| 1. |
|
|
| 2. |
- Barker-Astrom, K., et al.
(författare)
-
Chlorosis during nitrogen starvation is altered by carbon dioxide and temperature status and is mediated by the ClpP1 protease in Synechococcus elongatus
- 2005
-
Ingår i: Archives of Microbiology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0302-8933 .- 1432-072X. ; 183:1, s. 66-69
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The interactive effects of inorganic carbon status, temperature and light on chlorosis induced by nitrogen deficiency, and the roles of Clp proteases in this process were investigated. In wild-type cultures grown in high or ambient CO2, following transfer to media lacking combined nitrogen, phycocyanin per cell dropped primarily through dilution of the pigment through cell division, and also suffered variable degrees of net degradation. When grown at high CO2 (5%), chlorophyll (Chl) suffered net degradation to a greater extent than phycocyanin. In marked contrast, growth at ambient CO2 resulted in Chl per cell dropping through dilution. Conditions that drove net Chl degradation in the wild-type resulted in little or no net Chl degradation in a clpPI inactivation mutant, with Chl content dropping largely through growth dilution in the mutant. The chlorotic response of a clpPII inactivation strain was nearly the same as that of wild-type, although phycocyanin degradation may have been slightly accelerated in the former.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Berggren Kleja, Dan, et al.
(författare)
-
Metallers mobilitet i mark
- 2006
-
Rapport (refereegranskat)abstract
- I rapporten beskrivs nuvarande kunskapsläge när det gäller metallers uppträdande imark. Riskbedömningar för metaller i förorenad mark diskuteras.De flesta metaller binds i viss utsträckning i marken, oftast genom olika ytreaktioner med markens organiska material eller med järn- och aluminiumoxider, ochibland även genom utfällningsreaktioner. I vilken omfattning detta sker beror avfaktorer som t.ex. pH, redoxförhållanden, löst organiskt material (DOC) i markvattnet, samt förekomst av konkurrerande joner. Det är också viktigt att beaktavilka former metallerna förekommer som i markvattnet. Komplexbildning medt.ex. DOC minskar i regel toxiciteten. För att bättre ta hänsyn till markkemiskaförhållanden i riskbedömningen bör geokemiska modeller komma till ökad användning.Metaller lösta i vattnet följer med när vattnet strömmar och kan transporterastill grund- och ytvatten eller tas upp av växter. Hur snabbt detta går beror, förutomkemiska och biologiska processer, även på en rad olika jordegenskaper. Till exempel innehåller vissa jordar s.k. makroporer vilka ger upphov till preferentiellt flöde.Detta innebär att en del av metallerna snabbare kan transporteras genom marken,förbi jordpartiklar där metallerna annars skulle bindas.De olika modeller som används för att beskriva påverkan av markförorening pågrundvatten kan delas in i två grupper: stationära modeller antar att källtermen ärkonstant och tar enbart hänsyn till den utspädning som sker i grundvattnet. Exempel på sådana modeller är den svenska riktvärdesmodellen, JAGG och RBCA. I detvå senare modellerna finns möjlighet att ta hänsyn till nedbrytning av organiskaämnen. Tidsberoende modeller antar en avklingande källterm och en tidsberoendetransport i grundvattnet, exempelvis RISC och TAC-modellen. För beräkning avtransport i grundvattnet tas hänsyn till flödes- och fastläggningsmekanismer somadvektion, dispersion och linjär sorption.Med hjälp av laktester kan man uppskatta den andel av metallföroreningen somär löslig i vatten. Denna information kan sedan användas för att beräkna adsorptionsparametrar (Kd-värden, m.m.) för spridningsmodeller. Laktester kan ibland gemissvisande resultat eftersom de orsakar utspädning av provet, bl.a. blir DOCkoncentrationerna alltför låga. Dessutom bör de inte användas för sulfidjordar.Geokemiska modeller kan användas för att förbättra tolkningen av laktester för attfå till stånd realistiska uppskattningar av Kd-värden.Det finns ett antal spridningsmodeller som kan användas för att bedöma riskenför spridning till grundvatten och ytvatten. De är kraftfulla verktyg som dock ännuinte använts i någon större utsträckning i Sverige. Detta beror på flera orsaker, bl.a.de hydrogeologiska förhållandena i Sverige, behovet av anpassningen av de modeller som är allmänt tillgängliga, svårigheter att ta fram bra dataunderlag samt ensvag tradition i att använda modeller och förstå modellresultat.Ett par angelägna forsknings- och utvecklingsinsatser är att ta fram bättre uppskattningar av metalladsorption i svensk mark, och att anpassa existerande spridningsmodeller för användning i riskbedömningar.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Bylesjö, Max, et al.
(författare)
-
LAMINA : a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters
- 2008
-
Ingår i: BMC Plant Biology. - : BMC. - 1471-2229. ; 8
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: An increased understanding of leaf area development is important in a number of fields: in food and non-food crops, for example short rotation forestry as a biofuels feedstock, leaf area is intricately linked to biomass productivity; in paleontology leaf shape characteristics are used to reconstruct paleoclimate history. Such fields require measurement of large collections of leaves, with resulting conclusions being highly influenced by the accuracy of the phenotypic measurement process.Results: We have developed LAMINA (Leaf shApe deterMINAtion), a new tool for the automated analysis of images of leaves. LAMINA has been designed to provide classical indicators of leaf shape (blade dimensions) and size (area), which are typically required for correlation analysis to biomass productivity, as well as measures that indicate asymmetry in leaf shape, leaf serration traits, and measures of herbivory damage (missing leaf area). In order to allow Principal Component Analysis (PCA) to be performed, the location of a chosen number of equally spaced boundary coordinates can optionally be returned.Conclusion: We demonstrate the use of the software on a set of 500 scanned images, each containing multiple leaves, collected from a common garden experiment containing 116 clones of Populus tremula (European trembling aspen) that are being used for association mapping, as well as examples of leaves from other species. We show that the software provides an efficient and accurate means of analysing leaf area in large datasets in an automated or semi-automated work flow.
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Djerbi, Soraya, 1974-
(författare)
-
Cellulose synthases in Populus- identification, expression analyses and in vitro synthesis
- 2005
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Cellulose is a biopolymer of great relevance in the plant cell walls, where it constitutes the most important skeletal component. Cellulose is also an important raw material in the pulp- and paper, forest, and textile industries, among others. Cellulose biosynthesis in particular, and xylogenesis in general are processes which are currently poorly understood. Yet, research in cellulose synthesis is progressing and different applications of cellulose, mainly cellulose derivatives for e.g. pharmaceuticals and coatings, are constantly emerging. This thesis depicts how cellulose synthase (CesA) genes in Populus were identified and characterized by gene expression- and bioinformatics analyses. Within an EST database of more than 100,000 clones from wood forming tissues of three different Populus taxa, ten CesA genes were identified in Populus tremula x tremuloides. Subsequent gene expression analyses by using microarrays and real-time PCR experiments in woody tissues, revealed distinct regulation patterns among the genes of interest. This enabled proper classification and characterization of the secondary cell wall related CesA genes, in particular. Bioinformatic analyses of the genome sequence of Populus trichocarpa further provided a complete picture of the number of putative CesA genes retained after several duplication events during tree evolution. In contrast to the previously reported set of ten 'true' CesA genes in many other plant species, the genome of P. trichocarpa encodes 18 putative proteins, which could be assembled into nine groups according to their sequence similarities. Interestingly, studies in the EST database suggested that paralogs within at least two groups have corresponding orthologs in P. tremula x tremuloides, which are furthermore transcribed. This implies that at least some of the duplicated genes have remained functional, or may have acquired a modified function. By focusing on the CesA genes associated with secondary cell wall formation, cellulose synthesis was also studied in poplar cell suspension cultures. Selection of CesA enriched material was performed by determining expression intensities of the CesA genes using RT-PCR, whereupon membrane protein extraction was initiated. CesA proteins are part of large cellulose synthesizing complexes in the plasma membrane. Subsequent proteomic approaches comprised partial purification of these cellulose synthesizing complexes from protein enriched culture material and in vitro cellulose synthesis experiments. De novo synthesized material was successfully characterized and the acquired yields were as high as 50% cellulose (compared to previously reported yields of 30% in other plant systems) of the total in vitro synthesized product. Elevated CesA gene expression levels can thus be correlated to increased protein activity in poplar cell suspension cultures. In addition, antibodies raised against CesA antigens were used in Western blot analyses comprising samples along the protein extraction- and purification procedure. Proteins with corresponding molecular weight to the theoretical 120kDa of CesA proteins were recognized by a range of different specific antibodies. The study demonstrates that poplar cell suspension cultures can provide a valuable model system for studies of cellulose synthesis and different aspects of xylogenesis.
|
|
| 9. |
- Elert, Mark, et al.
(författare)
-
Föroreningsspridning : Tillämpning och utvärdering av metoder Huvudrapport
- 2008
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- isken för att föroreningar sprids från förorenade områden och påverkar grundvatten och ytvatten i omgivningen är i många efterbehandlingsprojekt styrande för vilka åtgärder som krävs. Föroreningar som lämnas kvar kan, om de mobiliseras, utgöra ett framtida hot mot omgivningen. Bra metoder för att bedöma risken för mobilisering och spridning av föroreningar är därför nödvändiga. Detta projekt har haft som syfte att testa och utvärdera olika metoder för bedömning av lakning och föroreningsspridning genom att applicera dem på två förorenade områden, ett f.d. gjuteri och ytbehandling i Töllstorp, Gnosjö kommun och en f.d. impregneringsanläggning i Grimstorp, Nässjö kommun. Ett flertal olika metoder har använts, experimentella metoder, enkla modeller (riktvärdesmodeller) samt mer komplicerade modeller (geokemiska modeller och transportmodeller). Syftet har varit att utvärdera metodernas användbarhet i praktiska situationer med tonvikt på att bedöma metodernas komplexitet, databehov, samt förmåga att ge resultat med tillräcklig säkerhet och noggrannhet. I projektet har en omfattande jämförelse gjorts mellan olika typer av fältdata och laboratoriedata från de studerade områdena. Detta har gett möjlighet att testa antaganden och modeller som ofta används vid riskbedömningar av förorenade områden och har därmed gett inblick i hur ändamålsenliga dessa är. De lysimeterförsök som utförts gav möjlighet till att jämföra halter i markvatten med halter som erhålls i lakvätskan vid lakförsök. Generellt sett var överensstämmelsen god för oorganiska ämnen och i de flesta fall överskattar lakförsöken halterna i markvatten. Utvärdering av tester på organiska föroreningar visar att skaktester riskerar att kraftigt överskatta lakbarheten av tyngre PAH-föreningar, men kan fungera väl för de lätta. Perkolationstester med återcirkulation bedöms ge en betydligt bättre uppskattning av lakbarheten. Olika typer av utvärderingsmodeller har testats och har i många fall gett samstämmiga resultat, men i andra fall visat på alternativa tolkningar, vilket visar på vikten av att använda flera olika metoder för utvärdering och tolkning av resultat. Multivariat statistisk analys har visat sig vara ett effektivt instrument för att finna mönster i data och samband mellan parametrar. Metoden kan vara ett värdefullt verktyg för att utvärdera stora datamängder, såsom ofta är fallet i efterbehandlingsprojekt, men har än så länge dålig prediktiv förmåga. För att stärka tilliten till laktester och även för att prediktera effekten av framtida förändringar inom ett förorenat markområde krävs en förståelse för de processer som påverkar ämnenas lakning och fastläggning i marken. Olika kemiska modeller kan rätt kalibrerade förutsäga hur stor utlakningen blir om förhållandena ändras. Den spridningsmodell som används för framtagning av riktvärden i mark med hjälp av platsspecifika data har visat sig ge rimliga uppskattningar av halterna i markens porvatten, men riskerar att överskatta halterna i grundvatten. En spridningsmodell som bygger på advektion-dispersion av lösta ämnen kan med data från laboratorieundersökningarna ge en god uppskattning av spridningen av kadmium, nickel och zink, men tenderar att underskatta spridningen av koppar och bly. Vi tolkar det som att beskrivningen av spridningen med löst organiskt material och små partiklar måste förbättras i dessa modeller. Projektet har utmynnat i ett stort dataunderlag som även fortsättningsvis kan komma till användning för fördjupade studier. Vi vill dock betona att data insamlats endast från två förorenade områden och att vissa av de slutsatser som kan dras från materialet inte nödvändigtvis är allmänt tillämpliga.
|
|
| 10. |
|
|
