SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:oru-97348"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:oru-97348" > EPIGENETIC ALTERATI...

  • Kalla, RahulUniversity of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)

EPIGENETIC ALTERATIONS IN IBD : DEFINING GEOGRAPHICAL, GENETIC, AND IMMUNEIN-FLAMMATORY INFLUENCES ON THE CIRCULATING METHYLOME

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • BMJ Publishing Group Ltd,2021
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:oru-97348
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-97348URI
  • https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-BSG.8DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:vet swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Introduction: DNA methylation may provide critical insights into gene-environment interactions in inflammatory bowel disease (IBD).Methods: Using the multi-centre IBD Character inception cohort (295 controls, 154 CD, 161 UC, 28 IBD-U), epigenome-wide methylation was profiled using Illumina HumanMethylation450 platform. Differentially methylated position analysis was performed using age, sex and cell proportions as covariates. Integration of paired genomic and transcriptomic layers was done with Multi-Omics Factor Analysis v2 (MOFA). Unsupervised principal component analyses were performed to examine correlates of treatment escalation and clinical predictors of disease severity.Results: We report 137 differentially methylated positions (DMP) in whole blood in IBD, including VMP1/MIR21 (p=9.11×10-15) and RPS6KA2 (6.43×10-13); with consistency seen across Scandinavia and UK. Cell of origin analysis preferentially implicated the monocyte lineage. Dysregulated loci demonstrate strong genetic influence, notably VMP1 (p=1.53×10-15). Age acceleration is seen in IBD (coefficient 0.94, p<2.2x10-16). Several immuno-active genes demonstrated highly significant correlations between methylation and gene expression in IBD, in particular OSM: IBD r -0.32, p 3.64×10-7 vs. non-IBD r -0.14, p=0.77). Multi-omic integration of methylome, genome and transcriptome also identified specific pathways that associate with immune activation, response and regulation at disease inception. At follow up, a signature of 3 DMPs (TAP1, TESPA1, RPTOR) associated with treatment escalation to biological agents or surgery (hazard ratio of 5.19 (CI:2.14-12.56, logrank p=9.70×10-4).Conclusion: This study highlights the stability of the IBD-specific circulating methylome across regions with shared ancestry. Through integrative multi-omic analyses we identify key pro-inflammatory genes that are upregulated in IBD at inception. Furthermore, differential methylation within certain genes such as TAP1 associate with disease course over time.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Adams, AlexUniversity of Oxford, Oxford, UK (författare)
  • Nowak, JanPoznan University of Medical Sciences, Poznan, Poland (författare)
  • Bergemalm, Daniel,1977-Örebro universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper,Region Örebro län(Swepub:oru)dbm (författare)
  • Vatn, SimenUniversity of Oslo, Oslo, Norway (författare)
  • Ventham, NicholasUniversity of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)
  • Kennedy, NicholasUniversity of Exeter, Exeter, UK (författare)
  • Ricanek, PetrUniversity of Oslo, Oslo, Norway (författare)
  • Lindström, JonasUniversity of Oslo, Oslo, Norway (författare)
  • Pierik, MariekeMaastricht University Medical Centre, Maastricht, Netherlands (författare)
  • D'Amato, MauroBioCruces Health Research Institute and IKERBASQUE, Bilbao, Spain; Monash University, Melbourne, Australia (författare)
  • Gomollon, FernandoHCU ‘Lozano Blesa,’ IIS Aragón, Zaragosa, Spain (författare)
  • Olbjorn, ChristineUniversity of Oslo, Oslo, Norway (författare)
  • Richmond, RebeccaUniversity of Bristol, Bristol, UK (författare)
  • Relton, CarolineUniversity of Bristol, Bristol, UK (författare)
  • Söderholm, JohanUniversity of Linköping, Linköping, Sweden (författare)
  • Jahnsen, JorgenUniversity of Oslo, Oslo, Norway; Akershus University Hospital, Akershus, Norway (författare)
  • Vatn, MortenUniversity of Oslo, Oslo, Norway (författare)
  • Halfvarson, Jonas,1970-Örebro universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper(Swepub:oru)jshn (författare)
  • Satsangi, JackUniversity of Oxford, Oxford, UK (författare)
  • University of Edinburgh, Edinburgh, UKUniversity of Oxford, Oxford, UK (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Gut: BMJ Publishing Group Ltd70:Suppl. 4, s. A5-A50017-57491468-3288

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • Gut (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy