Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-130857" >
Standardized benchm...
-
Altenhoff, Adrian M.
(författare)
Standardized benchmarking in the quest for orthologs
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-130857
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-130857URI
-
https://doi.org/10.1038/NMETH.3830DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Achieving high accuracy in orthology inference is essential for many comparative, evolutionary and functional genomic analyses, yet the true evolutionary history of genes is generally unknown and orthologs are used for very different applications across phyla, requiring different precision-recall trade-offs. As a result, it is difficult to assess the performance of orthology inference methods. Here, we present a community effort to establish standards and an automated web-based service to facilitate orthology benchmarking. Using this service, we characterize 15 well-established inference methods and resources on a battery of 20 different benchmarks. Standardized benchmarking provides a way for users to identify the most effective methods for the problem at hand, sets a minimum requirement for new tools and resources, and guides the development of more accurate orthology inference methods.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Boeckmann, Brigitte
(författare)
-
Capella-Gutierrez, Salvador
(författare)
-
Dalquen, Daniel A.
(författare)
-
DeLuca, Todd
(författare)
-
Forslund, Kristoffer
(författare)
-
Huerta-Cepas, Jaime
(författare)
-
Linard, Benjamin
(författare)
-
Pereira, Cecile
(författare)
-
Pryszcz, Leszek P.
(författare)
-
Schreiber, Fabian
(författare)
-
da Silva, Alan Sousa
(författare)
-
Szklarczyk, Damian
(författare)
-
Train, Clement-Marie
(författare)
-
Bork, Peer
(författare)
-
Lecompte, Odile
(författare)
-
von Mering, Christian
(författare)
-
Xenarios, Ioannis
(författare)
-
Sjölander, Kimmen
(författare)
-
Juhl Jensen, Lars
(författare)
-
Martin, Maria J.
(författare)
-
Muffato, Matthieu
(författare)
-
Gabaldon, Toni
(författare)
-
Lewis, Suzanna E.
(författare)
-
Thomas, Paul D.
(författare)
-
Sonnhammer, ErikStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)esonn
(författare)
-
Dessimoz, Christophe
(författare)
-
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Methods13:5, s. 425-+1548-70911548-7105
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Altenhoff, Adria ...
-
Boeckmann, Brigi ...
-
Capella-Gutierre ...
-
Dalquen, Daniel ...
-
DeLuca, Todd
-
Forslund, Kristo ...
-
visa fler...
-
Huerta-Cepas, Ja ...
-
Linard, Benjamin
-
Pereira, Cecile
-
Pryszcz, Leszek ...
-
Schreiber, Fabia ...
-
da Silva, Alan S ...
-
Szklarczyk, Dami ...
-
Train, Clement-M ...
-
Bork, Peer
-
Lecompte, Odile
-
von Mering, Chri ...
-
Xenarios, Ioanni ...
-
Sjölander, Kimme ...
-
Juhl Jensen, Lar ...
-
Martin, Maria J.
-
Muffato, Matthie ...
-
Gabaldon, Toni
-
Lewis, Suzanna E ...
-
Thomas, Paul D.
-
Sonnhammer, Erik
-
Dessimoz, Christ ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Nature Methods
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet