Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-339716" >
3-D chromatin confo...
3-D chromatin conformation, accessibility, and gene expression profiling of triple-negative breast cancer
-
- Llinàs-Arias, Pere (författare)
- Cancer Epigenetics Laboratory at the Cancer Cell Biology Group, Health Research Institute of the Balearic Islands (IdISBa), 07120, Palma, Spain
-
- Ensenyat-Méndez, Miquel (författare)
- Cancer Epigenetics Laboratory at the Cancer Cell Biology Group, Health Research Institute of the Balearic Islands (IdISBa), 07120, Palma, Spain
-
- Orozco, Javier I.J. (författare)
- Saint John’s Cancer Institute, Providence Saint John’s Health Center, Santa Monica, CA, USA
-
visa fler...
-
- Íñiguez-Muñoz, Sandra (författare)
- Cancer Epigenetics Laboratory at the Cancer Cell Biology Group, Health Research Institute of the Balearic Islands (IdISBa), 07120, Palma, Spain
-
- Valdez, Betsy (författare)
- Saint John’s Cancer Institute, Providence Saint John’s Health Center, Santa Monica, CA, USA
-
- Wang, Chuan (författare)
- Department of Biosciences and Nutrition, Science for Life Laboratory, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
-
- Mezger, Anja (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
-
- Choi, Eun Kyoung (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Tran, Yan Zhou (författare)
- Department of Biosciences and Nutrition, Science for Life Laboratory, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
-
- Yao, Liqun (författare)
- Department of Biosciences and Nutrition, Science for Life Laboratory, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
-
- Bonath, Franziska (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Department of Biochemistry and Biophysics, Science for Life Laboratory, Stockholm University, Stockholm, Sweden
-
- Olsen, Remi-André (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Department of Biochemistry and Biophysics, Science for Life Laboratory, Stockholm University, Stockholm, Sweden
-
- Ormestad, Mattias (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
-
- Esteller, Manel (författare)
- Josep Carreras Leukaemia Research Institute, Badalona, Barcelona, Catalonia, Spain, Catalonia; Centro de Investigación Biomédica en Red Cancer (CIBERONC), 28029, Madrid, Spain; Institució Catalana de Recerca I Estudis Avançats (ICREA), Barcelona, Catalonia, Spain, Catalonia; Physiological Sciences Department, School of Medicine and Health Sciences, University of Barcelona (UB), Barcelona, Catalonia, Spain, Catalonia
-
- Lupien, Mathieu (författare)
- Princess Margaret Cancer Centre, Toronto, Toronto, ON, M5G 1L7, Canada; Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Toronto, ON, M5G 1L7, Canada; Ontario Institute for Cancer Research, Toronto, ON, M5G 0A3, Canada
-
- Marzese, Diego M. (författare)
- Cancer Epigenetics Laboratory at the Cancer Cell Biology Group, Health Research Institute of the Balearic Islands (IdISBa), 07120, Palma, Spain
-
Choi, Eunkyoung (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Springer Nature, 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: BMC Genomic Data. - : Springer Nature. - 2730-6844. ; 24:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Objectives: Triple-negative breast cancer (TNBC) is a highly aggressive breast cancer subtype with limited treatment options. Unlike other breast cancer subtypes, the scarcity of specific therapies and greater frequencies of distant metastases contribute to its aggressiveness. We aimed to find epigenetic changes that aid in the understanding of the dissemination process of these cancers. Data description: Using CRISPR/Cas9, our experimental approach led us to identify and disrupt an insulator element, IE8, whose activity seemed relevant for cell invasion. The experiments were performed in two well-established TNBC cellular models, the MDA-MB-231 and the MDA-MB-436. To gain insights into the underlying molecular mechanisms of TNBC invasion ability, we generated and characterized high-resolution chromatin interaction (Hi-C) and chromatin accessibility (ATAC-seq) maps in both cell models and complemented these datasets with gene expression profiling (RNA-seq) in MDA-MB-231, the cell line that showed more significant changes in chromatin accessibility. Altogether, our data provide a comprehensive resource for understanding the spatial organization of the genome in TNBC cells, which may contribute to accelerating the discovery of TNBC-specific alterations triggering advances for this devastating disease.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- ATAC-seq
- Chromatin accessibility
- Epigenetic profiling
- Hi-C
- Long-range interactions
- MDA-MB-231
- MDA-MB-436
- RNA levels
- RNA-seq
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Llinàs-Arias, Pe ...
-
Ensenyat-Méndez, ...
-
Orozco, Javier I ...
-
Íñiguez-Muñoz, S ...
-
Valdez, Betsy
-
Wang, Chuan
-
visa fler...
-
Mezger, Anja
-
Choi, Eun Kyoung
-
Tran, Yan Zhou
-
Yao, Liqun
-
Bonath, Franzisk ...
-
Olsen, Remi-Andr ...
-
Ormestad, Mattia ...
-
Esteller, Manel
-
Lupien, Mathieu
-
Marzese, Diego M ...
-
Choi, Eunkyoung
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
BMC Genomic Data
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Stockholms universitet
-
Karolinska Institutet