| 1. |
- Ahlbeck Bergendahl, Ida, et al.
(författare)
-
Fisk- och skaldjursbestånd i hav och sötvatten 2016 : Resursöversikt
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I rapporten kan du ta del av bedömningen som görs av situationen för bestånd som regleras inom ramen för EU:s gemensamma fiskeripolitik (GFP). Bedömningarna baseras på det forskningssamarbete och den rådgivning som sker inom det Internationella Havsforskningsrådet (ICES).De bestånd som förvaltas nationellt baseras på de biologiska underlagen, och rådgivningen i huvudsak på den forskning och övervakning samt analys som bedrivs av Institutionen för akvatiska resurser vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU Aqua) samt yrkesfiskets rapportering.Rapporten omfattar 41 fiskarter uppdelade i olika bestånd, samt sju skal- och blötdjursarter.Nytt för årets upplaga är kapitlet om ekosystemtjänster. Avsnittet beskriver de fördelar människan får genom ekosystemen, till exempel hur fisk och skaldjur kommer till nytta för människan genom föda, rekreation och biologisk mångfald. Nytt för i år är också att rapportens diagram och figurer anpassats för läsare med defekt färgseende.Översikten är utarbetad av SLU Aqua på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Ahlbeck Bergendahl, Ida, et al.
(författare)
-
Fisk- och skaldjursbestånd i hav och sötvatten 2017 : Resursöversikt
- 2017
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I rapporten kan du ta del av bedömningen som görs av situationen för bestånd som regleras inom ramen för EU:s gemensamma fiskeripolitik (GFP). Bedömningarna baseras på det forskningssamarbete och den rådgivning som sker inom det Internationella Havsforskningsrådet (ICES).De bestånd som förvaltas nationellt baseras på de biologiska underlagen, och rådgivningen i huvudsak på den forskning och övervakning samt analys som bedrivs av Institutionen för akvatiska resurser vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU Aqua) samt yrkesfiskets rapportering.Rapporten omfattar 41 fiskarter och sju skaldjursarter.Nytt för i år är att vi även beskriver fritidsfisket mer utförligt. Det fisket får allt större betydelse för utvecklingen av många av Sveriges bestånd av fisk- och skaldjur, till exempel sötvattens- och kustlevande arter som abborre, gädda, gös, lax, röding och öring, liksom marina arter som torsk och hummerÖversikten är utarbetad av SLU Aqua på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten.
|
|
| 4. |
- Ahmed Osman, Omneya, et al.
(författare)
-
Interactions of Freshwater Cyanobacteria with Bacterial Antagonists
- 2017
-
Ingår i: Applied and Environmental Microbiology. - 0099-2240 .- 1098-5336. ; 83:7
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Cyanobacterial and algal mass development, or blooms, have severe effects on freshwater and marine systems around the world. Many of these phototrophs produce a variety of potent toxins, contribute to oxygen depletion, and affect water quality in several ways. Coexisting antagonists, such as cyanolytic bacteria, hold the potential to suppress, or even terminate, such blooms, yet the nature of this interaction is not well studied. We isolated 31 cyanolytic bacteria affiliated with the genera Pseudomonas, Stenotrophomonas, Acinetobacter, and Delftia from three eutrophic freshwater lakes in Sweden and selected four phylogenetically diverse bacterial strains with strong-to-moderate lytic activity. To characterize their functional responses to the presence of cyanobacteria, we performed RNA sequencing (RNA-Seq) experiments on coculture incubations, with an initial predator-prey ratio of 1: 1. Genes involved in central cellular pathways, stress-related heat or cold shock proteins, and antitoxin genes were highly expressed in both heterotrophs and cyanobacteria. Heterotrophs in coculture expressed genes involved in cell motility, signal transduction, and putative lytic activity. L, D-Transpeptidase was the only significantly upregulated lytic gene in Stenotrophomonas rhizophila EK20. Heterotrophs also shifted their central metabolism from the tricarboxylic acid cycle to the glyoxylate shunt. Concurrently, cyanobacteria clearly show contrasting antagonistic interactions with the four tested heterotrophic strains, which is also reflected in the physical attachment to their cells. In conclusion, antagonistic interactions with cyanobacteria were initiated within 24 h, and expression profiles suggest varied responses for the different cyanobacteria and studied cyanolytes. IMPORTANCE Here, we present how gene expression profiles can be used to reveal interactions between bloom-forming freshwater cyanobacteria and antagonistic heterotrophic bacteria. Species-specific responses in both heterotrophs and cyanobacteria were identified. The study contributes to a better understanding of the interspecies cellular interactions underpinning the persistence and collapse of cyanobacterial blooms.
|
|
| 5. |
- Alneberg, Johannes, et al.
(författare)
-
BARM and BalticMicrobeDB, a reference metagenome and interface to meta-omic data for the Baltic Sea
- 2018
-
Ingår i: Scientific Data. - : Nature Publishing Group. - 2052-4463. ; 5
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Baltic Sea is one of the world's largest brackish water bodies and is characterised by pronounced physicochemical gradients where microbes are the main biogeochemical catalysts. Meta-omic methods provide rich information on the composition of, and activities within, microbial ecosystems, but are computationally heavy to perform. We here present the Baltic Sea Reference Metagenome (BARM), complete with annotated genes to facilitate further studies with much less computational effort. The assembly is constructed using 2.6 billion metagenomic reads from 81 water samples, spanning both spatial and temporal dimensions, and contains 6.8 million genes that have been annotated for function and taxonomy. The assembly is useful as a reference, facilitating taxonomic and functional annotation of additional samples by simply mapping their reads against the assembly. This capability is demonstrated by the successful mapping and annotation of 24 external samples. In addition, we present a public web interface, BalticMicrobeDB, for interactive exploratory analysis of the dataset. [GRAPHICS] .
|
|
| 6. |
- Beier, Ulrika, et al.
(författare)
-
Fisk och fiske i Mälaren
- 2015
-
Rapport (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Nära en tredjedel av Sveriges befolkning bor i Mälardalen. Mälaren är Sveriges tredje största sjö och en av de artrikaste beträffande fisk. Sjön är både flikig och mångsidig. Ömsom kantas den av slätter med intensivt jordbruk och stora vassområden, ömsom av karga klippor och grusstränder. Här finns omväxlande små och stora öar, grunda vikar, trånga sund och stora, djupa fjärdar. Mälaren har förorenats under århundraden och är fortfarande delvis övergödd. Trots det tjänar den som landets största dricksvattentäkt. Två miljoner människor får dricksvatten från Mälaren. Länge har fokus varit på sjöns vattenkvalitet, både för att dricka och bada i. Mälaren är också viktig som fiskesjö. Fiske i Mälaren innebär oftast rekreation men sjön försörjer också cirka trettio yrkesfiskare. Sist men inte minst - fisken i Mälaren är en viktig del i dess ekosystem. Genom näringsväven återkopplar fisken oundvikligen till vattnets kvalitet. I den här rapporten vill vi sätta Mälarens fisk i fokus. Vi ska berätta om fiskarter som är viktiga för ekosystemet och fisket samt om hur fisken i Mälaren undersöks.
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Grubisic, Lorena M., et al.
(författare)
-
Lake bacterioplankton dynamics over diurnal timescales
- 2017
-
Ingår i: Freshwater Biology. - : Blackwell Publishing. - 0046-5070 .- 1365-2427. ; 62:1, s. 191-204
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- 1. Planktonic bacterial community dynamics over short timescales can be of great importance for food webs and ecosystem functioning but are rarely described when microbial community and composition are assessed. To study the significance of such dynamics we sampled the surface water at the deepest point of a mesotrophic lake (Lake Erken, Sweden) every third hour over two days. 2. By combining 454 pyrosequencing of 16S rRNA genes with bromodeoxyuridine immunocapturing of DNA, replicating populations were identified and compared to the community retrieved from total DNA samples. This comparison revealed a significant difference between the actively replicating and total community. 3. The high-frequency diurnal sampling was compared to a year-long survey conducted in the same lake in order to compare the diurnal and seasonal variation in bacterioplankton community composition. At the diurnal-scale, the variation was significantly higher in the replicating than in the total community. However, variation in both active and total diurnal community was significantly lower than the variation in the seasonal total community. 4. Our analysis revealed pronounced short-term dynamics of individual bacterial populations uncoupled from the diurnal light cycle. For example, the proliferating fraction of the most abundant bacterial tribe (LD12) followed a cyclic pattern that covaried with viral abundance. This implies that environmental factors other than light may act as important drivers of microbial community composition, at least in mesotrophic Lake Erken.
|
|
| 9. |
|
|
