NordicDB: a Nordic pool and portal for genome-wide control data

NordicDB : a Nordic pool and portal for genome-wide control data

authorCount :19
A cost-efficient way to increase power in a genetic association study is to pool controls from different sources. The genotyping effort can then be directed to large case series. The Nordic Control database, NordicDB, has been set up as a unique resource in the Nordic area and the data are available for authorized users through the web portal (http://www.nordicdb.org). The current version of NordicDB pools together high-density genome-wide SNP information from similar to 5000 controls originating from Finnish, Swedish and Danish studies and shows country-specific allele frequencies for SNP markers. The genetic homogeneity of the samples was investigated using multidimensional scaling (MDS) analysis and pairwise allele frequency differences between the studies. The plot of the first two MDS components showed excellent resemblance to the geographical placement of the samples, with a clear NW-SE gradient. We advise researchers to assess the impact of population structure when incorporating NordicDB controls in association studies. This harmonized Nordic database presents a unique genome-wide resource for future genetic association studies in the Nordic countries. European Journal of Human Genetics (2010) 18, 1322-1326; doi: 10.1038/ejhg.2010.112; published online 28 July 2010

NATURVETENSKAP Matematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Mathematics hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
common controls
genome-wide data
Nordic Control Database
population stratification
MATHEMATICS
MATEMATIK
population
stratification
Nordic Control Database
common controls
genome-wide data

Humphreys, KeithKarolinska Institutet (författare)
Surakka, Ida (författare)
Rehnberg, Emil (författare)
Muilu, Juha (författare)
Rosenstrom, Paivi (författare)
Almgren, PeterLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-pal (författare)
Jaaskelainen, JuhaKarolinska Institutet (författare)
Lifton, Richard P. (författare)
Kyvik, Kirsten Ohm (författare)
Kaprio, Jaakko (författare)
Pedersen, Nancy L.Karolinska Institutet (författare)
Palotie, Aarno (författare)
Hall, PerKarolinska Institutet (författare)
Gronberg, HenrikKarolinska Institutet (författare)
Groop, LeifLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-lgr (författare)
Peltonen, Leena (författare)
Palmgren, JuniStockholms universitet,Matematiska institutionen(Swepub:su)juni (författare)
Ripatti, Samuli (författare)
Karolinska InstitutetGenomik, diabetes och endokrinologi (creator_code:org_t)

Ingår i:European Journal of Human Genetics: Springer Science and Business Media LLC18:12, s. 1322-13261018-48131476-5438

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Av lärosätet: Stockholms universitet; Lunds universitet; Karolinska Institutet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.