Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-101397" >
DNA methylation-bas...
DNA methylation-based subtype prediction for pediatric acute lymphoblastic leukemia
-
- Nordlund, Jessica (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
- Bäcklin, Christofer, 1983- (författare)
- Uppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin
-
- Zachariadis, Vasilios (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa fler...
-
- Cavelier, Lucia (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Dahlberg, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
- Ofverholm, Ingegerd (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Barbany, Gisela (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Nordgren, Ann (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Övernäs, Elin (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
Abrahamsson, Jonas (författare)
-
- Flaegstad, Trond (författare)
- Tromsø University
-
- Heyman, Mats M. (författare)
- Karolinska Institutet
-
Jonsson, Olafur G. (författare)
-
- Kanerva, Jukka (författare)
- Helsinki University
-
- Larsson, Rolf (författare)
- Uppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin
-
- Palle, Josefine (författare)
- Uppsala universitet,Pediatrik
-
- Schmiegelow, Kjeld (författare)
- University of Copenhagen
-
- Gustafsson, Mats (författare)
- Uppsala universitet,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin
-
- Lönnerholm, Gudmar (författare)
- Uppsala universitet,Pediatrik
-
- Forestier, Erik (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för medicinsk biovetenskap,University of Umeå
-
- Syvänen, Ann-Christine (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär medicin
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-02-17
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Clinical Epigenetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1868-7083 .- 1868-7075. ; 7
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://clinicalepig...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: We present a method that utilizes DNA methylation profiling for prediction of the cytogenetic subtypes of acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells from pediatric ALL patients. The primary aim of our study was to improve risk stratification of ALL patients into treatment groups using DNA methylation as a complement to current diagnostic methods. A secondary aim was to gain insight into the functional role of DNA methylation in ALL. Results: We used the methylation status of similar to 450,000 CpG sites in 546 well-characterized patients with T-ALL or seven recurrent B-cell precursor ALL subtypes to design and validate sensitive and accurate DNA methylation classifiers. After repeated cross-validation, a final classifier was derived that consisted of only 246 CpG sites. The mean sensitivity and specificity of the classifier across the known subtypes was 0.90 and 0.99, respectively. We then used DNA methylation classification to screen for subtype membership of 210 patients with undefined karyotype (normal or no result) or non-recurrent cytogenetic aberrations('other' subtype). Nearly half (n = 106) of the patients lacking cytogenetic subgrouping displayed highly similar methylation profiles as the patients in the known recurrent groups. We verified the subtype of 20% of the newly classified patients by examination of diagnostic karyotypes, array-based copy number analysis, and detection of fusion genes by quantitative polymerase chain reaction (PCR) and RNA-sequencing (RNA-seq). Using RNA-seq data from ALL patients where cytogenetic subtype and DNA methylation classification did not agree, we discovered several novel fusion genes involving ETV6, RUNX1, and PAX5. Conclusions: Our findings indicate that DNA methylation profiling contributes to the clarification of the heterogeneity in cytogenetically undefined ALL patient groups and could be implemented as a complementary method for diagnosis of ALL. The results of our study provide clues to the origin and development of leukemic transformation. The methylation status of the CpG sites constituting the classifiers also highlight relevant biological characteristics in otherwise unclassified ALL patients.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Hematologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Hematology (hsv//eng)
Nyckelord
- DNA methylation
- Pediatric acute lymphoblastic leukemia
- CpG site
- Subtyping
- Cytogenetics
- RNA- q
- 450 k array
- epigenetics
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Nordlund, Jessic ...
-
Bäcklin, Christo ...
-
Zachariadis, Vas ...
-
Cavelier, Lucia
-
Dahlberg, Johan
-
Ofverholm, Ingeg ...
-
visa fler...
-
Barbany, Gisela
-
Nordgren, Ann
-
Övernäs, Elin
-
Abrahamsson, Jon ...
-
Flaegstad, Trond
-
Heyman, Mats M.
-
Jonsson, Olafur ...
-
Kanerva, Jukka
-
Larsson, Rolf
-
Palle, Josefine
-
Schmiegelow, Kje ...
-
Gustafsson, Mats
-
Lönnerholm, Gudm ...
-
Forestier, Erik
-
Syvänen, Ann-Chr ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Hematologi
- Artiklar i publikationen
-
Clinical Epigene ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet