Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-463616" >
Profiling chromatin...
Profiling chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded samples
-
- Zhang, Hua (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Polavarapu, Vamsi Krishna (författare)
- Uppsala universitet,Molekylära verktyg
-
- Xing, Pengwei (författare)
- Uppsala universitet,Molekylära verktyg
-
visa fler...
-
- Zhao, Miao (författare)
- Uppsala universitet,Neuroonkologi
-
- Mathot, Lucy (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Zhao, Linxuan (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Rosén, Gabriela (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Swartling, Fredrik J., 1975- (författare)
- Uppsala universitet,Neuroonkologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Sjöblom, Tobias (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Experimentell och klinisk onkologi,Klinisk och experimentell patologi
-
- Chen, Xingqi (författare)
- Uppsala universitet,Molekylära verktyg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-07-14
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Genome Research. - : Cold Spring Harbor Laboratory Press (CSHL). - 1088-9051 .- 1549-5469. ; 32:1, s. 150-161
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://genome.cshlp...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Archived formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are the global standard format for preservation of the majority of biopsies in both basic research and translational cancer studies, and profiling chromatin accessibility in the archived FFPE tissues is fundamental to understanding gene regulation. Accurate mapping of chromatin accessibility from FFPE specimens is challenging because of the high degree of DNA damage. Here, we first showed that standard ATAC-seq can be applied to purified FFPE nuclei but yields lower library complexity and a smaller proportion of long DNA fragments. We then present FFPE-ATAC, the first highly sensitive method for decoding chromatin accessibility in FFPE tissues that combines Tn5-mediated transposition and T7 in vitro transcription. The FFPE-ATAC generates high-quality chromatin accessibility profiles with 500 nuclei from a single FFPE tissue section, enables the dissection of chromatin profiles from the regions of interest with the aid of hematoxylin and eosin (H&E) staining, and reveals disease-associated chromatin regulation from the human colorectal cancer FFPE tissue archived for >10 yr. In summary, the approach allows decoding of the chromatin states that regulate gene expression in archival FFPE tissues, thereby permitting investigators to better understand epigenetic regulation in cancer and precision medicine.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Immunologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Immunology (hsv//eng)
Nyckelord
- Clinical Genetics
- Klinisk genetik
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Zhang, Hua
-
Polavarapu, Vams ...
-
Xing, Pengwei
-
Zhao, Miao
-
Mathot, Lucy
-
Zhao, Linxuan
-
visa fler...
-
Rosén, Gabriela
-
Swartling, Fredr ...
-
Sjöblom, Tobias
-
Chen, Xingqi
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Immunologi
- Artiklar i publikationen
-
Genome Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet