Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-225081" >
Whole-genome resequ...
Whole-genome resequencing facilitates the development of a 50K single nucleotide polymorphism genotyping array for Scots pine (Pinus sylvestris L.) and its transferability to other pine species
-
- Barcala, Maximiliano Estravis (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
- van der Valk, Tom (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Molekylär evolution,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Chen, Zhiqiang (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
visa fler...
-
- Funda, Tomas (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
- Chaudhary, Rajiv (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi,Department of Forest Mycology and Plant Pathology
-
- Klingberg, Adam (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Forestry Research Institute of Sweden, Skogforsk
-
- Fundova, Irena (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
- Suontama, Mari (författare)
- Skogforsk, Sävar, Uppsala, Sweden
-
- Hallingbäck, Henrik (författare)
- Skogforsk, Sävar, Uppsala, Sweden
-
- Bernhardsson, Carolina (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Människans evolution,Swedish Univ Agr Sci, Linnean Ctr Plant Biol, Dept Plant Biol, Uppsala, Sweden.,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology,Uppsala University
-
- Nystedt, Björn, 1978- (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Ingvarsson, Pär K. (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology
-
- Sherwood, Ellen (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Department of Biochemistry and Biophysics, Science for Life Laboratory, Stockholm University, Stockholm, Sweden; Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, KTH Royal Institute of Technology, Stockholm, Sweden,Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Street, Nathaniel, 1979- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Umeå Univ, Umeå Plant Sci Ctr UPSC, Dept Plant Physiol, Umeå, Sweden.
-
- Gyllensten, Ulf B. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Nilsson, Ove (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
- Wu, Harry (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- John Wiley & Sons, 2024
- 2024
- Engelska.
-
Ingår i: The Plant Journal. - : John Wiley & Sons. - 0960-7412 .- 1365-313X. ; 117:3, s. 944-955
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://pub.epsilon.... (primary) (Raw object) (free)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Scots pine (Pinus sylvestris L.) is one of the most widespread and economically important conifer species in the world. Applications like genomic selection and association studies, which could help accelerate breeding cycles, are challenging in Scots pine because of its large and repetitive genome. For this reason, genotyping tools for conifer species, and in particular for Scots pine, are commonly based on transcribed regions of the genome. In this article, we present the Axiom Psyl50K array, the first single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping array for Scots pine based on whole-genome resequencing, that represents both genic and intergenic regions. This array was designed following a two-step procedure: first, 192 trees were sequenced, and a 430K SNP screening array was constructed. Then, 480 samples, including haploid megagametophytes, full-sib family trios, breeding population, and range-wide individuals from across Eurasia were genotyped with the screening array. The best 50K SNPs were selected based on quality, replicability, distribution across the draft genome assembly, balance between genic and intergenic regions, and genotype–environment and genotype–phenotype associations. Of the final 49 877 probes tiled in the array, 20 372 (40.84%) occur inside gene models, while the rest lie in intergenic regions. We also show that the Psyl50K array can yield enough high-confidence SNPs for genetic studies in pine species from North America and Eurasia. This new genotyping tool will be a valuable resource for high-throughput fundamental and applied research of Scots pine and other pine species.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Skogsvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Forest Science (hsv//eng)
Nyckelord
- genome resequencing
- SNP array
- Pinus sylvestris
- pines
- genomic selection
- genome-wide association studies
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Barcala, Maximil ...
-
van der Valk, To ...
-
Chen, Zhiqiang
-
Funda, Tomas
-
Chaudhary, Rajiv
-
Klingberg, Adam
-
visa fler...
-
Fundova, Irena
-
Suontama, Mari
-
Hallingbäck, Hen ...
-
Bernhardsson, Ca ...
-
Nystedt, Björn, ...
-
Ingvarsson, Pär ...
-
Sherwood, Ellen
-
Street, Nathanie ...
-
Gyllensten, Ulf ...
-
Nilsson, Ove
-
Wu, Harry
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Lantbruksvetensk ...
-
och Skogsvetenskap
- Artiklar i publikationen
-
The Plant Journa ...
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Umeå universitet
-
Uppsala universitet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet