onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-173501"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-173501" > The bulk and the ta...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Aurell, Erik,1961-KTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Aalto University, Finland,Computational Biological Physics, CBP (författare)
The bulk and the tail of minimal absent words in genome sequences
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2016-04-04
- Institute of Physics (IOP),2016
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-173501
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-173501URI
- https://doi.org/10.1088/1478-3975/13/2/026004DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- QC 20161102
- Minimal absent words (MAW) of a genomic sequence are subsequences that are absent themselves but the subwords of which are all present in the sequence. The characteristic distribution of genomic MAWs as a function of their length has been observed to be qualitatively similar for all living organisms, the bulk being rather short, and only relatively few being long. It has been an open issue whether the reason behind this phenomenon is statistical or reflects a biological mechanism, and what biological information is contained in absent words. % In this work we demonstrate that the bulk can be described by a probabilistic model of sampling words from random sequences, while the tail of long MAWs is of biological origin. We introduce the novel concept of a core of a minimal absent word, which are sequences present in the genome and closest to a given MAW. We show that in bacteria and yeast the cores of the longest MAWs, which exist in two or more copies, are located in highly conserved regions the most prominent example being ribosomal RNAs (rRNAs). We also show that while the distribution of the cores of long MAWs is roughly uniform over these genomes on a coarse-grained level, on a more detailed level it is strongly enhanced in 3' untranslated regions (UTRs) and, to a lesser extent, also in 5' UTRs. This indicates that MAWs and associated MAW cores correspond to fine-tuned evolutionary relationships, and suggest that they can be more widely used as markers for genomic complexity.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biofysik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biophysics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Evolutionsbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Evolutionary Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Fysik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Physical Sciences hsv//eng
- Minimal absent word
- copy-mutation evolution model
- random sequence
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Innocenti, Nicolas,1986-KTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),The Hebrew University of Jerusalem, Israel,Computational Biological Physics, CBP(Swepub:kth)u1484r04 (författare)
- Zhou, Hai-JunState Key Laboratory of Theoretical Physics, Institute of Theoretical Physics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China (författare)
- KTHBeräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST) (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Physical Biology: Institute of Physics (IOP)13:21478-39671478-3975
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Aurell, Erik, 19 ...
- Innocenti, Nicol ...
- Zhou, Hai-Jun
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biofysik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Evolutionsbiolog ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Fysik
- Artiklar i publikationen
- Physical Biology
- Av lärosätet
- Kungliga Tekniska Högskolan
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
