Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-212292" >
Spatial genomics ma...
-
Lomakin, Artem
(författare)
Spatial genomics maps the structure, nature and evolution of cancer clones
- Artikel/kapitelEngelska2022
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2022-11-09
-
Springer Science and Business Media LLC,2022
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-212292
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-212292URI
-
https://doi.org/10.1038/s41586-022-05425-2DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-492447URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Genome sequencing of cancers often reveals mosaics of different subclones present in the same tumour. Although these are believed to arise according to the principles of somatic evolution, the exact spatial growth patterns and underlying mechanisms remain elusive. Here, to address this need, we developed a workflow that generates detailed quantitative maps of genetic subclone composition across whole-tumour sections. These provide the basis for studying clonal growth patterns, and the histological characteristics, microanatomy and microenvironmental composition of each clone. The approach rests on whole-genome sequencing, followed by highly multiplexed base-specific in situ sequencing, single-cell resolved transcriptomics and dedicated algorithms to link these layers. Applying the base-specific in situ sequencing workflow to eight tissue sections from two multifocal primary breast cancers revealed intricate subclonal growth patterns that were validated by microdissection. In a case of ductal carcinoma in situ, polyclonal neoplastic expansions occurred at the macroscopic scale but segregated within microanatomical structures. Across the stages of ductal carcinoma in situ, invasive cancer and lymph node metastasis, subclone territories are shown to exhibit distinct transcriptional and histological features and cellular microenvironments. These results provide examples of the benefits afforded by spatial genomics for deciphering the mechanisms underlying cancer evolution and microenvironmental ecology.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Svedlund, JessicaStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)jesv4890
(författare)
-
Strell, CarinaUppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Uppsala University, Sweden,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University, Solna, Sweden(Swepub:uu)carst810
(författare)
-
Gataric, Milana
(författare)
-
Shmatko, Artem
(författare)
-
Rukhovich, Gleb
(författare)
-
Park, Jun Sung
(författare)
-
Ju, Young Seok
(författare)
-
Dentro, Stefan
(författare)
-
Kleshchevnikov, Vitalii
(författare)
-
Vaskivskyi, Vasyl
(författare)
-
Li, Tong
(författare)
-
Bayraktar, Omer Ali
(författare)
-
Pinder, Sarah
(författare)
-
Richardson, Andrea L.
(författare)
-
Santagata, Sandro
(författare)
-
Campbell, Peter J.
(författare)
-
Russnes, Hege
(författare)
-
Gerstung, Moritz
(författare)
-
Nilsson, MatsStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)matsn
(författare)
-
Yates, Lucy R.
(författare)
-
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature: Springer Science and Business Media LLC611:7936, s. 594-6020028-08361476-4687
Internetlänk
Hitta via bibliotek
-
Nature
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lomakin, Artem
-
Svedlund, Jessic ...
-
Strell, Carina
-
Gataric, Milana
-
Shmatko, Artem
-
Rukhovich, Gleb
-
visa fler...
-
Park, Jun Sung
-
Ju, Young Seok
-
Dentro, Stefan
-
Kleshchevnikov, ...
-
Vaskivskyi, Vasy ...
-
Li, Tong
-
Bayraktar, Omer ...
-
Pinder, Sarah
-
Richardson, Andr ...
-
Santagata, Sandr ...
-
Campbell, Peter ...
-
Russnes, Hege
-
Gerstung, Moritz
-
Nilsson, Mats
-
Yates, Lucy R.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet