Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-162980" >
RecPhyloXML :
RecPhyloXML : a format for reconciled gene trees
-
Duchemin, Wandrille (författare)
-
Gence, Guillaume (författare)
-
Chifolleau, Anne-Muriel Arigon (författare)
-
visa fler...
-
- Arvestad, Lars (författare)
- Stockholms universitet,Matematiska institutionen,Swedish e-Science Research Centre (SeRC), Sweden
-
Bansal, Mukul S. (författare)
-
Berry, Vincent (författare)
-
Boussau, Bastien (författare)
-
Chevenet, Francois (författare)
-
Comte, Nicolas (författare)
-
Davin, Adrian A. (författare)
-
Dessimoz, Christophe (författare)
-
Dylus, David (författare)
-
Hasic, Damir (författare)
-
Mallo, Diego (författare)
-
Planel, Remi (författare)
-
Posada, David (författare)
-
Scornavacca, Celine (författare)
-
Szollosi, Gergely (författare)
-
Zhang, Louxin (författare)
-
Tannier, Eric (författare)
-
Daubin, Vincent (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-05-14
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Bioinformatics. - : Oxford University Press (OUP). - 1367-4803 .- 1367-4811. ; 34:21, s. 3646-3652
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://academic.oup...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Motivation: A reconciliation is an annotation of the nodes of a gene tree with evolutionary events-for example, speciation, gene duplication, transfer, loss, etc. -along with a mapping onto a species tree. Many algorithms and software produce or use reconciliations but often using different reconciliation formats, regarding the type of events considered or whether the species tree is dated or not. This complicates the comparison and communication between different programs. Results: Here, we gather a consortium of software developers in gene tree species tree reconciliation to propose and endorse a format that aims to promote an integrative-albeit flexible-specification of phylogenetic reconciliations. This format, named recPhyloXML, is accompanied by several tools such as a reconciled tree visualizer and conversion utilities.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Miljöbioteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Environmental Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Matematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Duchemin, Wandri ...
-
Gence, Guillaume
-
Chifolleau, Anne ...
-
Arvestad, Lars
-
Bansal, Mukul S.
-
Berry, Vincent
-
visa fler...
-
Boussau, Bastien
-
Chevenet, Franco ...
-
Comte, Nicolas
-
Davin, Adrian A.
-
Dessimoz, Christ ...
-
Dylus, David
-
Hasic, Damir
-
Mallo, Diego
-
Planel, Remi
-
Posada, David
-
Scornavacca, Cel ...
-
Szollosi, Gergel ...
-
Zhang, Louxin
-
Tannier, Eric
-
Daubin, Vincent
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Miljöbioteknik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Matematik
- Artiklar i publikationen
-
Bioinformatics
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet