SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-201349"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-201349" > Selection on Access...

  • Horvath, RobertStockholms universitet,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden. (författare)

Selection on Accessible Chromatin Regions in Capsella grandiflora

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-09-08
  • Oxford University Press (OUP),2021
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-201349
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-201349URI
  • https://doi.org/10.1093/molbev/msab270DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-465900URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Accurate estimates of genome-wide rates and fitness effects of new mutations are essential for an improved understanding of molecular evolutionary processes. Although eukaryotic genomes generally contain a large noncoding fraction, functional noncoding regions and fitness effects of mutations in such regions are still incompletely characterized. A promising approach to characterize functional noncoding regions relies on identifying accessible chromatin regions (ACRs) tightly associated with regulatory DNA. Here, we applied this approach to identify and estimate selection on ACRs in Capsella grandiflora, a crucifer species ideal for population genomic quantification of selection due to its favorable population demography. We describe a population-wide ACR distribution based on ATAC-seq data for leaf samples of 16 individuals from a natural population. We use population genomic methods to estimate fitness effects and proportions of positively selected fixations (alpha) in ACRs and find that intergenic ACRs harbor a considerable fraction of weakly deleterious new mutations, as well as a significantly higher proportion of strongly deleterious mutations than comparable inaccessible intergenic regions. ACRs are enriched for expression quantitative trait loci (eQTL) and depleted of transposable element insertions, as expected if intergenic ACRs are under selection because they harbor regulatory regions. By integrating empirical identification of intergenic ACRs with analyses of eQTL and population genomic analyses of selection, we demonstrate that intergenic regulatory regions are an important source of nearly neutral mutations. These results improve our understanding of selection on noncoding regions and the role of nearly neutral mutations for evolutionary processes in outcrossing Brassicaceae species.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Josephs, Emily B.Michigan State Univ, Dept Plant Biol, Lansing, MI USA. (författare)
  • Pesquet, Edouard,1975-Stockholms universitet,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, Stockholm, Sweden.(Swepub:su)epesq (författare)
  • Stinchcombe, John R.Univ Toronto, Dept Ecol & Evolutionary Biol, Toronto, ON, Canada. (författare)
  • Wright, StephenUniv Toronto, Dept Ecol & Evolutionary Biol, Toronto, ON, Canada. (författare)
  • Scofield, Douglas,1966-Uppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)dousc151 (författare)
  • Slotte, TanjaStockholms universitet,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:su)tasl9584 (författare)
  • Stockholms universitetInstitutionen för ekologi, miljö och botanik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Molecular biology and evolution: Oxford University Press (OUP)38:12, s. 5563-55750737-40381537-1719

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy