SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-24022"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-24022" > Exploring the found...

  • Kemmer, D. (författare)

Exploring the foundation of genomics : a Northern blot reference set for the comparative analysis of transcript profiling technologies

  • Artikel/kapitelEngelska2004

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Hindawi Limited,2004
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-24022
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-24022URI
  • https://doi.org/10.1002/cfg.443DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:1955249URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20100525
  • In this paper we aim to create a reference data collection of Northern blot results and demonstrate how such a collection can enable a quantitative comparison of modern expression profiling techniques, a central component of functional genomics studies. Historic ally, Northern blots were the de facto standard for determining RNA transcript levels. However, driven by the demand for analysis of large sets of genes in parallel, high-throughput methods, such as microarrays, dominate modern profiling efforts. To facilitate assessment of these methods, in comparison to Northern blots, we created a database of published Northern results obtained with a standardized commercial multiple tissue blot (dbMTN). In order to demonstrate the utility of the dbMTN collection for technology comparison, we also generated expression profiles for genes across a set of human tissues, using multiple profiling techniques. No method produced profiles that were strongly correlated with the Northern blot data. The highest correlations to the Northern blot data were determined with microarrays for the subset of genes observed to be specifically expressed in a single tissue in the Northern analyses. The database and expression profiling data are available via the project website (http://www.cisreg.ca). We believe that emphasis on multitechnique validation of expression profiles is justified, as the correlation results between platforms are not encouraging on the whole. Supplementary material for this article can be found at: http://www.interscience.wiley.com/jpages/1531-6912/suppmat

Ämnesord och genrebeteckningar

  • gene expression
  • Northern
  • microarray
  • genomics
  • database
  • gene-expression analysis
  • serial analysis
  • arrays
  • pcr

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Faxen, M. (författare)
  • Hodges, E. (författare)
  • Lim, J. (författare)
  • Herzog, E. (författare)
  • Ljungstrom, E. (författare)
  • Lundmark, A. (författare)
  • Olsen, M. K. (författare)
  • Podowski, R. (författare)
  • Sonnhammer, E. L. L. (författare)
  • Nilsson, PeterKTH,Bioteknologi(Swepub:kth)u1ws88sk (författare)
  • Reimers, M. (författare)
  • Lenhard, B. (författare)
  • Roberds, S. L. (författare)
  • Wahlestedt, C. (författare)
  • Hoog, C. (författare)
  • Agarwal, P. (författare)
  • Wasserman, W. W. (författare)
  • KTHBioteknologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Comparative and functional genomics: Hindawi Limited5:8, s. 584-5951531-69121532-6268

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy