| 1. |
- Beal, Jacob, et al.
(författare)
-
Robust estimation of bacterial cell count from optical density
- 2020
-
Ingår i: Communications Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 3:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
|
|
| 2. |
- Hadad, Ronza, 1984-, et al.
(författare)
-
A Chlamydia trachomatis 23S rRNA G1523A variant escaping detection in the Aptima Combo 2 assay (Hologic) was widespread across Denmark in July-September 2019
- 2020
-
Ingår i: Acta Pathologica, Microbiologica et Immunologica Scandinavica (APMIS). - : Wiley-Blackwell Publishing Inc.. - 0903-4641 .- 1600-0463. ; 128:6, s. 440-444
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Chlamydia trachomatis infection is the most common bacterial sexually transmitted infection globally, and nucleic acid amplification tests (NAATs) are recommended for highly sensitive and specific diagnosis. In early 2019, the Finnish new variant of Chlamydia trachomatis (FI-nvCT) was identified. The FI-nvCT has a C1515T mutation in the 23S rRNA gene, making it escaping detection in the Aptima Combo 2 (AC2; Hologic) NAAT, and the FI-nvCT has been subsequently reported in Sweden and Norway. In the present study, we investigated the presence of the FI-nvCT and other AC2 diagnostic-escape CT mutants in July-September 2019 in Denmark. The FI-nvCT was present but rare in Denmark. However, another AC2 diagnostic-escape CT mutant (with a 23S rRNA G1523A mutation) was found to be widespread across Denmark, accounting for 95% (76/80) of AC2 diagnostic-escape nvCT samples from five Danish CT-diagnostic laboratories. This nvCT-G1523A has previously only been detected in one single sample in the United Kingdom and Norway, respectively. It is vital to monitor the continued stability of the NAAT targets in local, national and international settings and monitor as well as appropriately analyse incidence, unexplained shifts in diagnostics rates, and/or annual collections of samples diagnosed as negative/equivocal using NAATs with different target(s). Furthermore, diagnostic CT NAATs with dual target sequences are crucial and fortunately, an updated Hologic AC2 assay including one additional target sequence is in advanced development.
|
|
| 3. |
- Krause, Gesche, et al.
(författare)
-
Prospects of Low Trophic Marine Aquaculture Contributing to Food Security in a Net Zero-Carbon World
- 2022
-
Ingår i: Frontiers in Sustainable Food Systems. - : Frontiers Media SA. - 2571-581X. ; 6
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To limit compromising the integrity of the planet, a shift is needed towards food production with low environmental impacts and low carbon footprint. How to put such transformative change towards sustainable food production whilst ensuring food security into practice remains a challenge and will require transdisciplinary approaches. Combining expertise from natural- and social sciences as well as industry perspectives, an alternative vision for the future in the marine realm is proposed. This vision includes moving towards aquaculture mainly of low trophic marine (LTM) species. Such shift may enable a blue transformation that can support a sustainable blue economy. It includes a whole new perspective and proactive development of policy-making which considers, among others, the context-specific nature of allocation of marine space and societal acceptance of new developments, over and above the decarbonization of food production, vis a vis reducing regulatory barriers for the industry for LTM whilst acknowledging the complexities of upscaling and outscaling. This needs to be supported by transdisciplinary research co-produced with consumers and wider public, as a blue transformation towards accelerating LTM aquaculture opportunities in a net zero-carbon world can only occur by considering the demands of society.
|
|
| 4. |
- Lilja, Gisela, et al.
(författare)
-
Effects of Hypothermia vs Normothermia on Societal Participation and Cognitive Function at 6 Months in Survivors After Out-of-Hospital Cardiac Arrest A Predefined Analysis of the TTM2 Randomized Clinical Trial
- 2023
-
Ingår i: Jama Neurology. - 2168-6149 .- 2168-6157. ; 80:10, s. 1070-1079
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- IMPORTANCE The Targeted Hypothermia vs Targeted Normothermia After Out-of-Hospital Cardiac Arrest (TTM2) trial reported no difference in mortality or poor functional outcome at 6 months after out-of-hospital cardiac arrest (OHCA). This predefined exploratory analysis provides more detailed estimation of brain dysfunction for the comparison of the 2 intervention regimens. OBJECTIVES To investigate the effects of targeted hypothermia vs targeted normothermia on functional outcome with focus on societal participation and cognitive function in survivors 6 months after OHCA. DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS This study is a predefined analysis of an international multicenter, randomized clinical trial that took place from November 2017 to January 2020 and included participants at 61 hospitals in 14 countries. A structured follow-up for survivors performed at 6 months was by masked outcome assessors. The last follow-up took place in October 2020. Participants included 1861 adult (older than 18 years) patients with OHCA who were comatose at hospital admission. At 6 months, 939 of 1861 were alive and invited to a follow-up, of which 103 of 939 declined or were missing. INTERVENTIONS Randomization 1:1 to temperature control with targeted hypothermia at 33 degrees C or targeted normothermia and early treatment of fever (37.8 degrees C or higher). MAIN OUTCOMES AND MEASURES Functional outcome focusing on societal participation assessed by the Glasgow Outcome Scale Extended ([GOSE] 1 to 8) and cognitive function assessed by the Montreal Cognitive Assessment ([MoCA] 0 to 30) and the Symbol Digit Modalities Test ([SDMT] z scores). Higher scores represent better outcomes. RESULTS At 6 months, 836 of 939 survivors with a mean age of 60 (SD, 13) (range, 18 to 88) years (700 of 836 male [84%]) participated in the follow-up. There were no differences between the 2 intervention groups in functional outcome focusing on societal participation (GOSE score, odds ratio, 0.91; 95% CI, 0.71-1.17; P =.46) or in cognitive function by MoCA (mean difference, 0.36; 95% CI,-0.33 to 1.05; P =.37) and SDMT (mean difference, 0.06; 95% CI,-0.16 to 0.27; P =.62). Limitations in societal participation (GOSE score less than 7) were common regardless of intervention (hypothermia, 178 of 415 [43%]; normothermia, 168 of 419 [40%]). Cognitive impairment was identified in 353 of 599 survivors (59%). CONCLUSIONS In this predefined analysis of comatose patients after OHCA, hypothermia did not lead to better functional outcome assessed with a focus on societal participation and cognitive function than management with normothermia. At 6 months, many survivors had not regained their pre-arrest activities and roles, and mild cognitive dysfunction was common.
|
|
| 5. |
- Nerenst, Tim Brix, et al.
(författare)
-
Probabilistic Performance Evaluation and Optimization of Medical Plastic Moulded Components Subject to Large Scale Production
- 2021
-
Ingår i: ASME International Mechanical Engineering Congress and Exposition, Proceedings (IMECE). - 9780791885567
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- A new medical device can take years to develop from early concept to product launch. The long development process can be attributed to the severe consequences for the patient if the device malfunctions. Three approaches are often combined to mitigate risks: rigorous simulation and modeling, physical test programs, and Failure Mode Effect Analysis (FMEA) - all of which are time-consuming. Physical test programs are often carried out on prototype components from the same batch and, therefore, limited in revealing the actual distribution of performance. The risk probabilities are subsequently based on educated guesses. Furthermore, simulation and modeling are usually performed on nominal geometry - not accounting for variation - and only provide a safety factor against failure. The traditional use of safety factors in structural analysis versus the probabilistic approach to risk management presents an obvious misfit. Therefore, these three approaches are not ideal for addressing the two key questions that the design engineer has: 1) How often will the design fail, and 2) How should the design be changed to improve robustness and failure rates. The present work builds upon the existing Robust and Reliability-Based Design Optimization (R2BDO) and adjusts it to address the key questions above using finite element analysis. The key feature of the new framework is the focus on minimal use of computational resources while being able to screen feasible design concepts early in the embodiment phase and subsequently optimize their probabilistic performance. A case study in collaboration with a medical design and manufacturing company demonstrates the new framework. The case study includes FEA contact modeling between two plastic molded components with twelve geometrical variables. The optimization focuses on minimizing the failure rate (and improving design robustness) concerning three constraint functions (contact pressure, strain, torque). The study finds that the new framework achieves significant improvements to the component’s performance function (failure rate) with minimal computational resources.
|
|
| 6. |
- Tim Brix Nerenst, Tim Brix, et al.
(författare)
-
Sequential Design Process for Screening and Optimization of Robust and Reliability Based on Finite Element Analysis and Meta-Modelling
- 2022
-
Ingår i: Journal of Computing and Information Science in Engineering. - : ASME International. - 1530-9827 .- 1944-7078. ; 22:4
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A new medical device can take years to develop from early concept to product launch. Three approaches are often combined to mitigate risks: Failure Modes and Effects Analysis (FMEA), simulation and modeling, and physical test programs. Although widely used, all three approaches are generally time-consuming and have their shortcomings: The risk probabilities in FMEA's are often based on educated guesses, even in later development stages as data on the distribution of performance is not available. Thus, the traditional use of safety factors in structural analysis versus the probabilistic approach to risk management presents an obvious misfit. Therefore, the above three approaches are not ideal for addressing the design engineer's key question; how should the design be changed to improve robustness and failure rates. The present work builds upon the existing Robust and Reliability-Based Design Optimization (R2BDO) and adjusts it to address the key questions above using Finite Element Analysis (FEA). The two main features of the presented framework are screening feasible design concepts early in the embodiment phase and subsequently optimizing the design's probabilistic performance (i.e., reduce failure rates) while using minimal computational resources. A case study in collaboration with a medical design and manufacturing company demonstrates the new framework. The optimization minimizes the failure rate (and improves design robustness) concerning three constraint functions (torque, strain, and contact pressure). Furthermore, the study finds that the new framework significantly improves the design's performance function (failure rate) with limited computational resources.
|
|
| 7. |
- Ahlm, Maria, et al.
(författare)
-
Kartläggning av plastflöden i byggsektorn : Råvara, produkter, avfall och nedskräpning
- 2021
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Byggsektorn är idag den näst största enskilda användaren av plast efter förpackningssektorn och förbrukar 262 000 ton per år. Kartläggningen av inflödet av plast till byggsektorn som har genomförts i detta projekt visar att av de flöden som har identifierats är plaströr, isolering samt golv- och väggmattor de största produktgrupperna och de vanligast använda polymertyperna är PVC följt av PE, PP och EPS. Sannolikt är förpackningar och emballage ett stort flöde även i byggsektorn då förpackningsbranschen är den enskilt största användaren av plast i samhället. Även fukt- och väderskydd samt elinstallationer är stora flöden då det används i många applikationer, men data på exakt hur stora dessa flöden är har inte kunnat fastställas. Slutligen finns det troligtvis även en stor mängd små komponenter av plast samt produkter som inte huvudsakligen består av plast men där dess komponenter är helt eller delvis av plast.Eftersom det saknas data om tillförd mängd för flertalet produktgrupper bör upprepade och detaljerade kartläggningar möjliggöras. Vid dessa kartläggningar bör plastförpackningar och emballage prioriteras då flödet sannolikt är stort och då klimatbesparingar kan uppnås på kort sikt eftersom produktflödet generellt sett har fungerande materialåtervinningssystem. Vidare bör man även kartlägga fukt- och väderskydd närmare då de förekommer på flera ytor i en byggnation. Slutligen bör man även undersöka elinstallationer närmare.Kartläggningar kan göras genom att samla in data från tillverkare och branschorganisationer, men undersökningen i detta projekt visar att de inte för statistik som på ett enkelt sätt kan sammanställas. Ett annat sätt är att utgå ifrån KN-koder men det är svårt att urskilja bransch och syfte för många produktgrupper med nuvarande struktur inom KN.Drygt 150 000 ton plastavfall uppkommer inom byggsektorn varje år. Mindre än 1 procent av detta sorteras ut i rena plastfraktioner och materialåtervinns. Istället återfinns den största andelen plast i blandade, brännbara fraktioner som energiåtervinns.Dock är det skillnad på byggavfall och rivningsavfall och dessa bör separeras och behandlas olika. Byggavfall innehåller en stor mängd plastförpackningar samt installationsspill, främst från rör, isolering och golv med känt innehåll. Installationsspill från dessa produkter är relativt enkla att separera från varandra och därför lämpar sig plastavfall från detta avfallsflöde för materialåtervinning. När det gäller rivningsavfall, som kan innehålla plast från flera tidsperioder och icke önskvärda ämnen, är det tekniskt möjligt att materialåtervinna plast även ur detta avfallsflöde, men en balanserad diskussion måste föras om vilken klimatnytta man uppnår i förhållande till risk för att oönskade ämnen cirkuleras.Materialåtervinningen av plast från byggprodukter är låg och det är endast en mindre del återvunnen plastråvara som används i byggprodukter. Samverkan mellan insamling och materialåtervinning av plast från byggsektorn och efterfrågan av återvunnen råvara behöver undersökas ytterligare. Bland annat lyfter tillverkarna fram hinder som att prestandakrav, där standarder inte tillåter återvunnen råvara och att definitionen av vad som är en återvunnen råvara saknas.Nedskräpning av plast kring byggarbetsplatser bidrar till spridning av mikroplast och åtgärder som minskar risken att skräp sprids från byggarbetsplatser minskar också risken för tillskott av mikroplast i dess närmiljö. En god avfallshantering med möjligheter att stänga till avfallskärl så att inte väder och vind kan sprida skräp är en enkel och effektiv åtgärd. Med inspiration från hur man arbetar med skyddszoner kring konstgräsplaner skulle man kunna skapa en tänkt barriär kring byggarbetsplatserna som tillåter spridning av mikroplaster ”hit men inte längre” genom att installera partikelfilter i närliggande dagvattenbrunnar. Genom att utveckla nya arbetsmetoder som hindrar att damm sprids samt undvika metoder som innebär att man våttorkar, spolar av eller rengör verktyg i vatten minskar man risken för spridning av mikroplaster (och andra icke-önskade ämnen) till vattenmiljön.Utifrån de slutsatser man kunnat dra kring byggsektorns inflöde av plastprodukter respektive avfallsflöden har ett antal förslag på styrmedel och åtgärder tagits fram. Dessa syftar till att minska klimatpåverkan från byggsektorns plastanvändning genom att öka användandet av återvunnen och biobaserad plast, öka andelen plast som materialåtervinns och minska andelen plast som förbränns. Möjligheten att kunna kartlägga både inflödet och utflödet av plast inom byggsektorn är på många sätt centralt för de åtgärder och styrmedel som föreslås. Effekterna av en planerad åtgärd eller styrmedel bör kunna uppskattas innan eventuell implementering men också för att kunna se de faktiska effekterna efteråt.Förslag 1 MaterialåtervinningscertifikatEtt materialåtervinningscertifikat innebär att plastproducenter får certifikat utfärdade motsvarande vikten återvunnen plast som de tillverkat. En statligt reglerad kvotplikt anger hur stor del av den totala plastanvändningen som ska bestå av återvunnen plast. Certifikaten kan sedan köpas och säljas på en fri marknad, likt det elcertifikatsystem som styr mot ökad produktion av förnyelsebar energi i Sverige. Företag som inte når sin kvot får betala en kvotpliktsavgift till staten. På detta sätt skapar systemet ett ekonomiskt incitament för en ökad användning av återvunnen plast.Förslag 2 Återvinningskrav för plast inom byggsektornFörslag 2 består av tre delförslag med materialåtervinningskrav specifikt mot plastprodukten inom byggsektorn. Syftet är att öka materialåtervinningen och därmed minska andelen plast som går till förbränning. Det första delförslaget omfattar insamlingskrav på installationsspill från ett antal plastflöden. Det kan skapa flera slutna kretslopp där producenter får tillbaka installationsspill från deras egna produkter. Förslaget bygger på och samverkar med de befintliga insamlingssystem som finns i dagsläget för rör, isolering och golv- och väggmattor. Det andra delförslaget är ett återvinningsmål specifikt för plast inom byggsektorn (antingen all plast eller utvalda flöden). Detta ökar fokus på plaståtervinning och ger branschen ett långsiktigt mål att arbeta mot. Det tredje delförslaget, innebär att all plast som flödar in i branschen ska vara återvinningsbar år 2030. Detta skulle sätta ökad fokus på plastinflöde och design av produkten. Likande mål finns redan för plastförpackningar.Förslag 3 Kravställande i offentliga och privata upphandlingarAtt stärka efterfrågan är centralt för att öka andelen av återvunnen och biobaserad plast, och större privata och offentliga upphandlingar kan spela en ledande roll i att stimulera detta. Förslag 3, ställer krav på att plast som används i byggprodukter inom offentliga/privata upphandlingar ska innehålla en minimum andel återvunnen och/eller biobaserad plast. Stora upphandlingar kan ta ledningen och därigenom ge stabilitet och tid för hela byggsektorn att ställa om.Förslag 4 Producentansvar för byggprodukter av plastSyftet med producentansvaret är att skapa ett finansiellt incitament för att öka återvinningsgraden av en produkt genom ett differentierat avgiftssystem, samt att finansiera kostnaden för insamling och materialåtervinning av densamma. Produktansvaret existerar i nuläget för fyra produktkategorier: förpackningar, elprodukter, fordon, och däck. Förslaget att införa producentansvar i byggsektorn, antingen för alla produkter med en vis andel plast, eller gradvis införande som i första hand bör gälla för de produkter som har störst förutsättning att samlas in och återvinnas, för att därefter utökas till andra produkter efter en testperiod. Producentansvaret ska samverka med och inte ersätta befintliga frivilliga insamlingssystem för installationsspill inom byggsektorn.Övriga åtgärder som bör undersökas vidareSkatt på byggprodukter: En plastskatt läggs på ett urval av byggprodukter av plast. Detta gäller både importerade produkter och produkter som har tillverkats i Sverige. Biobaserad plast och återvunnen plast får sänkta skattenivåer.Krav på ökad information om produkter av plast: Olika tilltag som ökar information, stöd och guide till produktval och avfallshantering för plastprodukter i byggsektorn, samt digitala loggböcker för bättre inrapportering av plastflöde.Förändring av arbetsmetod och beteende på byggarbetsplatser: olika initiativ som skapar beteendeförändring och ökad fokus på plast på byggarbetsplatser.Förbjuda tillsatser av mikroplast i byggproduktioner: bygger vidare på liknande förbud för tillsatser av mikroplast i kosmetiska ”rinse-off” produkter.Oavsett vilka styrmedel eller åtgärder som drivs igenom i framtiden så är det viktigt med transparens och långsiktighet så att man ger branschen tid att ställa om.
|
|
| 8. |
- Amaral, Andre F. S., et al.
(författare)
-
Chronic airflow obstruction and ambient particulate air pollution
- 2021
-
Ingår i: Thorax. - : BMJ Publishing Group Ltd. - 0040-6376 .- 1468-3296. ; 76:12, s. 1236-1241
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Smoking is the most well-established cause of chronic airflow obstruction (CAO) but particulate air pollution and poverty have also been implicated. We regressed sex-specific prevalence of CAO from 41 Burden of Obstructive Lung Disease study sites against smoking prevalence from the same study, the gross national income per capita and the local annual mean level of ambient particulate matter (PM2.5) using negative binomial regression. The prevalence of CAO was not independently associated with PM2.5 but was strongly associated with smoking and was also associated with poverty. Strengthening tobacco control and improved understanding of the link between CAO and poverty should be prioritised.
|
|
| 9. |
- Andersson, Axel, et al.
(författare)
-
In-hospital versus out-of-hospital cardiac arrest : Characteristics and outcomes in patients admitted to intensive care after return of spontaneous circulation
- 2022
-
Ingår i: Resuscitation. - : Elsevier BV. - 0300-9572. ; 176, s. 1-8
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Introduction: Cardiac arrest is characterized depending on location as in-hospital cardiac arrest (IHCA) or out-of-hospital cardiac arrest (OHCA). Strategies for Post Cardiac Arrest Care were developed based on evidence from OHCA. The aim of this study was to compare characteristics and outcomes in patients admitted to intensive care after IHCA and OHCA. Methods: A retrospective multicenter observational study of adult survivors of cardiac arrest admitted to intensive care in southern Sweden between 2014–2018. Data was collected from registries and medical notes. The primary outcome was neurological outcome according to the Cerebral Performance Category (CPC) scale at 2–6 months. Results: 799 patients were included, 245 IHCA and 554 OHCA. IHCA patients were older, less frequently male and less frequently without comorbidity. In IHCA the first recorded rhythm was more often non-shockable, all delay-times (ROSC, no-flow, low-flow, time to advanced life support) were shorter and a cardiac cause of the arrest was less common. Good long-term neurological outcome was more common after IHCA than OHCA. In multivariable analysis, witnessed arrest, age, shorter arrest duration (no-flow and low-flow times), low lactate, shockable rhythm, and a cardiac cause were all independent predictors of good long-term neurological outcome whereas location of arrest (IHCA vs OHCA) was not. Conclusion: In patients admitted to intensive care after cardiac arrest, patients who suffered IHCA vs OHCA differed in demographics, co-morbidities, cardiac arrest characteristics and outcomes. In multivariable analyses, cardiac arrest characteristics were independent predictors of outcome, whereas location of arrest (IHCA vs OHCA) was not.
|
|
| 10. |
- Andersson, Peder, et al.
(författare)
-
Predicting neurological outcome after out-of-hospital cardiac arrest with cumulative information; development and internal validation of an artificial neural network algorithm
- 2021
-
Ingår i: Critical Care. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1364-8535. ; 25:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BackgroundPrognostication of neurological outcome in patients who remain comatose after cardiac arrest resuscitation is complex. Clinical variables, as well as biomarkers of brain injury, cardiac injury, and systemic inflammation, all yield some prognostic value. We hypothesised that cumulative information obtained during the first three days of intensive care could produce a reliable model for predicting neurological outcome following out-of-hospital cardiac arrest (OHCA) using artificial neural network (ANN) with and without biomarkers.MethodsWe performed a post hoc analysis of 932 patients from the Target Temperature Management trial. We focused on comatose patients at 24, 48, and 72 h post-cardiac arrest and excluded patients who were awake or deceased at these time points. 80% of the patients were allocated for model development (training set) and 20% for internal validation (test set). To investigate the prognostic potential of different levels of biomarkers (clinically available and research-grade), patients' background information, and intensive care observation and treatment, we created three models for each time point: (1) clinical variables, (2) adding clinically accessible biomarkers, e.g., neuron-specific enolase (NSE) and (3) adding research-grade biomarkers, e.g., neurofilament light (NFL). Patient outcome was the dichotomised Cerebral Performance Category (CPC) at six months; a good outcome was defined as CPC 1-2 whilst a poor outcome was defined as CPC 3-5. The area under the receiver operating characteristic curve (AUROC) was calculated for all test sets.ResultsAUROC remained below 90% when using only clinical variables throughout the first three days in the ICU. Adding clinically accessible biomarkers such as NSE, AUROC increased from 82 to 94% (p<0.01). The prognostic accuracy remained excellent from day 1 to day 3 with an AUROC at approximately 95% when adding research-grade biomarkers. The models which included NSE after 72 h and NFL on any of the three days had a low risk of false-positive predictions while retaining a low number of false-negative predictions.ConclusionsIn this exploratory study, ANNs provided good to excellent prognostic accuracy in predicting neurological outcome in comatose patients post OHCA. The models which included NSE after 72 h and NFL on all days showed promising prognostic performance.
|
|
