| 1. |
- Glimskär, Anders, et al.
(författare)
-
Uppföljning av kvalitetsförändringar i ängs- och betesmark via NILS år 2008
- 2009
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Denna rapport presenterar resultat för ett antal indikatorer på kvalitet och skötsel i ett stickprov av ängs- och betesmarker i hela Sverige. Inventeringen och analyserna görs varje år från och med 2006 på uppdrag av Jordbruksverket, som underlag för bl.a. utvärderingen av miljökvalitetsmålet Ett rikt odlingslandskap. Som indikatorer har i första hand valts ett antal organismgrupper (fjärilar, humlor, kärlväxter, grova lövträd och epifytlavar), och dessutom beskrivs vegetationens struktur och sammansättning i provytor, som underlag för att ta fram strukturella indikatorer (t.ex. påverkan av gödsling och hävdintensitet/igenväxning). Urvalet bygger på förslag som tagits fram av Naturcentrum AB. De resultat som presenteras i denna rapport kommer från de första tre årens inventering, vilket innefattar tre femtedelar av det totala stickprovet. Efter fem år får man således de mest tillförlitliga mängdskattningarna. Därefter återkommer man till samma objekt med samma intervall, vilket gör att man på ett tillförlitligt sätt kan analysera förändringar baserat på jämförelser mellan femårsperioder. Uppdraget att inventera ängs- och betesmarker samordnas med fältarbetet i NILS (Nationell Inventering av Landskapet i Sverige), och metodiken är till stor del likartad, med en del tilläggsmoment. NILS är ett rikstäckande miljöövervakningsprogram som följer tillstånd och förändringar i det svenska landskapet och hur dessa påverkar förutsättningarna för den biologiska mångfalden. NILS finansieras av Naturvårdsverket och ingår i programområde Landskap. Ett viktigt syfte med NILS är att följa upp de nationella miljökvalitetsmålen för olika naturtyper och fungera som underlag för att till exempel visa om genomförda miljövårdsåtgärder leder till önskade förbättringar på nationell nivå eller landsdelsnivå. Arbetet har utförts vid institutionen för skoglig resurshushållning, Sveriges lantbruksuniversitet, Umeå, i samarbete med inst. för ekologi, SLU och avd. för biologi/IFM, Linköpings universitet. Erik Cronvall och Åsa Gallegos Torell (SLU, inst. för skoglig resurshushållning) har ansvarat för fältkurser och genomförandet av fältinventeringen tillsammans med säsongsanställd fältpersonal, med stöd av bl.a. Kjell Lagerqvist (SLU) och Karl-Olof Bergman (Linköpings universitet). Beräkningarna har utförts av Saskia Sandring och Åsa Eriksson, med stöd av Anna Ringvall (SLU). Sammanställandet av rapporten har utförts av Anders Glimskär och Jörgen Wissman (SLU). NILS programchef Johan Svensson (SLU) har det övergripande ansvaret för uppdraget
|
|
| 2. |
- Glimskär, Anders, et al.
(författare)
-
Uppföljning av kvalitetsändringar i ängs- och betesmark via NILS år 2008
- 2009
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Denna rapport presenterar resultat för ett antal indikatorer på kvalitet och skötsel i ett stickprov av ängs- och betesmarker i hela Sverige. Inventeringen och analyserna görs varje år från och med 2006 på uppdrag av Jordbruksverket, som underlag för bl.a. utvärderingen av miljökvalitetsmålet Ett rikt odlingslandskap. Som indikatorer har i första hand valts ett antal organismgrupper (fjärilar, humlor, kärlväxter, grova lövträd och epifytlavar), och dessutom beskrivs vegetationens struktur och sammansättning i provytor, som underlag för att ta fram strukturella indikatorer (t.ex. påverkan av gödsling och hävdintensitet/igenväxning). Urvalet bygger på förslag som tagits fram av Naturcentrum AB. De resultat som presenteras i denna rapport kommer från de första tre årens inventering, vilket innefattar tre femtedelar av det totala stickprovet. Efter fem år får man således de mest tillförlitliga mängdskattningarna. Därefter återkommer man till samma objekt med samma intervall, vilket gör att man på ett tillförlitligt sätt kan analysera förändringar baserat på jämförelser mellan femårsperioder. Uppdraget att inventera ängs- och betesmarker samordnas med fältarbetet i NILS (Nationell Inventering av Landskapet i Sverige), och metodiken är till stor del likartad, med en del tilläggsmoment. NILS är ett rikstäckande miljöövervakningsprogram som följer tillstånd och förändringar i det svenska landskapet och hur dessa påverkar förutsättningarna för den biologiska mångfalden. NILS finansieras av Naturvårdsverket och ingår i programområde Landskap. Ett viktigt syfte med NILS är att följa upp de nationella miljökvalitetsmålen för olika naturtyper och fungera som underlag för att till exempel visa om genomförda miljövårdsåtgärder leder till önskade förbättringar på nationell nivå eller landsdelsnivå.
|
|
| 3. |
- Gustafsson, Ingegerd, et al.
(författare)
-
Bacteria with increased mutation frequency and antibiotic resistance are enriched in the commensal flora of patients with high antibiotic usage
- 2003
-
Ingår i: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - : Oxford University Press (OUP). - 0305-7453 .- 1460-2091. ; 52:4, s. 645-650
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BACKGROUND: We examined how prolonged antibiotic treatment affected the resistance and mutation frequency of human microflora isolated from intestine (Escherichia coli, enterococci spp.), pharynx (alpha-streptococci) and nostril (coagulase-negative staphylococci, CoNS).METHODS: Samples were collected from patients at the Center of Cystic Fibrosis (n=18) and the haematology ward (n=18) of the University Hospital, Uppsala, Sweden. The individually used amount of antibiotics for 1 year was recorded as the defined daily dose (DDD). Primary health care patients (n=30), with no antibiotic treatment for 1 year before sampling, were used as controls. Three isolates of each bacterium from each patient were examined. Antibiotic susceptibilities were determined by disc diffusion. Mutation frequencies to rifampicin resistance were measured on 30 independent cultures of each bacterial species from each individual by plating on rifampicin agar plates. For alpha-streptococci the mutation frequency to streptomycin resistance was also determined.RESULTS: Isolates from patients with high antibiotic use showed a pronounced shift towards increased resistance and a small but significant increase in the mutation frequency compared with isolates from the controls. For E. coli, enterococci and CoNS the increase in geometric mean mutation frequency in the patient group was 3-, 1.8- and 1.5-fold, respectively (P values 0.0001, 0.016 and 0.012). For alpha-streptococci there was a significant difference in geometric mean mutation frequency between patient and control groups for streptomycin resistance (P=0.024) but not for rifampicin resistance (P=0.74).CONCLUSIONS: High antibiotic use selected for commensals with highly increased resistance and a slight increase in mutation frequency.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Iversen, Aina, et al.
(författare)
-
Evidence for transmission between humans and the environment of a nosocomial strain of Enterococcus faecium.
- 2004
-
Ingår i: Environ Microbiol. - : Wiley. - 1462-2912. ; 6:1, s. 55-9
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- An ampicillin- and ciprofloxacin-resistant Enterococcus faecium (ARE) strain, named FMSE1, with a characteristic biochemical phenotype, was in a recent study found to dominate among faecal ARE isolates from patients in several Swedish hospitals. In the present study, the prevalence of this strain among 9676 enterococcal isolates from healthy children, hospital sewage, urban sewage, surface water, slaughtered animals (broilers, pigs and cattle) and pig faeces and manure was investigated. Enterococcal isolates having the same biochemical phenotype as the FMSE1 were most common in samples of hospital sewage (50%), surface water (35%), treated sewage (28%) and untreated sewage (17%), but rare in samples from healthy children (0.8%) and animals (2%). PFGE typing of FMSE1-like isolates from hospital sewage indicated that they were closely related to the nosocomial FMSE1 strain. Thus, this study indicated a possible transmission route for nosocomial E. faecium from patients in hospitals to hospital sewage and urban sewage, and further via treatment plants to surface water and possibly back to humans. This proposed route of circulation of drug-resistant enterococci might be further amplified by antibiotic usage in human medicine. In contrast, such transmission from food animals seems to play a negligible role in Sweden.
|
|
| 6. |
- Lytsy, Birgitta, et al.
(författare)
-
A case-control study of risk factors for urinary acquisition of Klebsiella pneumoniae producing CTX-M-15 in an outbreak situation in Sweden
- 2010
-
Ingår i: Scandinavian Journal of Infectious Diseases. - : Informa UK Limited. - 0036-5548 .- 1651-1980. ; 42:6-7, s. 439-444
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A retrospective case-control study was initiated at Uppsala University Hospital in 2006 during a major outbreak caused by a Klebsiella pneumoniae strain producing CTX-M-15. To identify risk factors associated with acquisition of the outbreak strain in the urinary tract, 52 case patients with a urine culture positive for the outbreak strain between 1 May and 31 December 2005 were enrolled. Case patients were matched 1:2 with concurrently hospitalized control patients with significant growth of susceptible Escherichia coli in a urine sample. Conditional logistic regression analyses identified hospital stay >/=9 days (odds ratio (OR) 18.8, 95% confidence interval (CI) 5.74-61.2), nasogastric feeding tube (OR 18.0, 95% CI 2.28-142) and diarrhoea (OR 9.62, 95% CI 3.30-28.1) as risk factors with high ORs. The odds of previous use of cephalosporins were 7.58 (95% CI 3.13-18.4) times higher in case patients compared with the controls. Several multivariable models were evaluated to reduce bias from confounding. These models identified prolonged period of hospitalization, diarrhoea, malignancy and antibiotic use as the most important risk factors for acquisition of the outbreak strain, factors that are often found in elderly patients with a poor functional status.
|
|
| 7. |
- Lytsy, Birgitta, et al.
(författare)
-
Kinoloner - bot som blivit hot : Accelererande resistensutveckling kräver skärpta indikationer
- 2005
-
Ingår i: Läkartidningen. - 0023-7205 .- 1652-7518. ; 102:48, s. 3651-3659
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Fluoroquinolones are important antibiotics for treatment of serious infections. Increased usage has, in many countries, resulted in rapid development of resistance towards this class of antibiotics. Moreover, it has been shown that use of fluoroquinolones is associated with selection of multi-resistant bacteria, such as methicillin-resistant S. aureus and vancomycin-resistant enterococci. The risks related to overuse of fluoroquinolones among both humans and animals are reviewed and strict indications for use are suggested.
|
|
| 8. |
- Lytsy, Birgitta, et al.
(författare)
-
The first major extended-spectrum beta-lactamase outbreak in Scandinavia was caused by clonal spread of a multiresistant Klebsiella pneumoniae producing CTX-M-15
- 2008
-
Ingår i: Acta Pathologica, Microbiologica et Immunologica Scandinavica (APMIS). - : Wiley. - 0903-4641 .- 1600-0463. ; 116:4, s. 302-8
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Between May and December 2005, 64 multidrug-resistant isolates of Klebsiella pneumoniae were detected from patients admitted to Uppsala University Hospital. This represented a dramatic increase in ESBL-producing K. pneumoniae compared to previous years. To investigate the epidemiology and to characterize the resistance mechanisms of the isolates, a study was initiated. Antibiotic susceptibility was determined by means of the Etest and the disc diffusion method. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production was identified by clavulanic acid synergy test and confirmed with PCR amplification followed by DNA sequencing. DNA profiles of the isolates were examined with pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). All isolates were resistant or exhibited reduced susceptibility to cefadroxil, cefuroxime, cefotaxime, ceftazidime, aztreonam, piperacillin/tazobactam, ciprofloxacin, tobramycin, and trimethoprim-sulfamethoxazole. They produced ESBL of the CTX-M-15 type, and the involvement of a single K. pneumoniae clone was shown. This is the first major clonal outbreak of multiresistant ESBL-producing K. pneumoniae in Scandinavia. The outbreak demonstrates the epidemic potential of enterobacteria containing ESBLs of the CTX-M type, even in a country with a relatively low selective pressure and a low prevalence of multiresistant bacteria.
|
|
| 9. |
- Mölstad, Sigvard, et al.
(författare)
-
Sustained reduction of antibiotic use and low bacterial resistance : 10-year follow-up of the Swedish Strama programme
- 2008
-
Ingår i: The Lancet - Infectious diseases. - : Institutionen för klinisk och experimentell medicin. - 1473-3099 .- 1474-4457. ; 8:2, s. 125-132
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Increasing use of antibiotics and the spread of resistant pneumococcal clones in the early 1990s alarmed the medical profession and medical authorities in Sweden. Strama (Swedish Strategic Programme for the Rational Use of Antimicrobial Agents and Surveillance of Resistance) was therefore started in 1994 to provide surveillance of antibiotic use and resistance, and to implement the rational use of antibiotics and development of new knowledge. Between 1995 and 2004, antibiotic use for outpatients decreased from 15.7 to 12.6 defined daily doses per 1000 inhabitants per day and from 536 to 410 prescriptions per 1000 inhabitants per year. The reduction was most prominent in children aged 5-14 years (52%) and for macrolides (65%). During this period, the number of hospital admissions for acute mastoiditis, rhinosinusitis, and quinsy (peritonsillar abscess) was stable or declining. Although the epidemic spread in southern Sweden of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae was curbed, the national frequency increased from 4% to 6%. Resistance remained low in most other bacterial species during this period. This multidisciplinary, coordinated programme has contributed to the reduction of antibiotic use without measurable negative consequences. However, antibiotic resistance in several bacterial species is slowly increasing, which has led to calls for continued sustained efforts to preserve the effectiveness of available antibiotics.
|
|
| 10. |
- Surowiec, Izabella, et al.
(författare)
-
Multivariate strategy for the sample selection and integration of multi-batch data in metabolomics
- 2017
-
Ingår i: Metabolomics. - : SPRINGER. - 1573-3882 .- 1573-3890. ; 13:10
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Introduction Availability of large cohorts of samples with related metadata provides scientists with extensive material for studies. At the same time, recent development of modern high-throughput 'omics' technologies, including metabolomics, has resulted in the potential for analysis of large sample sizes. Representative subset selection becomes critical for selection of samples from bigger cohorts and their division into analytical batches. This especially holds true when relative quantification of compound levels is used.Objectives We present a multivariate strategy for representative sample selection and integration of results from multi-batch experiments in metabolomics.Methods Multivariate characterization was applied for design of experiment based sample selection and subsequent subdivision into four analytical batches which were analyzed on different days by metabolomics profiling using gas-chromatography time-of-flight mass spectrometry (GC-TOFMS). For each batch OPLS-DA (R) was used and its p(corr) vectors were averaged to obtain combined metabolic profile. Jackknifed standard errors were used to calculate confidence intervals for each metabolite in the average p(corr) profile.Results A combined, representative metabolic profile describing differences between systemic lupus erythematosus (SLE) patients and controls was obtained and used for elucidation of metabolic pathways that could be disturbed in SLE.Conclusion Design of experiment based representative sample selection ensured diversity and minimized bias that could be introduced at this step. Combined metabolic profile enabled unified analysis and interpretation.
|
|
