Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-339050" >
Dual spatially reso...
Dual spatially resolved transcriptomics for human host–pathogen colocalization studies in FFPE tissue sections
-
- Sounart, Hailey (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Lázár, Enikő (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Department of Cell and Molecular Biology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
-
- Masarapu, Yuvarani (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa fler...
-
- Wu, Jian (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Várkonyi, Tibor (författare)
- 2nd Department of Pathology, Semmelweis University, Budapest, Hungary
-
- Glasz, Tibor (författare)
- 2nd Department of Pathology, Semmelweis University, Budapest, Hungary
-
- Kiss, András (författare)
- 2nd Department of Pathology, Semmelweis University, Budapest, Hungary
-
- Borgström, Erik (författare)
- 10X Genomics, Pleasanton, CA, USA
-
- Hill, Andrew (författare)
- 10X Genomics, Pleasanton, CA, USA
-
- Rezene, Sefanit (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Gupta, Soham (författare)
- Department of Laboratory Medicine, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
-
- Jurek, Aleksandra (författare)
- 10X Genomics, Pleasanton, CA, USA
-
- Niesnerová, Anezka (författare)
- 10X Genomics, Pleasanton, CA, USA
-
- Druid, Henrik (författare)
- Department of Oncology-Pathology, Karolinska Institutet, 17177, Stockholm, Sweden
-
- Bergmann, Olaf (författare)
- Department of Cell and Molecular Biology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden; Center for Regenerative Therapies Dresden (CRTD), TU Dresden, Dresden, Germany, TU Dresden; Universitätsmedizin Göttingen, Institute of Pharmacology and Toxicology, Göttingen, Germany
-
- Giacomello, Stefania (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Springer Nature, 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: Genome Biology. - : Springer Nature. - 1465-6906 .- 1474-760X. ; 24:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Technologies to study localized host–pathogen interactions are urgently needed. Here, we present a spatial transcriptomics approach to simultaneously capture host and pathogen transcriptome-wide spatial gene expression information from human formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections at a near single-cell resolution. We demonstrate this methodology in lung samples from COVID-19 patients and validate our spatial detection of SARS-CoV-2 against RNAScope and in situ sequencing. Host–pathogen colocalization analysis identified putative modulators of SARS-CoV-2 infection in human lung cells. Our approach provides new insights into host response to pathogen infection through the simultaneous, unbiased detection of two transcriptomes in FFPE samples.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Colocalization analysis
- Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues
- Host–pathogen interactions
- Spatial transcriptomics
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Sounart, Hailey
-
Lázár, Enikő
-
Masarapu, Yuvara ...
-
Wu, Jian
-
Várkonyi, Tibor
-
Glasz, Tibor
-
visa fler...
-
Kiss, András
-
Borgström, Erik
-
Hill, Andrew
-
Rezene, Sefanit
-
Gupta, Soham
-
Jurek, Aleksandr ...
-
Niesnerová, Anez ...
-
Druid, Henrik
-
Bergmann, Olaf
-
Giacomello, Stef ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Biology
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet