| 1. |
|
|
| 2. |
- Dussex, Nicolas, et al.
(författare)
-
Range-wide and temporal genomic analyses reveal the consequences of near-extinction in Swedish moose
- 2023
-
Ingår i: Communications Biology. - 2399-3642. ; 6:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Ungulate species have experienced severe declines over the past centuries through overharvesting and habitat loss. Even if many game species have recovered thanks to strict hunting regulation, the genome-wide impacts of overharvesting are still unclear. Here, we examine the temporal and geographical differences in genome-wide diversity in moose (Alces alces) over its whole range in Sweden by sequencing 87 modern and historical genomes. We found limited impact of the 1900s near-extinction event but local variation in inbreeding and load in modern populations, as well as suggestion of a risk of future reduction in genetic diversity and gene flow. Furthermore, we found candidate genes for local adaptation, and rapid temporal allele frequency shifts involving coding genes since the 1980s, possibly due to selective harvesting. Our results highlight that genomic changes potentially impacting fitness can occur over short time scales and underline the need to track both deleterious and selectively advantageous genomic variation.
|
|
| 3. |
- Ekblom, Robert, Docent, 1976-, et al.
(författare)
-
Sample identification and pedigree reconstruction in Wolverine (Gulo gulo) using SNP genotyping of non-invasive samples
- 2021
-
Ingår i: Conservation Genetics Resources. - : Springer Nature. - 1877-7252 .- 1877-7260. ; 13:3, s. 261-274
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- For conservation genetic studies using non-invasively collected samples, genome-wide data may be hard to acquire. Until now, such studies have instead mostly relied on analyses of traditional genetic markers such as microsatellites (SSRs). Recently, high throughput genotyping of single nucleotide polymorphisms (SNPs) has become available, expanding the use of genomic methods to include non-model species of conservation concern. We have developed a 96-marker SNP array for use in applied conservation monitoring of the Scandinavian wolverine (Gulo gulo) population. By genotyping more than a thousand non-invasively collected samples, we were able to obtain precise estimates of different types of genotyping errors and sample dropout rates. The SNP panel significantly outperforms the SSR markers (and DBY intron markers for sexing) both in terms of precision in genotyping, sex assignment and individual identification, as well as in the proportion of samples successfully genotyped. Furthermore, SNP genotyping offers a simplified laboratory and analysis pipeline with fewer samples needed to be repeatedly genotyped in order to obtain reliable consensus data. In addition, we utilised a unique opportunity to successfully demonstrate the application of SNP genotype data for reconstructing pedigrees in wild populations, by validating the method with samples from wild individuals with known relatedness. By offering a simplified workflow with improved performance, we anticipate this methodology will facilitate the use of non-invasive samples to improve genetic management of many different types of populations that have previously been challenging to survey.
|
|
| 4. |
- Lindström, Åke, et al.
(författare)
-
Extreme altitude changes between night and day during marathon flights of great snipes
- 2021
-
Ingår i: Current Biology. - : Elsevier BV. - 0960-9822 .- 1879-0445. ; 31:15, s. 3433-3439
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Summary Several factors affect the flight altitude of migratory birds, such as topography, ambient temperature, wind conditions, air humidity, predation avoidance, landmark orientation, and avoiding over-heating from direct sunlight.1, 2, 3, 4, 5, 6 Recent tracking of migratory birds over long distances has shown that migrants change flight altitude more commonly and dramatically than previously thought.4, 5, 6, 7, 8 The reasons behind these altitude changes are not well understood. In their seasonal migrations between Sweden and sub-Saharan Africa, great snipes Gallinago media make non-stop flights of 4,000–7,000 km, lasting 60–90 h.9,10 Activity and air pressure data from multisensor dataloggers showed that great snipes repeatedly changed altitudes around dawn and dusk, between average cruising heights about 2,000 m (above sea level) at night and around 4,000 m during daytime. Frequency and autocorrelation analyses corroborated a conspicuous diel cycle in flight altitude. Most birds regularly flew at 6,000 m and one bird reached 8,700 m, possibly the highest altitude ever recorded for an identified migrating bird. The diel altitude changes took place independently of climate zone, topography, and habitat overflown. Ambient temperature, wind condition, and humidity have no important diel variation at the high altitudes chosen by great snipes. Instead, improved view for orientation by landmarks, predator avoidance, and not least, seeking cold altitudes at day to counteract heating from direct sunlight are the most plausible explanations for the diel altitude cycle. Together with similar recent findings for a small songbird,6 the great snipes’ altitudinal performance sheds new light on the complexity and challenges of migratory flights.
|
|
| 5. |
- O'Brien, David, et al.
(författare)
-
Bringing together approaches to reporting on within species genetic diversity
- 2022
-
Ingår i: Journal of Applied Ecology. - : Wiley. - 0021-8901 .- 1365-2664. ; 59:9, s. 2227-2233
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Genetic diversity is one of the three main levels of biodiversity recognised in the Convention on Biological Diversity (CBD). Fundamental for species adaptation to environmental change, genetic diversity is nonetheless under-reported within global and national indicators. When it is reported, the focus is often narrow and confined to domesticated or other commercial species.Several approaches have recently been developed to address this shortfall in reporting on genetic diversity of wild species. While multiplicity of approaches is helpful in any development process, it can also lead to confusion among policy makers and heighten a perception that conservation genetics is too abstract to be of use to organisations and governments.As the developers of five of the different approaches, we have come together to explain how various approaches relate to each other and propose a scorecard, as a unifying reporting mechanism for genetic diversity.Policy implications. We believe the proposed combined approach captures the strengths of its components and is practical for all nations and subnational governments. It is scalable and can be used to evaluate species conservation projects as well as genetic conservation projects.
|
|
| 6. |
- Posledovich, Diana, et al.
(författare)
-
Mapping and monitoring genetic diversity in Sweden : Suggestions for pollinating species
- 2021
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Genetisk inomartsvariation är en viktig förutsättning för populationers långsiktigaöverlevnad och för ekosystemens resiliens, t.ex. genom en ökad förmåga förpopulationer att kunna anpassa sig till ett förändrat klimat. Trots detta finns detidag stora brister i vår kunskap om arters och populationers genetiska variation ochhur den förändrats över tid och i relation till olika påverkansfaktorer. Övervakningav arters genetiska variation är således ett viktigt verktyg för förvaltning ochbevarandearbete då det ger kunskap om förändringar som vi annars inte kanupptäcka vilket kan fungera som tidiga varningssignaler om hot kopplat tillmänsklig aktivitet. Minskningen av populationer av pollinatörer har blivit ettuppmärksammat problem de senaste årtiondena och pollinerande arter har därföridentifierats som en viktig grupp för övervakning av genetisk mångfald. I dennarapport ges förslag på övervakningsprogram för pollinatörer. Utifrån redantillgängliga resurser i form av bland annat genetisk metodik, forskning ochhistoriska samlingar presenteras förslag på arter, metoder för genetiska analyser,stickprovsstorlekar, insamlingslokaler mm., samt en uppskattning av kostnaderenligt tre olika ambitionsnivåer. Totalt föreslås 15 arter att ingå i övervakningen –13 arter av humlor och bin samt 2 arter av dagfjärilar.
|
|
| 7. |
- Posledovich, Diana, et al.
(författare)
-
Mapping and monitoring genetic diversity in Sweden : A proposal for species, methods and costs
- 2021
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Biologiska övervakningsprogram är en central del för uppföljningen av konventionen för biologisk mångfald (CBD). Genetisk mångfald är identifierad av CBD som en av tre nivåer av biologisk mångfald, och den form av variation som är grunden för övriga nivåer (art- och ekosystemnivå). Målet med denna rapport är att presentera ett förslag till ett övervakningsprogram för genetisk mångfald i Sverige som kan implementeras med start 2020 och vara i bruk under många år framöver. Vi fokuserar främst på genetisk variation inom arter och inte på tekniker där genetiska analyser används för att kartlägga variation på art- och ekosystemnivå.Genetisk variation är central för populationers överlevnad på kort sikt genom att minska risken för inavelsdepression, och på lång sikt genom att möjliggöra evolutionära anpassningar till förändrade miljöer (exempelvis som en följd av klimatförändringar). Redan 1997 uppmärksammades behovet av ett nationellt program för att övervaka genetisk mångfald. Liknande uppmaningar har sedan kommit vid flera tillfällen i forskningsartiklar, rapporter från Naturvårdsverket och genom regeringsbeslut.Vi har utfört en omfattande litteraturgenomgång och sammanställt kunskapsläget kring genetisk mångfald i svenska naturliga populationer (delvis baserat på tidigare publicerade rapporter). I ca en tredjedel av de genomgångna studierna hade man undersökt förändringar i genetisk variation över tid.Vi har även identifierat olika arter och populationer som anses vara lämpliga för genetisk övervakning. Bland dessa arter har vi föreslagit en inbördes prioritering baserat på flera faktorer: redan pågående insatser som möjliggör effektiv provinsamling, hotbild, representation av olika organismgrupper och genomförbarhet, samt uppskattat grova och mycket ungefärliga kostnader för övervakning av dessa. För att identifiera arter som lämpliga för genetisk övervakning och prioritera mellan dessa har vi använt oss av sju kategorier:1) Arter som är påverkade av beskattning (jakt, fiske, etc.)2) Arter som är listade i EU:s art-, habitat- och fågeldirektiv3) Arter som riskerar påverkan från oönskat genflöde4) Arter som är nationellt rödlistade enligt IUCN:s kriterier5) Arter där den svenska populationen är genetisk särpräglad från övriga populationer6) Populationer som förväntas vara särskilt sårbara för klimatförändringar7) Naturliga referenspopulationer (ej hotade eller listade enligt ovanstående kriterier, men där mycket kunskap redan finns som man kan använda som utgångspunkt och referens)Dessutom beaktades följande kriterier i bedömningen:a) Arter som är viktiga för ekosystemets funktionb) Pollinerande insekter (enligt särskilt direktiv från beställaren – se separat delrapport)c) Arter med befintliga samlingar av vävnad/DNA för att kunna göra historiska jämförelserd) Arter som redan i dagsläget är del av genetisk insamling/övervakning e) Arter där det finns andra typer av övervakningsprogram som inkluderar manuell hantering av individer som enkelt skulle kunna utökas till att omfatta även genetisk provtagningf) Inhemska naturliga arter som är nära besläktade med domesticerade arterPrioriteringar gjordes så att varje art placerades i en av tre kategorier (hög, medel och låg prioritering). Vi identifierade totalt 167 arter som lämpliga för genetisk övervakning. Av dessa prioriterades 60 som ”hög”, inkluderande 15 pollinerande insekter (se separat delrapport) och 12 akvatiska arter (se separat rapport från Havs- och Vattenmyndigheten).Eftersom den tekniska utvecklingen inom genetiska analyser just nu går väldigt fort är det svårt att uppskatta framtida kostnader för den laborativa delen av ett genetiskt övervakningsprogram. Programmet bör också vara adaptivt, så att man kan anpassa metoder allteftersom ny kunskap tillkommer och nya tekniker blir tillgängliga. Här blir det därför centralt att DNA-prover lagras på ett säkert och överskådligt sätt så att man kan gå tillbaka och analysera om äldre prover i framtiden. Upprätthållande och kurrering av biobanker med vävnadsprover bör således vara en prioriterad del av programmet.Beroende på ambitionsnivå (med avseende på antal arter/populationer som inkluderas, vilken typ av genetiska data som samlas in och antal prov per art/population) beräknas den årliga kostnaden för övervakningsprogrammet ungefär uppgå till mellan 9 (ambitionsnivå 1), 14 (ambitionsnivå 2) och 27 (ambitionsnivå 3) miljoner kronor (inkluderande kostnaderna för de delvis separat finansierade projekten på pollinerande insekter och marina arter). För vissa enstaka arter tillkommer engångskostnader för utveckling av genetiska markörer.För att programmet ska kunna bli framgångsrikt krävs en tydlig plan för koordinering och projektledning. För att fylla sin funktion, måste övervakningsprogrammet för genetisk mångfald pågå under lång tid framöver, det är därför centralt att det finns en långsiktig, förutsägbar och transparent struktur för finansiering.
|
|
| 8. |
- Thurfjell, Henrik, et al.
(författare)
-
Practical application of indicators for genetic diversity in CBD post-2020 global biodiversity framework implementation
- 2022
-
Ingår i: Ecological Indicators. - : Elsevier BV. - 1470-160X .- 1872-7034. ; 142
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Genetic diversity is a key aspect of biological variation for the adaptability and survival of populations of species and must be monitored to assure maintenance. We used data from the Swedish Red List 2020 and from published reviews to apply three indicators for genetic diversity proposed for the post-2020 Global Biodiversity Framework of the Convention on Biological Diversity (CBD). We studied a wide range of taxonomic groups, and made more detailed indicator assessments for mammals and herptiles.For indicator 1, the proportion of populations with effective population size Ne > 500, 33% of 22,557 investigated species had a population size estimate that could be used as a proxy for Ne. For herptiles and mammals, 70% and 49% of populations of species, respectively, likely had Ne > 500.Data for evaluation of indicator 2, the proportion of remaining populations or historical range, was available for 20% of all species evaluated for the Red List. Meanwhile, 32% of the herptile and 84% of the mammal populations are maintaining their populations and range.For indicator 3, the number of species or populations in which genetic diversity is monitored using DNA-based methods, there are genetic studies on 3% of all species, and 0.3% are beeing monitored genetically. In contrast, 68% of mammals and 29% of herptiles are studied using DNA, and 8% of mammals and 24% of herptiles are genetically monitored.We conclude that the Red List provides data that are suitable for evaluating the genetic indicators, but the data quality can be improved. We also show that the genetic indicators capture conservation issues of genetic erosion that the Red List misses.There is a synergy in estimating the genetic indicators in parallel with the Red Listing process. We propose that indicator values could be included in national Red Listing as a new category - “genetically threatened”, based on the genetic indicators.
|
|
