Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-195513" >
BiobankCloud :
-
Bessani, A.Univ Lisbon, Fac Ciencias, LaSIGE, Lisbon, Portugal.
(författare)
BiobankCloud : A platform for the secure storage, sharing, and processing of large biomedical data sets
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2016-06-24
-
Cham :Springer,2016
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-195513
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-195513URI
-
https://doi.org/10.1007/978-3-319-41576-5_7DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-311409URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:kon swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20161110
-
Biobanks store and catalog human biological material that is increasingly being digitized using next-generation sequencing (NGS). There is, however, a computational bottleneck, as existing software systems are not scalable and secure enough to store and process the incoming wave of genomic data from NGS machines. In the BiobankCloud project, we are building a Hadoop-based platform for the secure storage, sharing, and parallel processing of genomic data. We extended Hadoop to include support for multi-tenant studies, reduced storage requirements with erasure coding, and added support for extensible and consistent metadata. On top of Hadoop, we built a scalable scientific workflow engine featuring a proper workflow definition language focusing on simple integration and chaining of existing tools, adaptive scheduling on Apache Yarn, and support for iterative dataflows. Our platform also supports the secure sharing of data across different, distributed Hadoop clusters. The software is easily installed and comes with a user-friendly web interface for running, managing, and accessing data sets behind a secure 2-factor authentication. Initial tests have shown that the engine scales well to dozens of nodes. The entire system is open-source and includes pre-defined workflows for popular tasks in biomedical data analysis, such as variant identification, differential transcriptome analysis using RNA-Seq, and analysis of miRNA-Seq and ChIP-Seq data.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Brandt, J.Humboldt Univ, Berlin, Germany.
(författare)
-
Bux, M.Humboldt Univ, Berlin, Germany.
(författare)
-
Cogo, V.Univ Lisbon, Fac Ciencias, LaSIGE, Lisbon, Portugal.
(författare)
-
Dimitrova, L.Charite, Berlin, Germany.
(författare)
-
Dowling, JimKTH,Programvaruteknik och Datorsystem, SCS,KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1ajem4z
(författare)
-
Gholami, AliKTH,KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1c8thwr
(författare)
-
Hakimzadeh, KamalKTH,Programvaruteknik och Datorsystem, SCS,KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1g0naq4
(författare)
-
Hummel, M.Charite, Berlin, Germany.
(författare)
-
Ismail, MahmoudKTH,Programvaruteknik och Datorsystem, SCS,KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u18jmfwc
(författare)
-
Laure, ErwinKTH,Parallelldatorcentrum, PDC,High Performance Computing and Visualization (HPCViz),KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1n9d88r
(författare)
-
Leser, U.Humboldt Univ, Berlin, Germany.
(författare)
-
Litton, J. -EKarolinska Inst, Solna, Sweden.
(författare)
-
Martinez, R.Karolinska Inst, Solna, Sweden.
(författare)
-
Niazi, SalmanKTH,Programvaruteknik och Datorsystem, SCS,KTH Royal Inst Technol, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1egcptg
(författare)
-
Reichel, JaneUppsala universitet,Centrum för forsknings- och bioetik(Swepub:uu)janre863
(författare)
-
Zimmermann, K.Charite, Berlin, Germany.
(författare)
-
Univ Lisbon, Fac Ciencias, LaSIGE, Lisbon, Portugal.Humboldt Univ, Berlin, Germany.
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:1st International Workshop on Data Management and Analytics for Medicine and Healthcare, DMAH 2015 and Workshop on Big-Graphs Online Querying, Big-O(Q) 2015 held in conjunction with 41st International Conference on Very Large Data Bases, VLDB 2015Cham : Springer, s. 89-10597833194157589783319415765
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bessani, A.
-
Brandt, J.
-
Bux, M.
-
Cogo, V.
-
Dimitrova, L.
-
Dowling, Jim
-
visa fler...
-
Gholami, Ali
-
Hakimzadeh, Kama ...
-
Hummel, M.
-
Ismail, Mahmoud
-
Laure, Erwin
-
Leser, U.
-
Litton, J. -E
-
Martinez, R.
-
Niazi, Salman
-
Reichel, Jane
-
Zimmermann, K.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Industriell biot ...
-
och Biomaterial
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Annan data och i ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Hälsovetenskap
-
och Medicinsk etik
- Artiklar i publikationen
-
1st Internationa ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet