| 1. |
- Johnsson, Anna-Ida, et al.
(författare)
-
Specific SCAR markers and multiplex real-time PCR for quantification of two Trichoderma biocontrol strains in environmental samples
- 2011
-
Ingår i: BioControl. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1386-6141 .- 1573-8248. ; 56, s. 903-913
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Several strains from the genus Trichoderma (Ascomycetes, Hypocreales) are commercially used as biocontrol agents, e.g. in formulations containing the two Trichoderma strains IMI206039 (Hypocrea parapilulifera B.S. Lu, Druzhinina & Samuels) and IMI206040 (T. atroviride P. Karst). To quantify the presence of the two isolates after application, we developed primers for SCAR markers (Sequence-Characterised Amplified Region). In order to quantify both fungal strains simultaneously, we also designed fluorophore-labelled probes distinguishing the two strains, to be used in combination with the SCAR primers. In incubations of two different soils, artificially inoculated and maintained under controlled conditions, the quantification through amplification with the SCAR markers in qPCR and through colony-forming units from plate counting correlated well. Further tests of the markers on samples taken from a golf green treated with a product containing both strains indicated that the two biocontrol strains did not establish, either on the golf green or in the surrounding area.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Von Rosen, Dietrich
(författare)
-
Non-negative estimation of variance components in heteroscedastic one-way random-effects ANOVA models
- 2010
-
Ingår i: Statistics. - : Informa UK Limited. - 0233-1888 .- 1029-4910. ; 44, s. 557-569
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- There is a considerable amount of literature dealing with inference about the parameters in a heteroscedastic one-way random-effects ANOVA model. In this paper, we primarily address the problem of improved quadratic estimation of the random-effect variance component. It turns out that such estimators with a smaller mean squared error compared with some standard unbiased quadratic estimators exist under quite general conditions. Improved estimators of the error variance components are also established.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Benavent-Celma, Clara, et al.
(författare)
-
Current practices and emerging possibilities for reducing the spread of oomycete pathogens in terrestrial and aquatic production systems in the European Union
- 2022
-
Ingår i: Fungal Biology Reviews. - : Elsevier. - 1749-4613 .- 1878-0253. ; 40, s. 19-36
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Diseases caused by oomycete pathogens are a global threat to forestry, agriculture and aquaculture. Because of their complex life cycles, characterised by dormant resting structures that enable their survival for years under hostile environmental conditions, reducing the spread of oomycetes is a challenging task. In this review, we present an overview of this challenge, starting from the need to understand the natural and anthropogenic dispersal pathways of these pathogens. Focusing on the European Union, we explore current legislation that forms a backbone for biosecurity protocols against the spread of oomycetes through trade and transport. We discuss the options for prevention, containment and long-term management of oomycetes in different production settings, emphasising the importance of prevention as the most cost-efficient strategy to reduce the spread of these pathogens. Finally, we highlight some of the new and emerging technologies and strategies as potential tools in the integrated pest management of animal and plant diseases caused by oomycetes. We emphasise the urgency of actions to halt the global spread of these pathogens.
|
|
| 9. |
- Ritter, Camila, et al.
(författare)
-
Biodiversity assessments in the 21st century: The potential of insect traps to complement environmental samples for estimating eukaryotic and prokaryotic diversity using high-throughput DNA metabarcoding.
- 2019
-
Ingår i: Genome. - : Canadian Science Publishing. - 1480-3321 .- 0831-2796. ; 62:3, s. 147-159
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The rapid loss of biodiversity, coupled with difficulties in species identification, call for innovative approaches to assess biodiversity. Insects make up a substantial proportion of extant diversity and play fundamental roles in any given ecosystem. To complement morphological species identification, new techniques such as metabarcoding make it possible to quantify insect diversity and insect-ecosystem interactions through DNA sequencing. Here we examine the potential of bulk insect samples (i.e., containing many non-sorted specimens) to assess prokaryote and eukaryote biodiversity and to complement the taxonomic coverage of soil samples. We sampled 25 sites on three continents and in various ecosystems, collecting insects with Slam-traps (Brazil) and Malaise-traps (South Africa and Sweden). We then compared our diversity estimates with the results obtained with biodiversity data from soil samples from the same localities. We found a largely different taxonomic composition between the soil and insect samples, testifying to the potential of bulk insect samples to complement soil samples. Finally, we found that non-destructive DNA extraction protocols, which preserve insect specimens for morphological studies, constitute a promising choice for cost-effective biodiversity assessments. We propose that the sampling and sequencing of insect samples should become a standard complement for biodiversity studies based on environmental DNA.
|
|
| 10. |
- Messing, Ingmar, et al.
(författare)
-
Methods to estimate lettuce evapotranspiration in greenhouse conditions in the central zone of Chile
- 2009
-
Ingår i: Chilean Journal of Agricultural Research. - 0718-5820. ; 69, s. 60-70
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- This study evaluates five methods to estimate crop evapotranspiration in greenhouse conditions. It compares their performance in relation to the evapotranspiration directly determined from water balance measurements (ET(lys)) in an irrigated lettuce (Lactuca sativa L.) crop during 9 weeks. Daily values of the reference evapotranspiration (ETo) from Class A pan (CAP), Piche atmometers (ATM), Andersson evaporimeters (ANE), FAO-Radiation (FRE) and FAO-Penman-Monteith (PME) equations were compared. The methods showed similar temporal variations but at different ranges as follows: ANE < CAP < FRE < PME < ATM. Furthemore, ETo had a clear correlation with solar radiation. Crop coefficients (Kc = ET(lys)/ETo) varied somewhat amongst the methods, but trends were identified for two periods: in the first week, the overall mean Kc was 0.3 (+/- 0.1) and in weeks 2 to 9 on average 0.6 (+/- 0.3). The greenhouse values of Kc were lower than those generally adopted for lettuce in field conditions. In terms of irrigation design, crop evapotranspiration can be estimated by the methods in this study, on the condition that the appropriate crop coefficients are applied. The fact that ANE showed values closest to those of ETlys, along with cost and management convenience, makes it an advantageous alternative as compared to the other methods.
|
|
| 11. |
- Granhall, Ulf, et al.
(författare)
-
Bacterial community diversity in paper mills processing recycled paper
- 2010
-
Ingår i: Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. - : Oxford University Press (OUP). - 1367-5435 .- 1476-5535. ; 37:10, s. 1061-1069
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Paper mills processing recycled paper suffer from biofouling causing roblems both in the mill and final product. The total bacterial ommunity composition and identification of specific taxa in the process ater and biofilms at the stock preparation and paper machine areas in a ill with recycled paper pulp was described by using a DNA-based pproach. Process water in a similar mill was also analyzed to nvestigate if general trends can be found between mills and over time. acterial community profiles, analyzed by terminal-restriction fragment ength polymorphism (T-RFLP), in process water showed that the dominant eaks in the profiles were similar between the two mills, although the verall composition was unique for each mill. When comparing process ater and biofilm at different locations within one of the mills, we bserved a separation according to location and sample type, with the iofilm from the paper machine being most different. 16S rRNA gene clone ibraries were generated and 404 clones were screened by RFLP analysis. rouping of RFLP patterns confirmed that the biofilm from the paper achine was most different. A total of 99 clones representing all RFLP atterns were analyzed, resulting in sequences recovered from nine acterial phyla, including two candidate phyla. Bacteroidetes epresented 45% and Actinobacteria 23% of all the clones. Sequences with imilarity to organisms implicated in biofouling, like Chryseobacterium pp. and Brevundimonas spp., were recovered from all samples even though he mill had no process problems during sampling, suggesting that they re part of the natural paper mill community. Moreover, many sequences howed little homology to as yet uncultivated bacteria implying that aper mills are interesting for isolation of new organisms, as well as or bioprospecting.
|
|
| 12. |
- Mulokozi, Deogratias Pius, et al.
(författare)
-
Rural aquaculture : Assessment of its contribution to household income and farmers' perception in selected districts, Tanzania
- 2020
-
Ingår i: Aquaculture Economics & Management. - : Informa UK Limited. - 1365-7305 .- 1551-8663 .- 1365-7313. ; 24:4, s. 387-405
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Rural fish farming is being promoted as a good source of protein and income diversification to fight poverty and inequality. However, its actual contribution to these rural households and local community at large is little known. Through interviews with 89 farmers' and 6 key informants, we examined the contribution of rural fish farming to local farmers' household income and investigate farmers' perceptions, opportunities, and constraints towards fish farming in six districts of Tanzania. Results indicated that fish farming contributed on average 13% to household incomes and that it explained 5% of the variation of the household income while 84% of the variation was due to non-fish sources. The majority (79%) of the farmers wanted to continue with fish farming, 9% planned to quit, and 12% had not decided whether to continue or not. Conclusively, much higher aquaculture contribution towards rural development could be obtained if appropriate measures are taken.
|
|
| 13. |
- Boman, Mattias, et al.
(författare)
-
Kitesurfing
- 2011
-
Ingår i: Friluftssport och Äventyrsidrott: Utmaningar för lärare, ledare och miljö i en föränderlig värld. - 9789144069135 ; , s. 194-199
-
Bokkapitel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)
|
|
| 14. |
|
|
| 15. |
- Ekelöf, Joakim, et al.
(författare)
-
Utvärdering av markfuktsensorer och prognosmodeller för styrning av bevattning i potatis
- 2010
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Irrigation is often necessary to obtain a good economy on the farm. It can be hard to optimize irrigation even when the farmer has sufficient knowledge about the irrigation need and has the capacity to meet the need, due to uncertainty in weather forecasts and variability in selling prices for the crop. There are several technical tools to facilitate the decision-making regarding irrigation, such as forecasting models and soil moisture sensors. The evaluation assessed seven different models and sensors. The Danish irrigation forecasting model and the Watermark sensor showed the best result and are recommended for decision making in irrigation of quality potato in order to increase profitability. It is not profitable to use the soil moisture sensors in starch potato for facilitating decision making in irrigation due to low price and low demands on quality of the tubers
|
|
| 16. |
|
|
| 17. |
|
|
| 18. |
|
|
| 19. |
- Kahlert, Maria
(författare)
-
Framtagande av gemensamt delprogram ”Kiselalger i vattendrag” : underlag för utformning av övervakningsprogram och verifiering av kiselalgsindex
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Även om det länge varit känt att kiselalger är användbara som indikatorer på miljöpåverkan är användandet av kiselalger i nationell och regional övervakning något av en ny företeelse. Att kiselalgerna är lätta och billiga att provta, att de kan provtas från fler olika typer av substrat/habitat än många andra biologiska indikatorer samt att de är mycket pålitliga indikatorer på vattenkemiska förhållanden har lett till att användandet av dem i miljöövervakningen nu ökar snabbt runt om i landet. En viktig första uppgift för utvecklingen av delprogrammet har därför varit att sammanställa information om metoder och tillförlitlighet och om vilken övervakning som sker för att skapa en bild av representativiteten hos de vattendrag som idag ingår i den nationella och regionala övervakningen av kiselalger. I samband med detta har vi även samlat in befintlig data, för att bygga upp det nationella datavärdskapet. Denna rapport sammanfattar dessa första steg i projektet och utgör ett viktigt underlag för delprogrammets slutliga utformning. Uppdraget har utförts med stöd av Naturvårdsverket från anslag 34:2 (Miljöövervakning m.m.), SLU:s råd för fortlöpande miljöanalys (FOMAR) ” Sveriges kiselalger” samt Institutionen för Vatten & Miljö, SLU
|
|
| 20. |
- Kahlert, Maria
(författare)
-
Jämförande test av kiselalgers och bottenfaunas lämplighet som indikatorer för närsaltshalt och surhet inom miljömålsuppföljningen
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Data från 321 enskilda vattendrag med information om vattenkemi, kiselalger och bottenfauna sammanställdes och analyserades för att jämföra kiselalgers och bottenfaunas lämplighet som indikatorer på närsaltshalt och surhet inom miljömålsuppföljningen. Vad gäller surhet gav kiselalgsindexet en mer precis och pålitlig överrensstämmelse med uppmätta pH-halter (både årsmedel och lägsta pH under året) än bottenfaunaindexen. Kiselalgsindexet hade även en lägre mellanårsvariation som var starkare kopplad till variationen i pH. Vi fann inga regionala skillnader i bedömningen av surhet med något av indexen. Vad gäller bedömningen av närsalter var skillnaderna mellan de jämförda indexen mindre men kiselalgerna svarade i allmänhet något bättre mot de uppmätta halterna av närsalter än bottenfaunaindexen. Vid en jämförelse av bedömning av ekologisk status för vattendrag som klassats med båda bedömningsgrunderna ger bottenfaunan i genomsnitt en högre status än kiselalgerna, särskilt i södra Sverige. Kiselalgernas bedömning av ekologisk status korrelerade bättre än bottenfaunan med statusklassning av näringsämnen (totalfosfor) i vattendrag . Vi konstaterar att skillnaderna i bedömning av ekologisk status med avseende på näring behöver undersökas vidare men att för miljömålsuppföljningens syfte att hitta en väl fungerande och kostnadseffektiv biologisk indikator på vattenkemiska variabler som surhet och närsaltshalt så verkar kiselalger bättre lämpade än bottenfauna.
|
|
| 21. |
- Kahlert, Maria
(författare)
-
Kiselalger i Västernorrland 2009/2010 : Undersökning av kiselalger inom den regionala miljöövervakningen
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Sammanfattningsvis så visar kiselalgsfloran i de undersökta vattendragen i Västernorrlands län att närsaltshalten i dessa vatten är lågt och den ekologiska statusklassen överlag är hög, inga förändringar i dessa avseenden fanns mellan 2009 och 2010. Angående surhet så visar kiselalgsmetoden att Viksbäcken har mycket surt vatten båda åren och är troligtvis antropogen försurat. Kiselalgsfloran i Kläppsjöbäcken och Kniptjärnsbäcken visar en tendens till surare vatten 2010 än 2009 vilket innebär att de under 2010 uppvisar en liten risk för försurning. Malmån uppvisar denna risk bara under 2009. Viksbäcken, som har undersökts tidigare, verkar ha blivit surare än 2006. De vanligaste kiselalgstaxa räknat till antal räknade skal var Achnanthidium minutissimum grupp II (medelbredd 2,2-2,8μm), Fragilaria gracilis Østrup och Eunotia exigua (Brebisson ex Kützing) Rabenhorst. F. gracilis hörde också, tillsammans med Tabellaria flocculosa (Roth) Kützing och Gomphonema exilissimum (Grun.) Lange-Bertalot & Reichardt, till de mest frekventa kiselalgstaxa som förekom i nästan alla prover förutom en. Alla dessa taxa indikerar närsaltsfattiga vatten, E. exigua och T. flocculosa även sura förhållanden. Alla tillhör också de vanliga taxa för hela Sverige
|
|
| 22. |
- Kahlert, Maria
(författare)
-
Kiselalgsundersökning i Blekinge län 2010
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Sammanfattningsvis så visar kiselalgsfloran i de undersökta vattendragen i Blekinge län att närsaltshalten i dessa vatten är något högre än i oligotrofa vattendrag, men den ekologiska statusklassen ligger fortfarande mellan hög och god status förutom i Mörrumsån Johannesfors, där den ligger mellan god och måttlig status. Angående surhet så visar kiselalgsmetoden att alla lokaler har nära neutrala eller alkaliska förhållanden förutom Lyckebyån Kättilsmåla nedströms Lillåns tillflöde och Ronnebyån nedströms Kallinge som har något surare förhållanden mellan måttligt surt och nära neutralt. De vanligaste kiselalgstaxa räknat till antal räknade skal var Achnanthidium minutissimum grupp II (medelbredd 2,2-2,8μm), Achnanthidium minutissimum grupp III (medelbredd > 2,8μm), Aulacoseira ambigua (Grunow) Simonsen och Karayevia oblongella M. Aboal. Om man istället definierar en vanlig kiselalgstaxon som en som förekommer i alla undersökta prover så var de tre andra taxa som kom först: Fragilaria gracilis Østrup, Psammothidium abundans Bukhtiyarova och Aulacoseira pseudodistans Lange-Bertalot 'manuskriptnamen', men de förkom inte med så hög dominans som de förut nämnda. Några av de vanliga taxa indikerar närsaltsfattiga vatten, andra något högre närsaltshalter. Några av de vanliga taxa föredrar neutrala förhållanden, andra mera sura. Alla tillhör också vanliga taxa för hela Sverige
|
|
| 23. |
|
|
| 24. |
|
|
| 25. |
- Lode, Elve
(författare)
-
Introduction
- 2011
-
Ingår i: Forest management and the Water Cycle. An Ecosystem-Based Approach. ; :212, s. 333-334
-
Bokkapitel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)
|
|
