SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-118338"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-118338" > Development and eva...

Development and evaluation of normalization methods for label-free relative quantification of endogenous peptides

Kultima, Kim (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Klinisk farmakologi,Medicinsk masspektrometri
Nilsson, Anna (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Medicinsk masspektrometri
Scholz, Birger (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Toxikologi
visa fler...
Rossbach, Uwe L. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
Fälth, Maria (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Medicinsk masspektrometri
Andrén, Per E. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Medicinsk masspektrometri
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2009
2009
Engelska.
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 8:10, s. 2285-2295
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The performances of 10 different normalization methods on data of endogenous brain peptides produced with label-free nano-LC-MS were evaluated. Data sets originating from three different species (mouse, rat, and Japanese quail), each consisting of 35-45 individual LC-MS analyses, were used in the study. Each sample set contained both technical and biological replicates, and the LC-MS analyses were performed in a randomized block fashion. Peptides in all three data sets were found to display LC-MS analysis order-dependent bias. Global normalization methods will only to some extent correct this type of bias. Only the novel normalization procedure RegrRun (linear regression followed by analysis order normalization) corrected for this type of bias. The RegrRun procedure performed the best of the normalization methods tested and decreased the median S.D. by 43% on average compared with raw data. This method also produced the smallest fraction of peptides with interblock differences while producing the largest fraction of differentially expressed peaks between treatment groups in all three data sets. Linear regression normalization (Regr) performed second best and decreased median S.D. by 38% on average compared with raw data. All other examined methods reduced median S.D. by 20-30% on average compared with raw data.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmaceutiska vetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Pharmaceutical Sciences (hsv//eng)

Nyckelord

Bioinformatics
Normalization
endogenous peptide
neuropeptide
LC-MS
PHARMACY
FARMACI

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy