| 1. |
- Carlsson, Anders, et al.
(författare)
-
Molecular serum portraits in patients with primary breast cancer predict the development of distant metastases.
- 2011
-
Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences. - : Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1091-6490 .- 0027-8424. ; 108:34, s. 14252-14257
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The risk of distant recurrence in breast cancer patients is difficult to assess with current clinical and histopathological parameters, and no validated serum biomarkers currently exist. Using a recently developed recombinant antibody microarray platform containing 135 antibodies against 65 mainly immunoregulatory proteins, we screened 240 sera from 64 patients with primary breast cancer. This unique longitudinal sample material was collected from each patient between 0 and 36 mo after the primary operation. The velocity for each serum protein was determined by comparing the samples collected at the primary operation and then 3-6 mo later. A 21-protein signature was identified, using leave-one-out cross-validation together with a backward elimination strategy in a training cohort. This signature was tested and evaluated subsequently in an independent test cohort (prevalidation). The risk of developing distant recurrence after primary operation could be assessed for each patient, using her molecular portraits. The results from this prevalidation study showed that patients could be classified into high- versus low-risk groups for developing metastatic breast cancer with a receiver operating characteristic area under the curve of 0.85. This risk assessment was not dependent on the type of adjuvant therapy received by the patients. Even more importantly, we demonstrated that this protein signature provided an added value compared with conventional clinical parameters. Consequently, we present here a candidate serum biomarker signature able to classify patients with primary breast cancer according to their risk of developing distant recurrence, with an accuracy outperforming current procedures.
|
|
| 2. |
- Gustavsson, Elin
(författare)
-
SOX11 as a Cancer Biomarker - Expression and Regulatory Studies in B-cell Lymphomas and Ovarian Cancer
- 2010
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- It is estimated that one third of all people in Sweden will be diagnosed with cancer during their lifetime. The outcome for a specific patient is related to early and correct diagnosis, and prediction of effective treatment regimens. Biomarkers are molecules that can aid the clinician in such decisions regarding diagnosis, prognosis and therapy. In this thesis, based on five original papers, the role of SOX11 as a novel diagnostic biomarker in MCL and prognostic biomarker in ovarian cancer is presented. In addition, it is demonstrated how antibodies against such cancer biomarkers, including SOX11, are generated and used in various applications. Expression of SOX11 in MCL is herein shown to be independent of Cyclin D1 and able to distinguish MCL from common morphological simulators. Furthermore, the prognostic relevance of SOX11 also for non-haematological disease is confirmed as expression of SOX11 in high-grade ovarian cancer relates to survival. The functional role for SOX11 is further demonstrated for expressing malignancies, as it appears to be a negative regulator of cellular growth in vitro, possibly by inducing expression of tumour suppressors. An example of the underlying regulatory mechanism for SOX11 expression in cancer is provided as the methylation status of its CpG promoter correlates to expression in lymphomas and ovarian cancers. DNA hyper methylation commonly represses genes in neoplastic cells and has the potential to be detected in blood as a diagnostic test of methylated malignancies.
|
|
| 3. |
- Gustavsson, Elin, et al.
(författare)
-
Surrogate antigens as targets for proteome-wide binder selection
- 2011
-
Ingår i: New Biotechnology. - : Elsevier BV. - 1871-6784 .- 1876-4347. ; 28:4, s. 302-311
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In the last decade, many initiatives have been taken to develop antibodies for proteome-wide studies, as well as characterization and validation of clinically relevant disease biomarkers. Phage display offers many advantages compared to conventional antibody generation by immunization and hybridoma technology, since it is an unlimited resource of affinity reagents without batch-to-batch variation and is amendable for high throughput. One of the major bottlenecks to proteome-wide binder selection is the limited supply of suitable target antigens representative of the human proteome. Here, we provide proof of principle of using easily accessible, cancer-associated protein epitope signature tags (PrESTs), routinely generated within the Human Protein Atlas project, as surrogate antigens in phage selectionsfor the retrieval of target specific binders. These binders were subsequently tested in western blot, immunohistochemistry and protein microarray application to demonstrate their functionality.
|
|
| 4. |
- Gustavsson, Hanna, et al.
(författare)
-
Osäkerhetsanalys av kväveretention i HBV-NP-modellen
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Kväve från olika källor som reningsverk, dagvatten och atmosfärsdeposition trans-porteras med vattnet genom mark, sjöar och vattendrag mot havet. På vägen redu-ceras en del kväve genom biogeokemiska processer som växtupptag, denitrifikation och sedimentation. Denna retention är svår att mäta men kan skattas med vatten-kvalitetsmodeller som matematiskt beskriver dessa processer.Svenska MiljöemissionsData (SMED) ansvarar för de svenska beräkningarna som ligger till grund för rapporteringen av Sveriges belastning på Östersjön genom HELCOM: PLC-Annual och PLC-Periodical. I PLC-Annual beräknas retention av kväve och fosfor med SMHIs vattenkvalitetsmodell HBV-NP (Brandt, 1990; Ar-heimer och Brandt, 1998).Inom arbetet med svensk vattenförvaltning används beräkningsresultat från PLC5-rapporteringen i brist på observerade data. Modellresultat är behäftade med osäker-het som ett resultat av osäkerheter i såväl data som modellens beskrivning av verk-ligheten. Få studier har undersökt osäkerhet i modellering av kvävebelastning och kväveretention. Efter rapporteringen till PLC5 gjordes inom SMED ett försök att kvantifiera osäkerhet i bruttobelastning till följd av osäkerhet i indata i PLC5-beräkningarna (Widén-Nilsson m.fl., 2010). Studien visade att de olika indatakäl-lorna bitvis är behäftade med stora osäkerheter, vilket även kan få stort genomslag på den totala bruttobelastningen. För att på sikt komma fram till osäkerhetsintervall för de nationella nettobelastningsberäkningarna behöver osäkerheten i retentions-beräkningarna också studeras.Syftet med denna studie var att identifiera och kvantifiera de största osäkerheterna i retentionsberäkningarna för PLC5-rapporteringen. Projektet avgränsades till att endast omfatta analyser av kväve. Öreälven, Helge å, Rönne å och Skräbeån valdes ut för studien baserat på datatillgång.Flera olika typer av osäkerheter som påverkar den modellerade retentionen stude-rades. Först analyserades kalibreringsmetodens inverkan genom manuell kalibre-ring av modellen av flera oberoende modellerare samt med en Monte Carlo-analys. Vid Monte Carlo-analysen kördes modellen 5 000 gånger med slumpmässigt valda värden för retentionsparametrarna. Av de 5 000 simuleringarna valdes de 1 000 simuleringarna med bäst överrensstämmelse mellan observerat och simulerat kväve ut. Urvalet baserades på ett utvärderingskriterium som mätte andel av tiden som de simulerade värdena var innanför osäkerheten i de observerade värdena. Osäkerhet-en i de observerade kvävekoncentrationerna var ibland betydande. Analysen visade att många olika kombinationer av parametervärden gav jämförbara resultat. Inga simuleringar var innanför de observerade osäkerhetsgränserna vid alla tidpunkter och generellt sett beskrev modellen dynamiken i oorganiskt kväve bättre än för totalkväve och organiskt kväve. PLC5-simuleringarna jämförde sig i flera fall väl med de bästa simuleringarna från Monte Carlo-analysen. HAVS- OCH VATTENMYNDIGHETEN Rapport8För Helge å och Rönne å var skillnaden i retention liten mellan de olika manuella kalibreringarna och beräkningen i PLC5. Skillnaden mellan de tre oberoende kalibreringarna var störst för det avrinningsområde som hade lägst antal observationspunkter, Öreälven skiljde sig ca 10 % jämfört med den beräknade totala retentionen enligt PLC5. Den manuella kalibreringen utvärderades även i ett proxy-basin test i ett närliggande område, Skräbeån, som ligger öster om Helge å. Skillnaden i medelretentionen 1984–2004 för Skräbeån, med kalibreringsparametrar för Helge å, var som högst 12 % mellan högsta och lägsta beräkningsscenario. Jämförelsen visar på vikten av mätdata att kalibrera modellen mot för att begränsa osäkerheter på grund av olika kalibreringsmetodik.Resultatet från den första analysen användes sedan till att undersöka effekten av olika förändrade förutsättningar; ett högbelastande och ett lågbelastande scenario för förändrad bruttobelastning, scenarier för förändrad jordart samt för förändrad grödofördelning. Samma metodik som i den tidigare studien av Widén-Nilsson m.fl. (2010) användes för att skatta osäkerheten i bruttobelastning och effekten på de simulerade resultaten var störst i Öreälven som normalt hade lägst retention.Utifrån resultat från den manuella kalibreringen, beräknades två olika scenarier för förändrat läckage från jordbruksmark där jordarten hade en finare respektive grövre textur jämfört med PLC5. Jordartsanalysen med det höga läckaget kompletterades för Rönne å med en analys av en förändrad grödofördelning. Scenarier med föränd-rad fördelning av jordarter gav en försumbar effekt på den totala retentionen i alla huvudavrinningsområden. I Rönne å gav förändrad gröda en effekt på i genomsnitt 5 %.Osäkerhet i vattenföringsdata beräknades utifrån avvikelsen mellan uppmätt och från avbördningskurvan beräknad vattenföring. Osäkerheterna låg inom ett inter-vall av -50 till +30 %, med de största osäkerheterna för de lägsta och högsta flö-dena. Effekten av denna osäkerhet i vattenföring på de simulerade resultaten var i vissa fall stor, för en station var skillnaden i medelretention omkring 20 %.Förändringen av sjöretention analyserades i varje PLC-område genom att sjöyta respektive djup varierades med ±10 % och ±30 %. Osäkerheter i form av förändrad sjöyta var mer avgörande i små PLC-områden. Där får små sjöar förhållandevis större betydelse än i stora områden.Sammanfattningsvis visade studien på vikten av osäkerhetsanalys vid modellka-librering och vikten av kvantifiering av överrensstämmelsen med observationsdata, såväl som vikten av observationsdata för att begränsa osäkerheter i simulerade resultat. Osäkerheter i indata och fysikaliska parametrar i modellen får särskild betydelse i oövervakade områden där modellkalibreringen inte kan kompensera för sådana osäkerheter.
|
|
| 5. |
- Gustavsson, Nicklas, et al.
(författare)
-
Comments Concerning the National Swedish Contaminant Monitoring Programme in Fresh Water Biota 2009
- 2010. - 2010:4
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- This report gives a summary of the monitoring activities within the national Swedish contaminant programme in freshwater biota. It is the result from the joint efforts of: the Department of Applied Environmental Science at Stockholm University (analyses of organochlorines, flame retardants and perfluorinated compounds), Department of Chemistry at Umeå University (analyses of PCDD/PCDF) and the Department of Contaminant Research at the Swedish Museum of Natural History (co-ordination, sample collection administration, sample preparation, recording of biological variables, storage of frozen biological tissues in the Environmental Specimen Bank for retrospective studies, data preparation and statistical evaluation). The monitoring programme is financed by the Environmental Protection Agency (EPA) in Sweden. The data of concern in this report represent the bioavailable part of the investigated contaminants i.e. the part that has virtually passed through the biological membranes and may cause toxic effects. The objectives of the monitoring program in freshwater biota could be summarised as follows:
|
|
| 6. |
- Liljeberg, Marcus, et al.
(författare)
-
Hantering av kopplingen mellan markanvändning, läckagekoefficienter och avrinning för PLC6
- 2013
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Havs- och vattenmyndigheten har uppdragit åt SMED att beräknanäringsämnesbelastningen till Sveriges omgivande havsbassänger.Uppdraget utgör underlag till HELCOM-rapporteringen Pollution LoadCompilation (PLC Periodical).Inom SMED sker en kontinuerlig utveckling av metoder och modeller föratt förbättra kvalitén på dessa beräkningar. I denna rapport undersöksmöjligheterna att kombinera tidigare framtagen metodik för att beräknakällfördelningen av kväve och fosfor med ny förbättrad beräkning avavrinning genom att utnyttja en redan kalibrerad högupplöst hydrologiskmodell för Sverige, kallad S-HYPE.Den belastning som avses i denna rapport är det diffusa markläckaget somgenereras av olika slags markanvändning, beräknat som en produkt avmarkanvändningsslag och specifik typhalt. S-HYPE har kalibrerats med endefinition av markanvändning som skiljer sig från den markanvändning somanvänts tidigare. För att det ska vara möjligt att använda de typhalter somtagits fram i tidigare beräkningar behöver de olika definitionerna avmarkanvändning relateras till varandra. För test och validering av den nyaavrinningsberäkningen genom en anpassning av tidigare kalibrerad S-HYPEtill SMED – HYPE bedöms skillnader i arealer hos markanvändningen haen försumbar effekt. För en fullständig beräkning av närsaltsläckagebehöver markanvändning däremot harmoniseras.Data om jordbrukets arealer tas i PLC-beräkningarna från jordbruksblockenoch de stödsökta grödorna. I PLC6 ändras metodiken för jordbruksblocksom saknar stödsökta grödor så att dessa beräknas som odefinierade grödormed läckaget för extensiv vall, istället för att de klassas som öppen marksom i PLC5. Om möjligt ska de konstaterade grödarealerna istället för demer preliminära stödsökta arealerna användas.
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Sernbo, Sandra, et al.
(författare)
-
The tumour suppressor SOX11 is associated with improved survival among high grade epithelial ovarian cancers and is regulated by reversible promoter methylation
- 2011
-
Ingår i: BMC Cancer. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2407. ; 11
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: The neural transcription factor SOX11 has been described as a prognostic marker in epithelial ovarian cancers (EOC), however its role in individual histological subtypes and tumour grade requires further clarification. Furthermore, methylation-dependent silencing of SOX11 has been reported for B cell lymphomas and indicates that epigenetic drugs may be used to re-express this tumour suppressor, but information on SOX11 promoter methylation in EOC is still lacking. Methods: SOX11 expression and clinicopathological data was compared using chi(2) test in a cohort of 154 cases of primary invasive EOC. Kaplan-Meier analysis and the log rank test were applied to evaluate ovarian cancer-specific survival (OCSS) and overall survival (OS) in strata, according to SOX11 expression. Also, the methylation status of the SOX11 promoter was determined by sodium bisulfite sequencing and methylation specific PCR (MSP). Furthermore, the effect of ectopic overexpression of SOX11 on proliferation was studied through [3H]-thymidine incorporation. Results: SOX11 expression was associated with an improved survival of patients with high grade EOC, although not independent of stage. Further analyses of EOC cell lines showed that SOX11 mRNA and protein were expressed in two of five cell lines, correlating with promoter methylation status. Demethylation was successfully performed using 5'-Aza-2'deoxycytidine (5-Aza-dC) resulting in SOX11 mRNA and protein expression in a previously negative EOC cell line. Furthermore, overexpression of SOX11 in EOC cell lines confirmed the growth regulatory role of SOX11. Conclusions: SOX11 is a functionally associated protein in EOC with prognostic value for high-grade tumours. Re-expression of SOX11 in EOC indicates a potential use of epigenetic drugs to affect cellular growth in SOX11-negative tumours.
|
|
