Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-307759" >
Genome-wide annotat...
Genome-wide annotation of protein-coding genes in pig
-
- Karlsson, Max (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Sjöstedt, Evelina (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
-
- Oksvold, Per (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
visa fler...
-
- Sivertsson, Åsa (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Huang, Jinrong (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.
-
- Alvez, Maria Bueno (författare)
- KTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Arif, Muhammad (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Li, Xiangyu (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Lin, Lin (författare)
- Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark.,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Yu, Jiaying (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
-
- Ma, Tao (författare)
- BGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China.
-
- Xu, Fengping (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
-
- Han, Peng (författare)
- BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.
-
- Jiang, Hui (författare)
- BGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China.
-
- Mardinoglu, Adil (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Zhang, Cheng (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- von Feilitzen, Kalle (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Xu, Xun (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
-
- Wang, Jian (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
-
- Yang, Huanming (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.
-
- Bolund, Lars (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.
-
- Zhong, Wen (författare)
- KTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Fagerberg, Linn (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap
-
- Lindskog, Cecilia (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi
-
- Pontén, Fredrik (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Experimentell och klinisk onkologi,Klinisk och experimentell patologi
-
- Mulder, Jan (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
-
- Luo, Yonglun (författare)
- BGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark.
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-01-25
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: BMC Biology. - : Springer Nature. - 1741-7007. ; 20:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://bmcbiol.biom...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: There is a need for functional genome-wide annotation of the protein-coding genes to get a deeper understanding of mammalian biology. Here, a new annotation strategy is introduced based on dimensionality reduction and density-based clustering of whole-body co-expression patterns. This strategy has been used to explore the gene expression landscape in pig, and we present a whole-body map of all protein-coding genes in all major pig tissues and organs. Results: An open-access pig expression map (www.rnaatlas.org ) is presented based on the expression of 350 samples across 98 well-defined pig tissues divided into 44 tissue groups. A new UMAP-based classification scheme is introduced, in which all protein-coding genes are stratified into tissue expression clusters based on body-wide expression profiles. The distribution and tissue specificity of all 22,342 protein-coding pig genes are presented. Conclusions: Here, we present a new genome-wide annotation strategy based on dimensionality reduction and density-based clustering. A genome-wide resource of the transcriptome map across all major tissues and organs in pig is presented, and the data is available as an open-access resource (www.rnaatlas.org), including a comparison to the expression of human orthologs.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- Annotation
- Protein coding genes
- Genome wide
- Transcriptome
- Gene expression
- Tissue expression profile
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Karlsson, Max
-
Sjöstedt, Evelin ...
-
Oksvold, Per
-
Sivertsson, Åsa
-
Huang, Jinrong
-
Alvez, Maria Bue ...
-
visa fler...
-
Arif, Muhammad
-
Li, Xiangyu
-
Lin, Lin
-
Yu, Jiaying
-
Ma, Tao
-
Xu, Fengping
-
Han, Peng
-
Jiang, Hui
-
Mardinoglu, Adil
-
Zhang, Cheng
-
von Feilitzen, K ...
-
Xu, Xun
-
Wang, Jian
-
Yang, Huanming
-
Bolund, Lars
-
Zhong, Wen
-
Fagerberg, Linn
-
Lindskog, Cecili ...
-
Pontén, Fredrik
-
Mulder, Jan
-
Luo, Yonglun
-
Uhlén, Mathias
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
BMC Biology
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet
-
Uppsala universitet