SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:liu-162064"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:liu-162064" > An algorithm-based ...

  • Gawel, DanutaLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden (författare)

An algorithm-based meta-analysis of genome- and proteome-wide data identifies a combination of potential plasma biomarkers for colorectal cancer

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-10-30
  • NATURE PUBLISHING GROUP,2019
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:liu-162064
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-162064URI
  • https://doi.org/10.1038/s41598-019-51999-9DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:142208210URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Funding Agencies|Swedish Cancerfoundation; Regional Hospitalfunding (ALF); Foundation of Clinical Cancer Research, Jonkoping, Sweden [FUTURUM-809641]
  • Screening programs for colorectal cancer (CRC) often rely on detection of blood in stools, which is unspecific and leads to a large number of colonoscopies of healthy subjects. Painstaking research has led to the identification of a large number of different types of biomarkers, few of which are in general clinical use. Here, we searched for highly accurate combinations of biomarkers by meta-analyses of genome- and proteome-wide data from CRC tumors. We focused on secreted proteins identified by the Human Protein Atlas and used our recently described algorithms to find optimal combinations of proteins. We identified nine proteins, three of which had been previously identified as potential biomarkers for CRC, namely CEACAM5, LCN2 and TRIM28. The remaining proteins were PLOD1, MAD1L1, P4HA1, GNS, C12orf10 and P3H1. We analyzed these proteins in plasma from 80 patients with newly diagnosed CRC and 80 healthy controls. A combination of four of these proteins, TRIM28, PLOD1, CEACAM5 and P4HA1, separated a training set consisting of 90% patients and 90% of the controls with high accuracy, which was verified in a test set consisting of the remaining 10%. Further studies are warranted to test our algorithms and proteins for early CRC diagnosis.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Jung Lee, Eun JungLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Yonsei Univ, South Korea,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)eunle80 (författare)
  • Li, XinxiuLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)xinli70 (författare)
  • Lilja, SandraLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)sanli71 (författare)
  • Matussek, AndreasKarolinska Institutet (författare)
  • Schäfer, SamuelKarolinska Institutet,Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)samsc76 (författare)
  • Olsen, Renate SlindDiv Psychiat and Rehabil and Diagnost, Sweden; Karolinska Inst, Sweden (författare)
  • Stenmarker, MargarethaLinköpings universitet,Institutionen för klinisk och experimentell medicin,Medicinska fakulteten,Dept Paediat, Region Jönköping County, Sweden(Swepub:liu)n/a (författare)
  • Zhang, HuanLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)huazh47 (författare)
  • Benson, MikaelKarolinska Institutet,Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus,Centre for Personalized Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden(Swepub:liu)mikbe05 (författare)
  • Linköpings universitetAvdelningen för barns och kvinnors hälsa (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Scientific Reports: NATURE PUBLISHING GROUP92045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy