Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-228204" >
Comparison and opti...
Comparison and optimization of protocols and whole-genome capture conditions for ancient DNA samples
-
- Yaka, Reyhan, 1988- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden; Middle East Technical University (METU), Turkey
-
- Krzewińska, Maja, 1978- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden
-
- Kempe Lagerholm, Vendela, 1983- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden
-
visa fler...
-
- Linderholm, Anna, 1972- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för geologiska vetenskaper,Centre for Palaeogenetics, Sweden
-
Özer, Füsun (författare)
-
Somel, Mehmet (författare)
-
- Götherström, Anders, 1969- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2024
- 2024
- Engelska.
-
Ingår i: BioTechniques. - 0736-6205 .- 1940-9818. ; 76:5, s. 221-228
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.2...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.2...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Ancient DNA (aDNA) obtained from human remains is typically fragmented and present in relatively low amounts. Here we investigate a set of optimal methods for producing aDNA data by comparing silica-based DNA extraction and aDNA library preparation protocols. We also test the efficiency of whole-genome enrichment (WGC) on ancient human samples by modifying a number of parameter combinations. We find that the Dabney extraction protocol performs significantly better than alternatives. We further observed a positive trend with the BEST library protocol indicating lower clonality. Notably, our results suggest that WGC is effective at retrieving endogenous DNA, particularly from poorly-preserved human samples, by increasing human endogenous proportions by 5x. Thus, aDNA studies will be most likely to benefit from our results.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- ancient DNA
- DNA extraction
- aDNA library
- whole genome capture
- optimization
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas