| 1. |
- Haag, Tobias, et al.
(författare)
-
Försurning och kalkning i Jönköpings län: verksamhetsberättelse 2007
- 2008
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Trots att svavelnedfallet har minskat med två tredjedelar sedan slutet av 1980-talet är nedfallet av försurande ämnen fortfarande över gränsen för vad marken beräknas tåla på sikt. I markvatten, som mäts på fyra lokaler i länet, saknas tydliga tecken på bättre förhållanden.För att uppnå miljömålen ”Bara naturlig försurning” och ”Levande sjöar och vattendrag” samt målet om ”God ekologisk status” i EU:s vattendirektiv behöver kalkningen fortsätta många år framöver.Kalkningen i länet berör hälften av länets yta men har störst omfattning i de sydvästra delarna. Ett minskat anslag för kalkning från Naturvårdsverket medförde ett intensivt revideringsarbete av alla kalkplaner i länet. Under 2007 spreds 12 700 ton kalk vilket är en minskning med 15 % jämfört med året innan. Under de senaste tio åren har kalkningen minskat med totalt 20 %.Arbetet med biologisk återställning har under 2007 inriktats på att öppna fiskvägar i några av Vätterns tillflöden vilket kommer att förbättra situationen för bland annat Vätteröringen som påverkats negativt av försurningen. Även i Nissan har fiskvägarna förbättrats vilket gynnar ett genuint strömstationärt öringbestånd.Den vattenkemiska måluppfyllelsen har undersökts på 347 lokaler i länet. För drygt 80 % av vattendragens längd och i 97 % av den sjöyta som undersökts var målet uppfyllt. Den biologiska måluppfyllelsen har generellt varit lägre än den vattenkemiska vilket är normalt. Under 2007 har målsättningen varit uppnådd i 49 % av vattendragens längd och 22 % av sjöytan vilket motsvarar 29 % av andelen sjöar. Den dåliga måluppfyllelsen beror på att sjöarna som nätprovfiskades under 2007 ligger i sydvästra delen av länet och är sjöar där biologisk återställning planeras.Enligt Naturvårdsverkets nya riktlinjer för hur ekologisk status ska bedömas, är endast hälften av de riksinventerade sjöarna försurade jämfört med vad tidigare bedömningsgrunder visade. Försurningsbedömning ska göras med MAGIC-modellen som modellerar fram vilket pH-värde en sjö hade 1860. Är pH-värdet idag mer än 0,4 pHenheter lägre än på 1800-talet så bedöms sjön som försurad. MAGIC-biblioteket är ett webbverktyg där man kan man hitta sjöar som är lik den sjö man är intresserad av och på så sätt försurningsbedöma sjön.Brunifiering är ett nytt begrepp som börjat användas under senare år i samband med att vattenfärgen i sjöar och vattendrag diskuteras. I de 13 tidsseriesjöar som finns inom eller nära de kalkade områdena i länet har vattenkemin studerats närmare. Svavelhalten har minskat i sjöarna men varken pH eller alkaliniteten (vattnets förmåga att stå emot syror) har ökat i motsvarande grad. Det har däremot den bruna färgen gjort. De humusämnen som ger vattnet dess bruna färg innehåller svaga organiska syror. Tidigare, under perioden med stort försurande nedfall, har dessa bundits i marken och inte nått vattnet. Nu när försurningen har minskat i såväl mark som vatten frigörs dessa ämnen och når sjöarna, vilket bromsar återhämtningen.
|
|
| 2. |
- Hedberg, Linda, 1976-
(författare)
-
The birth and growth of the protein folding nucleus : Studies of protein folding focused on critical contacts, topology and ionic interactions
- 2008
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Proteins are among the most complex molecules in the cell and they play a major role in life itself. The complexity is not restricted to just structure and function, but also embraces the protein folding reaction. Within the field of protein folding, the focus of this thesis is on the features of the folding transition state in terms of growing contacts, common nucleation motifs and the contribution of charged residues to stability and folding kinetics. During the resent decade, the importance of a certain residue in structure formation has been deduced from Φ-value analysis. As a complement to Φ-value analysis, I present how scatter in a Hammond plot is related to site-specific information of contact formation, Φ´(βTS), and this new formalism was experimentally tested on the protein L23. The results show that the contacts with highest Φ growth at the barrier top were distributed like a second layer outside the folding nucleus. This contact layer is the critical interactions needed to be formed to overcome the entropic barrier. Furthermore, the nature of the folding nucleus has been shown to be very similar among proteins with homologous structures and, in the split β-α-β family the proteins favour a two-strand-helix motif. Here I show that the two-strand-helix motif is also present in the ribosomal protein S6 from A. aeolicus even though the nucleation and core composition of this protein differ from other related structure-homologues. In contrast to nucleation and contact growth, which are events driven by the hydrophobic effect, my most recent work is focused on electrostatic effects. By pH titration and protein engineering the charge content of S6 from T. thermophilus was altered and the results show that the charged groups at the protein surface might not be crucial for protein stability but, indeed, have impact on folding kinetics. Furthermore, by site-specific removal of all acidic groups the entire pH dependence of protein stability was depleted.
|
|
| 3. |
- Maxwell, Karen L., et al.
(författare)
-
Protein folding : Defining a "standard" set of experimental conditions and a preliminary kinetic data set of two-state proteins
- 2005
-
Ingår i: Protein Science. - : Wiley. - 0961-8368 .- 1469-896X. ; 14, s. 602-16
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Recent years have seen the publication of both empirical and theoretical relationships predicting the rates with which proteins fold. Our ability to test and refine these relationships has been limited, however, by a variety of difficulties associated with the comparison of folding and unfolding rates, thermodynamics, and structure across diverse sets of proteins. These difficulties include the wide, potentially confounding range of experimental conditions and methods employed to date and the difficulty of obtaining correct and complete sequence and structural details for the characterized constructs. The lack of a single approach to data analysis and error estimation, or even of a common set of units and reporting standards, further hinders comparative studies of folding. In an effort to overcome these problems, we define here a "consensus" set of experimental conditions (25°C at pH 7.0, 50 mM buffer), data analysis methods, and data reporting standards that we hope will provide a benchmark for experimental studies. We take the first step in this initiative by describing the folding kinetics of 30 apparently two-state proteins or protein domains under the consensus conditions. The goal of our efforts is to set uniform standards for the experimental community and to initiate an accumulating, self-consistent data set that will aid ongoing efforts to understand the folding process.
|
|
| 4. |
|
|
