Sökning: (WFRF:(Umer Husen Muhammad))
> (2019) >
Allele specific chr...
Allele specific chromatin signals, 3D interactions, and motif predictions for immune and B cell related diseases
-
- Cavalli, Marco (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Baltzer, Nicholas (författare)
- Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik
-
- Umer, Husen Muhammad (författare)
- Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik
-
visa fler...
-
- Grau, Jan (författare)
- Martin Luther Univ Halle Wittenberg, Inst Comp Sci, Halle, Germany.
-
- Lemnian, Ioana (författare)
- Martin Luther Univ Halle Wittenberg, Inst Comp Sci, Halle, Germany.
-
- Pan, Gang (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Wallerman, Ola (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Spalinskas, Rapolas (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi,KTH Royal Inst Technol, Div Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden
-
- Sahlén, Pelin (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi,KTH Royal Inst Technol, Div Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden
-
- Grosse, Ivo (författare)
- Martin Luther Univ Halle Wittenberg, Inst Comp Sci, Halle, Germany.;German Ctr Integrat Biodivers Res iDiv, Leipzig, Germany.
-
- Komorowski, Jan (författare)
- Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland
-
- Wadelius, Claes, 1955- (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2019-02-25
- 2019
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : NATURE PUBLISHING GROUP. - 2045-2322. ; 9
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Several Genome Wide Association Studies (GWAS) have reported variants associated to immune diseases. However, the identified variants are rarely the drivers of the associations and the molecular mechanisms behind the genetic contributions remain poorly understood. ChIP-seq data for TFs and histone modifications provide snapshots of protein-DNA interactions allowing the identification of heterozygous SNPs showing significant allele specific signals (AS-SNPs). AS-SNPs can change a TF binding site resulting in altered gene regulation and are primary candidates to explain associations observed in GWAS and expression studies. We identified 17,293 unique AS-SNPs across 7 lymphoblastoid cell lines. In this set of cell lines we interrogated 85% of common genetic variants in the population for potential regulatory effect and we identified 237 AS-SNPs associated to immune GWAS traits and 714 to gene expression in B cells. To elucidate possible regulatory mechanisms we integrated long-range 3D interactions data to identify putative target genes and motif predictions to identify TFs whose binding may be affected by AS-SNPs yielding a collection of 173 AS-SNPs associated to gene expression and 60 to B cell related traits. We present a systems strategy to find functional gene regulatory variants, the TFs that bind differentially between alleles and novel strategies to detect the regulated genes.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Cavalli, Marco
-
Baltzer, Nichola ...
-
Umer, Husen Muha ...
-
Grau, Jan
-
Lemnian, Ioana
-
Pan, Gang
-
visa fler...
-
Wallerman, Ola
-
Spalinskas, Rapo ...
-
Sahlén, Pelin
-
Grosse, Ivo
-
Komorowski, Jan
-
Wadelius, Claes, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet