Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-217180" >
Ninety-nine de novo...
Ninety-nine de novo assembled genomes from the moose (Alces alces) rumen microbiome provide new insights into microbial plant biomass degradation
-
- Svartström, Olov (författare)
- KTH,Industriell bioteknologi,Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Alneberg, Johannes (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Terrapon, Nicolas (författare)
-
visa fler...
-
Lombard, Vincent (författare)
-
- de Bruijn, Ino (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Malmsten, Jonas (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences,National Veterinary Institute (SVA)
-
- Dalin, Anne-Marie (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences
-
El Muller, Emilie (författare)
-
Shah, Pranjul (författare)
-
Wilmes, Paul (författare)
-
Henrissat, Bernard (författare)
-
- Aspeborg, Henrik (författare)
- KTH,Industriell bioteknologi
-
- Andersson, Anders F. (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2017-07-21
- 2017
- Engelska.
-
Ingår i: The ISME Journal. - : Nature Publishing Group. - 1751-7362 .- 1751-7370. ; 11:11, s. 2538-2551
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The moose (Alces alces) is a ruminant that harvests energy from fiber-rich lignocellulose material through carbohydrate-active enzymes (CAZymes) produced by its rumen microbes. We applied shotgun metagenomics to rumen contents from six moose to obtain insights into this microbiome. Following binning, 99 metagenome-assembled genomes (MAGs) belonging to 11 prokaryotic phyla were reconstructed and characterized based on phylogeny and CAZyme profile. The taxonomy of these MAGs reflected the overall composition of the metagenome, with dominance of the phyla Bacteroidetes and Firmicutes. Unlike in other ruminants, Spirochaetes constituted a significant proportion of the community and our analyses indicate that the corresponding strains are primarily pectin digesters. Pectin-degrading genes were also common in MAGs of Ruminococcus, Fibrobacteres and Bacteroidetes and were overall overrepresented in the moose microbiome compared with other ruminants. Phylogenomic analyses revealed several clades within the Bacteriodetes without previously characterized genomes. Several of these MAGs encoded a large numbers of dockerins, a module usually associated with cellulosomes. The Bacteroidetes dockerins were often linked to CAZymes and sometimes encoded inside polysaccharide utilization loci, which has never been reported before. The almost 100 CAZyme-annotated genomes reconstructed in this study provide an in-depth view of an efficient lignocellulose-degrading microbiome and prospects for developing enzyme technology for biorefineries.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Geovetenskap och miljövetenskap -- Miljövetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Earth and Related Environmental Sciences -- Environmental Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Veterinärmedicin -- Klinisk vetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Veterinary Science -- Clinical Science (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Svartström, Olov
-
Alneberg, Johann ...
-
Terrapon, Nicola ...
-
Lombard, Vincent
-
de Bruijn, Ino
-
Malmsten, Jonas
-
visa fler...
-
Dalin, Anne-Mari ...
-
El Muller, Emili ...
-
Shah, Pranjul
-
Wilmes, Paul
-
Henrissat, Berna ...
-
Aspeborg, Henrik
-
Andersson, Ander ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Geovetenskap och ...
-
och Miljövetenskap
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Veterinärmedicin
-
och Klinisk vetenska ...
- Artiklar i publikationen
-
The ISME Journal
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Sveriges Lantbruksuniversitet