Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:lnu-77392" >
BARM and BalticMicr...
-
Alneberg, JohannesKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Institute of Technology, Sweden
(författare)
BARM and BalticMicrobeDB, a reference metagenome and interface to meta-omic data for the Baltic Sea
- Artikel/kapitelEngelska2018
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2018-07-31
-
Nature Publishing Group,2018
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:lnu-77392
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:lnu:diva-77392URI
-
https://doi.org/10.1038/sdata.2018.146DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-233290URI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-159042URI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:138854537URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20180816
-
The Baltic Sea is one of the world's largest brackish water bodies and is characterised by pronounced physicochemical gradients where microbes are the main biogeochemical catalysts. Meta-omic methods provide rich information on the composition of, and activities within, microbial ecosystems, but are computationally heavy to perform. We here present the Baltic Sea Reference Metagenome (BARM), complete with annotated genes to facilitate further studies with much less computational effort. The assembly is constructed using 2.6 billion metagenomic reads from 81 water samples, spanning both spatial and temporal dimensions, and contains 6.8 million genes that have been annotated for function and taxonomy. The assembly is useful as a reference, facilitating taxonomic and functional annotation of additional samples by simply mapping their reads against the assembly. This capability is demonstrated by the successful mapping and annotation of 24 external samples. In addition, we present a public web interface, BalticMicrobeDB, for interactive exploratory analysis of the dataset. [GRAPHICS] .
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Sundh, JohnStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)jola3909
(författare)
-
Bennke, ChristinLeibniz Inst Balt Sea Res Warnemunde, D-18119 Rostock, Germany.
(författare)
-
Beier, SaraLeibniz Inst Balt Sea Res Warnemunde, D-18119 Rostock, Germany.
(författare)
-
Lundin, Daniel,1965-Linnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Linnaeus Univ, Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst, S-39182 Kalmar, Sweden.(Swepub:lnu)daluab
(författare)
-
Hugerth, Luisa W.KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Karolinska Inst, Dept Mol Tumor & Cell Biol, Ctr Translat Microbiome Res, Sci Life Lab, S-17165 Solna, Sweden.,KTH Royal Institute of Technology, Sweden(Swepub:kth)u1g7mwxd
(författare)
-
Pinhassi, JaroneLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Linnaeus Univ, Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst, S-39182 Kalmar, Sweden.(Swepub:lnu)ypija
(författare)
-
Kisand, VeljoUniv Tartu, Inst Technol, EE-50411 Tartu, Estonia.
(författare)
-
Riemann, LasseUniv Copenhagen, Sect Marine Biol Sect, Dept Biol, DK-3000 Helsingor, Denmark.
(författare)
-
Juergens, KlausLeibniz Inst Balt Sea Res Warnemunde, D-18119 Rostock, Germany.
(författare)
-
Labrenz, MatthiasLeibniz Inst Balt Sea Res Warnemunde, D-18119 Rostock, Germany.
(författare)
-
Andersson, Anders F.KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Institute of Technology, Sweden(Swepub:kth)u1hi776x
(författare)
-
KTHGenteknologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Scientific Data: Nature Publishing Group52052-4463
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Alneberg, Johann ...
-
Sundh, John
-
Bennke, Christin
-
Beier, Sara
-
Lundin, Daniel, ...
-
Hugerth, Luisa W ...
-
visa fler...
-
Pinhassi, Jarone
-
Kisand, Veljo
-
Riemann, Lasse
-
Juergens, Klaus
-
Labrenz, Matthia ...
-
Andersson, Ander ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Data
- Av lärosätet
-
Linnéuniversitetet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Stockholms universitet
-
Karolinska Institutet