Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:146825299" >
Discovery of widesp...
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2021-06-02
-
Springer Science and Business Media LLC,2021
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:146825299
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:146825299URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-021-23143-7DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-211977URI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-309717URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
For correction, see: Grapotte, M., Saraswat, M., Bessière, C. et al. Author Correction: Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network. Nat Commun 13, 1200 (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-28758-y
-
QC 20220309Correction in: Nature Communications, Volume 13, Issue 1, Article Number 1200, DOI 10.1038/s41467-022-28758-y, WOS:000771136200018
-
Using the Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) technology, the FANTOM5 consortium provided one of the most comprehensive maps of transcription start sites (TSSs) in several species. Strikingly, ~72% of them could not be assigned to a specific gene and initiate at unconventional regions, outside promoters or enhancers. Here, we probe these unassigned TSSs and show that, in all species studied, a significant fraction of CAGE peaks initiate at microsatellites, also called short tandem repeats (STRs). To confirm this transcription, we develop Cap Trap RNA-seq, a technology which combines cap trapping and long read MinION sequencing. We train sequence-based deep learning models able to predict CAGE signal at STRs with high accuracy. These models unveil the importance of STR surrounding sequences not only to distinguish STR classes, but also to predict the level of transcription initiation. Importantly, genetic variants linked to human diseases are preferentially found at STRs with high transcription initiation level, supporting the biological and clinical relevance of transcription initiation at STRs. Together, our results extend the repertoire of non-coding transcription associated with DNA tandem repeats and complexify STR polymorphism.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Saraswat, M
(författare)
-
Bessiere, C
(författare)
-
Menichelli, C
(författare)
-
Ramilowski, JA
(författare)
-
Severin, J
(författare)
-
Hayashizaki, Y
(författare)
-
Itoh, M
(författare)
-
Tagami, M
(författare)
-
Murata, M
(författare)
-
Kojima-Ishiyamas, M
(författare)
-
Noma, S
(författare)
-
Noguchi, S
(författare)
-
Kasukawa, T
(författare)
-
Hasegawa, A
(författare)
-
Suzuki, H
(författare)
-
Nishiyori-Sueki, H
(författare)
-
Frith, MC
(författare)
-
Chatelain, C
(författare)
-
Carninci, P
(författare)
-
de Hoom, MJL
(författare)
-
Wasserman, WW
(författare)
-
Brehelin, L
(författare)
-
Lecellieree, CH
(författare)
-
Elofsson, Arne,1966-Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik(Swepub:su)aelof
(författare)
-
Sachenkova, OxanaStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik(Swepub:su)osach
(författare)
-
Forsberg, MattiasKTH,Systembiologi(Swepub:kth)u1l9h7ku
(författare)
-
Oksvold, PerKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1qey3lv
(författare)
-
Sivertsson, ÅsaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi(Swepub:kth)u195d5b0
(författare)
-
Sjöstedt, EvelinaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap(Swepub:kth)u12iezpl
(författare)
-
Uhlén, MathiasKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova,Systembiologi(Swepub:kth)u1dulvmw
(författare)
-
von Feilitzen, KalleKTH,Systembiologi,Proteinteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1dbmi38
(författare)
-
Zwahlen, MartinKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi(Swepub:kth)u1fcjpxe
(författare)
-
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature communications: Springer Science and Business Media LLC12:1, s. 3297-2041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Grapotte, M
-
Saraswat, M
-
Bessiere, C
-
Menichelli, C
-
Ramilowski, JA
-
Severin, J
-
visa fler...
-
Hayashizaki, Y
-
Itoh, M
-
Tagami, M
-
Murata, M
-
Kojima-Ishiyamas ...
-
Noma, S
-
Noguchi, S
-
Kasukawa, T
-
Hasegawa, A
-
Suzuki, H
-
Nishiyori-Sueki, ...
-
Frith, MC
-
Chatelain, C
-
Carninci, P
-
de Hoom, MJL
-
Wasserman, WW
-
Brehelin, L
-
Lecellieree, CH
-
Elofsson, Arne, ...
-
Sachenkova, Oxan ...
-
Forsberg, Mattia ...
-
Oksvold, Per
-
Sivertsson, Åsa
-
Sjöstedt, Evelin ...
-
Uhlén, Mathias
-
von Feilitzen, K ...
-
Zwahlen, Martin
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature communica ...
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet
-
Stockholms universitet
-
Kungliga Tekniska Högskolan