Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-167708" >
RollFISH achieves r...
RollFISH achieves robust quantification of single-molecule RNA biomarkers in paraffin-embedded tumor tissue samples
-
- Wu, Chenglin (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, S-17165 Stockholm, Sweden
-
- Simonetti, Michele (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Rossell, Carla (författare)
- Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, S-17165 Stockholm, Sweden
-
visa fler...
-
- Mignardi, Marco (författare)
- Karolinska Institutet,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, S-17165 Stockholm, Sweden
-
- Mirzazadeh, Reza (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Annaratone, Laura (författare)
- Univ Turin, Dept Med Sci, Corso Dogliotti 14, I-10126 Turin, Italy
-
- Marchiò, Caterina (författare)
- Univ Turin, Dept Med Sci, Corso Dogliotti 14, I-10126 Turin, Italy;IRCCS, Candiolo Canc Inst FPO, Pathol Unit, Str Prov 142, I-10060 Candiolo, TO, Italy
-
- Sapino, Anna (författare)
- Univ Turin, Dept Med Sci, Corso Dogliotti 14, I-10126 Turin, Italy;IRCCS, Candiolo Canc Inst FPO, Pathol Unit, Str Prov 142, I-10060 Candiolo, TO, Italy
-
- Bienko, Magda (författare)
- Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, S-17165 Stockholm, Sweden
-
- Crosetto, Nicola (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Uppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Uppsala University, Sweden,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Tomtebodavagen 23a, S-17165 Stockholm, Sweden
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-11-28
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Communications biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://www.nature.c...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) represents a promising approach to quantify the expression of clinically useful biomarkers in tumor samples. However, routine application of smFISH to formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples is challenging due to the low signal intensity and high background noise. Here we present RollFISH, a method combining the specificity of smFISH with the signal boosting of rolling circle amplification. We apply RollFISH to quantify widely used breast cancer biomarkers in cell lines and FFPE samples. Thanks to the high signal-to-noise ratio, we can visualize selected biomarkers at low magnification (20 x) across entire tissue sections, and thus assess their spatial heterogeneity. Lastly, we apply RollFISH to quantify HER2 mRNA in 150 samples on a single tissue microarray, achieving a sensitivity and specificity of detection of HER2-positive samples of similar to 90%. RollFISH is a robust method for quantifying the expression and intratumor heterogeneity of biomarkers in FFPE tissues.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Annan naturvetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Other Natural Sciences (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Wu, Chenglin
-
Simonetti, Miche ...
-
Rossell, Carla
-
Mignardi, Marco
-
Mirzazadeh, Reza
-
Annaratone, Laur ...
-
visa fler...
-
Marchiò, Caterin ...
-
Sapino, Anna
-
Bienko, Magda
-
Crosetto, Nicola
-
Nilsson, Mats
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Annan naturveten ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Communications b ...
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet