| 1. |
- Amundin, Mats, et al.
(författare)
-
A proposal to use distributional models to analyse dolphin vocalisation
- 2017
-
Ingår i: Proceedings of the 1st International Workshop on Vocal Interactivity in-and-between Humans, Animals and Robots, VIHAR 2017. - 9782956202905 ; , s. 31-32
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- This paper gives a brief introduction to the starting points of an experimental project to study dolphin communicative behaviour using distributional semantics, with methods implemented for the large scale study of human language.
|
|
| 2. |
- Nilsson, R. Henrik, 1976, et al.
(författare)
-
Mycobiome diversity: high-throughput sequencing and identification of fungi.
- 2019
-
Ingår i: Nature reviews. Microbiology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1740-1534 .- 1740-1526. ; 17, s. 95-109
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Fungi are major ecological players in both terrestrial and aquatic environments by cycling organic matter and channelling nutrients across trophic levels. High-throughput sequencing (HTS) studies of fungal communities are redrawing the map of the fungal kingdom by hinting at its enormous - and largely uncharted - taxonomic and functional diversity. However, HTS approaches come with a range of pitfalls and potential biases, cautioning against unwary application and interpretation of HTS technologies and results. In this Review, we provide an overview and practical recommendations for aspects of HTS studies ranging from sampling and laboratory practices to data processing and analysis. We also discuss upcoming trends and techniques in the field and summarize recent and noteworthy results from HTS studies targeting fungal communities and guilds. Our Review highlights the need for reproducibility and public data availability in the study of fungal communities. If the associated challenges and conceptual barriers are overcome, HTS offers immense possibilities in mycology and elsewhere.
|
|
| 3. |
- Sanli, Kemal, et al.
(författare)
-
Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities
- 2015
-
Ingår i: Frontiers in Microbiology. - : Frontiers Media SA. - 1664-302X. ; 6:1192
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Periphyton communities are complex phototrophic, multispecies biofilms that develop on surfaces in aquatic environments. These communities harbor a large diversity of organisms comprising viruses, bacteria, algae, fungi, protozoans and metazoans. However, thus far the total biodiversity of periphyton has not been described. In this study, we use metagenomics to characterize periphyton communities from the marine environment of the Swedish west coast. Although we found approximately ten times more eukaryotic rRNA marker gene sequences compared to prokaryotic, the whole metagenome-based similarity searches showed that bacteria constitute the most abundant phyla in these biofilms. We show that marine periphyton encompass a range of heterotrophic and phototrophic organisms. Heterotrophic bacteria, including the majority of proteobacterial clades and Bacteroidetes, and eukaryotic macro-invertebrates were found to dominate periphyton. The phototrophic groups comprise Cyanobacteria and the alpha-proteobacterial genus Roseobacter, followed by different micro- and macro-algae. We also assess the metabolic pathways that predispose these communities to an attached lifestyle. Functional indicators of the biofilm form of life in periphyton involve genes coding for enzymes that catalyze the production and degradation of extracellular polymeric substances, mainly in the form of complex sugars such as starch and glycogen-like meshes together with chitin. Genes for 278 different transporter proteins were detected in the metagenome, constituting the most abundant protein complexes. Finally, genes encoding enzymes that participate in anaerobic pathways, such as denitrification and methanogenesis, were detected suggesting the presence of anaerobic or low-oxygen micro-zones within the biofilms.
|
|
| 4. |
- Wilhelmsson, Kenneth, 1976
(författare)
-
Autentiska och artificiella frågor till svensk text Automatisk frågegenerering jämfört med användares frågor för informationsåtkomst : Authentic and artificial questions to Swedish text Automatically generated questions versus user-generated questions for information access
- 2015
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Informationssökning mot ostrukturerade datakällor som fri text är ett av de områden där användargränssnitt med fri formulering i naturligt språk har tagits fram. I ett sådant, eventuellt AI-betonat, system kan några grundläggande svårigheter från användarperspektivet märkas. En sådan svårighet är att en användare inte känner till huruvida en fråga som hon avser att ställa egentligen kan besvaras av den aktuella texten. Denna svårighet, tillsammans med andra, som de kraftiga variationsmöjligheterna för formen för ett giltigt svar på en ställd fråga, riskerar att leda till att användarintrycken av systemtypen blir negativa. De moment som behöver ingå i ett sådant frågebaserat informationssystems funktionssätt måste på något sätt inbegripa en mappning av frågeled i frågan (t.ex. när) till den form och grammatisk funktion som svaret i texten måste ha (för frågan när normalt ett tidsadverbial). Bland annat denna iakttagelse inbjuder till användning av automatisk frågegenerering (question generation, QG). Frågegenerering innebär att frågor som en naturlig text besvarar initialt utvinns av ett program som samlar in dem i explicit form. Tanken för användning i informationssökning är att en användare i gränssnittet enbart ska kunna ställa just dessa frågor, vilka faktiskt besvaras av texten. Denna studie gäller just de frågor som ett automatiskt frågegenereringssystem för svenska kan, och genom vidare utveckling, skulle kunna generera för godtycklig digital svensk text. Även om mängden automatiskt genererade frågor och frågeformuleringar kan bli mycket stor, utrymmesmässigt många gånger större än ursprungstexten, så är det tydligt att den beskrivna metoden för frågegenerering för svenska inte kan och troligen inte heller kommer att kunna förmås att skapa alla de frågor och frågeformuleringar som en vanlig användare skulle anse att en viss text besvarar. Men hur väl fungerar då automatiskt genererade frågor i detta sammanhang? Denna uppsats kretsar kring en användarundersökning där undersökningsdeltagare har ombetts att formulera frågor som texter besvarar, och som anses vara relevanta frågor. Den resulterande samlingen frågor undersöktes och kategoriserades. Resultatet av undersökningens huvudfråga visar att bara 20-25 % av användarnas frågeformuleringar skulle kunna genereras direkt automatiskt med aktuell ansats – utan vissa informationstekniska förbättringar. Uppsatsen föreslår viss ny terminologi för detta outforskade område, bl.a. för att skilja mellan de olika grader av processkrav som generering av olika frågeslag från text kräver.
|
|
| 5. |
- Wilhelmsson, Kenneth, 1976
(författare)
-
Huvudansatser för parsningsmetoder. Om programutvecklingens förutsättningar i en svensk kontext
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Syftet med denna text var att ge en inblick i området (syntaktisk) parsning. Tanken var att ge en bild av utvecklingen som var 1) fri från alltför tekniska detaljer, då området är programmeringstekniskt, och 2) beskriven ur ett svenskt perspektiv. Bakgrunden till valet av ämne till texten, som var tänkt att finnas med i antologin Text och kontext, var att parsning är relativt okänt för många personer verksamma inom närliggande områden, samtidigt som det är ett absolut nyckelbegrepp för den som ägnar sig åt datorlingvistik eller språkteknologi. Målet var alltså att ge en ganska allmän utifrånblick på några centrala sidor av utvecklingen, samtidigt som det tydligt är så att den som själv arbetat med utveckling kan ha starka åsikter och preferenser rörande metodval, något som i ärlighetens namn kanske inte heller denna text är lösgjord från. Hur ska det göras? Konsten att utveckla automatisk syntaxanalys av naturlig text kan läras ut från ett flertal perspektiv. Det kan t.ex. ske med fokus på användandet av en viss grammatikformalism, med fokus på beräkningssnabbhet, med fokus på entydiggörande av möjliga ambiguiteter. Tolkningsval kan göras med hjälp av antingen handskrivna regler eller inhämtad statistik. En sorts huvudtema i denna text är hur metoder för parsning på senare år uppvisar förändringar som kanske kan förklaras med att programmen har fått andra användningsområden och att metoderna har anpassats därefter (en annan tolkning är att flera senare system inte längre gör parsning i strikt mening). När detta tänkta ”kapitel” var färdigt fick det kommentaren att det inte var anpassat för antologins målgrupp. Det fick skrivas en annan kapiteltext, men det kom samtidigt ett förslag att publicera texten om parsning här som denna rapport.
|
|
| 6. |
- Chatterjee, Bapi, 1982
(författare)
-
Lock-free Concurrent Search
- 2017
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The contemporary computers typically consist of multiple computing cores with high compute power. Such computers make excellent concurrent asynchronous shared memory system. On the other hand, though many celebrated books on data structure and algorithm provide a comprehensive study of sequential search data structures, unfortunately, we do not have such a luxury if concurrency comes in the setting. The present dissertation aims to address this paucity. We describe novel lock-free algorithms for concurrent data structures that target a variety of search problems. (i) Point search (membership query, predecessor query, nearest neighbour query) for 1-dimensional data: Lock-free linked-list; lock-free internal and external binary search trees (BST). (ii) Range search for 1-dimensional data: A range search method for lock-free ordered set data structures - linked-list, skip-list and BST. (iii) Point search for multi-dimensional data: Lock-free kD-tree, specially, a generic method for nearest neighbour search. We prove that the presented algorithms are linearizable i.e. the concurrent data structure operations intuitively display their sequential behaviour to an observer of the concurrent system. The lock-freedom in the introduced algorithms guarantee overall progress in an asynchronous shared memory system. We present the amortized analysis of lock-free data structures to show their efficiency. Moreover, we provide sample implementations of the algorithms and test them over extensive micro-benchmarks. Our experiments demonstrate that the implementations are scalable and perform well when compared to related existing alternative implementations on common multi-core computers. Our focus is on propounding the generic methodologies for efficient lock-free concurrent search. In this direction, we present the notion of help-optimality, which captures the optimization of amortized step complexity of the operations. In addition to that, we explore the language-portable design of lock-free data structures that aims to simplify an implementation from programmer’s point of view. Finally, our techniques to implement lock-free linearizable range search and nearest neighbour search are independent of the underlying data structures and thus are adaptive to similar data structures.
|
|
| 7. |
- Shirabe, Takeshi
(författare)
-
Drawing with geography
- 2015
-
Ingår i: Lecture Notes in Geoinformation and Cartography. - Cham : Springer International Publishing. - 9783319167862 ; , s. 327-341
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- A method is proposed to assist spatial planners in drawing with ‘geographic’ constraints. These constraints constrain graphic objects to have certain relationships that are not limited to be (Euclidean) geometric or topological but allowed to be dependent on the spatial variation of selected conditions (e.g., elevation and vegetation) characterizing an underlying geographic space. Just as in existing computer-aided design systems, the method accepts a manual change to a graphic object or constraint, and updates all affected graphic objects accordingly. The paper discusses how such a method is motivated and improves the graphic editing capability of geographic information systems, and identifies key issues for its implementation.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Haage, Mathias, et al.
(författare)
-
Teaching Assembly by Demonstration using Advanced Human Robot Interaction and a Knowledge Integration Framework
- 2017
-
Ingår i: Procedia Manufacturing. - : Elsevier BV. - 2351-9789. ; 11, s. 164-173
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Conventional industrial robots are heavily dependent on hard automation that requires pre-specified fixtures and time-consuming (re)programming performed by experienced operators. In this work, teaching by human-only demonstration is used for reducing required time and expertise to setup a robotized assembly station. This is achieved by the proposed framework enhancing the robotic system with advanced perception and cognitive abilities, accessed through a user-friendly Human Robot Interaction interface. The approach is evaluated on a small parts’ assembly use case deployed onto a collaborative industrial robot testbed. Experiments indicate that the proposed approach allows inexperienced users to efficiently teach robots new assembly tasks.
|
|
| 10. |
- Frid, Emma, et al.
(författare)
-
Perception of Mechanical Sounds Inherent to Expressive Gestures of a NAO Robot - Implications for Movement Sonification of Humanoids
- 2018
-
Ingår i: Proceedings of the 15th Sound and Music Computing Conference. - Limassol, Cyprus. - 9789963697304
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- In this paper we present a pilot study carried out within the project SONAO. The SONAO project aims to compen- sate for limitations in robot communicative channels with an increased clarity of Non-Verbal Communication (NVC) through expressive gestures and non-verbal sounds. More specifically, the purpose of the project is to use move- ment sonification of expressive robot gestures to improve Human-Robot Interaction (HRI). The pilot study described in this paper focuses on mechanical robot sounds, i.e. sounds that have not been specifically designed for HRI but are inherent to robot movement. Results indicated a low correspondence between perceptual ratings of mechanical robot sounds and emotions communicated through ges- tures. In general, the mechanical sounds themselves ap- peared not to carry much emotional information compared to video stimuli of expressive gestures. However, some mechanical sounds did communicate certain emotions, e.g. frustration. In general, the sounds appeared to commu- nicate arousal more effectively than valence. We discuss potential issues and possibilities for the sonification of ex- pressive robot gestures and the role of mechanical sounds in such a context. Emphasis is put on the need to mask or alter sounds inherent to robot movement, using for exam- ple blended sonification.
|
|
