| 1. |
- Andersson, Magnus, et al.
(författare)
-
Fiskbestånd och miljö i hav och sötvatten : Resurs- och miljööversikt 2012
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Detta är den nionde utgåvan av den samlade översikten över fisk- och kräftdjursbeståndens status i våra vatten. Kunskap om fiskbestånden och miljön är en förutsättning för att utnyttjandet av fiskresurserna skall bli bärkraftigt. För svenska vattenområden beskrivs miljöutvecklingen i ett ekosystemsperspektiv, dels för att tydliggöra fiskens ekologiska roll och beskriva yttre miljöfaktorer som påverkar fiskbestånden, dels för att belysa fiskets effekter på miljön.Fiskbestånd och miljö i hav och sötvatten är utarbetad av Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua), på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten. Rapporten sammanfattar utveckling och beståndsstatus för de kommersiellt viktigaste fisk- och kräftdjursarterna i våra vatten. Bedömningar och förvaltningsråd är baserade på Internationella Havsforskningsrådets (ICES) rådgivning, SLU Aquas nationella och regionala provfiskedata, samt yrkesfiskets rapportering.
|
|
| 2. |
- Bergström, Ulf, et al.
(författare)
-
Long-term effects of no-take zones in Swedish waters
- 2022
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Marine protected areas (MPAs) are increasingly established worldwide to protect and restore degraded ecosystems. However, the level of protection varies among MPAs and has been found to affect the outcome of the closure. In no-take zones (NTZs), no fishing or extraction of marine organisms is allowed. The EU Commission recently committed to protect 30% of European waters by 2030 through the updated Biodiversity Strategy. Importantly, one third of these 30% should be of strict protection. Exactly what is meant by strict protection is not entirely clear, but fishing would likely have to be fully or largely prohibited in these areas. This new target for strictly protected areas highlights the need to evaluate the ecological effects of NTZs, particularly in regions like northern Europe where such evaluations are scarce. The Swedish NTZs made up approximately two thirds of the total areal extent of NTZs in Europe a decade ago. Given that these areas have been closed for at least 10 years and can provide insights into long-term effects of NTZs on fish and ecosystems, they are of broad interest in light of the new 10% strict protection by 2030 commitment by EU member states.In total, eight NTZs in Swedish coastal and offshore waters were evaluated in the current report, with respect to primarily the responses of focal species for the conservation measure, but in some of the areas also ecosystem responses. Five of the NTZs were established in 2009-2011, as part of a government commission, while the other three had been established earlier. The results of the evaluations are presented in a synthesis and also in separate, more detailed chapters for each of the eight NTZs. Overall, the results suggest that NTZs can increase abundances and biomasses of fish and decapod crustaceans, given that the closed areas are strategically placed and of an appropriate size in relation to the life cycle of the focal species. A meta-regression of the effects on focal species of the NTZs showed that CPUE was on average 2.6 times higher after three years of protection, and 3.8 times higher than in the fished reference areas after six years of protection. The proportion of old and large individuals increased in most NTZs, and thereby also the reproductive potential of populations. The increase in abundance of large predatory fish also likely contributed to restoring ecosystem functions, such as top-down control. These effects appeared after a 5-year period and in many cases remained and continued to increase in the longer term (>10 years). In the two areas where cod was the focal species of the NTZs, positive responses were weak, likely as an effect of long-term past, and in the Kattegat still present, recruitment overfishing. In the Baltic Sea, predation by grey seal and cormorant was in some cases so high that it likely counteracted the positive effects of removing fisheries and led to stock declines in the NTZs. In most cases, the introduction of the NTZs has likely decreased the total fishing effort rather than displacing it to adjacent areas. In the Kattegat NTZ, however, the purpose was explicitly to displace an unselective coastal mixed bottom-trawl fishery targeting Norway lobster and flatfish to areas where the bycatches of mature cod were smaller. In two areas that were reopened to fishing after 5 years, the positive effects of the NTZs on fish stocks eroded quickly to pre-closure levels despite that the areas remained closed during the spawning period, highlighting that permanent closures may be necessary to maintain positive effects.We conclude from the Swedish case studies that NTZs may well function as a complement to other fisheries management measures, such as catch, effort and gear regulations. The experiences from the current evaluation show that NTZs can be an important tool for fisheries management especially for local coastal fish populations and areas with mixed fisheries, as well as in cases where there is a need to counteract adverse ecosystem effects of fishing. NTZs are also needed as reference for marine environmental management, and for understanding the effects of fishing on fish populations and other ecosystem components in relation to other pressures. MPAs where the protection of both fish and their habitats is combined may be an important instrument for ecosystembased management, where the recovery of large predatory fish may lead to a restoration of important ecosystem functions and contribute to improving decayed habitats.With the new Biodiversity Strategy, EUs level of ambition for marine conservation increases significantly, with the goal of 30% of coastal and marine waters protected by 2030, and, importantly, one third of these areas being strictly protected. From a conservation perspective, rare, sensitive and/or charismatic species or habitats are often in focus when designating MPAs, and displacement of fisheries is then considered an unwanted side effect. However, if the establishment of strictly protected areas also aims to rebuild fish stocks, these MPAs should be placed in heavily fished areas and designed to protect depleted populations by accounting for their home ranges to generate positive outcomes. Thus, extensive displacement of fisheries is required to reach benefits for depleted populations, and need to be accounted for e.g. by specific regulations outside the strictly protected areas. These new extensive EU goals for MPA establishment pose a challenge for management, but at the same time offer an opportunity to bridge the current gap between conservation and fisheries management.
|
|
| 3. |
- Bryhn, Andreas, et al.
(författare)
-
Kunskapsunderlag om möjliga icke-torskfiskerelaterade åtgärder för att torskbestånd ska bevaras och återhämta sig i svenska vatten
- 2020
-
Rapport (refereegranskat)abstract
- Torsk (Gadus morhua) är en viktig art för marina ekosystem i Sverige, där den har en strukturerande och reglerande funktion i relation till andra arter. Torsken har under historiens gång även spelat en viktig roll för samhället i Sverige inom dess nuvarande gränsers område (Bohuslän har t.ex. inte alltid tillhört Sverige), som en målart för fiske. Samtliga torskbestånd som återfinns i havsområdena runt Sverige har nu dålig status och det internationella havsforskningsrådet ICES rekommenderar låg eller ingen fångst, beroende på bestånd. Utöver riktat fiske påverkas dock torsken av en rad andra faktorer som exempelvis bifångster i annat fiske, syrebrist, klimatförändringar, predatorer, parasiter, bottenpåverkan av trålning, förlust av uppväxtmiljöer, födobrist, tiaminbrist och giftiga ämnen. Denna rapport diskuterar möjligheter att skydda och bevara torsken på sätt som kan komplettera begränsningar i det riktade torskfisket. Torskens situation är komplex och rapporten är därför skriven utifrån ett ekosystemperspektiv för att möjliggöra en bredare ansats i förvaltningen av torskbestånd i svenska vatten, där alla relevanta påverkansfaktorer bör beaktas. Det bör poängteras att denna rapport inte har gjort någon ny utredning av påverkansfaktorernas effekter, utan har istället gjort en litteratursammanställning och en kvalitativ analys. Vi har ändå valt att lyfta fram vissa åtgärder som särskilt potentiellt betydelsefulla - en samlad kvalitativ expertbedömning som rangordnar olika åtgärders effektivitet för återuppbyggnad per bestånd, se avsnitt 6 i rapporten.
|
|
| 4. |
- Bryhn, Andreas, et al.
(författare)
-
Which factors can affect the productivity and dynamics of cod stocks in the Baltic Sea, Kattegat and Skagerrak?
- 2022
-
Ingår i: Ocean and Coastal Management. - : Elsevier BV. - 0964-5691 .- 1873-524X. ; 223
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Stocks of Atlantic cod (Gadus morhua) in the Baltic Sea, Kattegat and Skagerrak (N. Europe) have been strongly exploited for decades bringing them into an enduringly depleted status. Scientific cod stock related advice for targeted and mixed fisheries is provided on an annual basis by the International Council for Exploration of the Sea. This advice forms a basis for ministerial decisions on, e.g., the total allowable catch and management plans. Despite measures to reduce fishing-induced mortality of cod, such as catch and effort restrictions, increased gear selectivity, closed areas and seasons, clear signs of recovery are yet to be seen. Thus, traditional advice for the management of these stocks may have to be complemented by advice on supporting measures focusing on other pressures hampering the recovery of cod. The present study elaborates on potential supportive measures for cod stock recovery in the Baltic Sea, Kattegat, and Skagerrak (including local populations where applicable), based on current knowledge. The list of measures presented here is the outcome of in-depth discussions on the state-of-the-art knowledge, among cod experts and further with stakeholders with the aim to follow principles of ecosystem-based fisheries management. Following the identification of different pressures on and prerequisites for the separate stocks, the listed measures differ between stocks and include cod bycatch mortality reduction, alterations in fisheries affecting food sources for cod, restocking, protection of juvenile habitats, and reduced predation. The literature review and the list of measures are intended to provide decision-support for managers and policymakers aiming to provide conditions for the cod stocks to recover.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Fälth, Maria, et al.
(författare)
-
Neuropeptidomics strategies for specific and sensitive identification of endogenous peptides
- 2007
-
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 6:7, s. 1188-1197
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A new approach using targeted sequence collections has been developed for identifying endogenous peptides. This approach enables a fast, specific, and sensitive identification of endogenous peptides. Three different sequence collections were constituted in this study to mimic the peptidomic samples: SwePep precursors, SwePep peptides, and SwePep predicted. The searches for neuropeptides performed against these three sequence collections were compared with searches performed against the entire mouse proteome, which is commonly used to identify neuropeptides. These four sequence collections were searched with both Mascot and X! Tandem. Evaluation of the sequence collections was achieved using a set of manually identified and previously verified peptides. By using the three new sequence collections, which more accurately mimic the sample, 3 times as many peptides were significantly identified, with a false-positive rate below 1%, in comparison with the mouse proteome. The new sequence collections were also used to identify previously uncharacterized peptides from brain tissue; 27 previously uncharacterized peptides and potentially bioactive neuropeptides were identified. These novel peptides are cleaved from the peptide precursors at sites that are characteristic for prohormone convertases, and some of them have post-translational modifications that are characteristic for neuropeptides. The targeted protein sequence collections for different species are publicly available for download from SwePep.
|
|
| 7. |
- Fälth, Maria, et al.
(författare)
-
SwePep – A database designed for endogenous peptides and mass spectrometry
- 2006
-
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 5:6, s. 998-1005
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A new database, SwePep, specifically designed for endogenous peptides, has been constructed to significantly speed up the identification process from complex tissue samples utilizing mass spectrometry. In the identification process the experimental peptide masses are compared with the peptide masses stored in the database both with and without possible post-translational modifications. This intermediate identification step is fast and singles out peptides that are potential endogenous peptides and can later be confirmed with tandem mass spectrometry data. Successful applications of this methodology are presented. The SwePep database is a relational database developed using MySql and Java. The database contains 4180 annotated endogenous peptides from different tissues originating from 394 different species as well as 50 novel peptides from brain tissue identified in our laboratory. Information about the peptides, including mass, isoelectric point, sequence, and precursor protein, is also stored in the database. This new approach holds great potential for removing the bottleneck that occurs during the identification process in the field of peptidomics. The SwePep database is available to the public.
|
|
| 8. |
- Fälth, Maria, et al.
(författare)
-
Validation of endogenous peptide identifications using a database of tandem mass spectra
- 2008
-
Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 7:7, s. 3049-3053
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The SwePep database is designed for endogenous peptides and mass spectrometry. It contains information about the peptides such as mass, p/, precursor protein and potential post-translational modifications. Here, we have improved and extended the SwePep database with tandem mass spectra, by adding a locally curated version of the global proteome machine database (GPMDB). In peptidomic experiment practice, many peptide sequences contain multiple tandem mass spectra with different quality. The new tandem mass spectra database in SwePep enables validation of low quality spectra using high quality tandem mass spectra. The validation is performed by comparing the fragmentation patterns of the two spectra using algorithms for calculating the correlation coefficient between the spectra. The present study is the first step in developing a tandem spectrum database for endogenous peptides that can be used for spectrum-to-spectrum identifications instead of peptide identifications using traditional protein sequence database searches.
|
|
| 9. |
- Kaplan, Anders, et al.
(författare)
-
An Automated Method for Scanning LC−MS Data Sets for Significant Peptides and Proteins, Including Quantitative Profiling and Interactive Confirmation : An Automated Method for Scanning LC−MS Data Sets for Significant Peptides and Proteins, Including Quantitative Profiling and Interactive Confirmation
- 2007
-
Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 6:7, s. 2888-2895
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Differential quantification of proteins and peptides by LC-MS is a promising method to acquire knowledge about biological processes, and for finding drug targets and biomarkers. However, differential protein analysis using LC-MS has been held back by the lack of suitable software tools. Large amounts of experimental data are easily generated in protein and peptide profiling experiments, but data analysis is time-consuming and labor-intensive. Here, we present a fully automated method for scanning LC-MS/MS data for biologically significant peptides and proteins, including support for interactive confirmation and further profiling. By studying peptide mixtures of known composition, we demonstrate that peptides present in different amounts in different groups of samples can be automatically screened for using statistical tests. A linear response can be obtained over almost 3 orders of magnitude, facilitating further profiling of peptides and proteins of interest. Furthermore, we apply the method to study the changes of endogenous peptide levels in mouse brain striatum after administration of reserpine, a classical model drug for inducing Parkinson disease symptoms.
|
|
| 10. |
- Koroschetz, Bianca, et al.
(författare)
-
Eko Marina II - Fortsättningsprojekt av miljömärkning av fritidsbåtshamnar : Underlag för att vidareutveckla miljömärkningssystem för fritidsbåtshamnar som syftar till att minska belastningen på vattenmiljön
- 2021
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Inom projektet ”Miljömärkning av fritidsbåtshamnar” – Eko Marina I, (Koroschetz m.fl., 2020) tog IVL Svenska Miljöinstitutet tillsammans med Havsmiljöinstitutet fram ett miljöindex för fritidsbåtshamnar, som består av en samling skräddarsydda kriterier för att minska miljöföroreningarna från verksamheter kopplade till fritidsbåtshamnar. I fortsättningsprojektet Eko Marina II var syftet att utveckla och förbättra miljöindexet, samt att utvärdera tillämpningsbarheten av indexet i samarbete med olika typer av fritidsbåtshamnar. Detta gjordes genom att via en enkät testa de tidigare framtagna indexkriterierna i samverkan med 17 olika fritidsbåtshamnar. Utifrån inkomna svar på enkäten, samt kompletterande kommentarer från fritidsbåtshamnar och andra aktörer, har ett omarbetat förslag på index tagits fram, kallat Index 2.0, som är lämpligt för alla typer av hamnar – gästhamnar, hamnar som drivs av ideella föreningar, såväl som kommersiella fritidsbåtshamnar.Projektet har också tagit fram stöddokumentation med förklaringar och checklistor för olika kriterier i miljöindexet (till exempel förslag till en miljöpolicy) samt handlingsplaner för olika miljöproblem, till exempel för förorenade områden. Förutom att utveckla miljöindexet vidare har projektet resulterat i ett första konkret förslag till affärsmodell som inkluderar en app och hemsida samt potentiella samarbetspartners. Rapporten presenterar också de förväntande positiva effekterna för fritidsbåtshamnar t. ex ett konkret stöd i miljöarbetet, men också ekonomiska incitament för att vara med i miljömärkningen. Här beskrivs också hur miljömärkningen kan underlätta miljötillsynen för kommunerna och fritidsbåtshamnar.
|
|
| 11. |
- Kultima, Kim, et al.
(författare)
-
Biomarkers of disease and post-mortem changes : Heat stabilization, a necessary tool for measurement of protein regulation
- 2011
-
Ingår i: Journal of Proteomics. - : Elsevier BV. - 1874-3919 .- 1876-7737. ; 75:1, s. 145-159
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- This review focuses on post sampling changes and how the Stabilizor system has been used to control this natural biological process and potential implications on cancer-specific biomarkers due to post sampling changes. Tissue sampling is a major traumatic event that can have drastic effects within a very short timeframe at the molecular level [1] resulting in loss of sample quality due to post-mortem changes. A heat-stabilization technology, using the Stabilizor system, has been developed to quickly and permanently abolish the enzymatic activity that causes these changes post-sampling and so preserve sample quality. The Stabilizor system has been shown to give better sample quality when analyzing a variety of tissues in various proteomic workflows. In this paper we discuss the impact of using heat-stabilized tissue in different proteomic applications. Based on our observations regarding the overlap between commonly changing proteins and proteins found to change post-mortem we also highlight a group of proteins of particular interest in cancer studies.
|
|
| 12. |
- Kultima, Kim, et al.
(författare)
-
Normalization and expression changes in predefined sets of proteins using 2D gel electrophoresis : A proteomic study of L-DOPA induced dyskinesia in an animal model of Parkinson's disease using DIGE
- 2006
-
Ingår i: BMC Bioinformatics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2105. ; 7, s. 475-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Two-Dimensional Difference In Gel Electrophoresis (2D-DIGE) is a powerful tool for measuring differences in protein expression between samples or conditions. However, to remove systematic variability within and between gels the data has to be normalized. In this study we examined the ability of four existing and four novel normalization methods to remove systematic bias in data produced with 2D-DIGE. We also propose a modification of an existing method where the statistical framework determines whether a set of proteins shows an association with the predefined phenotypes of interest. This method was applied to our data generated from a monkey model (Macaca fascicularis) of Parkinson's disease. Results: Using 2D-DIGE we analysed the protein content of the striatum from 6 control and 21 MPTP-treated monkeys, with or without de novo or long-term L-DOPA administration. There was an intensity and spatial bias in the data of all the gels examined in this study. Only two of the eight normalization methods evaluated ('2D loess+scale' and 'SC-2D+quantile') successfully removed both the intensity and spatial bias. In 'SC-2D+quantile' we extended the commonly used loess normalization method against dye bias in two-channel microarray systems to suit systems with three or more channels. Further, by using the proposed method, Differential Expression in Predefined Proteins Sets (DEPPS), several sets of proteins associated with the priming effects of L-DOPA in the striatum in parkinsonian animals were identified. Three of these sets are proteins involved in energy metabolism and one set involved proteins which are part of the microtubule cytoskeleton. Conclusion: Comparison of the different methods leads to a series of methodological recommendations for the normalization and the analysis of data, depending on the experimental design. Due to the nature of 2D-DIGE data we recommend that the p-values obtained in significance tests should be used as rankings only. Individual proteins may be interesting as such, but by studying sets of proteins the interpretation of the results are probably more accurate and biologically informative.
|
|
| 13. |
|
|
| 14. |
- Nilsson, Anna, et al.
(författare)
-
Increased striatal mRNA and protein levels of the immunophilin FKBP-12 in experimental Parkinson’s Disease and identification of FKBP-12-binding proteins
- 2007
-
Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 6:10, s. 3952-3961
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- FKBP-12, a 12 kDa FK506-binding protein (neuroimmunophilin), acts as a receptor for the immunosuppressant drug FK506. Neuroimmunophilins, including FKBP-12, are abundant in the brain and have been shown to be involved in reversing neuronal degeneration and preventing cell death. In this report, we have utilized several analytical techniques, such as in situ hybridization, Western blotting, two-dimensional gel electrophoresis, and liquid chromatography electrospray tandem mass spectrometry to study the transcriptional expression as well as protein levels of FKBP-12 in the unilateral 6-hydroxydopamine (6-OHDA) rat model of Parkinson's disease. The FKBP-12 protein was also detected directly on brain tissue sections using mass spectrometry profiling. We found increased levels of FKBP-12 mRNA and protein in the dorsal and middle part of the 6-OHDA lesioned striatum. Thus, these studies clearly demonstrate that FKBP-12 is increased in the brain of a common animal model of Parkinson's disease (PD). Additionally, we have identified potential binding partners to FKBP-12 that may be implicated in the pathophysiology of Parkinson's disease, such as alpha-enolase, 14-3-3 zeta/delta, pyruvate kinase isozymes, and heat shock protein 70, using surface plasmon resonance sensor technology in combination with mass spectrometry. In conclusion, these data strongly suggests that FKBP-12 is altered in an experimental model of PD.
|
|
| 15. |
- Nilsson, Anna, et al.
(författare)
-
Neuropeptidomics of mouse hypothalamus after imipramine treatment reveal somatostatin as a potential mediator of antidepressant effects
- 2012
-
Ingår i: Neuropharmacology. - : Elsevier BV. - 0028-3908 .- 1873-7064. ; 62:1, s. 347-357
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Excessive activation of the hypothalamic pituitary adrenal (HPA) axis has been associated with numerous diseases, including depression, and the tricyclic antidepressant imipramine has been shown to suppress activity of the HPA axis. Central hypothalamic control of the HPA axis is complex and involves a number of neuropeptides released from multiple hypothalamic subnuclei. The present study was therefore designed to determine the effects of imipramine administration on the mouse hypothalamus using a peptidomics approach. Among the factors found to be downregulated after acute (one day) or chronic (21 days) imipramine administration were peptides derived from secretogranin 1 (chromogranin B) as well as peptides derived from cerebellin precursors. In contrast, peptides SRIF-14 and SRIF-28 (1-11) derived from somatostatin (SRIF, somatotropin release inhibiting factor) were significantly upregulated by imipramine in the hypothalamus. Because diminished SRIF levels have long been known to occur in depression, a second part of the study investigated the roles of individual SRIF receptors in mediating potential antidepressant effects. SRA880, an antagonist of the somatostatin-1 autoreceptor (sst1) which positively modulates release of endogenous SRIF, was found to synergize with imipramine in causing antidepressant-like effects in the tail suspension test. Furthermore, chronic co-administration of SRA880 and imipramine synergistically increased BDNF mRNA expression in the cerebral cortex. Application of SRIF or L054264, an sst2 receptor agonist, but not 1,803807, an sst4 receptor agonist, increased phosphorylation of CaMKII and GluR1 in cerebrocortical slices. Our present experiments thus provide evidence for antidepressant-induced upregulation of SRIF in the brain, and strengthen the notion that augmented SRIF expression and signaling may counter depressive-like symptoms.
|
|
| 16. |
- Nilsson, Anna, et al.
(författare)
-
Striatal alterations of secretogranin-1, somatostatin, prodynorphin and cholecystokinin peptides in an experimental mouse model of Parkinson’s disease
- 2009
-
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 8:5, s. 1094-1104
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The principal causative pathology of Parkinson disease is the progressive degeneration of dopaminergic neurons in the substantia nigra pars compacta projecting to the striatum in the brain. The information regarding the expression of neuropeptides in parkinsonism is very limited. Here we have elucidated striatal neuropeptide mechanisms in experimental parkinsonism using the unilateral 6-hydroxydopamine model to degenerate dopamine neurons. A thoroughly controlled sample preparation technique together with a peptidomics approach and targeted neuropeptide sequence collections enabled sensitive detection, identification, and relative quantitation of a great number of endogenous neuropeptides. Previously not recognized alterations in neuropeptide levels were identified in the unilateral lesioned mice with or without subchronic 3,4-dihydroxy-L-phenylalanine administration, the conventional treatment of Parkinson disease. Several of these peptides originated from the same precursor such as secretogranin-1, somatostatin, prodynorphin, and cholecystokinin. Disease-related biotransformation of precursors into individual peptides was observed in the experimental model of Parkinson disease. Several previously unreported potentially biologically active peptides were also identified from the striatal samples. This study provides further evidence that neuropeptides take part in mediating the central nervous system failure associated with Parkinson disease.
|
|
| 17. |
- Norling, Karl, et al.
(författare)
-
Biologisk mångfald och fiske (27a) i Västra Götaland: en underlagsrapport till miljökvalitetsmålet Hav i balans samt levande kust och skärgård
- 2002
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Riksdagens miljökvalitetsmål Hav i balans samt levande kust och skärgård innebär att: ”Västerhavet och Östersjön skall ha en långsiktigt hållbar produktionsförmåga och den biologiska mångfalden skall bevaras. Kust och skärgård skall ha en hög grad av biologisk mångfald, upplevelsevärden samt natur och kulturvärden. Näringar, rekreation och annat nyttjande av hav, kust och skärgård skall bedrivas så att en hållbar utveckling främjas. Särskilt värdefulla områden skall skyddas mot ingrepp och andra störningar.” Syftet med denna rapport är att ge en bakgrund och kunskapssammanställning om de delar av miljökvalitetsmålet som berör biologisk mångfald och fiske i Västra Götalands län. Den naturligt höga salthalten och stor variation i livsmiljöer medför att havsområdet i Västra Götaland är artrikast i Sverige. Förutsättningarna för fisket är också gynnsamma och produktionen av fisk och ryggradslösa djur i Skagerraks grunda områden är hög jämfört med övriga Europa. Havet har därför alltid varit en viktig resurs och inkomstkälla för människan i Västra Götaland men det har också inneburit att vi har påverkat havet genom fiske, jakt, exploatering av stränder och som mottagare av utsläpp sedan lång tid tillbaka. Trots att kunskapen om den biologiska mångfalden i havet är begränsad så är flera arter så allvarligt hotade att de är upptagna på rödlistor och i olika internationella överenskommelser där Sverige åtagit sig att skydda och bevara dessa arter. Sammanfattningsvis har ArtDatabanken pekat ut flera marina arter som behöver särskilda insatser och av dessa finns de flesta huvudsakligen i Västra Götaland t.ex. slätrocka, snäckor och ormstjärnor. En av förutsättningarna för arternas välbefinnande är kvaliteten och utbredningen av deras livsmiljöer. Marina naturtyper som visat på tillbakagång har listats av EG i det så kallade habitatdirektivet och omfattar bl.a. rev, estuarier (älvmynningar), sandbankar samt grunda vikar och sund. Utbredningen av ålgräsängar är på tillbakagång. Under år 2000 genomfördes en undersökning som visade att ålgräsängarnas arealer i fem av länets kustkommuner har halverats sedan 1980-talet. I grunda vikar har tillväxten av fintrådiga alger ökat vilket leder till att vegetationen förändras och att tidigare bara sandbottnar nu täcks av algmattor under sommaren. I vissa områden längs kusten, särskilt i bottenvattnet i de inre fjordarna råder periodvis också syrebrist som kan leda till förändrad artsammansättning och bottendöd. Minskad biologisk mångfald i Västra Götaland har flera orsaker t.ex. exploatering av känsliga områden, fiske som bedrivs med för känsliga bottnar skadliga metoder, överfiske, bifångster av känsliga arter, samt övergödning och miljögifter (behandlas inte i denna rapport, se miljökvalitetsmålen ”Ingen övergödning” och ”Giftfri miljö”). De flesta bestånd av bottenlevande kommersiella fiskarter, t.ex. torsk, kummel, vitling, kolja och rödspätta är för hårt exploaterade och/eller har för låg andel könsmogen fisk och är allvarligt hotade. För ett antal viktiga fiskebestånd saknas kunskap om beståndens status, t.ex. bleka, havskatt och pigghaj. Utfiskade bestånd är inte unikt för Västra Götaland, samma situation råder i angränsande områden i hela den Europeiska gemenskapen. Fisken känner inga gränser och flera av bestånden rör sig över stora havsområden under delar av sina liv. Orsakerna till de sviktande fiskbestånden är liksom för den biologiska mångfalden flera, men det viktigaste är ett för hårt riktat fisketryck och oselektivt fiske med stora bifångster både inom länets havsområde och i övriga delar av Kattegatt, Skagerrak och Nordsjön. Riksdagen har beslutat om delmål som anger inriktning och tidsperspektiv för det fortsatta konkreta miljömålsarbetet. Delmålen har regionaliserats för länet och efterföljande text är sammanfattningar av de fyra delmål som diskuteras i denna rapport. Skydd av marina områden (delmål 1): Marina skyddsområden är ett viktigt verktyg för bevarandet av mångfald och kan också gynna fisket genom export av fisk och larver till omgivningen. Kunskapen om länets havsområde är relativt god nära kusten, men i de öppna havsområdena saknas kunskap om bottnarnas livsmiljöer och skyddet är i princip obefintligt utanför trålgränsen. För att nå detta delmål krävs det att fiskarena, Fiskeriverket och Länsstyrelsen samarbetar för att förbättra kunskapen, skydda den biologiska mångfalden och gynna fiskresursen särskilt i länets yttre havsområde.
|
|
| 18. |
- Norling, Karl, et al.
(författare)
-
Biologisk mångfald och fiske (27b) i Västra Götaland: en underlagsrapport till miljökvalitetsmålet Hav i balans samt levande kust och skärgård
- 2002
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Riksdagens miljökvalitetsmål Hav i balans samt levande kust och skärgård innebär att: ”Västerhavet och Östersjön skall ha en långsiktigt hållbar produktionsförmåga och den biologiska mångfalden skall bevaras. Kust och skärgård skall ha en hög grad av biologisk mångfald, upplevelsevärden samt naturoch kulturvärden. Näringar, rekreation och annat nyttjande av hav, kust och skärgård skall bedrivas så att en hållbar utveckling främjas. Särskilt värdefulla områden skall skyddas mot ingrepp och andra störningar.” Syftet med denna rapport är att ge en bakgrund och kunskapssammanställning om de delar av miljökvalitetsmålet som berör biologisk mångfald och fiske i Västra Götalands län.
|
|
| 19. |
|
|
| 20. |
- Scholz, Birger, et al.
(författare)
-
Impact of Temperature Dependent Sampling Procedures in Proteomics and Peptidomics : A Characterization of the Liver and Pancreas Post Mortem Degradome
- 2011
-
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 10:3, s. M900229MCP200-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Little is known about the nature of post mortem degradation of proteins and peptides on a global level, the so-called degradome. This is especially true for nonneural tissues. Degradome properties in relation to sampling procedures on different tissues are of great importance for the studies of, for instance, post translational modifications and/or the establishment of clinical biobanks. Here, snap freezing of fresh(< 2 min post mortem time) mouse liver and pancreas tissue is compared with rapid heat stabilization with regard to effects on the proteome (using two-dimensional differential in-gel electrophoresis) and peptidome (using label free liquid chromatography). We report several proteins and peptides that exhibit heightened degradation sensitivity, for instance superoxide dismutase in liver, and peptidyl-prolyl cis-trans isomerase and insulin C-peptides in pancreas. Tissue sampling based on snap freezing produces a greater amount of degradation products and lower levels of endogenous peptides than rapid heat stabilization. We also demonstrate that solely snap freezing related degradation can be attenuated by subsequent heat stabilization. We conclude that tissue sampling involving a rapid heat stabilization step is preferable to freezing with regard to proteomic and peptidomic sample quality.
|
|
| 21. |
- Scholz, Birger, et al.
(författare)
-
Neuropeptidomic analysis of the embryonic Japanese quail diencephalon
- 2010
-
Ingår i: BMC Developmental Biology. - 1471-213X. ; 10, s. 30-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Endogenous peptides such as neuropeptides are involved in numerous biological processes in the fully developed brain but very little is known about their role in brain development. Japanese quail is a commonly used bird model for studying sexual dimorphic brain development, especially adult male copulatory behavior in relation to manipulations of the embryonic endocrine system. This study uses a label-free liquid chromatography mass spectrometry approach to analyze the influence of age (embryonic days 12 vs 17), sex and embryonic day 3 ethinylestradiol exposure on the expression of multiple endogenous peptides in the developing diencephalon.Results: We identified a total of 65 peptides whereof 38 were sufficiently present in all groups for statistical analysis. Age was the most defining variable in the data and sex had the least impact. Most identified peptides were more highly expressed in embryonic day 17. The top candidates for EE2 exposure and sex effects were neuropeptide K (downregulated by EE2 in males and females), gastrin-releasing peptide (more highly expressed in control and EE2 exposed males) and gonadotropin-inhibiting hormone related protein 2 (more highly expressed in control males and displaying interaction effects between age and sex). We also report a new potential secretogranin-2 derived neuropeptide and previously unknown phosphorylations in the C-terminal flanking protachykinin 1 neuropeptide.Conclusions: This study is the first larger study on endogenous peptides in the developing brain and implies a previously unknown role for a number of neuropeptides in middle to late avian embryogenesis. It demonstrates the power of label-free liquid chromatography mass spectrometry to analyze the expression of multiple endogenous peptides and the potential to detect new putative peptide candidates in a developmental model.
|
|
| 22. |
- Scholz, Birger, et al.
(författare)
-
Striatal proteomic analysis suggests that first L-dopa dose equates to chronic exposure
- 2008
-
Ingår i: PLoS ONE. - : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 3:2, s. e1589-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- L-3,4-dihydroxypheylalanine (L-dopa)-induced dyskinesia represent a debilitating complication of therapy for Parkinson's disease (PD) that result from a progressive sensitization through repeated L-dopa exposures. The MPTP macaque model was used to study the proteome in dopamine-depleted striatum with and without subsequent acute and chronic L-dopa treatment using two-dimensional difference in-gel electrophoresis (2D-DIGE) and mass spectrometry. The present data suggest that the dopamine-depleted striatum is so sensitive to de novo L-dopa treatment that the first ever administration alone would be able (i) to induce rapid post-translational modification-based proteomic changes that are specific to this first exposure and (ii), possibly, lead to irreversible protein level changes that would be not further modified by chronic L-dopa treatment. The apparent equivalence between first and chronic L-dopa administration suggests that priming would be the direct consequence of dopamine loss, the first L-dopa administrations only exacerbating the sensitization process but not inducing it.
|
|
| 23. |
|
|
| 24. |
|
|
| 25. |
- Sköld, Karl, 1974-
(författare)
-
Neuropeptidomics – Methods and Applications
- 2006
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The sequencing of genomes has caused a growing demand for functional analysis of gene products. This research field named proteomics is derived from the term proteome, which by analogy to genome is defined as all proteins expressed by a cell or a tissue. Proteomics is however methodologically restricted to the analysis of proteins with higher molecular weights. The development of a technology which includes peptides with low molecular weight and small proteins is needed, since peptides play a central role in many biological processes. To study endogenous peptides and hormones, the peptidome, an improved method comprising rapid deactivation in combination with nano-flow liquid chromatography (LC) and mass spectrometry (MS) was developed. The method has been used to investigate endogenous peptides in brains of mouse and rat. Several novel peptides have been discovered together with known neuropeptides. To elucidate the post mortem time influence on peptides and proteins, a time course study was performed using peptidomics and proteomics technologies. Already after three minutes a substantial amount of protein fragments emerged in the peptidomics study and some endogenous peptides were drastically reduced with increasing post mortem time. Of about 1500 proteins investigated, 53 were found to be significantly changed at 10 minutes post mortem as compared to control. Moreover, using western blot the level of MAPK phosphorylation was shown to decrease by 95% in the 10 minutes post mortem sample. A database, SwePep (a repository of endogenous peptides, hormones and small proteins), was constructed to facilitate identification using MS. The database also contains additional information concerning the peptides such as physical properties. A method for analysis of LC-MS data, including scanning for, and further profiling of, biologically significant peptides was developed. We show that peptides present in different amounts in groups of samples can be automatically detected.The peptidome approach was used to investigate levels of peptides in two animal models of Parkinson’s disease. PEP-19, was found to be significantly decreased in the striatum of MPTP lesioned parkinsonian mice. The localization and expression was further investigated by imaging MALDI MS and by in situ hybridization. The brain peptidome of reserpine treated mice was investigated and displayed a number of significantly altered peptides. This thesis demonstrates that the peptidomics approach allows for the study of complex biochemical processes.
|
|
| 26. |
- Sköld, Karl, et al.
(författare)
-
The significance of biochemical and molecular sample integrity in brain proteomics and peptidomics: Stathmin (2-20) and peptides as sample quality indicators.
- 2007
-
Ingår i: Proteomics. - : Wiley. - 1615-9853 .- 1615-9861. ; 7:24, s. 4445-4456
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Comparisons of transcriptional and translational expression in normal and abnormal states are important to reach an understanding of pathogenesis and pathophysiology. Maintaining the biochemical, molecular, and structural sample integrity is essential for correct sample comparisons. We demonstrate that both proteins and neuropeptides, including their PTMs, are subjected to massive degradation in the brain already 1 min postmortem. Further, markers for determining the integrity and status of a biological sample were identified. The protein fragment stathmin 2-20 correlated well with the general level of postmortem degradation and may serve as a sample quality indicator for future work, both in animal and human postmortem brains. Finally, a novel method for preventing degradation of proteins and peptides in postmortem tissue is presented using rapid and uniform conductive heat transfer on tissue prior to the actual sample preparation procedures, which enables the relatively low-abundant neuropeptides to remain intact, minimizes degradation of proteins by proteolysis, and conserves the PTMs of the neuropeptides.
|
|
| 27. |
- Styhre, Linda, et al.
(författare)
-
Environmentally differentiated port dues
- 2019
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- This is the final report of the research project Environmentally differentiated port dues. The purposes of the research are to examine how environmentally differentiated dues and incentives in ports can reduce the environmental impact caused by transport modes that call at the port, and their consequences from legal, political and goods flow perspectives. Both land and sea transport are addressed. The project examines how ports, as important parts of international transport chains, can contribute to the environmental and climate objectives, by introducing environmentally differentiated port dues to promote a shift to more environmentally efficient transport, vehicles, ships, technologies and alternative fuels.
|
|
| 28. |
- Su, Jie, et al.
(författare)
-
Identification and quantification of neuropeptides in naive mouse spinal cord using mass spectrometry reveals [des-Ser1]-cerebellin as a novel modulator of nociception
- 2014
-
Ingår i: Journal of Neurochemistry. - : Wiley. - 0022-3042 .- 1471-4159. ; 130:2, s. 199-214
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Neuropeptide transmitters involved in nociceptive processes are more likely to be expressed in the dorsal than the ventral horn of the spinal cord. This study was designed to examine the relative distribution of neuropeptides between the dorsal and ventral spinal cord in naive mice using liquid chromatography, high-resolution mass spectrometry. We identified and relatively quantified 36 well-characterized full-length neuropeptides and an additional 168 not previously characterized peptides. By extraction with organic solvents we identified seven additional full-length neuropeptides. The peptide [des-Ser1]-cerebellin (desCER), originating from cerebellin precursor protein 1 (CBLN1), was predominantly expressed in the dorsal horn. Immunohistochemistry showed the presence of CBLN1 immunoreactivity with a punctate cytoplasmic pattern in neuronal cell bodies throughout the spinal gray matter. The signal was stronger in the dorsal compared to the ventral horn, with most CBLN1 positive cells present in outer laminae II/III, colocalizing with calbindin, a marker for excitatory interneurons. Intrathecal injection of desCER induced a dose-dependent mechanical hypersensitivity but not heat or cold hypersensitivity. This study provides evidence for involvement of desCER in nociception and provides a platform for continued exploration of involvement of novel neuropeptides in the regulation of nociceptive transmission.
|
|
| 29. |
|
|
| 30. |
- Svensson, Marcus, et al.
(författare)
-
Neuropeptidomics : MS applied to the discovery of novel peptides from the brain
- 2007
-
Ingår i: Analytical Chemistry. - : American Chemical Society (ACS). - 0003-2700 .- 1520-6882. ; 79:1, s. 14-21
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Peptidomics involves the comprehensive analysis of the peptide content of a certain cell, organ, body fluid, or organism. Per E. Andrén and colleagues at Uppsala University and the Karolinska Institutet (both in Sweden) describe neuropeptidomics approaches in brain lysates and tissue sections to study peptide expression in disease models and to identify potentially biologically active neuropeptides.
|
|
| 31. |
- Svensson, Marcus, et al.
(författare)
-
Neuropeptidomics : expanding proteomics downwards.
- 2007
-
Ingår i: Biochemical Society Transactions. - 0300-5127 .- 1470-8752. ; 35:3, s. 588-593
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Biological function is mainly carried out by a dynamic population of proteins and peptides which may be used as markers for disease diagnosis, prognosis and as a guide for effective treatment. The study of proteins is called proteomics and it is generally performed by two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometric methods. However, gel-based proteomics is methodologically restricted from the low mass region, which includes important endogenous peptides. The study of endogenous peptides, peptidomics, is complicated by protein fragments produced post-mortem during conventional sample handling. Nanoflow liquid chromatography and MS, together with improved methods for sample preparation, have been used to semi-quantitatively monitor endogenous peptides in brain tissue. When rapidly heat-denatured brain tissue was analysed, these methods enabled simultaneous detection of hundreds of peptides and the identification of several endogenous peptides not previously described in the literature. In an application of the MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine) model for Parkinson's disease, the expression of the small protein PEP-19 was compared with controls. The levels were found to be significantly decreased in the striatum of MPTP-treated animals.
|
|
| 32. |
|
|
| 33. |
- Thor, Peter, et al.
(författare)
-
Marina miljön i 8+fjordar – nuvarande kunskap om ekosystemet och de mänskliga belastningarna
- 2023
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- 8+fjordar-området är topografiskt väldigt varierande. Vattenutbytet är långsamt och tillförseln av näringsämnen stor. Största delen av näringsämnen stannar kvar i fjordarna. Mest i Havstens- och Hakefjordar där 40-50 % av den lokala näringstillförseln stannar kvar. Utsläppen från jordbruk och skogsbruk är stora i 8+fjordar-området. T.ex. står dessa för 62 % av kvävetillförseln och 69 % av fosfortillförseln till Byfjorden. Men utsläpp från punktkällor direkt till havet är också betydande (21 % av kvävetillförseln och 19 % av fosfortillförseln till Byfjorden). Man har genom en mängd olika tilltag de senaste decennierna försökt sänka utsläppen av kväve och fosfor och även om koncentrationerna av kväve och fosfor fortsatt är höga har halterna av främst kväve sjunkit i 8+fjordar-området. De stora utsläppen av näringsämnen ökar växtplanktonproduktionen och när denna sjunker till botten och bryts ner av bakterier orsakar det syrebrist och höga koncentrationer av giftigt svavelväte i de djupare delarna av fjordarna. I de grundare delarna av fjordsystemet finns grunda vikar med ålgräsängar, blåmusselbankar och klippkuster med tångskogar. Dessa biotoper har förändrats under de senaste decennierna med en ökande påväxt av fintrådiga alger.Den pelagiska miljön (de fria vattenmassorna) är främst påverkad av avrinning av sötvatten från älvar och åar och av inflöde av salthaltigt vatten från Skagerrak genom Marstrandsfjorden och norrut i fjordsystemet. Närsaltkoncentrationen är hög i hela vattenpelaren vilket ses speciellt för nitrat. Detta ger förhöjda klorofyllkoncentrationer även om dessa alltså har minskat betydligt under de senaste decennierna. 8+fjordar-området har länge haft höga koncentrationer av giftiga dinoflagellater, men de senaste decennierna har giftalgsblomningarna minskat betydligt. De flesta områden uppnår nu minst god ekologisk status avseende vinterkoncentrationer av totalt kväve med undantag för By-, Havstens-, Askerö- och Älgöfjordar. Status för växtplankton klassas som hög i nästan hela området. År 2006 kom den amerikanska kammaneten Mnemiopsis leidyi till svenska västkusten. Den är en effektiv predator på djurplankton och kan vissa år minska djurplanktonbiomassan avsevärt under hösten. Detta kan ha allvarliga konsekvenser för överlevnad av fisk och fisklarver som livnär sig på djurplankton. De allra flesta fiskarter livnär sig på djurplankton i larvstadiet.Den bentiska miljön innefattar livsmiljön från de djupa mjukbottnarna till tångskogarnas och ålgräsängarnas topp. 8+fjordar-områdets bentiska miljö kännetecknas av klippstränder med hårdbottnar beväxta med bland annat snärjtång, blåstång, sågtång, sockertång och fintrådiga alger, där blåmusslor och andra evertebrater lever och de djupare delarna täcks av fastsittande bentiska evertebrater som till exempel havsanemoner och havsnejlikor. De djupare sedimentbottnarna hyser grävande evertebrater som livnär sig på den biomassa som sjunker ner från pelagialen. Här dominerar havsborstmasken Scalibregma inflatum, slätbukig Sammanfattning trådormstjärna och pepparmussla. Vatten från Skagerrak strömmar in i 8+fjordarområdet söderifrån och de södra bassängerna inklusive Hake- och Askeröfjordar är normalt syresatta under hela året även i sina djupaste delar, medan de djupa delarna av de nordligare Kalvö-, Borgile-, Koljö- och Byfjordar samt även Havstensfjorden ofta präglas av långvarig syrebrist. I dessa områden försvinner bottenfaunan ofta helt eller befinner sig i någon fas av återkolonisering efter vattenutbyten. Den bentiska miljön hade bättre ekologisk status under 1980- och 90-talet än under det tidiga 2000-talet. De flesta åren därefter visar måttlig status i Hake-, Halse- och Havstensfjordar. I de grunda vikarna har mängden fintrådiga alger ökat betydligt sedan slutet på 1990-talet. Dessa alger bildar påväxt på ålgräs och tång och täta mattor av ruttnande alger på botten vilket försvagar ålgräs och tång och orsaker lokal syrebrist i ängarna. Dessa alger har ökat i biomassa delvis på grund av avsaknaden av betande evertebrater (t.ex. märlkräftor) som i sin tur har minskat i antal eftersom mesopredatorer som t.ex. strandkrabba och läppfiskar har ökat när deras predatorer, som t.ex. torsk, har fiskats bort. Utbredningen av ålgräs i 8+fjordar-området har minskat ganska dramatiskt de senaste decennier, speciellt kring Kungälv och Uddevalla där 80–85% av arean har försvunnit. Status för ålgräs och tång är otillfredsställande eller måttlig i nästan hela 8+fjordar-området.Fiskbestånden i 8+fjordar-området har varit överfiskade under lång tid och liksom i Västerhavets övriga kuststområden är förekomsten av större bottenlevande fisk, främst torskfiskar, mycket reducerad i 8+fjordar-området. Det fanns ett betydande fiske av torsk, näbbgädda, rödspotta, sill och skarpsill i området på 1960- talet men 2004–2008 hade de flesta fisken kollapsat med undantag av fisket på sill och skarpsill som fortfarande fiskas även on mängden landad sill har minskat betydligt från 2014 till 2021. Av alla fångster av sill och skarpsill fiskades i genomsnitt 14 % av sillen och 87 % av skarpsillen med lysfiske. SLU:s undersökningar visar dessvärre inte på någon återhämtning av fiskbestånden under de senaste 20 åren, trots att det riktade fisket efter flera av dessa arter stoppats och det införts ett fiskefritt område i Havstensfjorden. Genetiska studier visar dock att det fortfarande finns ett lokalt lekande bestånd av torsk i området och det har observerats bättre rekryteringar 2016 och 2019. Sportfisket efter havsöring är betydande, men störst är fisket efter makrill både med spö och med dörj. Det finns ingen officiell statistik på landningar men i Fiskeriverkets rapport från 1999 angavs att fritidsfiskets sammanlagda fångster översteg yrkesfiskets för lax och havsöring och vissa arter av plattfisk. Det finns en del vattenbruk i 8+fjordar-området. Företaget Scanfjord är störst, med blåmusselodlingar i yttre Stigfjorden, Havstensfjorden och Koljöfjorden. En rad andra aktörer har odlingar främst i norra delen av 8+fjordar-området och företaget Marine Taste odlar sjöpungar nära Stenungsund.Sjöfåglar är viktiga länkar mellan näringsvävar i havet och på land och de kan vara bra indikatorer på förändringar i de marina ekosystemen. Efter mitten av 1990- talet har ejderpopulationen minskat till hälften och arten är numera (2020) rödlistad som ”starkt hotad” (EN) i både Sverige och Europa. Strandskatan har minskat med omkring 40 % i Sverige de senaste 30 åren och är sedan 2020 rödlistad som "nära hotad" (NT). Troliga faktorer för dessa två arters minskning är minskad mängd och/eller kvalitet, inklusive vitaminbrist, på bytesdjur, ökad utbredning av syrefria bottnar, klimatförändringar, predation och sjukdom. Stora förändringar har också ägt rum hos många måsfågelbestånd de senaste 20–30 åren. Fisktärna och silltrut (på västkusten) har klarat sig bra, medan övriga måsfåglar minskat så kraftigt att de blivit rödlistade. Bestånden av grågås, kanadagås och vitkindad gås har ökat kraftigt de senaste 30 åren. Tillgången på höst- och vintergröna grödor har ökat genom ändrat jordbruk och varmare och snöfattigare vintrar vilket har gynnat gässen. Storskarven var tidigare utdöd i Sverige men under 1980- och 1990-talet spred sig skarven längs den svenska kusten och i 8+fjordar-området etablerades de första kolonier i början av 2000-talet. Det finns ingen regelbunden inventering av storskarv i Sverige men år 2021 räknades 1300 bon i 7 kolonier från Nordre Älvs mynning i söder till Havstensfjord i norr, absoluta majoriteten väster om OrustTjörn. I 8+fjordar-området är storskarvens vanligaste byten smörbult och plattfisk, men även andelen torskfisk och sötvattensfisk är betydande.Knubbsäl, gråsäl och tumlare förekommer i 8+fjordar-området. Knubbsäl och tumlare är de överlägset vanligaste marina däggdjuren medan antalet gråsälar är betydligt färre. Efter att jakten förbjöds och sälarna skyddades, samtidigt som mängden miljögifter minskade, började sälpopulationen längs västkusten återhämta sig under 1980-talet. Knubbsälpopulationen har ökat sedan dess även om virussjukdom (Phocine Distemper Virus, PDV) reducerade antalet betydligt år 1988 och 2002. Under 2010-talets senare hälft uppskattades antalet knubbsälar i Västerhavet till över 20 000 djur. I 8+fjordar-området vistas de flesta sälar på utsidan Orust och Tjörn med mycket färre sälar i själva 8+fjordar-området. Prover insamlade 2015-2016 visade att knubbsälens födoval är helt dominerat av plattfisk (viktandel >70 %) följt av sill, rötsimpa och vitling.Miljögifter finns i stora koncentrationer i vissa delar av 8+fjordar-området, främst i Byfjorden där föroreningar från hamnen länge har varit stora och kring Stenungsund där utsläpp från den kemiska industrin dominerar. Men inom 8+fjordar-området finns även ett stort antal mindre båtvarv och marinor som genom åren har bidragit till giftiga utsläpp främst från båtbottenfärg. I Byfjorden har bottensedimenten höga eller mycket höga koncentrationer av olja, polycykliska aromatiska kolväten (PAH) och PCB. Där är koncentrationerna av TBT, som tidigare användes i båtbottenfärg, och dess två nerbrytningsprodukter DBT och MBT mycket höga. Flera metaller så som zink, kadmium, koppar och nickel finns också i höga koncentrationer. Kvicksilver- och PBDE-halten i blåmusslor överskrider Vattendirektivets gränsvärde för fisk. Dessa föroreningar finns också i Havstensfjorden och Halsefjorden men i lägre koncentrationer. Kring Stenungsund är bottensedimentens halter av hexaklorbensen (H
|
|
| 34. |
|
|
