| 1. |
- Li Zweifel, Ulla, et al.
(författare)
-
God havsmiljö 2020 : Marin strategi för Nordsjön och Östersjön Del 2: God miljöstatus och miljökvalitetsnormer
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Havsmiljöförordningens övergripande mål är att upprätthålla eller uppnå en god miljöstatus i de svenska förvaltningsområdena Nordsjön och Östersjön till år 2020. En av uppgifterna i den första förvaltningsperioden är att bestämma vad som kännetecknar god miljöstatus i respektive förvaltningsområde samt att ta fram miljökvalitetsnormer. God miljöstatus baseras på ett ramverk av så kallade deskriptorer som anges i havsmiljödirektivet, det vill säga det EU-direktiv som i Sverige genomförs genom havsmiljöförordningen. Deskriptorerna beskriver god miljöstatus på en övergripande nivå för 11 temaområden. Till varje deskriptor hör en rad kriterier som anger vad som ska ingå i en bedömning av miljöstatus. I Sverige har god miljöstatus formulerats för samtliga 29 kriterier som ska beaktas enligt direktivet. Dessa kvalitativa beskrivningar anger vad som kännetecknar god miljöstatus i Nordsjön och Östersjön. För att praktiskt bedöma om god miljöstatus har uppnåtts föreslås 37 nationella indikatorer. En uppsättning av indikatorer omfattar miljöns tillstånd och avspeglar ekosystemets komponenter i form av nyckelarter, samhällen, och livsmiljöer. En utgångspunkt vid val av indikatorer för miljöns tillstånd har varit koppling till de belastningar som i den inledande bedömningen av miljötillståndet i Nordsjön och Östersjön bedömts ha stor negativ påverkan på ekosystemet. En annan uppsättning indikatorer berör påverkan och belastning på miljön i form av tillförsel av näringsämnen och farliga ämnen, samt biologisk och fysisk störning av miljön. Tillsammans utgör indikatorerna ett verktyg för att följa utvecklingen av miljötillståndet och effekter av åtgärder i havsmiljön. Vid val av indikatorer har arbetet delvis utgått från existerande miljöövervakning och redan utvecklade indikatorer. Med denna utgångspunkt uppfylls en rad av havsmiljödirektivets krav, bland annat en god uppföljning av effekter av tillförsel av näringsämnen. Funktionella indikatorer, det vill säga indikatorer som utvärderats och för vilka god miljöstatus har definierats, saknas dock för tio av havsmiljödirektivets 29 kriterier. För uppföljning av biologisk mångfald saknas bland annat miljöövervakning och metoder för att bedöma livsmiljöers tillstånd. För att kunna bedöma fysiska skador på havsbotten saknas en övergripande sammanställning av information om aktiviteter som påverkar havsbottnar samt metodik för att bedöma effekterna. Det saknas också utvecklade indikatorer för det kriterium som berör uppföljning av storleks- och åldersstruktur hos fiskar. Brist på kunskap gör också att inga förslag på svenska indikatorer kan ges för effekter på levande organismer från marint avfall, undervattensbuller, och främmande arter samt att endast ett begränsat antal indikatorer tagits fram som speglar effekter av farliga ämnen. De indikatorer som fastställs i juli 2012 utgör således inte en slutlig lista för att följa upp havsmiljödirektivet. Bristerna kommer att beaktas i det fortsatta genomförandet av havsmiljöförordningen där nästa steg är att anpassa miljöövervakningsprogrammen till uppföljning av miljötillståndet med valda indikatorer senast år 2014 samt att ta fram åtgärdsprogram till år 2015. God miljöstatus ska uppnås genom tillämpning av miljökvalitetsnormer det vill säga rättsligt bindande regler som avspeglar den lägsta godtagbara miljökvaliteten i Nordsjön och Östersjön. För att nå god miljöstatus har elva svenska miljökvalitetsnormer formulerats. Dessa miljökvalitetsnormer omfattar belastning i form av näringsämnen, farliga ämnen, främmande arter, uttag av arter, fysisk påverkan på havsbottnar och avfall i havsmiljön. Målsättningen har varit att utforma miljökvalitetsnormer som motsvarar alla de belastningar som i den inledande bedömningen har identifierats ha en stor påverkan på miljön.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Lindquist, Kajsa Ericson, et al.
(författare)
-
Clinical framework for next generation sequencing based analysis of treatment predictive mutations and multiplexed gene fusion detection in non-small cell lung cancer
- 2017
-
Ingår i: Oncotarget. - : Impact Journals, LLC. - 1949-2553. ; 8:21, s. 34796-34810
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Precision medicine requires accurate multi-gene clinical diagnostics. We describe the implementation of an Illumina TruSight Tumor (TST) clinical NGS diagnostic framework and parallel validation of a NanoString RNA-based ALK, RET, and ROS1 gene fusion assay for combined analysis of treatment predictive alterations in non-small cell lung cancer (NSCLC) in a regional healthcare region of Sweden (Scandinavia). The TST panel was clinically validated in 81 tumors (99% hotspot mutation concordance), after which 533 consecutive NSCLCs were collected during one-year of routine clinical analysis in the healthcare region (~90% advanced stage patients). The NanoString assay was evaluated in 169 of 533 cases. In the 533-sample cohort 79% had 1-2 variants, 12% >2 variants and 9% no detected variants. Ten gene fusions (five ALK, three RET, two ROS1) were detected in 135 successfully analyzed cases (80% analysis success rate). No ALK or ROS1 FISH fusion positive case was missed by the NanoString assay. Stratification of the 533-sample cohort based on actionable alterations in 11 oncogenes revealed that 66% of adenocarcinomas, 13% of squamous carcinoma (SqCC) and 56% of NSCLC not otherwise specified harbored ≥1 alteration. In adenocarcinoma, 10.6% of patients (50.3% if including KRAS) could potentially be eligible for emerging therapeutics, in addition to the 15.3% of patients eligible for standard EGFR or ALK inhibitors. For squamous carcinoma corresponding proportions were 4.4% (11.1% with KRAS) vs 2.2%. In conclusion, multiplexed NGS and gene fusion analyses are feasible in NSCLC for clinical diagnostics, identifying notable proportions of patients potentially eligible for emerging molecular therapeutics.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Burrows, Jeremy, et al.
(författare)
-
Preparation of imidazolyl-pyrimidine derivatives as GSK3 inhibitors.
- 2008
-
Patent (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Title compds. I [R1 = sulfamoyl, carbamoyl or -R5-R6 and N linked (un)substituted 4- to 7-membered satd. ring which optionally contains an addnl. N, O or S; R5 = O, C(O), C(O)O, C(O)NH, etc., R6 = (un)substituted alkyl, carbocyclyl or heterocyclyl; at least one of X1, X2, X3 and X4 = N, the other three independently = N or C(R9), wherein R9 = H, halo, CN, OH, NH2, alkyl or alkoxy; provided that not more than two of X1, X2, X3 or X4 = N; R2 = halo or CN; R3 = Me, (un)substituted 3-tetrahydropyranyl or 4-tetrahydropyranyl; R4 = H, halo, CN or (un)substituted alkyl], and their pharmaceutically acceptable salts, are prepd. and disclosed as glycogen synthase kinase 3 (GSK3) inhibitors. Thus, e.g., II was prepd. by amidation of 3,5-dichloro-2-pyridinecarboxylic acid with piperidine followed by coupling reaction with 5-fluoro-4-[2-methyl-1-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-amine, which was prepd. starting from 5-methyl-4-aminoisoxazole and tetrahydro-2H-pyran-4-one in 5 steps. All the exemplar compds. were evaluated for their GSK3 inhibitory activity in GSK3 inhibition assays with typical Ki values ranging from 0.001 to 10,000 nM. For instance, II exhibited a Ki value of 7 nM. As inhibitors of GSK3, I should prove useful in treatment and prevention of GSK3 assocd. diseases including Alzheimer's disease. [on SciFinder(R)]
|
|
| 6. |
- Ciesla, Maciej, et al.
(författare)
-
Oncogenic translation directs spliceosome dynamics revealing an integral role for SF3A3 in breast cancer
- 2021
-
Ingår i: Molecular Cell. - : Elsevier BV. - 1097-2765. ; 81:7
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Splicing is a central RNA-based process commonly altered in human cancers; however, how spliceosomal components are co-opted during tumorigenesis remains poorly defined. Here we unravel the core splice factor SF3A3 at the nexus of a translation-based program that rewires splicing during malignant transformation. Upon MYC hyperactivation, SF3A3 levels are modulated translationally through an RNA stem-loop in an eIF3D-dependent manner. This ensures accurate splicing of mRNAs enriched for mitochondrial regulators. Altered SF3A3 translation leads to metabolic reprogramming and stem-like properties that fuel MYC tumorigenic potential in vivo. Our analysis reveals that SF3A3 protein levels predict molecular and phenotypic features of aggressive human breast cancers. These findings unveil a post-transcriptional interplay between splicing and translation that governs critical facets of MYC-driven oncogenesis.
|
|
| 7. |
- Cirenajwis, Helena, et al.
(författare)
-
Molecular stratification of metastatic melanoma using gene expression profiling: prediction of survival outcome and benefit from molecular targeted therapy.
- 2015
-
Ingår i: Oncotarget. - : Impact Journals, LLC. - 1949-2553. ; 6:14, s. 12297-12309
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Melanoma is currently divided on a genetic level according to mutational status. However, this classification does not optimally predict prognosis. In prior studies, we have defined gene expression phenotypes (high-immune, pigmentation, proliferative and normal-like), which are predictive of survival outcome as well as informative of biology. Herein, we employed a population-based metastatic melanoma cohort and external cohorts to determine the prognostic and predictive significance of the gene expression phenotypes. We performed expression profiling on 214 cutaneous melanoma tumors and found an increased risk of developing distant metastases in the pigmentation (HR, 1.9; 95% CI, 1.05-3.28; P=0.03) and proliferative (HR, 2.8; 95% CI, 1.43-5.57; P=0.003) groups as compared to the high-immune response group. Further genetic characterization of melanomas using targeted deep-sequencing revealed similar mutational patterns across these phenotypes. We also used publicly available expression profiling data from melanoma patients treated with targeted or vaccine therapy in order to determine if our signatures predicted therapeutic response. In patients receiving targeted therapy, melanomas resistant to targeted therapy were enriched in the MITF-low proliferative subtype as compared to pre-treatment biopsies (P=0.02). In summary, the melanoma gene expression phenotypes are highly predictive of survival outcome and can further help to discriminate patients responding to targeted therapy.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Gunnarsson, Rebeqa, et al.
(författare)
-
Screening for copy-number alterations and loss of heterozygosity in chronic lymphocytic leukemia-A comparative study of four differently designed, high resolution microarray platforms
- 2008
-
Ingår i: Genes, Chromosomes and Cancer. - : Wiley. - 1045-2257 .- 1098-2264. ; 93, s. 0536-0536
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Screening for gene copy-number alterations (CNAs) has improved by applying genome-wide microarrays, where SNP arrays also allow analysis of loss of heterozygozity (LOH). We here analyzed 10 chronic lymphocytic leukemia (CLL) samples using four different high-resolution platforms: BAC arrays (32K), oligonucleotide arrays (185K, Agilent), and two SNP arrays (250K, Affymetrix and 317K, Illumina). Cross-platform comparison revealed 29 concordantly detected CNAs, including known recurrent alterations, which confirmed that all platforms are powerful tools when screening for large aberrations. However, detection of 32 additional regions present in 2-3 platforms illustrated a discrepancy in detection of small CNAs, which often involved reported copy-number variations. LOH analysis using dChip revealed concordance of mainly large regions, but showed numerous, small nonoverlapping regions and LOH escaping detection. Evaluation of baseline variation and copy-number ratio response showed the best performance for the Agilent platform and confirmed the robustness of BAC arrays. Accordingly, these platforms demonstrated a higher degree of platform-specific CNAs. The SNP arrays displayed higher technical variation, although this was compensated by high density of elements. Affymetrix detected a higher degree of CNAs compared to Illumina, while the latter showed a lower noise level and higher detection rate in the LOH analysis. Large-scale studies of genomic aberrations are now feasible, but new tools for LOH analysis are requested.
|
|
| 10. |
- Harbst, Katja, et al.
(författare)
-
Molecular and genetic diversity in the metastatic process of melanoma.
- 2014
-
Ingår i: Journal of Pathology. - : Wiley. - 0022-3417 .- 1096-9896. ; 233:1, s. 39-50
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Diversity between metastatic melanoma tumours in individual patients is known; however, the molecular and genetic differences remain unclear. To examine the molecular and genetic differences between metastatic tumours, we performed gene-expression profiling of 63 melanoma tumours obtained from 28 patients (two or three tumours/patient), followed by analysis of their mutational landscape, using targeted deep sequencing of 1697 cancer genes and DNA copy number analysis. Gene-expression signatures revealed discordant phenotypes between tumour lesions within a patient in 50% of the cases. In 18 of 22 patients (where matched normal tissue was available), we found that the multiple lesions within a patient were genetically divergent, with one or more melanoma tumours harbouring 'private' somatic mutations. In one case, the distant subcutaneous metastasis of one patient occurring 3 months after an earlier regional lymph node metastasis had acquired 37 new coding sequence mutations, including mutations in PTEN and CDH1. However, BRAF and NRAS mutations, when present in the first metastasis, were always preserved in subsequent metastases. The patterns of nucleotide substitutions found in this study indicate an influence of UV radiation but possibly also DNA alkylating agents. Our results clearly demonstrate that metastatic melanoma is a molecularly highly heterogeneous disease that continues to progress throughout its clinical course. The private aberrations observed on a background of shared aberrations within a patient provide evidence of continued evolution of individual tumours following divergence from a common parental clone, and might have implications for personalized medicine strategies in melanoma treatment. Published by John Wiley & Sons, Ltd. www.pathsoc.org.uk.
|
|
