Sökning: (WFRF:(Palkopoulou Eleftheria))
> (2020) >
Competitive mapping...
Competitive mapping allows for the identification and exclusion of human DNA contamination in ancient faunal genomic datasets
-
- Feuerborn, Tatiana R. (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,University of Copenhagen, Denmark; Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Univ Copenhagen, Globe Inst, Copenhagen, Denmark; Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Palkopoulou, Eleftheria (författare)
- Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden
-
- van der Valk, Tom (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Enheten för bioinformatik och genetik
-
visa fler...
-
- von Seth, Johanna (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
-
- Munters, Arielle R. (författare)
- Uppsala universitet,Människans evolution
-
- Pečnerová, Patrícia (författare)
- Univ Copenhagen, Dept Biol, Copenhagen, Denmark
-
- Dehasque, Marianne (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
-
- Ureña, Irene (författare)
- INIA, Dept Anim Breeding, Madrid, Spain
-
- Ersmark, Erik (författare)
- Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Kempe Lagerholm, Vendela (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Krzewińska, Maja (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Rodríguez-Varela, Ricardo (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Götherström, Anders (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
-
- Dalén, Love (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
-
- Díez-del-Molino, David (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2020-11-30
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: BMC Genomics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2164. ; 21:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://bmcgenomics....
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://nrm.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: After over a decade of developments in field collection, laboratory methods and advances in high-throughput sequencing, contamination remains a key issue in ancient DNA research. Currently, human and microbial contaminant DNA still impose challenges on cost-effective sequencing and accurate interpretation of ancient DNA data.Results: Here we investigate whether human contaminating DNA can be found in ancient faunal sequencing datasets. We identify variable levels of human contamination, which persists even after the sequence reads have been mapped to the faunal reference genomes. This contamination has the potential to affect a range of downstream analyses.Conclusions: We propose a fast and simple method, based on competitive mapping, which allows identifying and removing human contamination from ancient faunal DNA datasets with limited losses of true ancient data. This method could represent an important tool for the ancient DNA field.
Ämnesord
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Miljöbioteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Environmental Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- Ancient DNA
- DNA contamination removal
- Palaeogenomics
- Competitive mapping
- Livets mångfald
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Feuerborn, Tatia ...
-
Palkopoulou, Ele ...
-
van der Valk, To ...
-
von Seth, Johann ...
-
Munters, Arielle ...
-
Pečnerová, Patrí ...
-
visa fler...
-
Dehasque, Marian ...
-
Ureña, Irene
-
Ersmark, Erik
-
Kempe Lagerholm, ...
-
Krzewińska, Maja
-
Rodríguez-Varela ...
-
Götherström, And ...
-
Dalén, Love
-
Díez-del-Molino, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Miljöbioteknik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
BMC Genomics
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet
-
Naturhistoriska riksmuseet