Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-216548" >
Proteogenomics prod...
Proteogenomics produces comprehensive and highly accurate protein-coding gene annotation in a complete genome assembly of Malassezia sympodialis
-
- Zhu, Y. (författare)
- Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden.
-
- Engström, Pär G. (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.
-
- Tellgren-Roth, Christian, 1971- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
- Baudo, C. D. (författare)
- St Louis Univ, Dept Biol, St Louis, MO 63103 USA.
-
- Kennell, J. C. (författare)
- St Louis Univ, Dept Biol, St Louis, MO 63103 USA.
-
- Sun, S. (författare)
- Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA.,Univ Coll Dublin, Conway Inst, Sch Biomed & Biomol Sci, Dublin 4, Ireland.
-
- Billmyre, R. B. (författare)
- Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA.
-
Schröder, M. S. (författare)
-
- Andersson, A. (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Med Solna, Translat Immunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.;Univ Hosp, Stockholm, Sweden.
-
- Holm, T. (författare)
- Karolinska Inst, Dept Med Solna, Translat Immunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.;Univ Hosp, Stockholm, Sweden.
-
- Sigurgeirsson, Benjamin (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Sch Biotechnol, S-17121 Solna, Sweden.
-
- Wu, G. (författare)
- ASTAR, Comp & Syst Biol Genome Inst Singapore, Singapore 138672, Singapore.
-
- Sankaranarayanan, S. R. (författare)
- Jawaharlal Nehru Ctr Adv Sci Res, Mol Mycol Lab, Mol Biol & Genet Unit, Bangalore 560064, Karnataka, India.,Inst Math Sci HBNI, Chennai 600113, Tamil Nadu, India.
-
Siddharthan, R. (författare)
-
- Sanyal, K. (författare)
- Jawaharlal Nehru Ctr Adv Sci Res, Mol Mycol Lab, Mol Biol & Genet Unit, Bangalore 560064, Karnataka, India.
-
- Lundeberg, Joakim (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Sch Biotechnol, S-17121 Solna, Sweden.
-
- Nystedt, Björn, 1978- (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Boekhout, T. (författare)
- CBS Fungal Biodivers Ctr, Utrecht, Netherlands.;Univ Amsterdam, IBED, NL-1012 WL Amsterdam, Netherlands.
-
- Dawson, T.L., Jr. (författare)
- Karolinska Institutet,ASTAR, Inst Med Biol, Singapore 138648, Singapore.
-
- Heitman, J. (författare)
- Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA.
-
- Scheynius, A. (författare)
- Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Clin Sci & Educ, SE-11883 Stockholm, Sweden.;Sachs Children & Youth Hosp, SE-11883 Stockholm, Sweden.
-
- Lehtiö, J. (författare)
- Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden.
-
visa färre...
-
Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden Institutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)
- 2017-01-18
- 2017
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press. - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 45:5, s. 2629-2643
- Relaterad länk:
-
https://academic.oup...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Complete and accurate genome assembly and annotation is a crucial foundation for comparative and functional genomics. Despite this, few complete eukaryotic genomes are available, and genome annotation remains a major challenge. Here, we present a complete genome assembly of the skin commensal yeast Malassezia sympodialis and demonstrate how proteogenomics can substantially improve gene annotation. Through long-read DNA sequencing, we obtained a gap-free genome assembly for M. sympodialis (ATCC 42132), comprising eight nuclear and one mitochondrial chromosome. We also sequenced and assembled four M. sympodialis clinical isolates, and showed their value for understanding Malassezia reproduction by confirming four alternative allele combinations at the two mating-type loci. Importantly, we demonstrated how proteomics data could be readily integrated with transcriptomics data in standard annotation tools. This increased the number of annotated protein-coding genes by 14% (from 3612 to 4113), compared to using transcriptomics evidence alone. Manual curation further increased the number of protein-coding genes by 9% (to 4493). All of these genes have RNA-seq evidence and 87% were confirmed by proteomics. The M. sympodialis genome assembly and annotation presented here is at a quality yet achieved only for a few eukaryotic organisms, and constitutes an important reference for future host-microbe interaction studies.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- allele
- animal cell
- Article
- atopic dermatitis
- chromosome 5
- controlled study
- DNA base composition
- DNA sequence
- functional genomics
- gene locus
- gene mapping
- human
- Malassezia sympodialis
- mitochondrial genome
- nonhuman
- nucleotide sequence
- peptide analysis
- phylogeny
- priority journal
- protein domain
- proteogenomics
- RNA sequence
- sequence analysis
- sequence homology
- transcriptomics
- fungal gene
- fungal genome
- genetics
- Malassezia
- molecular genetics
- procedures
- fungal protein
- peptide
- Fungal Proteins
- Genes
- Fungal
- Genome
- Fungal
- Genome
- Mitochondrial
- Molecular Sequence Annotation
- Peptides
- Protein Domains
- Sequence Analysis
- RNA
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Zhu, Y.
-
Engström, Pär G.
-
Tellgren-Roth, C ...
-
Baudo, C. D.
-
Kennell, J. C.
-
Sun, S.
-
visa fler...
-
Billmyre, R. B.
-
Schröder, M. S.
-
Andersson, A.
-
Holm, T.
-
Sigurgeirsson, B ...
-
Wu, G.
-
Sankaranarayanan ...
-
Siddharthan, R.
-
Sanyal, K.
-
Lundeberg, Joaki ...
-
Nystedt, Björn, ...
-
Boekhout, T.
-
Dawson, T.L., Jr ...
-
Heitman, J.
-
Scheynius, A.
-
Lehtiö, J.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Stockholms universitet
-
Karolinska Institutet
-
Uppsala universitet