| 1. |
- Adrian-Kalchhauser, Irene, et al.
(författare)
-
The mitochondrial genome sequences of the round goby and the sand goby reveal patterns of recent evolution in gobiid fish
- 2017
-
Ingår i: BMC Genomics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2164. ; 18:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background Vertebrate mitochondrial genomes are optimized for fast replication and low cost of RNA expression. Accordingly, they are devoid of introns, are transcribed as polycistrons and contain very little intergenic sequences. Usually, vertebrate mitochondrial genomes measure between 16.5 and 17 kilobases (kb). Results During genome sequencing projects for two novel vertebrate models, the invasive round goby and the sand goby, we found that the sand goby genome is exceptionally small (16.4 kb), while the mitochondrial genome of the round goby is much larger than expected for a vertebrate. It is 19 kb in size and is thus one of the largest fish and even vertebrate mitochondrial genomes known to date. The expansion is attributable to a sequence insertion downstream of the putative transcriptional start site. This insertion carries traces of repeats from the control region, but is mostly novel. To get more information about this phenomenon, we gathered all available mitochondrial genomes of Gobiidae and of nine gobioid species, performed phylogenetic analyses, analysed gene arrangements, and compared gobiid mitochondrial genome sizes, ecological information and other species characteristics with respect to the mitochondrial phylogeny. This allowed us amongst others to identify a unique arrangement of tRNAs among Ponto-Caspian gobies. Conclusions Our results indicate that the round goby mitochondrial genome may contain novel features. Since mitochondrial genome organisation is tightly linked to energy metabolism, these features may be linked to its invasion success. Also, the unique tRNA arrangement among Ponto-Caspian gobies may be helpful in studying the evolution of this highly adaptive and invasive species group. Finally, we find that the phylogeny of gobiids can be further refined by the use of longer stretches of linked DNA sequence.
|
|
| 2. |
- Andersson, Irene, 1978, et al.
(författare)
-
Increased atherosclerotic lesion area in apoE deficient mice overexpressing bovine growth hormone
- 2006
-
Ingår i: Atherosclerosis. - : Elsevier BV. - 0021-9150. ; 188:2, s. 331-40
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Human growth hormone (GH) excess is linked to increased cardiovascular morbidity and mortality. However, little is known about the effect of GH excess on atherosclerosis. We developed a new mouse model to assess the hypothesis that GH overexpression accelerates atherosclerotic lesion formation. apoE(-/-) mice were crossed with bovine GH (bGH) transgenic mice to yield apoE(-/-) mice overexpressing bGH (apoE(-/-)/bGH). The mice were fed either standard or Western diet. At 22 weeks, atherosclerotic lesion area of thoracic aorta was larger in apoE(-/-)/bGH mice compared with littermate apoE(-/-) mice fed either diet (standard: +161+/-50%, Western: +430+/-134%). Aortic sinus lesions were more severe in apoE(-/-)/bGH mice fed standard diet compared with littermate apoE(-/-) mice. apoE(-/-)/bGH mice had lower (VLDL+LDL)/HDL ratios compared with littermate apoE(-/-) mice, while systolic blood pressure was higher in apoE(-/-)/bGH mice, irrespective of diet. The levels of serum amyloid A and hepatic CRP mRNA were higher in apoE(-/-)/bGH mice than in littermate apoE(-/-) mice. In conclusion, this study shows that excess GH augments the development of atherosclerosis in apoE(-/-) mice. The mechanisms could be direct effects of GH on cellular processes in the vessel wall or the result of concomitant processes such as hypertension or a general inflammatory state.
|
|
| 3. |
- Bagheri, Azam, 1982, et al.
(författare)
-
Estimation of frequency-dependent impedances in power grids by deep lstm autoencoder and random forest
- 2021
-
Ingår i: Energies. - : MDPI AG. - 1996-1073 .- 1996-1073. ; 14:13
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- This paper proposes a deep-learning-based method for frequency-dependent grid impedance estimation. Through measurement of voltages and currents at a specific system bus, the estimate of the grid impedance was obtained by first extracting the sequences of the time-dependent features for the measured data using a long short-term memory autoencoder (LSTM-AE) followed by a random forest (RF) regression method to find the nonlinear map function between extracted features and the corresponding grid impedance for a wide range of frequencies. The method was trained via simulation by using time-series measurements (i.e., voltage and current) for different system parameters and verified through several case studies. The obtained results show that: (1) extracting the time-dependent features of the voltage/current data improves the performance of the RF regression method; (2) the RF regression method is robust and allows grid impedance estimation within 1.5 grid cycles; (3) the proposed method can effectively estimate the grid impedance both in steady state and in case of large transients like electrical faults.
|
|
| 4. |
- Bergström, Sara, et al.
(författare)
-
Miljöbedömning och miljöbeskrivning i väg- och järnvägsprojekt : Vägledning
- 2022
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Denna vägledning förmedlar Trafikverkets syn på hur de båda processerna miljöbedömning och miljöbeskrivning bör tillämpas i planläggning och projektering av väg- och järnvägsprojekt, med utgångspunkt från lagkrav, praxis och Trafikverkets erfarenheter. Den tar även upp innehållet i de båda dokumenten miljökonsekvensbeskrivning och miljöbeskrivning som kommer ut av de båda processerna. Vägledningen syftar till att bidra till integrering av miljöaspekter i planläggning och projektering av vägar och järnvägar samt till en god kvalitet på genomförande och redovisning. Den syftar även till att miljöbedömningar och miljöbeskrivningar ska genomföras på ett likartat sätt i hela Trafikverket och få en jämn kvalitet. Vägledningen riktar sig främst till Trafikverkets konsulter och egna miljöspecialister som gör miljöbedömningar och miljöbeskrivningar i Trafikverkets väg- och järnvägsprojekt. Vägledningen ersätter Trafikverkets Handbok om metodik för miljökonsekvensbeskrivning för vägar och järnvägar (Trafikverket 2011:090). Den ersätter också texter om MKB och miljöbeskrivning i Trafikverkets Rapport planläggning av vägar och järnvägar. Vägledningen innehåller bland annat:relevant lagstiftning och målbeskrivning om hur miljö integreras samt miljöbedömningens roll och moment i planläggningens olika skedensamråd, samrådsunderlag, utredning om betydande miljöpåverkan och miljökonsekvensbeskrivningens (MKB) innehåll Trafikverkets syn på hantering av miljöaspekter, behov av att koppla dessa till miljöintressen för vilka konsekvenser beskrivs
|
|
| 5. |
- Bernhard, Iréne, 1953-, et al.
(författare)
-
Collaboration Model for Work-Integrated Learning in Higher Education 3rd Cycle
- 2018
-
Ingår i: INTED 2018. - : INTED. - 9788469794807 ; , s. 5509-5515
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Universities need to constantly accommodate new forms of collaboration with society. Interaction with and impacts on society and practice are of crucial importance. University West (UW) in Sweden has a profile area in work-integrated learning (WIL), which generally aims to address issues on integrating theory and practice in a coherent and sustainable way. In this paper we base our arguments on a research education (3rd cycle) in informatics with specialization in work-integrated learning. The aim with the paper is to evaluate UW’s research education and research environment from a WIL perspective. We will adopt an informing science model in order to conduct a current state analysis, in which we identify and visualize collaboration activities within and between the research education/environment and the UWs key stakeholders; society/practices, research community and PhD students. Concrete implications show how collaboration and informing flows are connected and how they can be improved. General reflections are given on the model as a useful means for quality development and assurance beyond learning outcomes, including aspects of collaboration and interaction that can be regarded as paths of societal and practical impacts.
|
|
| 6. |
- Bernhard, Iréne, 1953-, et al.
(författare)
-
Samverkansmodell för Arbetsintegrerat Lärande i Forskarutbildning : En ökad samhällsrelevans genom interaktiva flöden
- 2020
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Universiteten i Sverige och övriga världen måste ständigt se över former för förbättrat utbyte med det omgivande samhället. Strategier för samverkan behöver kunna följas upp, mätas och förbättras. På Högskolan Väst (HV) har vi vårt profilområde inom arbetsintegrerat lärande (AIL), som generellt syftar till att integrera såväl teori som praktik i både utbildning, forskning och samverkan - på ett systematiskt och hållbart sätt. I denna rapport kartläggs samverkanseffekter i forskarutbildningen i informatik med inriktning mot arbetsintegrerat lärande. Syftet med rapporten är att utvärdera forskarutbildningen och forskningsmiljön från ett AIL-perspektiv. Vi har utgått från en informativ vetenskapsmodell (Informing Flows Framework) för att genomföra en nulägesanalys där vi identifierar och visualiserar samarbetstyper inom och mellan forskar-utbildningen/forskningsmiljön och Högskolan Västs nyckelaktörer: praktiken, forskarsamhället och doktorander. Konkreta implikationer visar hur samverkan och informationsflöden är kopplade och hur de kan förbättras. Allmänna reflektioner ges på modellen som ett användbart sätt för kvalitetsutveckling som går bortom de traditionella lärandemålen. Vi ser klara utvecklingsvägar för att kunna inkludera fler och djupare aspekter av samarbete och interaktion, som kan ge förbättrat utbyte och tydligare mått och strategier för vad och hur vi ska betrakta ”societal impact” för forskarutbildningen.
|
|
| 7. |
- Bonagas, Nadilly, et al.
(författare)
-
Pharmacological targeting of MTHFD2 suppresses acute myeloid leukemia by inducing thymidine depletion and replication stress
- 2022
-
Ingår i: NATURE CANCER. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2662-1347. ; 3:2, s. 156-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The folate metabolism enzyme MTHFD2 (methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase) is consistently overexpressed in cancer but its roles are not fully characterized, and current candidate inhibitors have limited potency for clinical development. In the present study, we demonstrate a role for MTHFD2 in DNA replication and genomic stability in cancer cells, and perform a drug screen to identify potent and selective nanomolar MTHFD2 inhibitors; protein cocrystal structures demonstrated binding to the active site of MTHFD2 and target engagement. MTHFD2 inhibitors reduced replication fork speed and induced replication stress followed by S-phase arrest and apoptosis of acute myeloid leukemia cells in vitro and in vivo, with a therapeutic window spanning four orders of magnitude compared with nontumorigenic cells. Mechanistically, MTHFD2 inhibitors prevented thymidine production leading to misincorporation of uracil into DNA and replication stress. Overall, these results demonstrate a functional link between MTHFD2-dependent cancer metabolism and replication stress that can be exploited therapeutically with this new class of inhibitors. Helleday and colleagues describe a nanomolar MTHFD2 inhibitor that causes replication stress and DNA damage accumulation in cancer cells via thymidine depletion, demonstrating a potential therapeutic strategy in AML tumors in vivo.
|
|
| 8. |
- Brehmer, M, et al.
(författare)
-
Heat-induced apoptosis in human prostatic stromal cells
- 2000
-
Ingår i: BJU International. - 1464-4096 .- 1464-410X. ; 85:4, s. 535-541
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Objective. To determine whether heat, used in transurethral microwave thermotherapy (TUMT) for benign prostatic hyperplasia and which causes necrotic lesions within the adenoma, induces apoptosis in benign human prostatic stromal cells. Materials and methods. Prostatic stromal cells were cultured from benign human prostatic tissue. The origin of the cells was identified by immunohistochemical staining and transmission electron microscopy. Cell cultures were exposed to moderate hyperthermia (47░C) for 1 h and any apoptosis detected by light microscopy, transmission electron microscopy and the measurement of induced caspase-3-like activity. Results. The cultures contained a mixed population of smooth muscle cells and myofibroblasts. Twenty-four hours after heat exposure, 76% of the cells were apoptotic and the caspase activity had increased, whereas only 14% of the cells were necrotic. Conclusion. Moderate hyperthermia induces apoptosis in cultured human prostatic stromal cells.
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Gellerstedt, Martin, 1966-, et al.
(författare)
-
Work-integrated Learning : Increasing societal impact by decreasing the gap between research and practice
- 2018
-
Ingår i: ICERI2018 Proceedings. - : IATED Academy. - 9788409059485
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- In this paper we outline models for conducting work-integrated learning research. Our experiences from two decades of doing research in close collaboration with practitioners are presented and discussed. Our main message is that by engaging practitioners in all steps of the research project there is a potential for research outcomes to have high societal impact, and theoretical contribution
|
|
