SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Corces M. Ryan)
 

Sökning: WFRF:(Corces M. Ryan) > (2019) > Circular ecDNA prom...

Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression

Wu, Sihan (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Turner, Kristen M. (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA;Boundless Bio Inc, La Jolla, CA USA
Nguyen, Nam (författare)
visa fler...
Raviram, Ramya (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Erb, Marcella (författare)
Univ Calif San Diego, Dept Neurosci, UCSD Light Microscopy Core Facil, La Jolla, CA 92093 USA
Santini, Jennifer (författare)
Univ Calif San Diego, Dept Neurosci, UCSD Light Microscopy Core Facil, La Jolla, CA 92093 USA
Luebeck, Jens (författare)
Univ Calif San Diego, Bioinformat & Syst Biol Grad Program, La Jolla, CA 92093 USA
Rajkumar, Utkrisht (författare)
Univ Calif San Diego, Dept Comp Sci & Engn, La Jolla, CA 92093 USA;Duke Univ, Sch Med, Dept Cell Biol, Regenerat Next Initiat, Durham, NC USA
Diao, Yarui (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA;Duke Univ, Sch Med, Dept Orthopaed Surg, Regenerat Next Initiat, Durham, NC USA
Li, Bin (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Zhang, Wenjing (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Jameson, Nathan (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Corces, M. Ryan (författare)
Stanford Univ, Ctr Personal Dynam Regulomes, Stanford, CA 94305 USA
Granja, Jeffrey M. (författare)
Stanford Univ, Ctr Personal Dynam Regulomes, Stanford, CA 94305 USA
Chen, Xingqi (författare)
Uppsala universitet,Molekylära verktyg,Stanford Univ, Ctr Personal Dynam Regulomes, Stanford, CA 94305 USA
Coruh, Ceyda (författare)
Salk Inst Biol Studies, Plant Mol & Cellular Biol Lab, 10010 N Torrey Pines Rd, La Jolla, CA 92037 USA
Abnousi, Armen (författare)
Cleveland Clin Fdn, Lerner Res Inst, Dept Quantitat Hlth Sci, 9500 Euclid Ave, Cleveland, OH 44195 USA
Houston, Jack (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Ye, Zhen (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Hu, Rong (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Yu, Miao (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Kim, Hoon (författare)
Jackson Lab Genom Med, Farmington, CT USA
Law, Julie A. (författare)
Salk Inst Biol Studies, Plant Mol & Cellular Biol Lab, 10010 N Torrey Pines Rd, La Jolla, CA 92037 USA
Verhaak, Roel G. W. (författare)
Jackson Lab Genom Med, Farmington, CT USA
Hu, Ming (författare)
Cleveland Clin Fdn, Lerner Res Inst, Dept Quantitat Hlth Sci, 9500 Euclid Ave, Cleveland, OH 44195 USA
Furnari, Frank B. (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA
Chang, Howard Y. (författare)
Stanford Univ, Ctr Personal Dynam Regulomes, Stanford, CA 94305 USA;Stanford Univ, Howard Hughes Med Inst, Stanford, CA 94305 USA
Ren, Bing (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA;Univ Calif San Diego, Ctr Epigen, Dept Cellular & Mol Med, La Jolla, CA 92093 USA;Univ Calif San Diego, Moores Canc Ctr, Inst Genom Med, La Jolla, CA 92093 USA
Bafna, Vineet (författare)
Univ Calif San Diego, Dept Comp Sci & Engn, La Jolla, CA 92093 USA
Mischel, Paul S. (författare)
Univ Calif San Diego, Ludwig Inst Canc Res, La Jolla, CA 92093 USA;Univ Calif San Diego, Moores Canc Ctr, La Jolla, CA 92093 USA;Univ Calif San Diego, Dept Pathol, La Jolla, CA 92093 USA
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2019-11-20
2019
Engelska.
Ingår i: Nature. - : NATURE PUBLISHING GROUP. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 575:7784, s. 699-703
Relaterad länk:
https://europepmc.or...
visa fler...
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Oncogenes are commonly amplified on particles of extrachromosomal DNA (ecDNA) in cancer(1,2), but our understanding of the structure of ecDNA and its effect on gene regulation is limited. Here, by integrating ultrastructural imaging, long-range optical mapping and computational analysis of whole-genome sequencing, we demonstrate the structure of circular ecDNA. Pan-cancer analyses reveal that oncogenes encoded on ecDNA are among the most highly expressed genes in the transcriptome of the tumours, linking increased copy number with high transcription levels. Quantitative assessment of the chromatin state reveals that although ecDNA is packaged into chromatin with intact domain structure, it lacks higher-order compaction that is typical of chromosomes and displays significantly enhanced chromatin accessibility. Furthermore, ecDNA is shown to have a significantly greater number of ultra-long-range interactions with active chromatin, which provides insight into how the structure of circular ecDNA affects oncogene function, and connects ecDNA biology with modern cancer genomics and epigenetics.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • Nature (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy