Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-129054" >
PDB_REDO :
PDB_REDO : automated re-refinement of X-ray structure models in the PDB
-
Joosten, Robbie P. (författare)
-
Salzemann, Jean (författare)
-
Bloch, Vincent (författare)
-
visa fler...
-
Stockinger, Heinz (författare)
-
- Berglund, Ann-Charlott (författare)
- Uppmax, SLV, Uppsala Universitet
-
Blanchet, Christophe (författare)
-
- Bongcam-Rudloff, Erik (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
Combet, Christophe (författare)
-
Da Costa, L (författare)
-
Deleage, Gilbert (författare)
-
Diarena, Matteo (författare)
-
Fabbretti, Roberto (författare)
-
Fettahi, Geraldine (författare)
-
Flegel, Volker (författare)
-
Gisel, Andreas (författare)
-
Kasam, Vinod (författare)
-
Kervinen, Timo (författare)
-
Korpelainen, Eija (författare)
-
Mattila, Kimmo (författare)
-
Pagni, Marco (författare)
-
Reichstadt, Matthieu (författare)
-
Breton, Vincent (författare)
-
Tickle, J (författare)
-
Vriend, Gert (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2009
- 2009
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of applied crystallography. - 0021-8898 .- 1600-5767. ; 42, s. 376-384
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Structural biology, homology modelling and rational drug design require accurate three-dimensional macromolecular coordinates. However, the coordinates in the Protein Data Bank (PDB) have not all been obtained using the latest experimental and computational methods. In this study a method is presented for automated re-refinement of existing structure models in the PDB. A large-scale benchmark with 16 807 PDB entries showed that they can be improved in terms of fit to the deposited experimental X-ray data as well as in terms of geometric quality. The re-refinement protocol uses TLS models to describe concerted atom movement. The resulting structure models are made available through the PDB_REDO databank (http://www.cmbi.ru.nl/pdb_redo/). Grid computing techniques were used to overcome the computational requirements of this endeavour.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- Biology
- Biologi
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Joosten, Robbie ...
-
Salzemann, Jean
-
Bloch, Vincent
-
Stockinger, Hein ...
-
Berglund, Ann-Ch ...
-
Blanchet, Christ ...
-
visa fler...
-
Bongcam-Rudloff, ...
-
Combet, Christop ...
-
Da Costa, L
-
Deleage, Gilbert
-
Diarena, Matteo
-
Fabbretti, Rober ...
-
Fettahi, Geraldi ...
-
Flegel, Volker
-
Gisel, Andreas
-
Kasam, Vinod
-
Kervinen, Timo
-
Korpelainen, Eij ...
-
Mattila, Kimmo
-
Pagni, Marco
-
Reichstadt, Matt ...
-
Breton, Vincent
-
Tickle, J
-
Vriend, Gert
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Journal of appli ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet