Sökning: WFRF:(Bhattacharya Debswapna) >
An analysis and eva...
An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
-
- Keasar, Chen (författare)
- Ben Gurion Univ Negev, Israel
-
- McGuffin, Liam J. (författare)
- Univ Reading, England
-
- Wallner, Björn, 1975- (författare)
- Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
visa fler...
-
- Chopra, Gaurav (författare)
- Purdue Univ, IN USA
-
- Adhikari, Badri (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Bhattacharya, Debswapna (författare)
- Auburn Univ, AL 36849 USA
-
- Blake, Lauren (författare)
- Lawrence Berkeley Natl Lab, CA 94720 USA
-
- Bortot, Leandro Oliveira (författare)
- Univ Sao Paulo, Brazil
-
- Cao, Renzhi (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Dhanasekaran, B. K. (författare)
- Indian Inst Sci, India
-
- Dimas, Itzhel (författare)
- Lawrence Berkeley Natl Lab, CA 94720 USA
-
- Faccioli, Rodrigo Antonio (författare)
- Univ Sao Paulo, Brazil
-
- Faraggi, Eshel (författare)
- Res and Informat Syst LLC, CA USA; IU Sch Med, IN USA; Nationwide Childrens Hosp, OH USA
-
- Ganzynkowicz, Robert (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Ghosh, Sambit (författare)
- Indian Inst Sci, India
-
- Ghosh, Soma (författare)
- Indian Inst Sci, India
-
- Gieldon, Artur (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Golon, Lukasz (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- He, Yi (författare)
- Univ Calif, CA USA
-
- Heo, Lim (författare)
- Seoul Natl Univ, South Korea
-
- Hou, Jie (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Khan, Main (författare)
- Univ Massachusetts, MA USA
-
- Khatib, Firas (författare)
- Univ Massachusetts, MA USA
-
- Khoury, George A. (författare)
- Princeton Univ, NJ 08544 USA
-
- Kieslich, Chris (författare)
- Texas AandM Univ, TX USA
-
- Kim, David E. (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA; Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Krupa, Pawel (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Lee, Gyu Rie (författare)
- Seoul Natl Univ, South Korea
-
- Li, Hongbo (författare)
- Univ Missouri, MO USA; NorthEast Normal Univ, Peoples R China; Univ Missouri, MO USA
-
- Li, Jilong (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Lipska, Agnieszka (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Liwo, Adam (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Maghrabi, Ali Hassan A. (författare)
- Univ Reading, England
-
- Mirdita, Milot (författare)
- Max Planck Inst Biophys Chem, Germany
-
- Mirzaei, Shokoufeh (författare)
- Calif State Polytech Univ Pomona, CA 91768 USA
-
- Mozolewska, Magdalena A. (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Onel, Melis (författare)
- Texas AandM Univ, TX USA
-
- Ovchinnikov, Sergey (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Shah, Anand (författare)
- Univ Massachusetts, MA USA
-
- Shah, Utkarsh (författare)
- Texas AandM Univ, TX USA
-
- Sidi, Tomer (författare)
- Ben Gurion Univ Negev, Israel
-
- Sieradzan, Adam K. (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Slusarz, Magdalena (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Slusarz, Rafal (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Smadbeck, James (författare)
- Princeton Univ, NJ 08544 USA
-
- Tamamis, Phanourios (författare)
- Texas AandM Univ, TX USA
-
- Trieber, Nicholas (författare)
- Univ Massachusetts, MA USA
-
- Wirecki, Tomasz (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Yin, Yanping (författare)
- Cornell Univ, NY USA
-
- Zhang, Yang (författare)
- Univ Michigan, MI 48109 USA
-
- Bacardit, Jaume (författare)
- Newcastle Univ, England
-
- Baranowski, Maciej (författare)
- Univ Gdansk, Poland; Med Univ Gdansk, Poland
-
- Chapman, Nicholas (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Cooper, Seth (författare)
- Northeastern Univ, MA 02115 USA
-
- Defelicibus, Alexandre (författare)
- Univ Sao Paulo, Brazil
-
- Flatten, Jeff (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Koepnick, Brian (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Popovic, Zoran (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Zaborowski, Bartlomiej (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Baker, David (författare)
- Univ Washington, WA 98195 USA
-
- Cheng, Jianlin (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Czaplewski, Cezary (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Botazzo Delbem, Alexandre Claudio (författare)
- Univ Sao Paulo, Brazil
-
- Floudas, Christodoulos (författare)
- Texas AandM Univ, TX USA
-
- Kloczkowski, Andrzej (författare)
- Univ Gdansk, Poland
-
- Oldziej, Stanislaw (författare)
- Univ Gdansk, Poland; Med Univ Gdansk, Poland
-
- Levitt, Michael (författare)
- Stanford Univ, CA 94305 USA
-
- Scheraga, Harold (författare)
- Cornell Univ, NY USA
-
- Seok, Chaok (författare)
- Seoul Natl Univ, South Korea
-
- Soeding, Johannes (författare)
- Max Planck Inst Biophys Chem, Germany
-
- Vishveshwara, Saraswathi (författare)
- Indian Inst Sci, India
-
- Xu, Dong (författare)
- Univ Missouri, MO USA
-
- Crivelli, Silvia N. (författare)
- Lawrence Berkeley Natl Lab, CA 94720 USA; Univ Calif Davis, CA 95616 USA
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-07-02
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : NATURE PUBLISHING GROUP. - 2045-2322. ; 8
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://liu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://www.nature.c...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Every two years groups worldwide participate in the Critical Assessment of Protein Structure Prediction (CASP) experiment to blindly test the strengths and weaknesses of their computational methods. CASP has significantly advanced the field but many hurdles still remain, which may require new ideas and collaborations. In 2012 a web-based effort called WeFold, was initiated to promote collaboration within the CASP community and attract researchers from other fields to contribute new ideas to CASP. Members of the WeFold coopetition (cooperation and competition) participated in CASP as individual teams, but also shared components of their methods to create hybrid pipelines and actively contributed to this effort. We assert that the scale and diversity of integrative prediction pipelines could not have been achieved by any individual lab or even by any collaboration among a few partners. The models contributed by the participating groups and generated by the pipelines are publicly available at the WeFold website providing a wealth of data that remains to be tapped. Here, we analyze the results of the 2014 and 2016 pipelines showing improvements according to the CASP assessment as well as areas that require further adjustments and research.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Annan data- och informationsvetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Other Computer and Information Science (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Keasar, Chen
-
McGuffin, Liam J ...
-
Wallner, Björn, ...
-
Chopra, Gaurav
-
Adhikari, Badri
-
Bhattacharya, De ...
-
visa fler...
-
Blake, Lauren
-
Bortot, Leandro ...
-
Cao, Renzhi
-
Dhanasekaran, B. ...
-
Dimas, Itzhel
-
Faccioli, Rodrig ...
-
Faraggi, Eshel
-
Ganzynkowicz, Ro ...
-
Ghosh, Sambit
-
Ghosh, Soma
-
Gieldon, Artur
-
Golon, Lukasz
-
He, Yi
-
Heo, Lim
-
Hou, Jie
-
Khan, Main
-
Khatib, Firas
-
Khoury, George A ...
-
Kieslich, Chris
-
Kim, David E.
-
Krupa, Pawel
-
Lee, Gyu Rie
-
Li, Hongbo
-
Li, Jilong
-
Lipska, Agnieszk ...
-
Liwo, Adam
-
Maghrabi, Ali Ha ...
-
Mirdita, Milot
-
Mirzaei, Shokouf ...
-
Mozolewska, Magd ...
-
Onel, Melis
-
Ovchinnikov, Ser ...
-
Shah, Anand
-
Shah, Utkarsh
-
Sidi, Tomer
-
Sieradzan, Adam ...
-
Slusarz, Magdale ...
-
Slusarz, Rafal
-
Smadbeck, James
-
Tamamis, Phanour ...
-
Trieber, Nichola ...
-
Wirecki, Tomasz
-
Yin, Yanping
-
Zhang, Yang
-
Bacardit, Jaume
-
Baranowski, Maci ...
-
Chapman, Nichola ...
-
Cooper, Seth
-
Defelicibus, Ale ...
-
Flatten, Jeff
-
Koepnick, Brian
-
Popovic, Zoran
-
Zaborowski, Bart ...
-
Baker, David
-
Cheng, Jianlin
-
Czaplewski, Ceza ...
-
Botazzo Delbem, ...
-
Floudas, Christo ...
-
Kloczkowski, And ...
-
Oldziej, Stanisl ...
-
Levitt, Michael
-
Scheraga, Harold
-
Seok, Chaok
-
Soeding, Johanne ...
-
Vishveshwara, Sa ...
-
Xu, Dong
-
Crivelli, Silvia ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Annan data och i ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet