Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-183336" >
Genome-wide identif...
Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis
-
- Bersani, Cinzia (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Huss, Mikael (författare)
- KTH,Skolan för bioteknologi (BIO),Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Giacomello, Stefania (författare)
- KTH,Skolan för bioteknologi (BIO),Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
Xu, Li-Di (författare)
-
- Bianchi, Julie (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Eriksson, Sofi (författare)
- Karolinska Institutet
-
Jerhammar, Fredrik (författare)
-
- Alexeyenko, Andrey (författare)
- Karolinska Institutet
-
Vilborg, Anna (författare)
-
- Lundeberg, Joakim (författare)
- KTH,Skolan för bioteknologi (BIO),Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Lui, Weng-Onn (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Wiman, Klas G. (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-12-11
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: Oncotarget. - : Impact Journals LLC. - 1949-2553. ; 7:2, s. 1895-1911
- Relaterad länk:
-
http://www.oncotarge...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- RNA-binding proteins (RBPs) play important roles in the regulation of gene expression through a variety of post-transcriptional mechanisms. The p53-induced RBP Wig-1 (Zmat3) binds RNA through its zinc finger domains and enhances stability of p53 and N-Myc mRNAs and decreases stability of FAS mRNA. To identify novel Wig-1-bound RNAs, we performed RNA-immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing (RIP-Seq) in HCT116 and Saos-2 cells. We identified 286 Wig-1-bound mRNAs common between the two cell lines. Sequence analysis revealed that AU-rich elements (AREs) are highly enriched in the 3'UTR of these Wig-1-bound mRNAs. Network enrichment analysis showed that Wig-1 preferentially binds mRNAs involved in cell cycle regulation. Moreover, we identified a 2D Wig-1 binding motif in HIF1A mRNA. Our findings confirm that Wig-1 is an ARE-BP that regulates cell cycle-related processes and provide a novel view of how Wig-1 may bind mRNA through a putative structural motif. We also significantly extend the repertoire of Wig-1 target mRNAs. Since Wig-1 is a transcriptional target of the tumor suppressor p53, these results have implications for our understanding of p53-dependent stress responses and tumor suppression.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Nyckelord
- Wig-1
- AREs
- RIP-Seq
- cell cycle
- p53
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bersani, Cinzia
-
Huss, Mikael
-
Giacomello, Stef ...
-
Xu, Li-Di
-
Bianchi, Julie
-
Eriksson, Sofi
-
visa fler...
-
Jerhammar, Fredr ...
-
Alexeyenko, Andr ...
-
Vilborg, Anna
-
Lundeberg, Joaki ...
-
Lui, Weng-Onn
-
Wiman, Klas G.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Oncotarget
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet