controls revealed a single SNP reaching genome-wide significance (P<2.5×10(-8)). SNP rs7560163 (P = 7.0×10(-9), OR (95% CI) = 0.75 (0.67-0.84)) is located intergenically between RND3 and RBM43. Four additional loci (rs7542900, rs4659485, rs2722769 and rs7107217) were associated with T2DM (P<0.05) and reached more nominal levels of significance (P<2.5×10(-5)) in the overall analysis and may represent novel loci that contribute to T2DM. We have identified novel T2DM-susceptibility variants in the African-American population. Notably, T2DM risk was associated with the major allele and implies an interesting genetic architecture in this population. These results suggest that multiple loci underlie T2DM susceptibility in the African-American population and that these loci are distinct from those identified in other ethnic populations.
|
|
