| 1. |
- Knutsen, Helle Katrine, et al.
(author)
-
Risk for animal and human health related to the presence of dioxins and dioxin-like PCBs in feed and food.
- 2018
-
In: EFSA journal. European Food Safety Authority. - : Wiley. - 1831-4732. ; 16:11
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The European Commission asked EFSA for a scientific opinion on the risks for animal and human health related to the presence of dioxins (PCDD/Fs) and DL-PCBs in feed and food. The data from experimental animal and epidemiological studies were reviewed and it was decided to base the human risk assessment on effects observed in humans and to use animal data as supportive evidence. The critical effect was on semen quality, following pre- and postnatal exposure. The critical study showed a NOAEL of 7.0pg WHO2005-TEQ/g fat in blood sampled at age 9years based on PCDD/F-TEQs. No association was observed when including DL-PCB-TEQs. Using toxicokinetic modelling and taking into account the exposure from breastfeeding and a twofold higher intake during childhood, it was estimated that daily exposure in adolescents and adults should be below 0.25 pg TEQ/kg bw/day. The CONTAM Panelestablished a TWI of 2 pg TEQ/kg bw/week. With occurrence and consumption data from European countries, the mean and P95 intake of total TEQ by Adolescents, Adults, Elderly and Very Elderly varied between, respectively, 2.1 to 10.5, and 5.3 to 30.4pg TEQ/kg bw/week, implying a considerable exceedance of the TWI. Toddlers and Other Children showed a higher exposure than older age groups, but this was accounted for when deriving the TWI. Exposure to PCDD/F-TEQ only was on average 2.4- and 2.7-fold lower for mean and P95 exposure than for total TEQ. PCDD/Fs and DL-PCBs are transferred to milk and eggs, and accumulate in fatty tissues and liver. Transfer rates and bioconcentration factors were identified for various species. The CONTAM Panelwas not able to identify reference values in most farm and companion animals with the exception of NOAELs for mink, chicken and some fish species. The estimated exposure from feed for these species does not imply a risk.
|
|
| 2. |
- Olofsson, Malin, et al.
(author)
-
Nitrate and ammonium fluxes to diatoms and dinoflagellates at a single cell level in mixed field communities in the sea
- 2019
-
In: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 9:1
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Growth of large phytoplankton is considered to be diffusion limited at low nutrient concentrations, yet their constraints and contributions to carbon (C) and nitrogen fluxes in field plankton communities are poorly quantified under this condition. Using secondary ion mass spectrometry (SIMS), we quantified cell-specific assimilation rates of C, nitrate, and ammonium in summer communities of large phytoplankton when dissolved inorganic nitrogen concentrations are low in temperate coastal regions. Chain-forming diatoms composed 6% of total particulate organic carbon, but contributed 20% of C assimilation, 54% of nitrate assimilation and 32% of ammonium assimilation within the plankton community. In contrast, large dinoflagellates composed 11% of total POC, and contributed 14% of the C assimilation, 4% of ammonium and 9% of nitrate assimilation within the plankton community. Measured cell-specific C and nitrate assimilation rate match the Redfield ratio and the maximal nitrate assimilation in Chaetoceros spp. predicted by mass transfer theory. However, average ammonium assimilation rates were 30 and 340% higher than predicted by mass transfer theory in Tripos/Ceratium and Chaetoceros, respectively, suggesting that microbial interactions in the phycosphere may facilitate substantial luxury ammonium uptake by Chaetoceros in environments with fluctuating nitrate concentrations.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Skjevik, Ann-Turi, et al.
(author)
-
Utvärdering av växtplankton från Västerhavet
- 2011
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- SMHI har på uppdrag från Länsstyrelsen i Västra Götaland utvärderat all tillgängligväxtplanktondata från Västerhavet från perioden 1985-2010. Det utvärderade området sträcker sigfrån Riksgränsen (Figur 3) i norr vid norska gränsen till och med Öresund i söder och innefattar 4026 mättillfällen och 115 271 mätvärden.Syftet var att dels kvalitetssäkra och tillgängliggöra befintlig växtplanktondata och studera detomfattande datamaterial som finns från Västerhavet. Man ville undersöka om det finnsförändringar av växtplankton i tid och rum vad det gäller till exempel artsammansättning, giftigaarter, nytillkomna och försvunna arter och totala mängden växtplankton.Vad gäller säsongsvariation så visar sammanställningen av medelcelltätheten av alla data åren2005-2010 på en kort och intensiv vårblomning som domineras av kiselalger vid samtligastationer och typområden. De årliga vårblomningarna startar generellt tidigare i utsjöområdenaoch kommer igång senare närmre kusten och sist i Bohusläns fjordar. Förekomsten avväxtplanktonmaxima skiljer sig åt mellan stationer under resten av året men vanligt är en senvårellersommartopp och alltid en hösttopp i celltäthet av växtplankton.Figur 5 visar typområdena som är indelade enligt EU:s vattendirektiv. Generellt sett så ärartdiversiteten högre vid kusten än i utsjön. Antalet arter ökar i syd-nordlig riktning, med högstdiversitet i typområde 4 (N7 Nidingen) och 1s (Danafjord), båda i Kattegatt.Den stora variationen i storlek mellan växtplankton gör att biovolymsmaxima kan förekommautan motsvarande celltäthetsmaxima. Ett exempel på det är de höga totala cellbiovolymer undersommarmånaderna juni-juli som till stor del orsakas av stora kiselalger men inte finns ijämförelsevis lika höga cellantal.Tidsserier av all tillgänglig data per station av växtplankton testades statistiskt månadsvis ochstationsvis och resultaten visar på ett antal signifikanta trender. Både de totala cellantalen avväxtplankton och de totala antalen arter visar i många fall på en ökande trend.Djupintervallen 0-10 och 10-20 meter jämfördes och det visar sig att både artantal och cellantalhar liknande mönster säsongsmässigt och över tiden. Skillnaden är att celltätheter från 10-20meter ligger något lägre än de från 0-10 meter. Artsmässigt hittar man inte specifika arter unikt idjupprover, utan oftast hittas arterna också i ytprovet vid samma mättillfällen.Vårblomningsmaxima fångas sällan på grund av att det för lång tid mellan provtagningarna, mende upptäcks lika ofta i ytprover som i djupproverna.Antalet arter är generellt sett högre under hösten än under våren och säsongsvariationen är störst itypområde 3: Kosterfjorden, Stretudden och Åstol. Ur ett tidsperspektiv ökar antalet arter ochklasser vid samtliga stationer. En orsak kan vara förbättring av analysmetoder och utrustning, enannan att taxonomisk kunskap utvecklats med hjälp av interkalibreringar och expertgrupper. Ettantal arter har också tillkommit i floran, men de svarar inte för hela ökningen.Ett flertal nya arter, exempelvis kiselalgenCoscinodiscus wailesii och dinoflagellatenProrocentrum minimum, har spridits till Västerhavet på olika sätt. Kiselalgen Pseudosoleniacalcar-avis, som ansetts vara ny och höra hemma i varmare vatten än våra, visar sig finnas irapporter från 1800-talet. En annan ny alg som felaktigt identifierats tillChaetocerosconcavicornisoch sen lika felaktigt till C. convolutus är i själva verket en obeskriven art, härkalladChaetoceros sp.X. Gemensamt för de tre Chaetoceros-arterna är att de är skadliga för fiskpå grund av sina kraftiga spröt med hullingar som kan skada fiskens gälar.4Olika blomningar observeras årligen. Vissa är helt ofarliga som exempelvis vårblomningen avkiselalger och blomningar av kalkflagellatenEmiliania huxleyi. Andra är skadliga genom attorsaka syrebrist eller genom att den aktuella arten som uppträder i förhöjda cellantal är giftig förandra organismer i sin omgivning. Vissa arter är också skadliga i relativt låga cellantal på grundav förmågan att producera toxiner. Säsongsvariationen är artspecifik och en del giftiga arteråterkommer ofta över varningsgränsen under samma månad år efter år. Skadliga algblomningarförekommer relativt frekvent i Västerhavet. Stora blomningar förekommer inte varje år men oftamed något års mellanrum. Ett återkommande problem är dinoflagellater från släktetDinophysissom producerar diarrégifter vilka ansamlas i bl.a. musslor.I uppdraget ingick också att koppla växtplankton med fysikaliska och kemiskaomvärldsparametrar. Salthalt, syrehalt, temperatur och närsaltskoncentrationer togs med för att seom och hur någon eller några parametrar påverkar växtplanktonsamhället. AnalysverktygetPRIMER användes, och inga korrelationer mellan växtplankton och de fysikaliska och kemiskaparametrarna kunde påvisas.
|
|
| 5. |
- Andersson, Björn, 1985, et al.
(author)
-
Intraspecific variation in metal tolerance modulate competition between two marine diatoms
- 2022
-
In: ISME Journal. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1751-7362 .- 1751-7370. ; 16, s. 511-520
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Despite widespread metal pollution of coastal ecosystems, little is known of its effect on marine phytoplankton. We designed a co-cultivation experiment to test if toxic dose–response relationships can be used to predict the competitive outcome of two species under metal stress. Specifically, we took into account intraspecific strain variation and selection. We used 72 h dose–response relationships to model how silver (Ag), cadmium (Cd), and copper (Cu) affect both intraspecific strain selection and competition between taxa in two marine diatoms (Skeletonema marinoi and Thalassiosira baltica). The models were validated against 10-day co-culture experiments, using four strains per species. In the control treatment, we could predict the outcome using strain-specific growth rates, suggesting low levels of competitive interactions between the species. Our models correctly predicted which species would gain a competitive advantage under toxic stress. However, the absolute inhibition levels were confounded by the development of chronic toxic stress, resulting in a higher long-term inhibition by Cd and Cu. We failed to detect species differences in average Cu tolerance, but the model accounting for strain selection accurately predicted a competitive advantage for T. baltica. Our findings demonstrate the importance of incorporating multiple strains when determining traits and when performing microbial competition experiments.
|
|
| 6. |
- Arrhenius, Åsa, 1973, et al.
(author)
-
Effects of antimycotics and fungicides to limnic microbial biofilms – a case study of the run-off from a golf course
- 2016
-
In: 4th Biofilm Workshop - Basis and application of biofilms to assess the effects of environmental change in aquatic ecosystems - Girona, 7-8 April 2016.
-
Conference paper (other academic/artistic)abstract
- Antimycotic pharmaceuticals and fungicides are widely used for treating fungal infections in humans and animals and control pests in different areas and applications. They enter the aquatic environment either after passage through the body, or after being rinsed off from areas of application (skin, crops, farmland etc.). However, substantial knowledge gaps currently hamper a proper environmental risk assessment of the individual antimycotics and fungicides and their mixtures for marine and freshwater environments. Previously it has been shown that clotrimazole, a marine priority pollutant, affected sterol composition of marine microalgal communities already at 50 pmol/L which indicates effects at environmental concentrations. In this presentation we will discuss results from our work with limnic microbial biofilms and effects from antimycotics and fungicides individually and as mixtures. Endpoints include growth, pigment pattern, sterol composition, and species composition. Special focus will be on a case study from a Swedish golf course with a high usage of fungicides. Based on an analytical survey we prepared a worst-case-mixture study were we exposed biofilms in indoor microcosms for several days. Effects on growth and some shifts in microalgal species composition could be observed at concentrations relevant for the nearby golf area. Analysis of sterol composition and analytical confirmation of exposure concentrations are work in progress. The work is performed within the Swedish Formas-funded project “Aquatic Environmental Risk Assessment of Antimycotics”.
|
|
| 7. |
- Arrhenius, Åsa, 1973, et al.
(author)
-
Toxicity of the fungicide ketoconazole to freshwater microalgal communities
- 2015
-
In: SETAC Europe 25th Annual Meeting, Barcelona Spain.
-
Conference paper (other academic/artistic)abstract
- Antimycotic pharmaceuticals are widely used for treating fungal infections in humans and animals. They enter the aquatic environment either after passage through the body, or after being rinsed off if they are topically applied. However, substantial knowledge gaps currently hamper a proper environmental risk assessment of the individual antimycotics and their mixtures for marine and freshwater environments. Clotrimazole, a marine priority pollutant, affected sterol composition of marine microalgal communities already at 50 pmol/L which indicates effects already at environmental concentrations. In the present study we focus on ketoconazole (also an azole fungicide) and toxicity to freshwater microalgal communities. A concentration response curve was first established using pigment profiles (HPLC) as endpoint which resulted in an EC50 of around 1 micromol/L. During autumn 2014 we repeated the study but focused on the lower concentration range from 0.0001 to 1 micromol/L. Results on chlorophyll a show similar patterns as in the initial study. The experiments were finished during autumn 2014 and are currently under final evaluation and sterol analysis, species determinations and analytical confirmation of exposure concentrations are currently evaluated. The work is performed within the Swedish Formas-funded project “Aquatic Environmental Risk Assessment of Antimycotics”.
|
|
| 8. |
- Djureinovic, Tatjana, et al.
(author)
-
The CHEK2 1100delC variant in Swedish colorectal cancer
- 2006
-
In: Anticancer Research. - 0250-7005 .- 1791-7530. ; 26:6C, s. 4885-4888
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- BACKGROUND: The cell cycle checkpoint kinase 2 (CHEK2) 1100delC variant has recently been identified at high frequency in families with both breast and colorectal cancer, suggesting the possible role of this variant in colorectal cancer predisposition. PATIENTS AND METHODS: To evaluate the role of CHEK2 ll00delC among Swedish colorectal cancer patients, the variant frequency was determined in 174 selected familial cases, 644 unselected cases and 760 controls, as well as in l8 families used in the genome-wide linkage analysis, where weak linkage was seen for the region harboring the CHEK2 gene. RESULTS: CHEK2 l100delC was found in 1.15% of familial and in 0.93% of unselected cases, compared to 0.66% of controls, showing no significant difference between groups. One out of 45 familial cases with a family history of breast cancer was shown to be a carrier. The variant was not identified in the 18 families included in the linkage analysis. CONCLUSION: The CHEK2 1100delC was not significantly increased in Swedish colorectal cancer patients, however, in order to determine the role of the variant in colorectal cancer families with the history of breast cancer a larger sample size is needed.
|
|
| 9. |
- Edler, Lars, et al.
(author)
-
Kväve- och fosforutsläpp i Bottenviken och Bottenhavet. Den svenska industrins och fiskodlingens andelar i totalbelastningen.
- 1987
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- IVL har utfört en sammanfattning över utsläppen av kväve och fosfor till Bottenviken och Bottenhavet. Syftet har varit att uppskatta totalbelastningen samt beräkna den svenska kustbaserade industrins bidrag samt bidragen från fiskodlingsanläggningar. Norrlandskustens industri domineras helt av skogsindustrin. Utöver denna verksamhet framväxer i snabb takt odling av fisk i s k kassodlingar. Vid jämförelse mellan Sveriges och Finlands kväve- och fosforutsläpp framgår att i Bottenviken utgör det svenska tillskottet, av både kväve och fosfor, ungefär en tredjedel av totalbelastningen. I Bottenhavet råder däremot det motsata förhållandet, dvs det finska tillskottet utgör en tredjedel. De kustbaserade industriernas utsläpp av kväve och fosfor är ca 5% av den totala kvantiteterna. Diffusa utsläpp och utsläpp via vattendrag dominerar kraftigt i totalbelastningen. I rapporten finns en länsvis sammanställning av utsläppen från industrier med utsläpp i Bottenviken och Bottenhavet.
|
|
| 10. |
- Ingemansson, Anna, et al.
(author)
-
Årsrapport 2003 Hydrografi och växtplankton : Hallands kustvattenkontrollprogram
- 2004
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- HYDROGRAFIÅr 2003 blev ett varmt år med undantag av februari och oktober. Oktober blev hela 3,5 grader kallare än normalt och i genomsnitt kyligare än november vilket är ovanligt. Mycket stora nederbördsmängder kom i slutet av april och maj medan februari-mars och september var torra månader.Den kyliga inledningen av året medförde lägre ytvattentemperaturer än normalt under januari – mars. Ytsalthalten varierade stort under årets inledning, framförallt i mars-april. Under februari var utflödet genom Öresund stort med låga ytsalthalter som följd. En försvagning av Baltiska strömmen från mitten av mars tillsammans med ett kraftigt väderomslag runt den 30 mars resulterade i att ytsalthalter över det normala uppmättes 31 mars.Låga närsalthalter och höga klorofyll-a-halter uppmättes i början av mars eftersom vårblomningen av plankton kommit igång och förbrukat närsalterna i vattnet. I samband med högre ytsalthalter den 31 mars uppmättes också högre halter av oorganiskt fosfor och kväve eftersom vatten från större djup tillfälligt nådde närmare ytan. Även vid majmätningen var halterna kväve och kisel förhöjda, till följd av landavrinning efter kraftig nederbörd i slutet av april. Enligt Naturvårdsverkets bedömningsgrunder var närsaltsituationen bra och visade endast liten eller ingen avvikelse från jämförvärdena.Under 2003 var syreförhållandena i bottenvattnet vid flera tillfällen sämre än normalt. Under sensommaren och hösten uppvisade flertalet stationer syrgashalter under 4 ml/l. Årsminimum, 1.43 ml/l, detekterades i bottenvattnet vid Anholt i september. VÄXTPLANKTONI Laholmsbukten nådde vårblomningen sitt maximum mellan provtagningarna i mars och april, medan den var nära sitt maximum vid Nidingen vid marsprovtagningen. Vårblomningen dominerades av Skeletonema costatum, som nådde upp till cellkoncentrationer av 50 miljoner celler/L. Efter vårblomningen följde en period med flagellater av olika slag. I juni utvecklades mindre blomningar av ”sommardiatoméer”, samtidigt som potentiellt giftiga dinoflagellater av släktet Dinophysis uppträdde i Laholmsbukten. Under sommaren fanns också den potentiellt giftiga dinoflagellaten Prorocentrum minimum vid Nidingen. Sensommaren och början av hösten karaktäriserades av en fattig planktonflora, men i Laholmsbukten fanns det ändå relativt mycket av de stora dinoflagellaterna Ceratium. I oktober märktes höstblomningen av diatoméer med bland annat det potentiellt giftiga diatomésläktet Pseudonitzschia. Under november och december avtog växtplanktonkoncentrationerna vid båda provtagningsstationerna, även om artantalet var relativt stort. Antalet växtplanktonarter/identifieringsgrupper var ungefär detsamma 2003 som 2002 i Laholmsbukten. Vid Nidingen var antalet något lägre 2003. Under 2003 registrerades 132 arter/identifieringsgrupper i Laholmsbukten och 134 arter/identifieringsgrupper vid Nidingen.Tolv arter av potentiellt skadliga växtplankton förekom under året, men orsakade inte några kända störningar. Den största risken har utgjorts av dinoflagellatsläktena Alexandrium, Fragilidium och Dinophysis, som förekom i celltätheter över angivna gränsvärden i mars och juni-december.Klorofyllkoncentrationerna ökade under en kort period i samband med vårblomningen i marsoch det högsta uppmätta värdet låg strax under 12 mg/m3. Under sommaren låg halterna kring 2 mg/m3 eller under, för att under hösten öka till 3-7 mg/m3.
|
|
| 11. |
- Karlsson, Anna, et al.
(author)
-
Årsrapport 2002 Hydrografi och Växtplankton: Hallands kustkontrollprogram
- 2003
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- HYDROGRAFIÅr 2002 blev ett soligt och varmt år och ytvattentemperaturen i Hallands kustvatten låg något över det normala i februari och september. Salthalten varierade under året och var under sommaren lägre än normalt till följd av Östersjövatten och i september över det normala.Närsalterna var starkt kopplade till ytsalthalterna. Höga oorganiska kvävehalter och silikatkiselhalter uppmättes, främst vid de nordligaste stationerna i februari då sötvattenpåverkan var stor och under september då saltare vatten trängde undan ytvattnet vid kusten.Låga syrgashalter uppmättes i bottenvattnet vid alla stationer under sommaren - hösten.VÄXTPLANKTONVårblomning av växtplankton nådde sitt maximum under mars både i Laholmsbukten och i yttre Kungsbackafjorden. Den dominerades av diatoméer och följdes av en period med flagellater av olika slag. Under sommaren uppträdde tillfälliga blomningar av diatoméer samtidigt som dinoflagellater och andra flagellater, liksom små celler utan flageller utvecklades i pulser.Jämfört med 2001 var totalantalet växtplankton lägre 2002 vid båda stationerna. Ungefär 15 arter av potentiellt skadliga växtplankton förekom under året, men orsakade inte några kända störningar.Klorofyllkoncentrationen ökade under en kort period i samband med vårblomningen. Under sommaren var halterna i huvudsak låga, för att under hösten åter öka.
|
|
| 12. |
- Knutsen, Helle Katrine, et al.
(author)
-
Risk to human health related to the presence of perfluorooctane sulfonic acid and perfluorooctanoic acid in food.
- 2018
-
In: EFSA journal. European Food Safety Authority. - : Wiley. - 1831-4732. ; 16:12
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The European Commission asked EFSA for a scientific evaluation on the risks to human health related to the presence of perfluorooctane sulfonic acid (PFOS) and perfluorooctanoic acid (PFOA) in food. Regarding PFOS and PFOA occurrence, the final data set available for dietary exposure assessment contained a total of 20,019 analytical results (PFOS n = 10,191 and PFOA n = 9,828). There were large differences between upper and lower bound exposure due to analytical methods with insufficient sensitivity. The CONTAM Panel considered the lower bound estimates to be closer to true exposure levels. Important contributors to the lower bound mean chronic exposure were 'Fish and other seafood', 'Meat and meat products' and 'Eggs and egg products', for PFOS, and 'Milk and dairy products', 'Drinking water' and 'Fish and other seafood' for PFOA. PFOS and PFOA are readily absorbed in the gastrointestinal tract, excreted in urine and faeces, and do not undergo metabolism. Estimated human half-lives for PFOS and PFOA are about 5 years and 2-4 years, respectively. The derivation of a health-based guidance value was based on human epidemiological studies. For PFOS, the increase in serum total cholesterol in adults, and the decrease in antibody response at vaccination in children were identified as the critical effects. For PFOA, the increase in serum total cholesterol was the critical effect. Also reduced birth weight (for both compounds) and increased prevalence of high serum levels of the liver enzyme alanine aminotransferase (ALT) (for PFOA) were considered. After benchmark modelling of serum levels of PFOS and PFOA, and estimating the corresponding daily intakes, the CONTAM Panel established a tolerable weekly intake (TWI) of 13 ng/kg body weight (bw) per week for PFOS and 6 ng/kg bw per week for PFOA. For both compounds, exposure of a considerable proportion of the population exceeds the proposed TWIs.
|
|
| 13. |
|
|
| 14. |
- Picelli, Simone, et al.
(author)
-
Common variants in human CRC genes as low-risk alleles
- 2010
-
In: European Journal of Cancer. - : Elsevier BV. - 0959-8049 .- 1879-0852. ; 46:6, s. 1041-1048
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The genetic susceptibility to colorectal cancer (CRC) has been estimated to be around 35% and yet high-penetrance germline mutations found so far explain less than 5% of all cases. Much of the remaining variations could be due to the co-inheritance of multiple low penetrant variants. The identification of all the susceptibility alleles could have public health relevance in the near future. To test the hypothesis that what are considered polymorphisms in human CRC genes could constitute low-risk alleles, we selected eight common SNPs for a pilot association study in 1785 cases and 1722 controls. One SNP, rs3219489:G>C (MUTYH Q324H) seemed to confer an increased risk of rectal cancer in homozygous status (OR = 1.52; CI = 1.06-2.17). When the analysis was restricted to our 'super-controls', healthy individuals with no family history for cancer, also rs1799977:A>G (MLH1 I219V) was associated with an increased risk in both colon and rectum patients with an odds ratio of 1.28 (CI = 1.02-1.60) and 1.34 (CI = 1.05-1.72), respectively (under the dominant model); while 2 SNPs, rs1800932:A>G (MSH6 P92P) and rs459552:T>A (APC D1822V) seemed to confer a protective effect. The latter, in particular showed an odds ratio of 0.76 (CI = 0.60-0.97) among colon patients and 0.73 (CI = 0.56-0.95) among rectal patients. In conclusion, our study suggests that common variants in human CRC genes could constitute low-risk alleles. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.
|
|
| 15. |
|
|
| 16. |
- von Holst, S, et al.
(author)
-
Association studies on 11 published colorectal cancer risk loci
- 2010
-
In: British Journal of Cancer. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0007-0920 .- 1532-1827. ; 103:4, s. 575-580
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- BACKGROUND: Recently, several genome-wide association studies (GWAS) have independently found numerous loci at which common single-nucleotide polymorphisms (SNPs) modestly influence the risk of developing colorectal cancer. The aim of this study was to test 11 loci, reported to be associated with an increased or decreased risk of colorectal cancer: 8q23.3 (rs16892766), 8q24.21 (rs6983267), 9p24 (rs719725), 10p14 (rs10795668), 11q23.1 (rs3802842), 14q22.2 (rs4444235), 15q13.3 (rs4779584), 16q22.1 (rs9929218), 18q21.1 (rs4939827), 19q13.1 (rs10411210) and 20p12.3 (rs961253), in a Swedish-based cohort. METHODS: The cohort was composed of 1786 cases and 1749 controls that were genotyped and analysed statistically. Genotype-phenotype analysis, for all 11 SNPs and sex, age of onset, family history of CRC and tumour location, was performed. RESULTS: Of eleven loci, 5 showed statistically significant odds ratios similar to previously published findings: 8q23.3, 8q24.21, 10p14, 15q13.3 and 18q21.1. The remaining loci 11q23.1, 16q22.1, 19q13.1 and 20p12.3 showed weak trends but somehow similar to what was previously published. The loci 9p24 and 14q22.2 could not be confirmed. We show a higher number of risk alleles in affected individuals compared to controls. Four statistically significant genotype-phenotype associations were found; the G allele of rs6983267 was associated to older age, the G allele of rs1075668 was associated with a younger age and sporadic cases, and the T allele of rs10411210 was associated with younger age. CONCLUSIONS: Our study, using a Swedish population, supports most genetic variants published in GWAS. More studies are needed to validate the genotype-phenotype correlations.
|
|
