Digital gene expression profiling of primary acute lymphoblastic leukemia cells

Nordlund, JessicaUppsala universitet,Molekylär medicin,Uppsala University, Sweden (författare)

We determined the genome-wide digital gene expression (DGE) profiles of primary acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells from 21 patients taking advantage of `second-generation sequencing technology. Patients included in this study represent four cytogenetically distinct subtypes of B-cell precursor (BCP) ALL and T-cell lineage ALL (T-ALL). The robustness of DGE combined with supervised classification by nearest shrunken centroids (NSC) was validated experimentally and by comparison with published expression data for large sets of ALL samples. Genes that were differentially expressed between BCP ALL subtypes were enriched to distinct signaling pathways with dic(9;20) enriched to TP53 signaling, t(9;22) to interferon signaling, as well as high hyperdiploidy and t(12;21) to apoptosis signaling. We also observed antisense tags expressed from the non-coding strand of similar to 50% of annotated genes, many of which were expressed in a subtype-specific pattern. Antisense tags from 17 gene regions unambiguously discriminated between the BCP ALL and T-ALL subtypes, and antisense tags from 76 gene regions discriminated between the 4 BCP subtypes. We observed a significant overlap of gene regions with alternative polyadenylation and antisense transcription (Pless than1 x 10(-15)). Our study using DGE profiling provided new insights into the RNA expression patterns in ALL cells.

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Cancer och onkologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Cancer and Oncology hsv//eng
pediatric acute lymphoblastic leukemia; ALL; digital gene expression; second-generation sequencing; antisense transcript; alternative polyadenylation
SOCIAL SCIENCES
SAMHÄLLSVETENSKAP

Kiialainen, A.Uppsala universitet,Molekylär medicin,Uppsala University, Sweden (författare)
Karlberg, OlofUppsala universitet,Molekylär medicin,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)oka21721 (författare)
Berglund, Eva CUppsala universitet,Molekylär medicin,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)evber498 (författare)
Göransson-Kultima, HannaUppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin,Onkologisk farmakologi och informatik,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)hagor102 (författare)
Sonderkaer, M.Aalborg University, Denmark (författare)
Nielsen, K. L.Aalborg University, Denmark (författare)
Gustafsson, Mats GUppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin,Onkologisk farmakologi och informatik,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)matsgust (författare)
Behrendtz, M.Östergötlands Läns Landsting,Barn- och ungdomskliniken i Linköping (författare)
Forestier, ErikUmeå universitet,Institutionen för medicinsk biovetenskap,Umeå University, Sweden(Swepub:umu)erfo0007 (författare)
Perkkio, M.Kuopio University Hospital, Finland (författare)
Söderhäll, S.Karolinska Institutet,Karolinska University Hospital, Sweden (författare)
Lönnerholm, GudmarUppsala universitet,Pediatrik,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)gudmarlh (författare)
Syvänen, Ann-ChristineUppsala universitet,Molekylär medicin,Uppsala University, Sweden(Swepub:uu)anncsyva (författare)
Uppsala universitetMolekylär medicin (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Nordlund, Jessic ...; Kiialainen, A.; Karlberg, Olof; Berglund, Eva C; Göransson-Kultim ...; Sonderkaer, M.; visa fler...; Nielsen, K. L.; Gustafsson, Mats ...; Behrendtz, M.; Forestier, Erik; Perkkio, M.; Söderhäll, S.; Lönnerholm, Gudm ...; Syvänen, Ann-Chr ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Av lärosätet: Linköpings universitet; Uppsala universitet; Karolinska Institutet; Umeå universitet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.