| 1. |
|
|
| 2. |
- Molin, Mikael, 1973, et al.
(författare)
-
Protein kinase A controls yeast growth in visible light
- 2020
-
Ingår i: BMC Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1741-7007. ; 18:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: A wide variety of photosynthetic and non-photosynthetic species sense and respond to light, having developed protective mechanisms to adapt to damaging effects on DNA and proteins. While the biology of UV light-induced damage has been well studied, cellular responses to stress from visible light (400–700 nm) remain poorly understood despite being a regular part of the life cycle of many organisms. Here, we developed a high-throughput method for measuring growth under visible light stress and used it to screen for light sensitivity in the yeast gene deletion collection. Results: We found genes involved in HOG pathway signaling, RNA polymerase II transcription, translation, diphthamide modifications of the translational elongation factor eEF2, and the oxidative stress response to be required for light resistance. Reduced nuclear localization of the transcription factor Msn2 and lower glycogen accumulation indicated higher protein kinase A (cAMP-dependent protein kinase, PKA) activity in many light-sensitive gene deletion strains. We therefore used an ectopic fluorescent PKA reporter and mutants with constitutively altered PKA activity to show that repression of PKA is essential for resistance to visible light. Conclusion: We conclude that yeast photobiology is multifaceted and that protein kinase A plays a key role in the ability of cells to grow upon visible light exposure. We propose that visible light impacts on the biology and evolution of many non-photosynthetic organisms and have practical implications for how organisms are studied in the laboratory, with or without illumination.
|
|
| 3. |
- Andersson, Agneta, et al.
(författare)
-
DNA-streckkodning av marina växtplankton : Ett nytt verktyg i miljöövervakningen
- 2024
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Växtplankton utgör grunden i den marina näringsväven och används världen över för att bestämma miljöstatus i hav och sjöar. De ingår exempelvis som en kvalitetsfaktor i EU:s vattendirektiv och havsmiljödirektiv. Det finns långa tidsserier av växtplanktonövervakning där analyserna utförts med mikroskopi. Det sker nu en snabb internationell utveckling av DNA-metoder för att övervaka växtplankton. Målsättningen med detta projekt var att utveckla en praktisk och robust DNA analysmetod som kan implementeras i svensk marin miljöövervakning. Vårt tillvägagångssätt var att följa med på ordinarie marina miljöövervakningsexpeditioner under ett års tid (2019–2020) och ta parallella havsvattenprov för så kallad DNA-streckkodning av växtplankton. Sammanlagt tog vi prov vid 19 övervakningsstationer som var spridda från Bottenviken i norr till Skagerrak i söder. Provtagningsfrekvensen var cirka 1 gång per månad. Praktiska metoder utarbetades för fältprovtagning, DNA-extraktion, sekvensering, bioinformatisk analys och taxonomisk annotering. Vi har även tagit fram system för datahantering hos nationell datavärd och gett förslag på en ny datatyp för nationellt datavärdskap för marinbiologi och oceanografi vid Svenskt Oceanografiskt Datacentrum (https://sharkweb. smhi.se/hamta-data/). En viktig del har varit att jämföra resultaten av DNA-streckkodning och mikroskopi. Resultaten visar att DNA-streckkodning ger ungefär dubbelt så högt biodiversitetsmått än mikroskopering, även om det skiljer sig åt mellan olika grupper av växtplankton. För att undersöka om DNA-streckkodning kan användas för kvantitativ analys tillsatte vi en intern standard till proverna bestående av syntetiskt DNA, men eftersom resultatet varierade så behöver man arbeta vidare med detta. Den relativa fördelningen av vanliga eukaryota växtplanktongrupper visade sig ha relativt bra överensstämmelse mellan DNA-streckkodning och mikroskopimåttet kolbiomassa, medan biovolym och abundans skiljde sig åt mer. DNA-streckkodning visade sig ge detaljerade utbredningsmönster av skadliga alger, till exempel för släktet Prymnesium bland häftalgerna (Coccolithophyceae). Vi har inom projektet kunnat utvärdera ekologiska drivkrafter för växtplanktonsamhällets diversitet och artsammansättning, genom att miljöövervakningen mäter många fysikalisk-kemiska parametrar. Både salthalt och närsalter visade sig ha stor inverkan på växtplanktonsamhällets sammansättning och diversitet. Sammanfattningsvis ser vi att den framtagna DNA-streckkodningsmetoden skulle vara ett bra komplement till den etablerade växtplanktonövervakningen.
|
|
| 4. |
- Andersson, Mikael, et al.
(författare)
-
Problem solving, reflection and lifelong learning in the junction between theory and practice
- 2022
-
Ingår i: International Conference on Work Integrated Learning. - Trollhättan : University West. - 9789189325302 ; , s. 80-80
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- In 2002 University West was commissioned by the government to develop forms for work integrated learning (WIL) as part of the work with pedagogical renewal of higher education. As a result of this assignment, WIL is now a deeply rooted philosophy and cornerstone of the university but also the main principle for pedagogical approach. We believe that knowledge, both theoretical and practical, is acquired everywhere and not only in institutions of higher learning. In other words, we are striving to connect university studies with everyday work life and the surrounding society. The purpose of this paper is to describe and evaluate a strategy for improving student awareness and skills for problem solving, reflection and lifelong learning in the junction between theory and practice. At the center of our focus are students from our bachelor's degree programme 3D-animation and visualization and a course on simulation and particle based effects. This is a challenging subject to teach since knowledge, tools and process is evolving rapidly and we rewrite the course curricula every year. The strategy consists of adding five themes focused on reflection and problem solving spread over the weeks of the course, in addition to the more direct subject-related areas. For each theme the students recieved reading material giving an overview of each theme, and then reflection based questions aimed at connecting the theme of each week to the subject of the course. The themes were Lifeling Learning, MoSCoW prioritisation, Schöns desriptions of design challenges and wicked problems and finally Fraylings ideas of Research through design and Schöns Conversation with the material. For the last week, the students wrote a summary of the entire course using the themes they had studied. At first there was some resistance among the students, and it was not easy for them to see the value of these assignments, instead their focus was on the more technical aspects of the course. However, as the course progressed a majority of the students started to see the point of these more reflective based assignments. One example where this became apparent was during the weekly presentations of the technical assignments. While some of the students still struggled with integrating the reflective assignments with the more technical parts of the course, others started to use the terminology and reasoning from the reflective assignments when talking about how they approached the problems they faced when solving the technical assignments. Having the students equipped with these new approaches also facilitated talking about problem solving and learning strategies, both during the course where this strategy was tested, as well as a subsequent course.The strategy was evaluated by analysing the written and oral presentations and reflections of the students, with special attention being paid to their problem solving and their strategies when approaching new technologies and tools. In addition to this, we also observed their reasoning about the theories that was embedded in the tools, i.e not just talk about how to do things in the software, but also the theories and principles underlying the software.Overall, the aim of the strategy was to train the students on problem solving and learning through experimentation, design and reflection. While one single course is a very short time to practice this, differences in reasoning andstrategies in the students from the beginning of the course to the end could be seen. This was both in their written reports as well as their oral presentations. Areas where improvements could be seen was more abstract reasoning, reflection on problem solving, priorities, and the ability to connect and compare different areas of the course. One theme that also was recurring in the texts was the balance between chaotic exploration and structured learning. These are skills that are valuable in a changing industry where they will need to learn new tools and develop new workflows constantly. Overall, a conclusion here is that learning to learn is far more important than learning a specific tool or skill.
|
|
| 5. |
- Andersson, Sofia Lovisa, et al.
(författare)
-
Långtidsförsök med membranbioreaktor för förbättrad avloppsvattenrening i kombination med kompakt slambehandling
- 2023
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Henriksdals reningsverk i Stockholm byggs nu ut och om för ökad kapacitet (från 0,8 till 1,6 miljoner PE) och för förbättrad reningsgrad (6 mg TN/l, 0,20 mg TP/L, 5 mg BOD7/l). Projektet inkluderar uppgradering av den befintliga konventionella aktivslamprocessen till en ny membranbioreaktorprocess (MBR) med mer än 1,6 m2 installerad membranyta.Det inkluderar även utökad förbehandling och ett nytt steg för primärslamförtjockning. Termofil rötning av tjockt slam (~6 % TS) vid hög organisk belastning och relativt låg uppehållstid kommer ersätta dagens mesofila rötning.För att öka kunskapen om MBR-teknik i nordiskt klimat har Stockholm Vatten och Avfall (SVOA) och IVL Svenska Miljöinstitutet genomfört långtidsstudier på en membranprocess i pilotskala på FoU-anläggningen Hammarby Sjöstadsverk, som ligger i anslutning till Henriksdals reningsverk. MBR-piloten togs i drift 2013 och byggdes om till sin nuvarande utformning under 2016. År 2017 kompletterades MBR-piloten med en slamlinje för att kunna studera olika aspekter av slamrötning.Under 2021 kördes MBR-piloten med ett fast inflöde på 4,1 m3/h, vilket är 37 % högre än det designade medelflödet, med externt tillförskaffad glycerol och internt producerad VFA-kolkälla för efterdenitrifikation.Aluminium (PAX) användes i stället för trevärt järn (PIX) som komplement till tvåvärt järn (FeSO4) för fosforutfällning. Detta gjordes för att testa driftstrategin för den första MBR-linjen i Henriksdals reningsverk. Medelhalter av kväve och fosfor i utgående vatten var 3,9 mg TN/L respektive 0,07 mg TP/L, vilket innebär att utsläppsvärden uppfylldes även i år. För att uppnå detta krävdes 8,6 g Fe2+/m3 och 0,9 g Al3+/m3.Under försök med fluxförhöjare tillsattes totalt 17,8 g järn (Fe2++ Fe3+)/m3. Glyceroldosen motsvarade 17,3 g COD/m3, och för användning av internt producerad VFA motsvarande dosen 15,5 g COD/m3. Den något högre förbrukningen av fosforfällningskemikalier jämfört med 2020, 1,29 mol metall per mol avlägsnad fosfor, berodde främst på en lägre bio-P aktivitet under 2021. År 2021 var fosforsläppshastigheten mycket låg under våren, ex. < 1 g PO4-P/kg VSS,h i juni men återhämtade sig under sommaren med t.ex. 5,5 g PO4-P/kg VSS,h i juli, efter att doseringen av skumdämpare stoppades.Järn- och aluminiumhalten i det aktiva slammet var 6,2 respektive 0,7 %. Genomsnittlig total slamålder under 2021 var 17,2 dagar och luftad medelslamålder var 7 dagar. Nitrifikation var alltid komplett med utgående ammoniumkoncentrationer under 2 mg/L, förutom vecka 25.Tester med användning av internt producerad VFA som kolkälla visade att den specifika COD-förbrukningen var nästan densamma som för glycerol när man jämförde årsgenomsnittet från 2021 och 2020. Utgående nitrat och total kvävereduktion var liknande under försöket med VFA som resten av året, då glycerol användes.Liksom tidigare år rengjordes membranen i membrantank 1 (MT1) med oxalsyra och membranen i MT2 med citronsyra. Båda membranen rengjordes också med natriumhypoklorit. Membranen kördes med ett genomsnittligt flux på 21 till 25 L/(m2·h), men med startvecka 25 testades fullskaledesignens maximala nettoflux på 30 L/(m2·h) i piloten under 25 veckor. Netto-TMP varierade mellan 49 och 218 mbar för MT1 och mellan 51 och 146 mbar för MT2. TMP reducerades efter varje återhämtningsrengöring (RC) med hypoklorit, men effekten varade inte länge. Permeabiliteten var generellt över 200 L/(m2·h·bar) under hela 2021–2022 för båda membranen. Återhämtningsrengöringar gjordes två gånger med hypoklorit och en gång med syror under 2021. Under 2022 genomfördes en slutlig RC, först med hypoklorit sedan med syror. Den första RC för MT1 resulterade i en tydlig ökning av permeabiliteten efter rengöring. För MT2 var den största ökningen av permeabiliteten resultatet av en citronsyra-MC (en vecka efter hypoklorit-RC).Följande RC i slutet av 2021 och i mars 2022 hade tydliga men mindre positiva inverkan på permeabiliteten. Före den första RC var permeabiliteten högre för MT1 (rengöras med oxalsyra) jämfört med MT2 (rengöras med citronsyra). Efter de första RC hade båda membranen liknande permeabilitet. Som ett resultat av den tuffa driftstrategin från vecka 25 2021 minskade permeabiliteten ganska snabbt efter RC. MT2 nådde en stabil nivå runt 250-300 L/(m2·h·bar) medan MT1 sjönk ytterligare till som lägst 200 L/(m2·h·bar).Utsläpp av klorerade föreningar mättes under den slutliga återställningsrengöringen med natriumhypoklorit. Utsläppsprocessen var långsammare än förväntat och generellt sett observerades inga tydliga tecken på dämpning av utsläppen under provtagningens 21 timmar. Även om sammansatta prover på flera timmar under natten inte ger tillräckligt med detaljer, drogs slutsatsen att utsläppen kan vara skadliga under hela RC-processen ur ett exponeringsperspektiv. Exempelvis nådde trikloramin sin topp vid 36 gånger den rekommenderade gränsen, klorgas vid 73 % av korttidsexponeringsgränsen (15 min exponering) och kloroform vid 9 % av den yrkesmässiga exponeringsgränsen (genomsnittlig arbetsdag på 8 timmar).För att följa upp tidigare mätningar av växthusgaserna lustgas (N2O) och metan (CH4) genomfördes en ny mätkampanj under flera månader i 2021. Generellt sett var utsläppen som observerades 2021 betydligt högre än i tidigare kampanjer och särskilt höga N2O-utsläpp från membrantanken kunde observeras. Någon tydlig orsak kunde inte identifieras men den högre inkommande belastningen med bibehållna reningskrav och ett "bättre" provtagningsupplägg kan delvis vara en förklaring.I samarbete med Kemira genomfördes tester med en fluxförhöjande produkt (flux enhancer). Ingen uppenbar positiv eller negativ förändring i permeabiliteten på grund av dosering av fluxförhöjare kunde dock identifieras utifrån de kontinuerliga processparametrar som övervakades och vanliga variationer i permeabilitet samt effekten av membranrengöring.Eftersom skumbildning är ett vanligt fenomen i MBR-anläggningar genomfördes tester med ett skumdämpande medel som doserades i pulser och kontinuerligt till den biologiska behandlingen under perioden med kraftig skumbildning (mars-juni). Även om skumning inte upphörde helt så kunde en god minskning och kontroll av skumning uppnås. En optimal effekt konstaterades vid en kontinuerlig dos på > 10 ppm. Men även om produkten har visat sig ha en positiv effekt på skumning i MBR-piloten, framstår inte en permanent användning i fullskala som ekonomiskt genomförbar på grund av den höga förbrukningen.Tester med reducerat RAS-flöde från 4×Qin enligt design till 2×Qin syftade till att minska energiförbrukningen. Ett minskat RAS-flöde skulle dock innebära en ökad slamkoncentration i membrantankarna, vilket kan ha negativa effekter på membranets prestanda med mer igensättning, vilket i sin tur kan leda till ökad luftning för membranrengöring och behov av tätare membrantvättar. Projektgruppen kunde dock inte observera några negativa effekter av det minskade RAS-flödet på membranets prestanda.Under 2021 genomfördes tester med övergång från mesofil till termofil rötning, avvattning av rötslam efter mesofil och termofil rötning, samt termofil rötning vid hög organisk belastning (OLR) och låg hydraulisk uppehållstid (HRT) i slampiloten. Resultat visar att övergången från mesofil till termofil rötning kan ske utan större problem om den organiska belastningen minskades lite vid den mest kritiska temperaturen och att stabil drift uppnåddes efter 10-12 dagar. Att utvärdera avvattningen av mesofilt och termofilt rötat slam var svårare och inga tydliga skillnader kunde observeras. En slutsats var dock att de metoder som användes för att bestämma avvattningsbarhet eller optimal polymerdos inte framstår som tillförlitliga. Försök med hög organisk belastning vid termofil rötning visade att rötkammarens prestanda kunde bibehållas upp till en OLR på cirka 4 kg VS/m3, d och en HRT på 12 d. När belastningen ökades ytterligare och HRT minskade, minskade prestandan vad gäller utrötningsgrad och biogas-/metanproduktion, även om själva reaktordriften fortfarande var stabil.Den totala resursåtgången i piloten visade att konsumtionen av glycerol var densamma som för den framtida Henriksdalsdesignen, även om kvävebelastningen i piloten var 21 % högre och den genomsnittliga totala kvävekoncentrationen i utgående vatten var med 3,9 mg TN/L lägre än design på 6 mg TN/L. Järn-/metallförbrukningen var också 73 % av den framtida Henriksdalsdesignen, även om fosforbelastningen till piloten var cirka 50 % högre jämfört med designvärden och utgående fosfatkoncentrationerna låg under målkoncentrationen. Detta förklaras främst av EBPR-aktiviteten i pilotprojektet. Dessutom var förbrukningen av rengöringskemikalier lägre än den framtida Henriksdalsdesignen även om inflödet till piloten var 30 % högre än designen.
|
|
| 6. |
- Andersson, Ulf, 1973-, et al.
(författare)
-
The challenge with the skilled hobbyist
- 2020
-
Ingår i: VILÄR. - Trollhättan : Högskolan Väst. - 9789188847867 ; , s. 16-17
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Having prior knowledge and experience in 3d-graphics or visual effects can give you ahead start when embarking on an education within that field. However, experience shows that it is common that those students that have worked with 3d-graphics on a hobby level are stuck in a certain way of working. They have developed methods and workflows that are suitable under hobby-like circumstances, which means that they have worked in isolation, on a single computer and often without any specific deadlines or time restraints. However, work life is seldom this structured. Instead it is complex and disordered, and requires constant new learning (Bruno et al, 2017).This is a qualitative study where students from a three year program are interviewed regarding their process of going from a hobbyist to a professional, if any. The results are compared with the concept of the Deliberate Professional, as described by Trede and Jacksson (Trede et al, 2019) The results of this pilot study suggests that the students to a large extent still are in the “hobbyist”-mindset, and have a low insight in the different requirements of beingin the workplace. However, some mentions of constant learning, and the importance of knowledge outside of specific 3d-technology. Some implications for the program isto focus and emphazise what it means to be a professional, and not only expose the students to work-like projects, but also have more occasions for reflection excercises, as described by Bruno and Dell’avarsana (Bruno et al, 2017).
|
|
| 7. |
- Demidova, Marina M., et al.
(författare)
-
Prognostic value of early sustained ventricular arrhythmias in ST-segment elevation myocardial infarction treated by primary percutaneous coronary intervention : A substudy of VALIDATE-SWEDEHEART trial
- 2023
-
Ingår i: Heart rhythm O2. - : Elsevier. - 2666-5018. ; 4:3, s. 200-206
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BACKGROUND: Prognostic assessment of ventricular tachycardia (VT) or ventricular fibrillation (VF) in ST-segment elevation myocardial infarction (STEMI) is based mainly on distinguishing between early (<48 hours) and late arrhythmias, and does not take into account its time distribution with regard to reperfusion, or type of arrhythmia.OBJECTIVE: We analyzed the prognostic value of early ventricular arrhythmias (VAs) in STEMI with regard to their type and timing.METHODS: The prespecified analysis of the multicenter prospective Bivalirudin versus Heparin in ST-Segment and Non-ST-Segment Elevation Myocardial Infarctionin Patients on Modern Antiplatelet Therapy in the Swedish Web System for Enhancement and Development of Evidence-based Care in Heart Disease evaluated according to Recommended Therapies Registry Trial included 2886 STEMI patients undergoing primary percutaneous coronary intervention (PCI). VA episodes were characterized regarding their type and timing. Survival status at 180 days was assessed through the population registry.RESULTS: Nonmonomorphic VT or VF was observed in 97 (3.4%) and monomorphic VT in 16 (0.5%) patients. Only 3 (2.7%) early VA episodes occurred after 24 hours from symptom onset. VA was associated with higher risk of death (hazard ratio 3.59; 95% confidence interval [CI] 2.01-6.42) after adjustment for age, sex, and STEMI localization. VA after PCI was associated with an increased mortality compared with VA before PCI (hazard ratio 6.68; 95% CI 2.90-15.41). Early VA was associated with in-hospital mortality (odds ratio 7.39; 95% CI 3.68-14.83) but not with long-term prognosis in patients discharged alive. The type of VA was not associated with mortality.CONCLUSION: VA after PCI was associated with an increased mortality compared with VA before PCI. Long-term prognosis did not differ between patients with monomorphic VT and nonmonomorphic VT or VF, but events were few. VA incidence during 24 to 48 hours of STEMI is negligibly low, thus precluding assessment of its prognostic importance.
|
|
| 8. |
- Espersson, Malin, et al.
(författare)
-
Creative Work in the Digital Games Industry
- 2024
-
Ingår i: Creative work : Conditions, Contexts and Practices - Conditions, Contexts and Practices. - 9781032509792 ; , s. 225-240
-
Bokkapitel (refereegranskat)
|
|
| 9. |
- Gabrielson, Marike, et al.
(författare)
-
Inclusion of Endogenous Plasma Dehydroepiandrosterone Sulfate and Mammographic Density in Risk Prediction Models for Breast Cancer
- 2020
-
Ingår i: Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention. - : American Association For Cancer Research (AACR). - 1055-9965 .- 1538-7755. ; 29:3, s. 574-581
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Endogenous hormones and mammographic density are risk factors for breast cancer. Joint analyses of the two may improve the ability to identify high-risk women.Methods: This study within the KARMA cohort included pre-diagnostic measures of plasma hormone levels of dehydroepiandrosterone (DHEA), its sulfate (DHEAS), and mammographic density in 629 cases and 1,223 controls, not using menopausal hormones. We evaluated the area under the receiver-operating curve (AUC) for risk of breast cancer by adding DHEA, DHEAS, and mammographic density to the Gail or Tyrer-Cuzick 5-year risk scores or the CAD2Y 2-year risk score.Results: DHEAS and percentage density were independently and positively associated with breast cancer risk (P = 0.007 and P < 0.001, respectively) for postmenopausal, but not premenopausal, women. No significant association was seen for DHEA. In postmenopausal women, those in the highest tertiles of both DHEAS and density were at greatest risk of breast cancer (OR, 3.5; 95% confidence interval, 1.9-6.3) compared with the lowest tertiles. Adding DHEAS significantly improved the AUC for the Gail (+2.1 units, P = 0.008) and Tyrer-Cuzick (+1.3 units, P = 0.007) risk models. Adding DHEAS to the Gail and Tyrer-Cuzick models already including mammographic density further increased the AUC by 1.2 units (P = 0.006) and 0.4 units (P = 0.007), respectively, compared with only including density.Conclusions: DHEAS and mammographic density are independent risk factors for breast cancer and improve risk discrimination for postmenopausal breast cancer.Impact: Combining DHEAS and mammographic density could help identify women at high risk who may benefit from individualized breast cancer screening and/or preventive measures among postmenopausal women.
|
|
| 10. |
- Hedberg, P. A. Mikael, et al.
(författare)
-
Measurements and Simulations of the Flow Distribution in a Down-Scaled Multiple Outlet Spillway with Complex Channel
- 2024
-
Ingår i: Water. - : Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI). - 2073-4441. ; 16:6
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Measurements of mass flow through a three-outlet spillway modeled after a scaled-down spillway were conducted. The inlet and channel leading up to the outlets were placed to lead the water toward the outlet at an angle. With this, measurements of the water level at three locations were recorded by magnetostrictive sensors. The volumetric flow rates for each individual outlet were recorded separately to study the differences between them. Additionally, Acoustic Doppler Velocimetry was used to measure water velocities close to the outlets. The conditions changed were the inlet volume flow rate and the flow distribution was measured at 90, 100, 110, and 200 L per second. Differences between the outlets were mostly within the error margin of the instruments used in the experiments with larger differences shown for the 200 L test. The results produced together with a CAD model of the setup can be used for verification of CFD methods. A simulation with the k-epsilon turbulence model is included and compared to earlier experiments and the new experimental results. Larger differences are seen in the new experiments. Differing inlet conditions are assumed as the principal cause for the differences seen.
|
|
