Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-224292" >
aMeta :
aMeta : an accurate and memory-efficient ancient metagenomic profiling workflow
-
- Pochon, Zoé (författare)
- Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
-
- Bergfeldt, Nora (författare)
- Stockholm University,Swedish Museum of Natural History,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Centre for Palaeogenetics, Sweden; Swedish Museum of Natural History, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden.;Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden.
-
- Kirdök, Emrah (författare)
- Mersin Univ, Fac Sci, Dept Biotechnol, Mersin, Turkey.,Mersin University
-
visa fler...
-
- Vicente, Mário (författare)
- Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
-
- Naidoo, Thijessen (författare)
- Stockholm University,Uppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Centre for Palaeogenetics, Sweden,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Ancient DNA Unit, Stockholm, Sweden.
-
- van der Valk, Tom (författare)
- Naturhistoriska riksmuseet,Swedish Museum of Natural History,Enheten för bioinformatik och genetik
-
- Altınışık, N. Ezgi (författare)
- Hacettepe Univ, Dept Anthropol, Human G Lab, TR-06800 Beytepe, Ankara, Turkey.,Hacettepe University
-
- Krzewińska, Maja, 1978- (författare)
- Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
-
- Dalén, Love, 1980- (författare)
- Stockholm University,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden.
-
- Götherström, Anders, 1969- (författare)
- Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Sweden; Stockholm Univ, Sweden
-
- Mirabello, Claudio (författare)
- Linköping University,Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
- Unneberg, Per (författare)
- Uppsala University,Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,National Bioinformatics Infrastructure Sweden,Uppsala Univ, Sweden
-
- Oskolkov, Nikolay (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Bioinformatik,Forskargrupper vid Lunds universitet,LTH profilområde: Teknik för hälsa,LTH profilområden,Lunds Tekniska Högskola,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science,Bioinformatics,Lund University Research Groups,LTH Profile Area: Engineering Health,LTH Profile areas,Faculty of Engineering, LTH
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- BioMed Central (BMC), 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: Genome Biology. - : BioMed Central (BMC). - 1465-6906 .- 1474-760X. ; 24
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Analysis of microbial data from archaeological samples is a growing field with great potential for understanding ancient environments, lifestyles, and diseases. However, high error rates have been a challenge in ancient metagenomics, and the availability of computational frameworks that meet the demands of the field is limited. Here, we propose aMeta, an accurate metagenomic profiling workflow for ancient DNA designed to minimize the amount of false discoveries and computer memory requirements. Using simulated data, we benchmark aMeta against a current state-of-the-art workflow and demonstrate its superiority in microbial detection and authentication, as well as substantially lower usage of computer memory.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmakologi och toxikologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmacology and Toxicology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Ancient metagenomics
- Pathogen detection
- Microbiome profiling
- Ancient DNA
- Ancient DNA
- Ancient metagenomics
- Microbiome profiling
- Pathogen detection
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Pochon, Zoé
-
Bergfeldt, Nora
-
Kirdök, Emrah
-
Vicente, Mário
-
Naidoo, Thijesse ...
-
van der Valk, To ...
-
visa fler...
-
Altınışık, N. Ez ...
-
Krzewińska, Maja ...
-
Dalén, Love, 198 ...
-
Götherström, And ...
-
Mirabello, Claud ...
-
Unneberg, Per
-
Oskolkov, Nikola ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmakologi och ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Biology
-
Genome Biology
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet
-
Linköpings universitet
-
Lunds universitet
-
Naturhistoriska riksmuseet