| 11. |
- Lindell Jonsson, Eva, et al.
(författare)
-
Exploring Radiation Response in Two Head and Neck Squamous Carcinoma Cell Lines Through Metabolic Profiling
- 2019
-
Ingår i: Frontiers in Oncology. - : Frontiers Media SA. - 2234-943X. ; 9
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the sixth most common form of cancer worldwide. Radiotherapy, with or without surgery, represents the major approach to curative treatment. However, not all tumors are equally sensitive to irradiation. It is therefore of interest to apply newer system biology approaches (e.g., metabolic profiling) in squamous cancer cells with different radiosensitivities in order to provide new insights on the mechanisms of radiation response. In this study, two cultured HNSCC cell lines from the same donor, UM-SCC-74A and UM-SCC-74B, were first genotyped using Short Tandem Repeat (STR), and assessed for radiation response by the means of clonogenic survival and growth inhibition assays. Thereafter, cells were cultured, irradiated and collected for subsequent metabolic profiling analyses using liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). STR verified the similarity of UM-SCC-74A and UM-SCC-74B cells, and three independent assays proved UM-SCC-74B to be clearly more radioresistant than UM-SCC-74A. The LC-MS metabolic profiling demonstrated significant differences in the intracellular metabolome of the two cell lines before irradiation, as well as significant alterations after irradiation. The most important differences between the two cell lines before irradiation were connected to nicotinic acid and nicotinamide metabolism and purine metabolism. In the more radiosensitive UM-SCC-74A cells, the most significant alterations after irradiation were linked to tryptophan metabolism. In the more radioresistant UM-SCC-74B cells, the major alterations after irradiation were connected to nicotinic acid and nicotinamide metabolism, purine metabolism, the methionine cycle as well as the serine, and glycine metabolism. The data suggest that the more radioresistant cell line UM-SCC-74B altered the metabolism to control redox-status, manage DNA-repair, and change DNA methylation after irradiation. This provides new insights on the mechanisms of radiation response, which may aid future identification of biomarkers associated with radioresistance of cancer cells.
|
|
| 12. |
- Ljungqvist, Johan, et al.
(författare)
-
Clinical Evaluation of a Microwave-Based Device for Detection of Traumatic Intracranial Hemorrhage
- 2017
-
Ingår i: Journal of Neurotrauma. - : Mary Ann Liebert Inc. - 0897-7151 .- 1557-9042. ; 34:13, s. 2176-2182
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Traumatic brain injury (TBI) is the leading cause of death and disability among young persons. A key to improve outcome for patients with TBI is to reduce the time from injury to definitive care by achieving high triage accuracy. Microwave technology (MWT) allows for a portable device to be used in the pre-hospital setting for detection of intracranial hematomas at the scene of injury, thereby enhancing early triage and allowing for more adequate early care. MWT has previously been evaluated for medical applications including the ability to differentiate between hemorrhagic and ischemic stroke. The purpose of this study was to test whether MWT in conjunction with a diagnostic mathematical algorithm could be used as a medical screening tool to differentiate patients with traumatic intracranial hematomas, chronic subdural hematomas (cSDH), from a healthy control (HC) group. Twenty patients with cSDH and 20 HC were measured with a MWT device. The accuracy of the diagnostic algorithm was assessed using a leave-one-out analysis. At 100% sensitivity, the specificity was 75%-i.e., all hematomas were detected at the cost of 25% false positives (patients who would be overtriaged). Considering the need for methods to identify patients with intracranial hematomas in the pre-hospital setting, MWT shows promise as a tool to improve triage accuracy. Further studies are under way to evaluate MWT in patients with other intracranial hemorrhages.
|
|
| 13. |
- Mortensen, Jens Jorgen, et al.
(författare)
-
GPAW: An open Python package for electronic structure calculations
- 2024
-
Ingår i: Journal of Chemical Physics. - 1089-7690 .- 0021-9606. ; 160:9
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We review the GPAW open-source Python package for electronic structure calculations. GPAW is based on the projector-augmented wave method and can solve the self-consistent density functional theory (DFT) equations using three different wave-function representations, namely real-space grids, plane waves, and numerical atomic orbitals. The three representations are complementary and mutually independent and can be connected by transformations via the real-space grid. This multi-basis feature renders GPAW highly versatile and unique among similar codes. By virtue of its modular structure, the GPAW code constitutes an ideal platform for the implementation of new features and methodologies. Moreover, it is well integrated with the Atomic Simulation Environment (ASE), providing a flexible and dynamic user interface. In addition to ground-state DFT calculations, GPAW supports many-body GW band structures, optical excitations from the Bethe-Salpeter Equation, variational calculations of excited states in molecules and solids via direct optimization, and real-time propagation of the Kohn-Sham equations within time-dependent DFT. A range of more advanced methods to describe magnetic excitations and non-collinear magnetism in solids are also now available. In addition, GPAW can calculate non-linear optical tensors of solids, charged crystal point defects, and much more. Recently, support for graphics processing unit (GPU) acceleration has been achieved with minor modifications to the GPAW code thanks to the CuPy library. We end the review with an outlook, describing some future plans for GPAW.
|
|
| 14. |
- Norrhem, Bosse, et al.
(författare)
-
Security Arena, årsrapport 2008
- 2009
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- *** Allmänt ***För beskrivning av Security Arena Lindholmens övergripande verksamhet och organisation, samt definitioner av ett antal begrepp, se kapitlet Inledning.*** Inriktning på forskning och utveckling ***Konceptgenerering, pilotprojekt och studieuppdrag har bedrivits inom de temaområden som definierades i samband med att avtalet mellan Lindholmen Science Park (LSP) och Krisberedskapsmyndigheten (KBM) tecknades 2007. De definierade temaområdena är Samhällskritiska transporter,Mobilt bredband för säkerhet i samhället, Surveillance and Early Warning samt Metoder och system för säker och robust krishantering.Fokus inom temaprojekten har i år legat på farligt godstransporter, hamnsäkerhet, användning av kommersiella nät för samhällssäkerhet, samt teknik för avvikelsedetektering. Inom forskningstemat, Metoder och system för säker och robust krishantering, bedrivs fortsatt arbete i fem olika delprojekt.Ett antal nya experter har under året tillförts de befintliga expertgrupperna. Expertgrupperna har vidintervjutillfällen och under workshops aktivt bidragit med sin kunskap och problemformuleringar och därmed skapat relevanta förutsättningar för den forskning, koncept och pilotprojekt som utvecklats inom respektive temaprojekt.Under året har Security Arenas arbetsmodell med tidig användarmedverkan i forskning och konceptgenerering utvecklats vidare. Resultaten från arbetet visar tydligt att det via behovsanalyser med aktiv medverkan från områdesexperter går att utveckla relevanta koncept som i ett nästa steg leder till praktiska prov tillsammans med användargrupper.Förutom detta har en fördjupad marknadsutvecklingsanalys genomförts som en fortsättning på förra årets studie på samma tema.*** Samordning och samverkan ***Flera nya samarbeten som initierades under 2007 har vidareutvecklats under 2008. I maj genomfördes en gemensam övning med svensk och amerikansk medverkan inom området Maritime Domain Awareness (MDA) på Lindholmen Science Park. Övningen leddes av KBM och DHS och föregicks av ett planeringsarbete i en svensk planeringsgrupp, där också representanter från Security Arena Lindholmen ingick.I samarbete mellan Försvarsmakten, NATO, FMV och KBM genomfördes teknikexperimentet Quickwins under september 2008. Syftet var att visa på nya tekniska möjligheter till samverkan mellan civilt och militärt utvecklade system. Security Arena Lindholmen bidrog med ett antal tjänster utvecklade inom temaprojekten, samt genom att bygga upp en fiktiv ledningsplats där representanter från polis, räddningstjänst och SOS Alarm ledde verksamhet och medverkade under experimentet. Experimentet tilldrog sig stort intresse och förevisades för drygt 600 personer.Under året har även Security Arena Lindholmen, det europeiska CBRNE-centret i Umeå och Region Skåne träffats för att utveckla samarbetsmöjligheter. Vid första tillfället deltog även en representant för Linköpings universitet. Ambitionen är att utveckla och, om intresse finns, utökadetta nätverk under 2009. Nätverket har hittills resulterat i ett konkret projektsamarbete mellan Security Arena Lindholmen och CBRNE-centret.*** Kunskapsutveckling och informationsspridning ***Två saker har tydligt bidragit till kunskapsutveckling under 2008. Det ena är den ökade mängden projekt och samarbeten som inneburit att ett större antal deltagare och användare fått praktiska erfarenheter av vårt arbete. Speciellt gäller detta de pilotprojekt och det experiment vi genomfört.Förutom forskare och industrirepresentanter har närmare 100 områdesexperter och slutanvändare medverkat.Det andra är de nationella och internationella konferenser och seminarier som medarbetare inom Security Arena Lindholmen deltagit i. Bland andra kan nämnas seminarierna i samband med Quickwins-experimentet i Enköping i september, ITS 2008 i New York i november och ett större antal vetenskapliga konferenser och workshops. Dessutom har en rad presentationer genomförts för besökare på Lindholmen.*** Inriktning 2009 ***Planeringen av 2009 års arbete skall göras i nära samarbete med den nya myndigheten, Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB). Inriktningen är att de definieradetemaområdena ligger fast. Inom respektive temaområde skall relevanta projekt påbörjas. Under 2009 är det även viktigt att tillsammans med MSB utforma en lämplig fortsättning på Security Arena Lindholmens arbete.
|
|
| 15. |
- Norrhem, Bosse, et al.
(författare)
-
Security Arena, årsrapport 2009
- 2010
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- För beskrivning av Security Arenas övergripande verksamhet och organisation, samt definitioner av ett antal begrepp, se kapitlet Lindholmen Science Park driver samverkansprogrammet Security Arena.*** Inriktning på forskning och utveckling på Security Arena 2009 ***Under 2009 har forskning och utvecklingsarbete i huvudsak bedrivits enligt gällande avtal mellan Lindholmen Science Park och Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB).Konceptgenerering, pilotprojekt och studieuppdrag har både bedrivits inom de definierade temaområdena samt i ett fristående uppdrag, men också i ett par nyutvecklade samarbetsprojekt som en spin-off till den avtalsreglerade verksamheten.Fokus inom temaprojekten har i år legat på teknik för avancerad områdesövervakning, informationshantering och hot från organiserad brottslighet mot transportsektorn.Det har skett en fortsatt utveckling av Security Arenas arbetsmodell med tidig användarmedverkan i forskning och konceptgenerering. Via behovsanalyser med aktiv medverkan från områdesexperter visar arbetsresultaten att det går att utveckla relevanta koncept som i ett nästa steg ledertill praktiska prov tillsammans med användargrupper.En förstudie med MSBs lägescentral har genomförts i syfte att hitta tänkbara projekt som kan utveckla nya förmågor hos lägescentralen. Detta arbete kommer att fortsätta under 2010.*** Samordning och samverkan ***Security Arena har följande huvudaktörer: MSB, Chalmers tekniska högskola, Göteborgs universitet, Ericsson, Saab AB, AB Volvo. Dessutom medverkar slutanvändare, expertgrupper och samverkanspartners.Flera nya samarbeten som initierades under 2008 har vidareutvecklats under 2009. Bland annat har kontakterna med Umeå universitet resulterat i ett konkret projektsamarbete mellan Security Arena och CBRNE-centret inom EU/FP7. Dessutom har projektsamverkan med SAFER ochViktoriainstitutet fördjupats tack vare satsningarna på forskningsprojektet LiveResponse™ medViktoriainstitutet som utförare. Förutom fortsatt och utökad samverkan med nya instanser inom MSB har också samarbete med ett antal nya europeiska potentiella samverkansparter utvecklats.*** Kunskapsutveckling och informationsspridning ***Informationsspridningen har skett genom deltagande i en mängd konferenser och seminarier både nationellt och internationellt. På det lokala planet har lunchseminarieserien fortsatt att utvecklasunder året och når idag en bredare målgrupp än tidigare. Ämnesområdena för seminarierna har också utökats, vilket gör att vi når fler intressenter. Specifikt mot MSB kan nämnas att förstudien med MSBs lägescentral har gett möjlighet för Security Arenas parter att presentera en mängd resultat från genomfört arbete.*** Utvärdering och nytt ramavtal ***Under året genomfördes en utvärdering av det arbete som bedrivits på Security Arena från 2005. Utvärderingen var intervjubaserad och utfördes av Faugert & Co på uppdrag av MSB. Ett drygt 20-tal intressenter intervjuades och fick delge sina erfarenheter och synpunkter. Utvärderingen visadebl.a. på att samverkan mellan inblandade aktörer fungerar väl och att samarbetet ger tillgång till kontakter, information och problemställningar även utanför det egna området. En viktig styrka som framhölls var överensstämmelsen mellan hur satsningen är tänkt att fungera, dess programlogik, samt hur parterna de facto uppfattar verksamheten. I samband med 2009 års utgång upphörde det gällande ramavtalet mellan MSB och Lindholmen Science Park. Ett nytt ramavtal för perioden 2010 till och med 2012 har tecknats.*** Inriktning 2010 ***Planeringen av 2010 års arbete och framåt ska göras under våren. Fokus kommer att ligga på att ytterligare förstärka förmågan till behovsanalyser och innovativa lösningar i genereringen av koncept samt att knyta fler forskarkontakter med pågående samhällssäkerhetsforskning såväl nationellt som internationellt. Inriktningen är att de tematiska områdena ska bibehållas, men en värdering och omprövning kommer att ske. Detta kan resultera i någon eller några förändringarframöver.
|
|
| 16. |
|
|
| 17. |
- Tinnsten, Mats, et al.
(författare)
-
Optimization of acoustic response
- 1999
-
Ingår i: Structural Optimization. - 0934-4373. ; 18:1, s. 36-47
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The expression 'acoustic optimization' can be applied to numerous different disciplines within the field of acoustics. From seismic waves, sound in the atmosphere through bioacoustic, psychoacoustics, and room and theater acoustics over shock and vibration in mechanical structures. This paper deals with the latter. Sound generated by vibrating structures is often called noise which is to be minimized. However, not all vibrating structures produce noise, for example the violin is also a vibrating structure that in most people's opinion produces sound called music. In the case of the violin, great effort is made not to minimize but to optimize the sound, i.e. to get the 'right' sound out of the structure. Acoustic optimization within this discipline involves automatic changes of structural design variables to obtain minimum or specified sound in specified regions inside or outside the structure. Examples of problem formulations and some theoretical considerations in the field of acoustic optimization in connection with vibrating mechanical structures will be pointed out. Four simple test cases are included as numerical examples of the method proposed.
|
|
| 18. |
- Trovik, Clement, et al.
(författare)
-
The Scandinavian Sarcoma Group Central Register: 6,000 patients after 25 years of monitoring of referral and treatment of extremity and trunk wall soft-tissue sarcoma
- 2017
-
Ingår i: Acta Orthopaedica. - : TAYLOR & FRANCIS LTD. - 1745-3674 .- 1745-3682. ; 88:3, s. 341-347
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Purpose - We wanted to examine the potential of the Scandinavian Sarcoma Group (SSG) Central Register, and evaluate referral and treatment practice for soft-tissue sarcomas in the extremities and trunk wall (STS) in the Nordic countries. Background - Based on incidence rates from the literature, 8,150 (7,000-9,300) cases of STS of the extremity and trunk wall should have been diagnosed in Norway, Finland, Iceland, and Sweden from 1987 through 2011. The SSG Register has 6,027 cases registered from this period, with 5,837 having complete registration of key variables. 10 centers have been reporting to the Register. The 5 centers that consistently report treat approximately 90% of the cases in their respective regions. The remaining centers have reported all the patients who were treated during certain time periods, but not for the entire 25-year period. Results - 59% of patients were referred to a sarcoma center untouched, i.e. before any attempt at open biopsy. There was an improvement from 52% during the first 5 years to 70% during the last 5 years. 50% had wide or better margins at surgery. Wide margins are now achieved less often than 20 years ago, in parallel with an increase in the use of radiotherapy. For the centers that consistently report, 97% of surviving patients are followed for more than 4 years. Metastasis-free survival (MFS) increased from 67% to 73% during the 25-year period. Interpretation - The Register is considered to be representative of extremity and trunk wall sarcoma disease in the population of Scandinavia, treated at the reporting centers. There were no clinically significant differences in treatment results at these centers.
|
|
| 19. |
- Abe, C., et al.
(författare)
-
Cross-sex shifts in two brain imaging phenotypes and their relation to polygenic scores for same-sex sexual behavior: A study of 18,645 individuals from the UK Biobank
- 2021
-
Ingår i: Human Brain Mapping. - : Wiley. - 1065-9471 .- 1097-0193. ; 42:7, s. 2292-2304
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Genetic and hormonal factors have been suggested to influence human sexual orientation. Previous studied proposed brain differences related to sexual orientation and that these follow cross-sex shifted patterns. However, the neurobiological correlates of sexual orientation and how genetic factors relate to brain structural variation remains largely unexplored. Using the largest neuroimaging-genetics dataset available on same-sex sexual behavior (SSB) (n = 18,645), we employed a data-driven multivariate classification algorithm (PLS) on magnetic resonance imaging data from two imaging modalities to extract brain covariance patterns related to sex. Through analyses of latent variables, we tested for SSB-related cross-sex shifts in such patterns. Using genotype data, polygenic scores reflecting the genetic predisposition for SSB were computed and tested for associations with neuroimaging outcomes. Patterns important for classifying between males and females were less pronounced in non-heterosexuals. Predominantly in non-heterosexual females, multivariate brain patterns as represented by latent variables were shifted toward the opposite sex. Complementary univariate analyses revealed region specific SSB-related differences in both males and females. Polygenic scores for SSB were associated with volume of lateral occipital and temporo-occipital cortices. The present large-scale study demonstrates multivariate neuroanatomical correlates of SSB, and tentatively suggests that genetic factors related to SSB may contribute to structural variation in certain brain structures. These findings support a neurobiological basis to the differences in human sexuality.
|
|
| 20. |
- Adjeiwaah, Mary, 1980-, et al.
(författare)
-
Dosimetric Impact of MRI Distortions : A Study on Head and Neck Cancers
- 2019
-
Ingår i: International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics. - : Elsevier. - 0360-3016 .- 1879-355X. ; 103:4, s. 994-1003
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Purpose: To evaluate the effect of magnetic resonance (MR) imaging (MRI) geometric distortions on head and neck radiation therapy treatment planning (RTP) for an MRI-only RTP. We also assessed the potential benefits of patient-specific shimming to reduce the magnitude of MR distortions for a 3-T scanner.Methods and Materials: Using an in-house Matlab algorithm, shimming within entire imaging volumes and user-defined regions of interest were simulated. We deformed 21 patient computed tomography (CT) images with MR distortion fields (gradient nonlinearity and patient-induced susceptibility effects) to create distorted CT (dCT) images using bandwidths of 122 and 488 Hz/mm at 3 T. Field parameters from volumetric modulated arc therapy plans initially optimized on dCT data sets were transferred to CT data to compute a new plan. Both plans were compared to determine the impact of distortions on dose distributions.Results: Shimming across entire patient volumes decreased the percentage of voxels with distortions of more than 2 mm from 15.4% to 2.0%. Using the user-defined region of interest (ROI) shimming strategy, (here the Planning target volume (PTV) was the chosen ROI volume) led to increased geometric for volumes outside the PTV, as such voxels within the spinal cord with geometric shifts above 2 mm increased from 11.5% to 32.3%. The worst phantom-measured residual system distortions after 3-dimensional gradient nonlinearity correction within a radial distance of 200 mm from the isocenter was 2.17 mm. For all patients, voxels with distortion shifts of more than 2 mm resulting from patient-induced susceptibility effects were 15.4% and 0.0% using bandwidths of 122 Hz/mm and 488 Hz/mm at 3 T. Dose differences between dCT and CT treatment plans in D-50 at the planning target volume were 0.4% +/- 0.6% and 0.3% +/- 0.5% at 122 and 488 Hz/mm, respectively.Conclusions: The overall effect of MRI geometric distortions on data used for RTP was minimal. Shimming over entire imaging volumes decreased distortions, but user-defined subvolume shimming introduced significant errors in nearby organs and should probably be avoided.
|
|
