| 1. |
- Garcia-Closas, Montserrat, et al.
(författare)
-
Heterogeneity of breast cancer associations with five susceptibility loci by clinical and pathological characteristics
- 2008
-
Ingår i: PLoS genetics. - : Public Library of Science (PLoS). - 1553-7404. ; 4:4, s. e1000054-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A three-stage genome-wide association study recently identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) in five loci (fibroblast growth receptor 2 (FGFR2), trinucleotide repeat containing 9 (TNRC9), mitogen-activated protein kinase 3 K1 (MAP3K1), 8q24, and lymphocyte-specific protein 1 (LSP1)) associated with breast cancer risk. We investigated whether the associations between these SNPs and breast cancer risk varied by clinically important tumor characteristics in up to 23,039 invasive breast cancer cases and 26,273 controls from 20 studies. We also evaluated their influence on overall survival in 13,527 cases from 13 studies. All participants were of European or Asian origin. rs2981582 in FGFR2 was more strongly related to ER-positive (per-allele OR (95%CI) = 1.31 (1.27-1.36)) than ER-negative (1.08 (1.03-1.14)) disease (P for heterogeneity = 10(-13)). This SNP was also more strongly related to PR-positive, low grade and node positive tumors (P = 10(-5), 10(-8), 0.013, respectively). The association for rs13281615 in 8q24 was stronger for ER-positive, PR-positive, and low grade tumors (P = 0.001, 0.011 and 10(-4), respectively). The differences in the associations between SNPs in FGFR2 and 8q24 and risk by ER and grade remained significant after permutation adjustment for multiple comparisons and after adjustment for other tumor characteristics. Three SNPs (rs2981582, rs3803662, and rs889312) showed weak but significant associations with ER-negative disease, the strongest association being for rs3803662 in TNRC9 (1.14 (1.09-1.21)). rs13281615 in 8q24 was associated with an improvement in survival after diagnosis (per-allele HR = 0.90 (0.83-0.97). The association was attenuated and non-significant after adjusting for known prognostic factors. Our findings show that common genetic variants influence the pathological subtype of breast cancer and provide further support for the hypothesis that ER-positive and ER-negative disease are biologically distinct. Understanding the etiologic heterogeneity of breast cancer may ultimately result in improvements in prevention, early detection, and treatment.
|
|
| 2. |
- Cox, Angela, et al.
(författare)
-
A common coding variant in CASP8 is associated with breast cancer risk
- 2007
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 39:3, s. 352-358
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Breast Cancer Association Consortium (BCAC) has been established to conduct combined case-control analyses with augmented statistical power to try to confirm putative genetic associations with breast cancer. We genotyped nine SNPs for which there was some prior evidence of an association with breast cancer: CASP8 D302H (rs1045485), IGFBP3 -202 C --> A (rs2854744), SOD2 V16A (rs1799725), TGFB1 L10P (rs1982073), ATM S49C (rs1800054), ADH1B 3' UTR A --> G (rs1042026), CDKN1A S31R (rs1801270), ICAM5 V301I (rs1056538) and NUMA1 A794G (rs3750913). We included data from 9-15 studies, comprising 11,391-18,290 cases and 14,753-22,670 controls. We found evidence of an association with breast cancer for CASP8 D302H (with odds ratios (OR) of 0.89 (95% confidence interval (c.i.): 0.85-0.94) and 0.74 (95% c.i.: 0.62-0.87) for heterozygotes and rare homozygotes, respectively, compared with common homozygotes; P(trend) = 1.1 x 10(-7)) and weaker evidence for TGFB1 L10P (OR = 1.07 (95% c.i.: 1.02-1.13) and 1.16 (95% c.i.: 1.08-1.25), respectively; P(trend) = 2.8 x 10(-5)). These results demonstrate that common breast cancer susceptibility alleles with small effects on risk can be identified, given sufficiently powerful studies.
|
|
| 3. |
- Cox, David G., et al.
(författare)
-
A comprehensive analysis of the androgen receptor gene and risk of breast cancer: results from the National Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium (BPC3)
- 2006
-
Ingår i: Breast Cancer Research. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1465-5411 .- 1465-542X. ; 8:5
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Introduction Androgens have been hypothesised to influence risk of breast cancer through several possible mechanisms, including their conversion to estradiol or their binding to the oestrogen receptor and/ or androgen receptor ( AR) in the breast. Here, we report on the results of a large and comprehensive study of the association between genetic variation in the AR gene and risk of breast cancer in the National Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium ( BPC3). Methods The underlying genetic variation was determined by first sequencing the coding regions of the AR gene in a panel of 95 advanced breast cancer cases. Second, a dense set of markers from the public database was genotyped in a panel of 349 healthy women. The linkage disequilibrium relationships ( blocks) across the gene were then identified, and haplotypetagging single nucleotide polymorphisms ( htSNPs) were selected to capture the common genetic variation across the locus. The htSNPs were then genotyped in the nested breast cancer cases and controls from the Cancer Prevention Study II, European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition, Multiethnic Cohort, Nurses' Health Study, and Women's Health Study cohorts ( 5,603 breast cancer cases and 7,480 controls). Results We found no association between any genetic variation ( SNP, haplotype, or the exon 1 CAG repeat) in the AR gene and risk of breast cancer, nor were any statistical interactions with known breast cancer risk factors observed. Conclusion Among postmenopausal Caucasian women, common variants of the AR gene are not associated with risk of breast cancer.
|
|
| 4. |
- Cox, David G, et al.
(författare)
-
Haplotypes of the estrogen receptor beta gene and breast cancer risk
- 2008
-
Ingår i: International Journal of Cancer. - : Wiley. - 0020-7136. ; 122:2, s. 387-392
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Exposure to exogenous (oral contraceptives, postmenopausal hormone therapy) and endogenous (number of ovulatory cycles, adiposity) steroid hormones is associated with breast cancer risk. Breast cancer risk associated with these exposures could hypothetically be modified by genes in the steroid hormone synthesis, metabolism and signaling pathways. Estrogen receptors are the first step along the path of signaling cell growth and development upon stimulation with estrogens. The National Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium has systematically selected haplotype tagging SNPs in genes along the steroid hormone synthesis, metabolism and binding pathways, including the estrogen receptor beta (ESR2) gene. Four htSNPs tag the 6 major (>5% frequency) haplotypes of the ESR2 gene. These polymorphisms have been genotyped in 5,789 breast cancer cases and 7,761 controls nested within the American Cancer Society Cancer Prevention Study II, European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition, Multiethnic Cohort, Nurses' Health Study and Women's Health Study cohorts. None of the SNPs were independently associated with breast cancer risk. One haplotype of the ESR2 gene was associated with breast cancer risk before correction for multiple testing (OR 1.17, 95% CI 1.07-1.28, p = 0.0007). This haplotype remained associated with breast cancer risk after adjustment for multiple testing using a permutation procedure. There was no statistically significant heterogeneity in SNP or haplotype odds ratios across cohorts. These data suggest that inherited variants in ESR2 (while possibly conferring a small increased risk of breast cancer) are not associated with appreciable (OR > 1.2) changes in breast cancer risk among Caucasian women.
|
|
| 5. |
- Englöv, Peter, et al.
(författare)
-
Klorerade lösningsmedel : Identifiering och val av efterbehandlingsmetod
- 2007
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Klorerade alifatiska kolväten har använts under flera decennier i stor omfattning inom svensk industri för en rad olika ändamål. Den bredaste användningen har varit som lösnings- och extraktionsmedel inom verkstadsindustri, kemiteknisk industri och elektronikindustri samt för kemtvätt. De lösningsmedel som dominerat har varit trikloreten, tetrakloreten, 1,1,1-trikloretan och diklormetan, men även 1,1,2-triklortrifluoretan (CFC 113) har använts i stor omfattning. Förbrukningen av klorerade lösningsmedel kulminerade i mitten av 1970-talet, då den uppgick till sammantaget mer än 20 000 ton/år, varav trikloreten utgjorde hälften. Genom restriktioner och förbud har vissa medel helt fasats ut (t.ex. 1,1,1-trikloretan och CFC-medlen) och andra minskat betydligt i användning. Under början av 2000-talet var den totala förbrukningen nere i storleksordningen 1 000 ton/år, varav tetrakloreten svarade för nästan hälften. Klorerade lösningsmedel har lagrats, hanterats och nyttjats på tusentals platser i Sverige. Någon samlad bild över användningen finns inte, men flertalet platser utgör sannolikt verkstadsindustrier, där främst trikloreten använts för avfettning av verkstadsprodukter före ytbehandling och lackering. De klorerade lösningsmedlen, inklusive de klorfluorkarboner som använts för avfettning, är vätskor som är tyngre än vatten. De kännetecknas också av hydrofoba egenskaper, d.v.s. de är svårlösliga i vatten. På grund av sina egenskaper brukar de benämnas ”dense nonaqueous phase liquids” - DNAPLs. Klorerade lösningsmedel som kommer ut i omgivningen kan transporteras som en separat (fri) fas genom jordlager och grundvatten, vilken bromsas upp först när kapillära krafter kan binda vätskan eller när den hindras av ett tätt lager. Transporten av fri fas kan ske mycket snabbt och nå stora djup. Efter passagen av en fri fas kvarlämnas rester av lösningsmedlet i porer eller sprickor i form av droppar och tunna strängar. Sådana rester och eventuellt förekommande ansamlingar på täta lager utgör källområde från vilket långsam utlösning sker via diffusion till förbipasserande grundvatten. Den vidare spridningen i grundvattnet av lösta föroreningar av lösningsmedlet eller eventuella nedbrytningsprodukter sker relativt snabbt, eftersom klorerade alifatiska kolväten binds generellt sett dåligt till jordpartiklar. Även om lösligheten i vatten är låg kan påverkan på grundvatten bli betydande. Naturlig nedbrytning kan ske i grundvatten beroende på de platsspecifika förhållandena. Nedbrytningen är dock vanligtvis mycket långsam, och om den äger rum kan den vara ofullständig och leda till ackumulation av toxiska nedbrytningsprodukter. Sammantaget innebär detta att en förorening av klorerade lösningsmedel kan ha stor uthållighet (decennier till sekel) och leda till omfattande påverkan (föroreningsplymer på hundratals eller tusentals meter har observerats). En annan viktig spridningsväg, vid sidan om grundvattentransport, är via gas. Klorerade alifatiska kolväten har generellt sett hög flyktighet. Gasavgång av betydelse kan ske inte bara från källområdet utan också från en föroreningsplym i grundvatten. änniskor kan exponeras för klorerade lösningsmedel och deras nedbrytningsprodukter genom en rad olika vägar. Ofta återfinns föroreningen på större djup, varför exponering genom direktkontakt med förorenad jord vanligtvis inte är styrande för riskerna. I stället utgör inandning av gaser en generellt sett större risk. Gasavgång kan ske inte bara från källområdet utan också från förorenat grundvatten. Gaser med klorerade lösningsmedel kan avgå från grundvattnet och därefter transporteras genom jordlagren in i byggnader belägna över det förorenade grundvattnet. Även intag av grundvatten som är förorenat av lösningsmedel kan vara en viktig exponeringsväg. Klorerade lösningsmedel och deras nedbrytningsprodukter uppvisar varierande grad av farlighet för människors hälsa - från måttlig till mycket hög. Vinylklorid har cancerframkallande effekter, medan vissa andra har potentiellt cancerframkallande/mutagena effekter. Även de ekotoxikologiska effekterna varierar inom ett brett intervall. Även om klorerade lösningsmedel har hanterats på många olika platser i Sverige och sannolikheten är hög att jord och grundvatten förorenats på dessa platser är kunskapen om problemets omfattning bristfällig. Endast på ett begränsat antal platser har mer systematiska undersökningar utförts. På ett fåtal platser har efterbehandlingsåtgärder utförts specifikt inriktade mot klorerade lösningsmedel. Detta förhållande skiljer sig markant från det som råder i flera andra europeiska länder och Nordamerika, där föroreningar av klorerade lösningsmedel fått en helt annan uppmärksamhet och prioritet i efterbehandlingsarbetet. Undersökning och efterbehandling av föroreningar av klorerade lösningsmedel innebär större utmaningar än undersökning av t.ex. föroreningar med petroleumkolväten. Svårigheterna är bland annat att lokalisera och avgränsa föroreningskällan och spridningsvägarna. Vid efterbehandling är den ofta stora utbredningen och fördelningen i olika medier en komplikation, som medför att en enda metod sällan räcker för att åstadkomma önskvärda åtgärdsresultat. Det är inte ovanligt att olika metoder måste tillämpas för källområde i omättad zon respektive i mättad zon. Vidare kan kompletterande åtgärder erfordras i föroreningsplymen för att förhindra eller begränsa transporten så att acceptabelt skydd kan uppnås. Det finns stora valmöjligheter när lämplig efterbehandlingsmetod ska identifieras och slutligen väljas. Vissa metoder som används för efterbehandling av petroleumkolväten och andra typer av organiska föroreningar kan också användas för klorerade lösningsmedel, men flera metoder är mer eller mindre specifikt anpassade för klorerade lösningsmedel. En omfattande forskning och teknikutveckling med inriktning på efterbehandling av klorerade lösningsmedel har skett sedan slutet av 1980-talet. Även kunskapsuppbyggnaden kring lösningsmedlens beteenden i jord och grundvatten har varit omfattande. Särskilt gäller detta kunskapen kring de naturliga nedbrytningsprocesser och de faktorer som styr nedbrytningen. Utvärderingsprocessen, som syftar till att identifiera och värdera lämpliga åtgärdsalternativ, bör ske stegvis. I det inledande steget formuleras platsspecifika åtgärdsmål, som beaktar skydd av människors hälsa och miljön och andra övergripande mål som gäller för den aktuella platsen. Målen måste specificeras för arje förorening, exponeringsväg och skyddsobjekt av betydelse. När man formulerar åtgärdsmål för föroreningar med klorerade lösningsmedel i fri fas bör man vara medveten om att fullständig sanering till bakgrundsnivåer sällan är möjlig. Åtgärdsmål som avser källområden bör därför vara realistiska och fokusera på att reducera källstyrkan så långt som möjligt och att skapa kontroll över spridningen. När åtgärdsmålen har formulerats bör generella åtgärdsinsatser identifieras och bedömas som utgångspunkt för den fortsatta utvärderingsprocessen. Generella åtgärdsinsatser är strategier eller kategorier av åtgärder som bedöms ha förutsättningar att uppfylla åtgärdsmålen. De är specifika för varje relevant medium och omfattar följande kategorier: Ingen åtgärd (nollalternativ), administrativa skyddsåtgärder, tekniska skyddsåtgärder, långtidsuppföljning, övervakad naturlig nedbrytning, inneslutning och massreduktion. I nästa steg i processen bör tänkbara metoder inom varje åtgärdskategori/strategi identifieras genom en inledande screening följd av en fördjupad analys av utvalda metoder. I det slutliga steget bör åtgärdsalternativ ställas samman och utvärderas individuellt, så att det mest lämpade alternativet för platsen kan identifieras. Varje alternativ kan omfatta enstaka metoder eller en kombination av metoder. För klorerade lösningsmedel är det vanligt att en uppsättning alternativ ställs samman för efterbehandling av källförorening och en annan uppsättning för föroreningsplym.De tekniska åtgärdsslösningar som kan vidtas omfattar fyra huvudgrupper: Tekniska skyddsåtgärder för inomhusmiljö Inneslutning och avskärning Fysisk massreduktion Nedbrytning in situ Tekniska skyddsåtgärder avser i första hand åtgärder för att förhindra eller begränsa påverkan på inomhusluften i byggnader där inträngning av gaser sker. Detta kan åtgärdas med etablerad teknik, såsom den typ av åtgärder som används för att förhindra radoninträngning eller olika former av ventilationstekniska lösningar. Inneslutning och avskärning kan ske antingen som fysisk inneslutning av föroreningen innanför tätspont/slurrybarriär eller hydraulisk inneslutning och kontroll genom pumpning och behandling. Fysisk inneslutning kommer i fråga främst för källföroreningar, medan pumpning och behandling kan tillämpas för såväl källsom plymförorening. Fysisk massreduktion innebär att föroreningen avlägsnas genom urschaktning eller genom olika in situ-metoder. Efterföljande behandling ex situ krävs. In situmetoderna omfattar: Luftinjektering, där föroreningar under grundvattenytan avdrivs genom luftinblåsningPorgasextraktion, där föroreningar i den omättade zonen sugs upp genom ett vakuumsystemFlerfasextraktion, som är en kombination av pumpning/behandling och porgasextraktionJordtvättning in situ, där föroreningar mobiliseras med hjälp av vattenspolning eventuellt i kombination med lösningsmedel eller tensiderTermisk behandling in situ, i vilken avdrivningen påskyndas genom uppvärmning antingen med ånga eller elektricitetFysisk massreduktion tillämpas vanligtvis i första hand f
|
|
| 6. |
- Matsson, Hans, et al.
(författare)
-
Alpha-cardiac actin mutations produce atrial septal defects.
- 2008
-
Ingår i: Human molecular genetics. - : Oxford University Press (OUP). - 1460-2083 .- 0964-6906. ; 17:2, s. 256-65
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Atrial septal defect (ASD) is one of the most frequent congenital heart defects (CHDs) with a variable phenotypic effect depending on the size of the septal shunt. We identified two pedigrees comprising 20 members segregating isolated autosomal dominant secundum ASD. By genetic mapping, we identified the gene-encoding alpha-cardiac actin (ACTC1), which is essential for cardiac contraction, as the likely candidate. A mutation screen of the coding regions of ACTC1 revealed a founder mutation predicting an M123V substitution in affected individuals of both pedigrees. Functional analysis of ACTC1 with an M123V substitution shows a reduced affinity for myosin, but with retained actomyosin motor properties. We also screened 408 sporadic patients with CHDs and identified a case with ASD and a 17-bp deletion in ACTC1 predicting a non-functional protein. Morpholino (MO) knockdown of ACTC1 in chick embryos produces delayed looping and reduced atrial septa, supporting a developmental role for this protein. The combined results indicate, for the first time, that ACTC1 mutations or reduced ACTC1 levels may lead to ASD without signs of cardiomyopathy.
|
|
| 7. |
- McKay, James D., et al.
(författare)
-
Vitamin D Receptor Polymorphisms and Breast Cancer Risk: Results from the National Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium
- 2009
-
Ingår i: Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention. - 1538-7755. ; 18:1, s. 297-305
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Vitamin D is hypothesized to lower the risk of breast cancer by inhibiting cell proliferation via the nuclear vitamin D receptor (VDR). Two common single nucleotide polymorphisms (SNP) in the VDR gene (VDR), rs154441.0 (BsmI), and rs2228570 (FokI), have been inconsistently associated with breast cancer risk. Increased risk has been reported for the FokIff genotype, which encodes a less transcriptionally active isoform of VDR, and reduced risk has been reported for the BsmI BB genotype, a SNP in strong linkage disequilibrium with a 3'-untranslated region, which may influence VDR mRNA stability. Methods: We pooled data from 6 prospective studies in the National Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium to examine associations between these SNPs and breast cancer among >6,300 cases and 8,100 controls for each SNP using conditional logistic regression. Results: The odds ratio (OR) for the rs2228570 (FokI) ff versus FF genotype in the overall population was statistically significantly elevated [OR, 1-1.6; 95% confidence interval (95% CI), 1.04-1.28] but was weaker once data from the cohort with previously published positive findings were removed (OR, 1.1.0; 95% CI, 0.981.24). No association was noted between rs1544410 (Bsm I) BB and breast cancer risk overall (OR, 0.98; 95% CI, 0.89-1.09), but the BB genotype was associated with a significantly lower risk of advanced breast cancer (OR, 0.74; 95% CI, 0.60-0.92). Conclusions: Although the evidence for independent contributions of these variants to breast cancer susceptibility remains equivocal, future large studies should integrate genetic variation in VDR with biomarkers of vitamin D status. (Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2009;18(1):297-305)
|
|
| 8. |
- Ram, Sanjay, et al.
(författare)
-
Heptose I glycan substitutions on Neisseria gonorrhoeae lipooligosaccharide influence C4b-binding protein binding and serum resistance.
- 2007
-
Ingår i: Infection and Immunity. - 1098-5522. ; 75:8, s. 4071-4081
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Lipooligosaccharide (LOS) heptose (Hep) glycan substitutions influence gonococcal serum resistance. Several gonococcal strains bind the classical complement pathway inhibitor, C4b-binding protein (C4BP), via their porin (Por) molecule to escape complement-dependent killing by normal human serum (NHS). We show that the proximal glucose (Glc) on HepI is required for C4BP binding to Por1B-bearing gonococcal strains MS11 and 1291 but not to FA19 (Por1A). The presence of only the proximal Glc on HepI (lgtE mutant) permitted maximal C4BP binding to MS11 but not to 1291. Replacing 1291 lgtE Por with MS11 Por increased C4BP binding to levels that paralleled MS11 lgtE, suggesting that replacement of the Por1B molecule dictated the effects of HepI glycans on C4BP binding. The remainder of the strain background did not affect C4BP binding; replacing the Por of strain F62 with MS11 Por (F62 PorMS11) and truncating HepI mirrored the findings in the MS11 background. C4BP binding correlated with resistance to killing by NHS in most instances. F62 PorMS11 and its lgtE mutant were sensitive to NHS despite binding C4BP, secondary to kinetically overwhelming classical pathway activation and possibly increased alternative pathway activation (measured by factor Bb binding) by the F62 background. FA19 lgtF (HepI unsubstituted) resisted killing by only 10% NHS, not 50% NHS, despite binding levels of C4BP similar to those of FA19 and FA19 lgtE (both resistant to 50% serum), suggesting a role for the proximal Glc in serum resistance independently of C4BP binding. This study provides mechanistic insights into how HepI LOS substitutions affect the serum resistance of N. gonorrhoeae.
|
|
| 9. |
- Setiawan, Veronica Wendy, et al.
(författare)
-
CYP17 genetic variation and risk of breast and prostate cancer from the national Cancer Institute Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium (BPC3)
- 2007
-
Ingår i: Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention. - 1538-7755. ; 16:11, s. 2237-2246
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- CYP17 encodes cytochrome p450c17 alpha, which mediates activities essential for the production of sex steroids. Common germ line variation in the CYP17 gene has been related to inconsistent results in breast and prostate cancer, with most studies focusing on the nonsynonymous single nucleotide polymorphism (SNP) T27C (rs743572). We comprehensively characterized variation in CYP17 by direct sequencing of exons followed by dense genotyping across the 58 kb region around CYP17 in five racial/ethnic populations. Two blocks of strong linkage disequilibrium were identified and nine haplotype-tagging SNPs, including T27C, were chosen to predict common haplotypes (R-h(2) >= 0.85). These haplotype-tagging SNPs were genotyped in 8,138 prostate cancer cases and 9,033 controls, and 5,333 breast cancer cases and 7,069 controls from the Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium. We observed borderline significant associations with prostate cancer for rs2486758 [TC versus TT, odds ratios (OR), 1.07; 95% confidence intervals (95% Cl), 1.00-1.14; CC versus TT, OR, 1.09; 95% CI, 0.95-1.26; P trend = 0.04] and rs6892 (AG versus AA, OR, 1.08; 95% CI, 1.00-1.15; GG versus AA, OR, 1.11; 95% CI, 0.95-1.30; P trend = 0.03). We also observed marginally significant associations with breast cancer for rs4919687 (GA versus GG, OR, 1.04; 95% CI, 0.97-1.12, AA versus GG, OR, 1.17; 95% CI, 1.03-1.34; P trend = 0.03) and rs4919682 (CT versus CC, OR, 1.04; 95% CI, 0.97-1.12; TT versus CC, OR, 1.16; 95% CI, 1.01-1.33; P trend = 0.04). Common variation at CYP17 was not associated with circulating sex steroid hormones in men or postmenopausal women. Our findings do not support the hypothesis that common germ line variation in CYP17 makes a substantial contribution to postmenopausal breast or prostate cancer susceptibility.
|
|
| 10. |
- Tsuchiya, Takafumi, et al.
(författare)
-
Association of the calpain-10 gene with type 2 diabetes in Europeans: Results of pooled and meta-analyses
- 2006
-
Ingår i: Molecular Genetics and Metabolism. - : Elsevier BV. - 1096-7192. ; 89:1-2, s. 174-184
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We conducted pooled and meta-analyses of the association of the calpain-10 gene (CAPN10) polymorphisms SNP-43, Indel-19 and SNP-63 individually and as haplotypes with type 2 diabetes (T2D) in 3237 patients and 2935 controls of European ancestry. In the pooled analyses, the common SNP-43*G allele was associated with modest but statistically significant increased risk of T2D (odds ratio (OR) = 1.11 (95% confidence interval (0), 1.02-1.20), P = 0.01). Two haplotype combinations were associated with increased risk of T2D) (1-2-1/1-2-1, OR = 1.20 (1.03-1.41), P = 0.02; and 1-1-2/1-2-1, OR = 1.26 (1.01-1.59), P = 0.04) and one with decreased risk (1-1-1/2-2-1, OR = 0.86 (0.75-0.99), P = 0.03). The meta-analysis also showed a significant effect of the 1-2-1/1-2-1 haplogenotype on risk (OR = 1.25 (1.05-1.50), P = 0.01). However, there was evidence for heterogeneity with respect to this effect (P = 0.06). The heterogeneity appeared to be due to data sets in which the cases were selected from samples used in linkage studies of T2D. Using only the population-based case-control samples removed the heterogeneity (P = 0.89) and strengthened the evidence for association with T2D) in both the pooled (SNP-43*G, OR = 1.19 (1.07-1.32), P = 0.001; 1-2-1/1-2-1 haplogenotype, OR = 1.46 (1.19-1.78), P = 0.0003; 1-1-2/1-2-1 haplogenotype, OR = 1.52 (1.12-2.06), P = 0.007; and 1-1-1/2-2-1 haplogenotype, OR = 0.83 (0.70-0.99), P = 0.03) and the meta-analysis (SNP-43*G, OR = 1.18 (1.05-1.32), P = 0.005; 1-2-1/1-2-1 haplogenotype, OR = 1.68 (1.33-2.11), P = 0.00001). The pooled and meta-analyses as well as the linkage disequilibrium and haplotype diversity studies suggest a role for genetic variation in CAPN10 affecting risk of T2D in Europeans. (c) 2006 Elsevier Inc. All rights reserved.
|
|
