| 1. |
- Nilsson, R. Henrik, 1976, et al.
(författare)
-
Mycobiome diversity: high-throughput sequencing and identification of fungi.
- 2019
-
Ingår i: Nature reviews. Microbiology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1740-1534 .- 1740-1526. ; 17, s. 95-109
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Fungi are major ecological players in both terrestrial and aquatic environments by cycling organic matter and channelling nutrients across trophic levels. High-throughput sequencing (HTS) studies of fungal communities are redrawing the map of the fungal kingdom by hinting at its enormous - and largely uncharted - taxonomic and functional diversity. However, HTS approaches come with a range of pitfalls and potential biases, cautioning against unwary application and interpretation of HTS technologies and results. In this Review, we provide an overview and practical recommendations for aspects of HTS studies ranging from sampling and laboratory practices to data processing and analysis. We also discuss upcoming trends and techniques in the field and summarize recent and noteworthy results from HTS studies targeting fungal communities and guilds. Our Review highlights the need for reproducibility and public data availability in the study of fungal communities. If the associated challenges and conceptual barriers are overcome, HTS offers immense possibilities in mycology and elsewhere.
|
|
| 2. |
- Amundin, Mats, et al.
(författare)
-
A proposal to use distributional models to analyse dolphin vocalisation
- 2017
-
Ingår i: Proceedings of the 1st International Workshop on Vocal Interactivity in-and-between Humans, Animals and Robots, VIHAR 2017. - 9782956202905 ; , s. 31-32
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- This paper gives a brief introduction to the starting points of an experimental project to study dolphin communicative behaviour using distributional semantics, with methods implemented for the large scale study of human language.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Olstorpe, Matilda, et al.
(författare)
-
Microbial changes during storage of moist crimped cereal barley grain under Swedish farm conditions
- 2010
-
Ingår i: Animal Feed Science and Technology. - Amsterdam, Netherlands : Elsevier. - 0377-8401 .- 1873-2216. ; 156:1-2, s. 37-46
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- This Study investigated feed hygiene during airtight storage of non-dried barley grain under farm conditions. Microorganisms on the grain were sampled and quantified in seven Swedish firms throughout the storage period using culture dependent methods. The dominant lactic acid bacteria (LAB) and yeasts were identified by rRNA gene sequencing and moulds by morphological characterisation. Moisture content (MC) and pH of the grain were also monitored. It was difficult to obtain the optimal MC(0.30-0.45 g/g) that is necessary to initiate fermentation in the grain. Feed hygiene was maintained during storage of cereals when MC below 0.17 g/g. Intermediate MC (0.17-0.23 g/g) of the grains was conducive to mould growth, including growth of potential producers of mycotoxins, which can diminish feed safety and nutritional value. Enterobacteriaceae were found in all barleys, even at low MC, but their numbers were substantially decreased when the number of LAB was high. True fermentation of moist crimped cereal grains was only obtained on one farm with all initial barley MC of 0.3 g/g. Here, LAB reached high numbers during storage, whereas numbers of spoilage microorganisms that may reduce feed hygiene decreased considerably. However, the pH of the barley did not differ among farms. Storage stability in airtight stored barley may thus be the result of low oxygen tension, viz. airtight storage, and competition for nutrients by the microorganisms, rather than formation of lactic acid. At harvest, Enterococcus caccae dominated the LAB Population in five barleys and Lactobacillus fermentum at the remaining two. The dominant yeast species were Aureobasidium pullulans, Cryptococcus wieringae, Kazachstania aerobia and Rhodotorula glutinis. After storage, L fermentum was dominant among the LAB. The yeast species composition was highly diverse and differed among barleys. Among others, C. wieringae, Debaryomyces hansenii, K. aerobia, R. glutinis and Sporobolomyces ruberrimus were detected. This Study shows that the microbial population in airtight stored moist barley is highly diverse and not predictable. Thus, it may be necessary to influence the microbial population in the storage system by adding a starter culture.
|
|
| 6. |
- Olstorpe, Matilda, et al.
(författare)
-
Pichia anomala yeast improves feed hygiene during storage of moist crimped barley grain under Swedish farm conditions
- 2010
-
Ingår i: Animal Feed Science and Technology. - Amsterdam, Netherlands : Elsevier BV. - 0377-8401 .- 1873-2216. ; 156, s. 47-56
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Preservation of moist crimped cereal grain is made feasible through fermentation by lactic acid bacteria. Climatic variations make it difficult to harvest at moisture contents (0.30-0.45g/g) to support optimal fermentation under practical conditions. Therefore, the yeast, Pichia anomala J121, previously found to prevent mould spoilage and improve preservation of moist grain in malfunctioning airtight silos, was added to moist crimped cereal grain stored in large plastic tubes. Freshly harvested barley grain was crimped and inoculated with P. anomala (105 colony-forming units/g grain). Due to the local weather conditions, harvest was delayed and moisture content in the cereal grain had decreased to 0.16-0.18g/g. P. anomala was inoculated into three batches of barley, each comprising 16tonnes packed into large plastic tubes. Three additional sets of plastic tubes were packed with cereal grain without addition of P. anomala. The grain tubes were left closed for 5 months, after which feeding to cattle commenced. In both the P. anomala inoculated and the control barley, the population diversity of lactic acid bacteria (LAB) was very high over the duration of storage. However, the dominant LAB shifted over the course of storage to Pediococcus pentosaceus and Lactobacillus paracasei, in inoculated and control barley, respectively. The yeast population in the inoculated barley was totally dominated by P. anomala during the entire storage period. In the control grain, the yeast population was more diverse, displaying shifts in the dominant species during storage. Pichia burtonii was the dominant species at the last sampling occasion. In P. anomala inoculated barley, numbers of naturally occurring moulds were reduced by about two log units, and the number of Enterobacteriaceae was reduced to below detection.
|
|
| 7. |
- Bernesson, Sven, et al.
(författare)
-
Svensk spannmålsbaserad drank : Alternativa sätt att tillvarata dess ekonomiska, energi- och miljömässiga potential
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Spannmålsdrank används huvudsakligen till utfodring. Den kan utfodras antingen i blöt form (8,5-28 % ts), eller i torr form (90 % ts). Vanligen utfodras nötkreatur och grisar med drank, men även andra djurslag inom jordbruket kan utfodras. Dranken kan även användas som biogasråvara, bränsle eller som organiskt gödselmedel. Efter jäsningen återstår spannmålens smältbara protein i dranken (primärdrank) i huvudsakligen oförändrad form, medan nästan all stärkelse gått bort. Dranken blir därför ett proteinfoder. Då även fiberpolysackarider (cellulosa och hemicellulosa) återstår i denna drank, och dessa med annan processteknik kan brytas ner till jäsbara sockerarter och jäsas till etanol, och den drank som då återstår, s.k. sekundärdrank, kan användas i liknande tillämpningar som normal (primär) drank, studeras även detta i det här projektet. En nackdel med denna teknik är att en del av aminosyrorna i drankens protein bryts ner. I de ekonomiska beräkningarna och livscykelanalyserna har det antagits att 50 % av lysinet och 20 % av metioninet brutits ner i denna sekundära drank. Arbetets syfte var att utvärdera hur spannmålsdrank kan användas i olika applikationer, samt att beräkna dess ekonomiska värde och produktionskostnader vid dessa användningar. Vidare att ta fram miljöbelastning såsom bl.a. emissioner av växthusgaser och energibehov för de olika användningarna vid produktion av etanol och drank. Dessutom att analysera betydelsen av att dranken behandlas med ytterligare en process, där en del av spannmålens cellulosa och hemicellulosa omvandlas till etanol, och sekundärdrank erhålles. Idisslare, som nötkreatur och får, kan utfodras med en stor del av proteinet i fodret som vetedrank. Protein från andra källor kan behövas för att den totala mängden protein ska bete sig på önskat sätt vid matsmältningen. Till grisar och fjäderfä kan drygt 10 %, respektive ca 10 %, av fodret bestå av vetedrank. Smågrisar är känsliga för fodrets smaklighet, och det är därför inte säkert att de alltid kan äta foder som innehåller vetedrank. Till fjäderfä kan man få begränsa inblandningen av drankprodukter i fodret om gödseln skulle bli blöt och kladdig. Till hästar kan ca 10 %, i bästa fall uppåt 20 %, av kraftfodret bestå av vetedrank om man ej drabbas av smaklighetsproblem. Spannmålsdrank kan eldas antingen blöt eller torkad beroende på eldningsutrustningen. Drank med ursprung i spannmål innehåller höga halter alkalimetaller, som ger en aska med låg smältpunkt, vilket gör att den troligen sintrar lätt. Höga halter av svavel och klor kan ge problem med korrosion. Mängden aska är ganska stor, ca 5 % av torrsubstansen. Det höga innehållet av kväve (ca 5 % av ts) gör att kväveoxidemissionerna sannolikt blir höga, och då i nivå med vad som erhållits vid eldning av rapsexpeller med ungefär samma kvävehalt, 2-3,6 gånger jämfört med kvävefattiga bränslen. Utnyttjas även en del av cellulosan och hemicellulosan för produktion av etanol (i en sekundär process), koncentreras de ämnen som ger problem vid eldningen, vilket ökar sannolikheten för problem. Dessutom blir askhalten högre, medan det totala värmevärdet minskar i takt med att cellulosa och hemicellulosa blir till etanol. Som gödselmedel innehåller drankens torrsubstans ca 5,7 % kväve, 0,8-1,5 % fosfor och 0,9- 1,9 % kalium. Beräkningar ger att sekundärdranks torrsubstans bör innehålla ca 7,4 % kväve, 1,0-2,0 % fosfor och 1,2-2,4 % kalium. Det organiskt bundna kvävet mineraliseras (frigörs) troligen långsamt såsom hos t.ex. rapsexpeller. Drank går bra att röta till biogas. Växtnäringen i rötad drank blir sannolikt mer växttillgänglig efter rötningen. Drank är ett kväverikt substrat som kan ge problem med hög halt av ammoniumkväve i biogasreaktorn. Detta gäller i högre utsträckning för sekundärdrank där näringsämnena koncentrerats då en del av cellulosan och hemicellulosan blivit till etanol. Utbytet i processen borde kunna bli 60-70 %, vid goda förhållanden kanske 80 %. Kostnadsberäkningar har gjorts där det ekonomiska värdet hos spannmålsdrank beräknats utifrån de ekonomiska värdena hos korn och sojamjöl (omsättbar energi och råprotein till nötkreatur och hästar eller lysin till grisar och fjäderfä eller metionin till fjäderfä) vid utfodring, skogsflis vid eldning (effektiva värmevärdet), kväve, fosfor och kalium vid användning som gödselmedel, samt försäljning av el och fjärrvärme från en större gårdsanläggning för biogas inklusive värdet av kväve, fosfor och kalium i rötresten vid rötning. Vid rötningen studerades fall med både 60 och 80 %:s utbyte, samt fall exklusive och inklusive rötningskostnaderna. Kostnaderna studerades för åren 2005-2010. Primärdrank fick högst värde vid användning som foder till fjäderfä (metionin) följt av: foder till hästar och nötkreatur, biogas (80 %) exkl. rötningskostnader, biogas (60 %) exkl. rötningskostnader, foder till fjäderfä (lysin) och grisar, gödselmedel, eldning för uppvärmning, biogas (80 %) inkl. rötningskostnader och sämst biogas (60 %) inkl. rötningskostnader. För sekundärdrank ändras ordningsföljden så foder till hästar och nötkreatur får högst värde följt av: foder till fjäderfä (metionin), biogas (80 %) exkl. rötningskostnader, biogas (60 %) exkl. rötningskostnader, gödselmedel, foder till fjäderfä (lysin) och grisar, biogas (80 %) inkl. rötningskostnader, eldning för uppvärmning och sämst biogas (60 %) inkl. rötningskostnader. Värdet för sekundärdrank är högre än för primärdrank vid alla användningar utom vid utfodring av grisar och fjäderfän (baserat på lysin eller metionin). Orsaken till det lägre värdet, som foder till grisar och fjäderfän, är att i sekundärprocessen för att utvinna 13 % mer etanol, bryts 50 % av lysinet och 20 % av metioninet ner. Världsmarknadspriserna på korn och sojamjöl har en stor inverkan på drankens värde, liksom utbyte m.m. från biogasanläggningen. Priserna på skogsflis och gödselmedel hade något mindre inverkan på resultatet då dessa produkter hade ett lägre värde från början. Livscykelanalyser har gjorts av produktionen av etanol med systemutvidgning, där dranken ersätter andra produkter beroende på dess användning. Följande produkter ersätts beroende av drankens användning: sojamjöl och korn vid utfodring (råprotein till nötkreatur och hästar; lysin till grisar och fjäderfä; metionin till fjäderfä); skogsflis vid eldning; konstgödsel NPK vid gödsling; vall till biogas och överskottskonstgödsel vid biogasråvara. För primärdrank blir, för global uppvärmning, ordningsföljden från lägst påverkan: fjäderfä (metionin), hästar och nötkreatur, fjäderfä och grisar (lysin), biogas (80 % och 60 %), gödselmedel och sämst eldning. Ordningsföljderna blir ungefär desamma för försurning och eutrofiering. För energiåtgång blir ordningsföljden från lägsta: biogas (80 % och 60 %), gödselmedel, eldning, fjäderfä (metionin), hästar och nötkreatur och sist fjäderfä (lysin) och grisar. För sekundärdrank blir, för global uppvärmning, ordningsföljden från lägst påverkan: hästar och nötkreatur, fjäderfä (metionin), biogas (80% och 60 %), grisar och fjäderfä (lysin), gödselmedel och sist eldning. För energiåtgång blir ordningsföljden från lägsta: biogas (80% och 60 %), hästar och nötkreatur, fjäderfä (metionin), gödselmedel, eldning, och sist grisar och fjäderfä (lysin). Produktionen av etanol och sekundärdrank ger lägst miljöbelastning då sekundärdranken blir foder till nötkreatur och hästar, samt används som biogasråvara. Vid de andra användningsområdena för dranken, ger produktionen av etanol och primärdrank lägst miljöbelastning. Energiåtgången för produktion av etanol och sekundärdrank blir, för samtliga användningsområden för dranken, högre än vid produktion av etanol och primärdrank. Orsaken till detta är att en energikrävande extra process tillkommer vid produktionen av etanol och sekundärdrank. Låter man istället biogasen, i det ovan beskrivna systemet, ersätta bensin direkt i lätta fordon, blir miljövinsten vad gäller växthusgaser större än i alla andra fall beroende på att ett fossilt bränsle ersätts direkt. Till skillnad från de andra studerade användningsområdena för dranken, blir primärdrank bättre än sekundärdrank då den har mer cellulosa och hemicellulosa kvar som kan bli till biogas. Även energivinsten visar upp ett liknande resultat som växthusgaserna. Energibalanser, som kan beskrivas som kvoten mellan utgående energi hos etanol och drank som effektivt värmevärde, och energiåtgången i alla steg för hela produktionskedjan, beräknades. Dessa innehåller alla steg från odlingen av höstvetet tills dess att det färdiga etanolbränslet är färdigt att tanka och dranken är transporterad till gården och då är färdig att utfodra. Dess värden har beräknats till 1,96 för etanol och primärdrank från en ordinär etanolprocess och 1,75 för etanol och sekundärdrank från en process som ger 13 % mer etanol från även en del av spannmålens cellulosa och hemicellulosa. Om dranken inte torkas förbättras dessa energibalanser till 2,84 respektive 2,22. Om halva arealen av vete, korn och rågvete (knappt 400 000 ha) används till etanol skulle knappt 600 000 ton primärdrank erhållas. Nuvarande djurbestånd kan konsumera ungefär två tredjedelar av denna, varav mjölkkorna en tredjedel och slaktsvinen knappt en sjättedel. Om även en del av spannmålens cellulosa och hemicellulosa används för etanolproduktion erhålls ca 470 000 ton sekundärdrank, av vilken nuvarande djurbestånd kan konsumera ca tre fjärdedelar, varav mjölkkorna knappt två femtedelar och slaktsvinen knappt en femtedel.
|
|
| 8. |
- Melin, Petter, et al.
(författare)
-
Formulation and stabilisation of the biocontrol yeast Pichia anomala
- 2011
-
Ingår i: Antonie van Leeuwenhoek. International Journal of General and Molecular Microbiology. - Dordrecht, Netherlands : Springer Netherlands. - 0003-6072 .- 1572-9699. ; 99:1, s. 107-112
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The yeast Pichia anomala has antifungal activities and its potential in biocontrol and biopreservation has previously been demonstrated. To practically use an organism in such applications on a larger scale the microbe has to be formulated and stabilised. In this review we give an overview of our experience of formulating and stabilising P. anomala strain J121 in a wider perspective. The stabilisation techniques we have evaluated were liquid formulations, fluidised bed drying, lyophilisation (freeze-drying) and vacuum drying. With all methods tested it was possible to obtain yeast cells with shelf lives of at least a few months and in all cases the biocontrol activity was retained. Fluidised bed drying was dependent on the addition of cottonseed flour as a carrier during the drying process. In liquid formulations a sugar, preferentially trehalose, was a required additive. These two kinds of microbial stabilisation are easily performed and relatively inexpensive but in order to keep the cells viable the biomaterial has to be stored at cool temperatures. However, there is room for optimization, such as improving the growth conditions, or include preconditioning steps to enable the cells to produce more compatible solutes necessary to survive formulation, desiccation and storage. In contrast, lyophilisation and vacuum drying require a lot of energy and are thus expensive. On the other hand, the dried cells were mostly intact after one year of storage at 30A degrees C. Inevitably, the choice of formulation and stabilisation techniques will be dependent also on the intended use.
|
|
| 9. |
- Gillman, Anna, et al.
(författare)
-
Oseltamivir-Resistant Influenza A (H1N1) Virus Strain with an H274Y Mutation in Neuraminidase Persists without Drug Pressure in Infected Mallards
- 2015
-
Ingår i: Applied and Environmental Microbiology. - : American Society for Microbiology. - 0099-2240 .- 1098-5336. ; 81:7, s. 2378-2383
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Influenza A virus (IAV) has its natural reservoir in wild waterfowl and emerging human IAVs often contain gene segments from avian viruses. The active drug metabolite of oseltamivir (oseltamivir carboxylate (OC)), stockpiled as Tamiflu® for influenza pandemic preparedness, is not removed by conventional sewage treatment and has been detected in river water. There, it may there exert evolutionary pressure on avian IAV in waterfowl, resulting in development of resistant viral variants. A resistant avian IAV can circulate among wild birds only if resistance does not restrict viral fitness and if the resistant virus can persist without continuous drug pressure. In this in vivo Mallard (Anas platyrhynchos) study we tested if an OC-resistant avian IAV strain (A(H1N1)/NA-H274Y) could retain resistance while drug pressure was gradually removed. Successively infected Mallards were exposed to decreasing levels of OC, and fecal samples were analyzed for neuraminidase sequence and phenotypic resistance. No reversion to wild-type virus was observed during the experiment, which included 17 days of viral transmission in 10 ducks exposed to OC concentrations below resistance induction levels. We conclude that resistance in avian IAV, induced by OC exposure of the natural host, can persist in absence of the drug. Thus, there is a risk that human pathogenic IAVs that evolve from IAVs circulating among wild birds may contain resistance mutations. An oseltamivir resistant pandemic IAV would be a substantial public health threat. Therefore, our observations underscore the need for prudent oseltamivir use, upgraded sewage treatment and resistance surveillance of IAV in wild birds.
|
|
| 10. |
|
|
