| 11. |
- Höglund, Andrey, 1985-, et al.
(författare)
-
The methylation landscape and its role in domestication and gene regulation in the chicken
- 2020
-
Ingår i: Nature Ecology & Evolution. - : Springer Nature. - 2397-334X. ; 4, s. 1713-1724
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Domestication is one of the strongest examples of artificial selection and has produced some of the most extreme within-species phenotypic variation known. In the case of the chicken, it has been hypothesized that DNA methylation may play a mechanistic role in the domestication response. By inter-crossing wild-derived red junglefowl with domestic chickens, we mapped quantitative trait loci for hypothalamic methylation (methQTL), gene expression (eQTL) and behaviour. We find large, stable methylation differences, with 6,179 cis and 2,973 trans methQTL identified. Over 46% of the trans effects were genotypically controlled by five loci, mainly associated with increased methylation in the junglefowl genotype. In a third of eQTL, we find that there is a correlation between gene expression and methylation, while statistical causality analysis reveals multiple instances where methylation is driving gene expression, as well as the reverse. We also show that methylation is correlated with some aspects of behavioural variation in the inter-cross. In conclusion, our data suggest a role for methylation in the regulation of gene expression underlying the domesticated phenotype of the chicken.
|
|
| 12. |
- Johnsson, Anna-Karin, et al.
(författare)
-
COX-1 dependent biosynthesis of 15-hydroxyeicosatetraenoic acid in human mast cells
- 2021
-
Ingår i: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. - : Elsevier. - 1388-1981 .- 1879-2618. ; 1866:5
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- 15-hydroxyeicosatetraenoic acid (15-HETE) is an arachidonic acid derived lipid mediator which can originate both from 15-lipoxygenase (15-LOX) activity and cyclooxygenase (COX) activity. The enzymatic source determines the enantiomeric profile of the 15-HETE formed. 15-HETE is the most abundant arachidonic acid metabolite in the human lung and has been suggested to influence the pathophysiology of asthma. Mast cells are central effectors in asthma, but there are contradictory reports on whether 15-HETE originates from 15-LOX or COX in human mast cells. This prompted the current study where the pathway of 15-HETE biosynthesis was examined in three human mast cell models; the cell line LAD2, cord blood derived mast cells (CBMC) and tissue isolated human lung mast cells (HLMC). Levels and enantiomeric profiles of 15-HETE and levels of the downstream metabolite 15-KETE, were analyzed by UPLC-MS/MS after stimulation with anti-IgE or calcium ionophore A23187 in the presence and absence of inhibitors of COX isoenzymes. We found that 15-HETE was produced by COX-1 in human mast cells under these experimental conditions. Unexpectedly, chiral analysis showed that the 15(R) isomer was predominant and gradually accumulated, whereas the 15(S) isomer was metabolized by the 15hydroxyprostaglandin dehydrogenase. We conclude that during physiological conditions, i.e., without addition of exogenous arachidonic acid, both enantiomers of 15-HETE are produced by COX-1 in human mast cells but that the 15(S) isomer is selectively depleted by undergoing further metabolism. The study highlights that 15-HETE cannot be used as an indicator of 15-LOX activity for cellular studies, unless chirality and sensitivity to pharmacologic inhibition is determined.
|
|
| 13. |
- Johnsson, Helena, et al.
(författare)
-
IT-stöd för industriellt byggande i trä
- 2006
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Delar av den svenska träbyggnadsindustrin har stora möjligheter att utveckla det industriella byggandet. Villor har lång tradition av att prefabriceras i fabriker för senare transport och montage på byggplats. Volymbyggnadsteknik där prefabriceringen även innefattar ytskikt och installationer har ökat prefabriceringsgraden avsevärt. Fortfarande är dock tillverkningen hantverksbetonad och genomförs med samma dokumentation och styrning som råder på ett platsbygge. Ett industriellt angreppssätt kräver en metodutveckling inom tillverkningen med styrning och kvalitetskontroll som nyckelord för att dra nytta av den upprepningseffekt som troheten till ett byggsystem skapar. Om ett IT-verktyg skall stötta en process, måste processen utformas och beskrivas på ett entydigt sätt som är repeterbart. Införandet av IT-verktyg betyder nästan alltid att processen förändras. Träbyggindustrin har en situation som definierar deras dilemma: man tillhör bygg-branschen och har anammat deras metoder och IT-verktyg, men tillverkningen är en indu-striell process som inte stöds av byggbranschens arbetssätt utan liknar tillverkningsindustrins serietillverkning. Flera företag har implementerat affärssystem och börjat utnyttja dess material- och planeringsfunktioner, en metod som är vanlig i tillverkningsindustrin. Data som skapas i projekteringen vore till nytta för affärssystemet, t.ex. mängder och antal komponenter. Tyvärr är inte byggbranschens IT-verktyg uppbyggda för att kommunicera med affärssystem via databaser. Tillverkningsindustrin har löst detta problem genom att arbeta med PDM-system, där data kring själva produkten hanteras (CAD-ritningar, komponenter). Affärssystemet kan sedan tanka av önskat data från PDM-systemet. Idag saknar träbyggindustrin en effektiv hantering av den egna produkten, byggsystemet. De beskrivningar som finns består av ritningar och endast 50- 70% av den information som behövs för att beskriva byggsystemet kan hämtas från ritningar. Den resterande delen är regler för systemet som sällan dokumenteras, utan existerar som arbetsmetoder inom varje företag. Byggsystemet förvaltas idag genom ett kontinuerligt användande i projekt efter projekt. Det betyder att överblicken över själva byggsystemet försvinner och möjligheterna till strategisk produktutveckling inte tas till vara. Som förvaltningsverktyg av byggsystem vore ett PDM-system lämpligt. Där förvaras och uppdateras data kring själva byggsystemet, som därifrån appliceras i olika projekt. Produktutveckling som idag sker i projekten, sker istället med byggsystemet som bas och informationen blir direkt tillgänglig för nästa projekt. Projekterings- och produktutvecklingsprocessen måste ändras från projektbaserad, upprepande projektering till strukturerad hantering av byggkomponenter i databas som kombineras på nya sätt i projekten. Inom föreliggande projekt har process och byggsystem hos 6 företag inom träbyggindustrin kartlagts. Baserat på företagens tolkade behov som beskrivits ovan utvecklades tre demon-stratorer (mjukvaror) för att utröna applicerbarheten av ett PDM-system inom träbygg-industrin. Intelligenta GDL- objekt skapades som utgjorde stommen i data för en PLCS-struktur som kan användas som ett PDM-system och kompletteras med ytterligare data. En koppling på databasnivå mellan CAD-data från träbyggindustrin och ett PDM- system testades också. Demonstratorerna visade att det är möjligt att utveckla dagens IT-verktyg till att stödja en industriell träbyggnadsprocess. Det kommer dock att kräva ett förändrat arbetssätt hos företagen. För att starta förändringen krävs att företagen dokumenterar sina processer och byggsystem. Högskolorna kan stötta med framtagning av metoder för processkartläggningar och beskrivning av byggsystem.
|
|
| 14. |
- Johnsson, Jesper, et al.
(författare)
-
Functional outcomes associated with varying levels of targeted temperature management after out-of-hospital cardiac arrest — An INTCAR2 registry analysis
- 2020
-
Ingår i: Resuscitation. - : Elsevier BV. - 0300-9572 .- 1873-1570. ; 146, s. 229-236
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Introduction: Targeted temperature management (TTM) after out-of-hospital cardiac arrest (OHCA) has been recommended in international guidelines since 2005. The TTM-trial published in 2013 showed no difference in survival or neurological outcome for patients randomised to 33 °C or 36 °C, and many hospitals have changed practice. The optimal utilization of TTM is still debated. This study aimed to analyse if a difference in temperature goal was associated with outcome in an unselected international registry population. Methods: This is a retrospective observational study based on a prospective registry — the International Cardiac Arrest Registry 2. Patients were categorized as receiving TTM in the lower range at 32–34 °C (TTM-low) or at 35–37 °C (TTM-high). Primary outcome was good functional status defined as cerebral performance category (CPC) of 1–2 at hospital discharge and secondary outcome was adverse events related to TTM. A logistic regression model was created to evaluate the independent effect of temperature by correcting for clinical and demographic factors associated with outcome. Results: Of 1710 patients included, 1242 (72,6%) received TTM-low and 468 (27,4%) TTM-high. In patients receiving TTM-low, 31.3% survived with good outcome compared to 28.8% in the TTM-high group. There was no significant association between temperature and outcome (p = 0.352). In analyses adjusted for baseline differences the OR for a good outcome with TTM-low was 1.27, 95% CI (0.94–1.73). Haemodynamic instability leading to discontinuation of TTM was more common in TTM-low. Conclusions: No significant difference in functional outcome at hospital discharge was found in patients receiving lower- versus higher targeted temperature management.
|
|
| 15. |
|
|
| 16. |
|
|
| 17. |
- Johnsson, Martin, et al.
(författare)
-
Genetical genomics of growth in a chicken model
- 2018
-
Ingår i: BMC Genomics. - : BIOMED CENTRAL LTD. - 1471-2164. ; 19
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: The genetics underlying body mass and growth are key to understanding a wide range of topics in biology, both evolutionary and developmental. Body mass and growth traits are affected by many genetic variants of small effect. This complicates genetic mapping of growth and body mass. Experimental intercrosses between individuals from divergent populations allows us to map naturally occurring genetic variants for selected traits, such as body mass by linkage mapping. By simultaneously measuring traits and intermediary molecular phenotypes, such as gene expression, one can use integrative genomics to search for potential causative genes. Results: In this study, we use linkage mapping approach to map growth traits (N = 471) and liver gene expression (N = 130) in an advanced intercross of wild Red Junglefowl and domestic White Leghorn layer chickens. We find 16 loci for growth traits, and 1463 loci for liver gene expression, as measured by microarrays. Of these, the genes TRAK1, OSBPL8, YEATS4, CEP55, and PIP4K2B are identified as strong candidates for growth loci in the chicken. We also show a high degree of sex-specific gene-regulation, with almost every gene expression locus exhibiting sex-interactions. Finally, several trans-regulatory hotspots were found, one of which coincides with a major growth locus. Conclusions: These findings not only serve to identify several strong candidates affecting growth, but also show how sex-specificity and local gene-regulation affect growth regulation in the chicken.
|
|
| 18. |
- Johnsson, Martin, et al.
(författare)
-
Genetics and Genomics of Social Behavior in a Chicken Model
- 2018
-
Ingår i: Genetics. - : GENETICS SOCIETY AMERICA. - 0016-6731 .- 1943-2631. ; 209:1, s. 209-221
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The identification of genes affecting sociality can give insights into the maintenance and development of sociality and personality. In this study, we used the combination of an advanced intercross between wild and domestic chickens with a combined QTL and eQTL genetical genomics approach to identify genes for social reinstatement, a social and anxiety-related behavior. A total of 24 social reinstatement QTL were identified and overlaid with over 600 eQTL obtained from the same birds using hypothalamic tissue. Correlations between overlapping QTL and eQTL indicated five strong candidate genes, with the gene TTRAP being strongly significantly correlated with multiple aspects of social reinstatement behavior, as well as possessing a highly significant eQTL.
|
|
| 19. |
|
|
| 20. |
- Karlsson, Reine, et al.
(författare)
-
Flervetenskaplig ljusforskning
- 2011
-
Rapport (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Den här skriften handlar om ljus och ljusets betydelse för oss människor. Tolv forskare med vitt skilda bakgrunder samlas och diskuterar frågor som skrider över gränserna. Vad är ljus egentligen? Hur kan vi förstå ljus? Hur påverkar det oss? På vilket sätt kan vi använda oss av det? Vilka tekniska möjligheter har vi att skapa och styra olika sorters ljus? Vilka möjligheter ger det oss inför framtiden? I centrum för dialogen står samarbete och nytänkande. Här ges en inblick i perspektiv på ljus från områden som biologi, teknik, material, fysik, estetik, filosofi, medicin och psykologi, vilka sammantaget, på ett åskådligt och lättbegripligt sätt, presenterar den flervetenskapliga ljusrelaterade kompetensen i Lund. Gruppen av experter hoppas att de frågor som ställs och de svar som ges i den här skriften ska inspirera och leda vidare inom fältet ljusforskning. Tillsammans med Pufendorfinstitutet, genom vilket expertgruppens initiativ getts möjlighet att växa och utvecklas, vill de med andra ord att sätta ljuset på...just ”ljuset”!
|
|
